BCM13042 Fundamentos de Proteínas Aula 3 – Estratégias de Purificação e Análises de Proteínas Principais componentes moleculares da bactéria E. coli Componentes H2O Proteínas Ac. Nucléico Carbohidratos Lipídeos Outros Nº de moléculas diferentes 1 3.000 1 - DNA e 1000-RNA 50 40 Íons - 12 Mol. Monoméricas - 500 % peso total 70 15 7 3 2 3 O isolamento ou purificação de uma proteína é uma etapa que precede os estudos de suas características físico-químicas, de sua estrutura 3D e a compreensão de suas propriedades biológicas. Inicialmente, a estratégia de purificação de uma proteína é empírica, ou seja, baseada em tentativa-erro, e deve ser desenhada para cada proteína individualmente. Não há como prever quais métodos serão os mais eficientes para se purificar uma proteína pela primeira vez. Métodos de Isolamento de Biomoléculas Existe uma grande variedade de métodos visando a separação de biomoléculas. Como na maioria das vezes o que se pretende purificar é uma proteína, o grupo de moléculas com maior diversidade, as metodologias de separação de proteínas tiveram um grande desenvolvimento, com muitas opções disponíveis. Os métodos de separação de biomoléculas são agrupados em duas categorias: Métodos baseados em características físico-químicas das biomoléculas: 1. Tamanho – Massa – Densidade (ex: centrifuação, diálise, gel-filtração) 2. Carga elétrica (ex: cromatografia de troca iônica, eletroforese) 3. Solubilidade ou hidrofobicidade (ex: cromatografia em papel, fase reversa) Métodos baseados em afinidade biológica, que exploram a interação entre duas moléculas: 4. Cromatografia de afinidade (pressupõe que uma das moléculas do par que interage é um “reagente” de fácil obtenção, disponível comercialmente) MATERIAL BIOLÓGICO DE PARTIDA: (100g) SOBRENADANTE ORGANELAS Lisossomos Lisossomos Mitocôndria Mitocôndria Golgi Golgi Núcleo Núcleo Precipitação com Sal/Solvente F1 F2 F3 F4 Precipitação com Sal/Solvente F 2 .2 F 2 .1 F 2 .3 O fluxograma ao lado representa a “marcha” de purificação de uma proteína, mostrando as etapas sucessivas, cada uma consistindo de método, que levam ao isolamento de uma proteína presente numa mistura complexa. Observe a quantidade de proteínas (100g) presente no material inicial e quanto da proteína purificada se obtém no final (0,001g). Esses números são típicos para a purificação da maioria das proteínas, em especial enzimas. Cromatografia Troca Iônica F 2 .3.1 F 2 .3.2 . . . . . . F 2. 3.N Cromatografia Troca Iônica (pH ou resina diferente) F 2 .3.N.X Gel Filtração 1 Proteína apenas (0.001g) - 0.1 a 0.5% total Em cada etapa, a proteína de interesse é separada das demais com base em uma propriedade diferente. Consequentemente, as proteínas ainda misturadas com aquela que está sendo isolada são cada vez mais semelhantes em suas características físico-químicas, exigindo métodos cada mais sensíveis, capazes de explorar pequenas diferenças, para se chegar à proteína pura. MATERIAL BIOLÓGICO DE PARTIDA: (100g) SOBRENADANTE ORGANELAS Lisossomos Lisossomos Mitocôndria Mitocôndria Golgi Golgi Núcleo Núcleo Além dos métodos de purificação, análises complementares devem ser feitas ao longo da purificação, para verificar se o processo de separação está sendo eficiente. Precipitação com Sal/Solvente F1 F2 A medida da atividade biológica da proteína de interesse e do conteúdo de proteínas de cada fração resultante do processo de separação devem ser feitas a cada passo. Assim, apenas a fração que contém a proteína de interesse, marcada com um círculo vermelho no fluxograma, é submetida à próxima etapa de purificação. F3 F4 Precipitação com Sal/Solvente F 2 .2 F 2 .1 F 2 .3 Cromatografia Troca Iônica F 2 .3.1 F 2 .3.2 . . . . . . F 2. 3.N Cromatografia Troca Iônica (pH ou resina diferente) F 2 .3.N.X Gel Filtração 1 Proteína apenas (0.001g) - 0.1 a 0.5% total • Medida da atividade biológica - particular para cada proteína - deve ser quantitativa, para estimar quanto da proteína de interesse há em cada fração. • Medidas do conteúdo proteico (diversos) - absorbância de luz UV de 280 nm - métodos colorimétricos (ex: Lowry, Bradford, BCA, etc) Absortividade molar, e Métodos para medida do conteúdo de proteína: Comprimento de onda A absorbância de uma solução de proteínas a 280 nm é diretamente proporcional ao seu conteúdo proteico, desde que essas contenham esses aminoácidos aromáticos na sua composição, especialmente triptofano. A vantagem desse método é que ele não é destrutivo para a proteína. Em geral, considera-se que uma leitura de 1,0 A280 equivale a uma concentração de 1 mg/mL. Ácidos nucleicos também absorvem luz UV – máxomo 260 nm. Proteína: razão A280/A260 > 1 Métodos para medida do conteúdo de proteína: Reagente de Biureto: sulfato de Cu2+ em tartarato Cu2+ reage com as ligações peptídicas e produz um complexo púrpura com absorção máxima em 540 nm 1. Cu2+ é chelado pela proteína [Cu2+-proteina] 2. Reação redox Cu2+ + (ligações peptídicas) —> [Cu+ -proteína] Método de Lowry Ìons Cu2+ reduzidos a Cu+ em presença de proteínas e cadeias laterais de aminoácidos aromáticos, Tyr e Trp, e de Cys, reduzem o reagente de Folin-Ciocalteu (ácido fosfomobidênio-tungstênio), dando um composto de cor azul. Reagente Bradford = Coomassie Brilliant Blue G-250 Método baseado em uma mudança espectral do reagente, em que dá absorção máxinma a 595 nm (cor azul), quando interage com proteínas. Interação com proteínas se dá através de forças de Van der Waals e ligações iônicas, especialmente com arginina, mas também com resíduos de histidina, lisina, tirosina, triptofano e fenlialanina. BCA = ácido 2,2'-Bicinchonínico ou 4,4'-Dicarboxy-2,2'-biquinoline Ìons Cu2+ reduzidos a Cu+ em presença de proteínas reagem fortemente com o BCA formando um composto azul, Para iniciar a purificação, inicialmente é necessário extrair a proteína de interesse para um meio líquido, exceto se ela já estiver naturalmente presente em um meio líquido (sangue, suor, água do mar, meio de cultura, seiva de planta, etc). Material na fonte por ultra-som com detergente Vários métodos são possíveis para transformar células, órgãos, tecidos em um homogenado, ou extrato bruto, como mostra a figura. células Homogeneização (para romper tecidos e células) tecidos por pressão (prensa francesa) liquefação (Potter) Homogenado ou Extrato bruto Material de partida Sendo a proteína de interesse uma proteína de membrana, é necessário solubilizá-la. Para esse fim são utilizados detergentes, que dissolvem a membrana plasmática e formando complexos solúveis com as proteínas. Detergentes podem ser iônicos e não iônicos detergente micelas Dependendo da concentração Proteínas integrais da membrana Complexos não micelares Detergentes iônicos Cetab Cetyltrimethylammonium bromide SDS Dodecil sulfato de sódio Detergentes não iônicos Triton X-100 (polyoxyethylene (9,5) p-t-octylphenol) Deoxicolato de sódio Octilglicosídeo (octyl-b-D-glucopyranoside) A centrífuga Câmara blindada Amostra sedimentando rotor ângulo fixo refrigeração A centrifugação frequentemente é uma das primeiras etapas de purificação aplicado a um extrato bruto. Através do movimento de rotação do rotor da centrífuga, uma força centrífuga é aplicada à amostra, separando seus componentes através de suas massas e/ou densidade, conforme a técnica. Através de sucessivas etapas de centrifução com velocidades (rotações por minuto, rpm) crescentes, podese obter diferentes frações de um homogenado de células ou tecidos. centrifugação diferencial vácuo homogenado células intactas pedaços de membrana núcleos sangue centrifugado: separação de plasma e células mitocôndrias lisossomos ribossomos fração citoplasmática Força centrífuga Existem centrífugas para diferentes tipos de aplicações, dependendo da força centrífuga que são capazes de gerar. Relação entre o raio do rotor, velocidade angular (rpm) e a força centrífuga (g) Centrífuga Clínica Ultracentrífuga (necessitam vácuo para evitar atrito do ar, além de refrigeração) 1,200g por 15 minutos separa plasma de células sanguíneas R$ 3.000 US$ 70,000 Preço aproximado 200,000 g por 24 horas para separar organelas menores ou complexos proteicos A centrifugação em um meio com gradiente de densidade melhora a eficiência da separação. As partículas se deslocarão através do gradiente até encontrarem uma região com densidade equivalente a sua, quando param de se mover, formando “bandas”. Centrifugação em gradiente de densidade Solucões de sacarose com densidades diferentss são colocadas no tubo, uma sobre a outra Gradientes podem ser utilizados para separar diferentes tipos de células, organelas, ácidos nucléicos, complexos proteicos, etc. Amostra é colocada no topo do gradiente 5% sacarose 20% sacarose Baixa densidade Média densidade Alta densidade centrifugação Gradiente separação de: Ficoll-Hypaque Sacarose Cloreto de césio leucócitos mitocôndrias ácidos nucléicos As mais potentes ultracentrífugas atuais ainda não são capazes de sedimentar proteínas. Processos que diminuem a solubilidade e provocam a precipitação fracionada de proteínas são utilizados como etapas preliminares de purificação. Uma das vantagens desses métodos é o baixo custo e capacidade de processar grandes volumes/massas. A precipitação de proteínas pode ser induzida por: - adição de sais (Precipitação salina) - adição de solventes - variação de pH (Precipitação isoelétrica) Salting-in X Salting-out Solubilidade da hemoglobina (S/S’) NaCl KCl MgSO4 (NH4)2SO4 K2SO4 Concentração do Sal,, Molar O gráfico ao lado ilustra o efeito de diferentes sais sobre a solubilidade da hemoglobina. Em baixa concentração salina, a solubilidade das proteínas aumenta, pois os íons do sal ajudam a reforçar a camada de solvatação. Em alta concentração salina, a solubilidade das proteínas diminue pois os íons do sal competem pelas moléculas de água disponíveis para formar a sua própria camada de solvatação. Sais com ânions divalentes são mais eficientes do que os monovalentes na precipitação de proteínas. Sais se dissociam em solucão aquosa e competem com as proteínas pela água de solvatação. Hemoglobina Solubilidade, log Albumina Fibrinogênio Considere uma solução com fibrinogênio, albumina, hemoglobina, pseudoglobulina e mioglobina e observe o gráfico. Mioglobina Pseudoglobulina Concentração do Sal (NH4)2SO4,, Molar Proteínas apresentam diferente sensibilidade para a precipitação salina. - precipitam primeiro: proteínas maiores proteínas mais hidrofóbicas Usando o sal sulfato de amônio (NH4)2SO4, pode-se purificar completamente o fibrinogênio a partir de uma mistura das 5 proteínas, pois este precipita totalmente em uma saturação de 2,8 M do sal. Neste ponto, centrifuga-se a solução e o fibrinogênio é coletado como um precipitado. Numa próxima etapa, adicionando-se mais sal à solução até uma saturação de 7 M, pode-se obter um novo precipitado contendo albumina, hemoglobina e pseudoglobulina. E teremos também purificada a mioglobina, ainda em solúvel na presença de 7M do sal, e que ficou sozinha no sobrenadante. possuem camadas de solvatação maiores ou menos organizadas, mais fáceis de pertubar. Proteínas também podem ser precipitadas com adição de solventes ao meio ou quando colocadas em meio com pH próximo ao seu ponto isoelétrico. Proteína P.I. Pepsina <1,0 Proteínas colocadas em meio com pH igual ao seu PI tendem a precipitar, pois tendo carga neutra, apresentam a camada de solvatação menos organizada. Ovalbumina galinha 4,6 Albumina sérica humana 4,9 Tropomiosina 5,1 Insulina bovina 5,4 Fibrinogênio humano 5,8 Gama-globulina 6,6 Colágeno 6,6 Água Mioglobina equina 7,0 Hemoglobina humana 7,1 Ribonuclease A bovina 7,8 Dimetilformamida Metanol Etanol Acetona Clorofórmio Benzeno Citocromo C equino 10,6 Histona bovina 10,8 Lisozima, galinha 11,0 Salmina, salmão 12,1 Ponto Isoelétrico de algumas Proteínas Solvente Constante Momento Dielétrica Dipolar 78.5 48.9 32.6 24.3 20.7 4.8 2.3 1.85 3.96 1.66 1.68 2.72 1.15 0.00 Solventes miscíveis com a água diminuem a constante dielétrica do meio e desorganizam a camada de solvatação das proteínas. Os mais utilizados são etanol e acetona. Para obter as proteínas precipitadas em solução novamente, é necessário reverter as condições que levaram à precipitação. Aos precipitados obtidos com sal ou solvente, adiciona-se água. Membrana de celofane Ao precipitado obtido com variação de pH, retornar ao pH original. solvente solução a ser dialisada início Dt final Para remover o excesso de sal ou do solvente no precipitado, utiliza-se a diálise. -amostra é colocada dentro de um saco feito com uma membrana de celofane com poros tratados, que permite a passagem de moléculas até 10,000 d. - o saco contendo a amostra é imerso em um recipiente contendo o solvente que se deseja - excesso de sal ou de solvente se difunde para o solvente - após várias trocas de solvente, todo o excesso de sal/solvente terá sido retirado. MATERIAL BIOLÓGICO DE PARTIDA: (100g) SOBRENADANTE ORGANELAS Lisossomos Mitocôndria Golgi Núcleo Precipitação com Sal/Solvente F1 F2 F3 F4 Precipitação com Sal/Solvente F 2 .2 F 2 .1 F 2 .3 Cromatografia Troca Iônica F 2 .3.1 F 2 .3.2 . . . . . . F 2. 3.N Cromatografia Troca Iônica (pH ou resina diferente) F 2 .3.N.X Gel Filtração 1 Proteína apenas (0.001g) - 0.1 a 0.5% total Até o momento, exploramos as etapas iniciais de purificação de proteínas, como a centrifugação diferencial e precipitação fracionada. Esses métodos, apesar de terem baixo poder de resolução (exploram diferenças grosseiras entre as proteínas), permitem processar grandes volumes ou massas, típicos das etapas iniciais de isolamento. Quando já houve redução significativa dos montantes de proteínas a serem processados, iniciam-se as cromatografias, que irão explorar as diferenças mais sutis entre as moléculas. Não esquecer que todas as frações obtidas devem ter o conteúdo de proteínas e de atividade biológica medidos, para se decidir qual/quais deverão passar para o passo seguinte da purificação. Que características devem ter as resina cromatográficas para possibilitar separações de moléculas baseadas em diferentes propriedades ? Cromatografia de permeação em gel ou gel-filtração: separação de moléculas pela massa molecular géis são porosos, funcionando como peneiras ou filtros Cromatografia de troca iônica: separação de moléculas pela carga elétrica géis apresentam grupos carregados positiva- ou negativamente Cromatografia de partição (fase reversa ou hidrofóbica): separação de moléculas pela solubilidade relativa em meio aquoso géis possuem carácter hidrofóbico Cromatografia de afinidade: separação de moléculas pela capacidade de interagir com um ligante géis possuem ligante específico ligado covalente à resina Como se avalia se o processo de purificação de uma proteína foi eficiente ? Três parâmetros permitem avaliar a eficiência do processo de purificação de uma proteína: - Atividade específica (AE): é a razão entre a quantidade da proteína de interesse, medida através de sua atividade biológica, e a quantidade total de proteínas presentes em cada etapa de purificação. Esse índice aumenta ao longo da purificação. - Índice de purificação: indica quantas vezes em relação ao material de partida a proteína de interesse foi “concentrada”. Calcula-se como a razão entre as atividades específicas inicial (material de partida) e final (proteína pura). - Rendimento: indica quanto (em %) da proteína de interesse ativa presente no material de partida foi recuperado ao final da purificação. Um certo grau de perda é inerente do processo de purificação (em cada etapa só devem ser processadas as frações mais ricas em atividade biológica, desprezando-se aquelas que apresentam pouca atividade). Também podem ocorrer perdas por desnaturação das proteínas devido às diferentes condições (pH, sais, etc) a que são submetidas nas diferentes etapas de purificação. Espera-se recuperar o máximo possível da proteína de interesse. Purificação da Glicoquinase hepática de Rato Etapa Atividade Específicab Rendimentoc Índiceb ( U.mg (%) U . -1-) a Purificação Marcha A: somente cromatografias convencionais 1. Sobrenadante de pâncreas 2. (NH4)2 SO4, precipitado 25 -55% 3. troca iônica, coluna DEAE-Sephadex , pH 7.0, eluição KCl 4. troca iônica, coluna CM-cellulose, pH 5.5, eluição NaCl 6. interação hidrofóbica, coluna Butyl~Sepharose 7. gel-filtração, coluna Sephacryl S-300 0.17 2.0 23 44 80 130 100 85 45 33 15 15 1 12 140 260 480 780 Marcha B: com cromatografia de afinidade 1. Sobrenadante de pâncreas 2. troca iônica, coluna DEAE- Sephadex, pH 7.0, eluição KCl 3. Afinidade cromatográfica (benzamidina~agarose) 0.09 18 420 100 84 83 1 195 4.500 U nidade de enzima (1 unidade de atividade enzimática é definida como a quantidade de enzima que cataliza a transformação de 1 micromol de substrato em produto, em condições pre-estabelecidas b Atividade específica: medida da atividade biológica (em U) expressa por miligramas de proteína c Rendimento: percentual da atividade biológica inicial (100%) recuperada em cada etapa de purificação d Índice de Purificação : razão entre a atividade específica inicial e aquela determinada em cada etapa. a Funcionamento Básico de uma Coluna Cromatográfica Uma coluna é um tubo cilindríco aberto nas duas extremidades e preenchido com a resina ou matriz ou gel cromatográfico. A coluna é constantemente alimentada com líquido (tampão), banhando a resina e forçando o contacto desta e as moléculas que estão sendo analisadas. Abaixo está representado o esquema geral de uma cromatografia: Amostra com diferentes componentes Resina embebida em tampão Mais tampão é colocado na coluna, forçando os componentes da amostra a interagirem com a resina Os componentes da mistura são separados por interação diferenciada com a resina, com base em propriedades moleculares como: • massa molecular • carga elétrica • solubilidade • afinidade Tempo 2 Tempo 1 Líquido que sae da coluna é recolhido em tubos de um coletor de frações Componentes da amostra se separam e saem da coluna com diferentes volumes de tampão Coletor de frações Um cromatograma, como o gráfico ao lado, é a maneira usual de se representar o resultado de uma cromatografia. Tempo n Concentração Tempo zero Tempo ou volume Cromatografia de gel filtração ou peneira molecular Moléculas com massas diferentes proteína grande proteína pequena Fluxo do tampão Tampão “empurra” moléculas através da resina grão da resina poroso tubos grãos (beads) da resina com poros Na gel-filtração, as proteínas que penetram nos poros da resina precisam diferentes volumes de tampão para saírem da coluna, conforme suas massas moleculares, percorrendo os canais internos dos grãos. Quanto maior o número de grãos que cada molécula entrar durante o percurso através da coluna, maior o volume necessário para sua saída. Proteínas maiores que o diâmetro dos poros não são separadas e saem da coluna com pouco tampão, correspondente apenas ao volume da coluna externo aos grãos, também chamado de volume morto (Vo). Proteínas menores que o diâmetro dos poros não são separadas e saem da coluna com um volume de tampão correspondente ao volume interno (Vi, volume total menos o volume do próprio gel). A cromatografia de gel-filtração possibilita estimar a massa molecular de uma proteína em seu estado nativo Para isso, é necessário “calibrar” a coluna com proteínas de massa molecular conhecida, construindo-se uma curva de calibração. O volume de saída (eluição) de uma proteína numa coluna de gelfiltração é proporcional ao logaritmo de sua massa molecular. Ler a massa correspondente Moléculas maiores 20 25 50 75 100 volumeKav de eluição 125 mL traçado da medida de atividade biológica nas frações 40 60 80 Medir o volume de eluição da fração mais ativa. Transportar para a curva de calibraçao. 100 Moléculas menores 120 mL volume Medida da ativ. biológica Massa molecular (kD) Observa ra escala log Absorbância a 280 nm Curva de calibração Além de purificar, por ser realizada em condições de pH, força iônica e temperatura que preservam a atividade biológica da proteína, a gel-filtração fornece a Mr do seu estado nativo. Existem diferentes tipos de resinas para gel-filtração, conforme o tipo de moléculas ou partículas a serem separadas indica quais os tamanhos das partículas que podem entrar nos poros da resina e serem fracionados. Acima ou abaixo da faixa, não há separação. Resinas para Gel-Filtração NOME TIPO FAIXA DE RESOLUÇÃO (kD) Sephadex G-10 Sephadex G-25 Sephadex G-50 Sephadex G-100 Sephadex G-200 Dextrana Dextrana Dextrana Dextrana Dextrana 0.05 - 0.70 1-5 1 - 30 4 - 150 5 - 600 Bio-Gel P- 2 Bio-Gel P- 6 Bio-Gel P- 10 Bio-Gel P- 30 Bio-Gel P-100 Bio-Gel P-300 Policrilamida Policrilamida Policrilamida Policrilamida Policrilamida Policrilamida 0.1 - 1.8 1-6 1.5 - 20 2.4 - 40 5 - 100 60 - 400 Sepharose 6B Sepharose 4B Sepharose 2B Agarose Agarose Agarose *Sephadex e Sepharose: Amersham Pharmacia Biotech; Bio 10 - 4.000 60 - 20.000 70 - 40.000 -Gel: Bio -Rad Laboratories Moléculas pequenas Proteínas Moléculas pequenas Proteínas Células, partículas sub-celulares Esta é uma outra forma de representar a calibração de uma coluna de gel-filtração. O gel nessa coluna é o Sephadex G-200, cuja faixa de resolução de proteínas é de 5.000 a 600.000 d. Observe como proteínas nos extremos da faixa de resolução tendem a “sair” da parte linear da curva. Para comparar calibrações com a mesma resina cromatográfica em colunas de dimensões diferentes utiliza-se o Kav, que é proporcional ao log de Mr. Kav = Ve-Vo Vt-Vo onde: Ve – volume de eluição de uma certa proteína Vt – volume total da coluna Vo – volume morto da coluna, em que saem moléculas com massa acima da resolução da resina Cromatografia de troca iônica A resina para cromatografia de troca iônica apresenta carga elétrica, positiva ou negativa, em uma ampla faixa de pH. DEAE Trocadora de ânions CM Trocadora de cátions Existem dois tipos básicos: resinas trocadoras de ânions (possuem carga positiva), como o dietilaminoetil (DEAE)-celulose e resinas trocadoras de cátions (possuem carga negativa), como o carboxi-metil (CM)-celulose Cromatografia de troca iônica ---Ponto Isoelétrico de algumas Proteínas -- DEAE-celulose - pH < 10 CM-celulose - pH > 4 ácido PI + neutro básico - Proteína P.I. Pepsina <1,0 Ovalbumina galinha 4,6 Albumina sérica humana 4,9 Tropomiosina 5,1 Insulina bovina 5,4 Fibrinogênio humano 5,8 Gama-globulina 6,6 Colágeno 6,6 Mioglobina equina 7,0 Hemoglobina humana 7,1 Ribonuclease A bovina 7,8 Citocromo C equino 10,6 Histona bovina 10,8 Lisozima, galinha 11,0 Salmina, salmão 12,1 Como funciona a Cromatografia de Troca Iônica Adsorção No exemplo ao lado, como funciona uma resina catiônica ou trocadora de ânions, como o DEAE-celulose): + + + + + + ++ A cromatografia de troca iônica compreende duas etapas: 1) 2) adsorção das proteínas com carga contrária à resina, e saída da coluna das proteínas com a mesma carga; eluição das proteínas adsorvidas. + + + Moléculas com a mesma carga, ou sem carga, não interagem com a resina, sendo as primeiras a sair da coluna Eluição Para a eluição, as condições de adsorção da coluna (pH ou força iônica) são alteradas para neutralizar a interação entre as proteínas e a resina. +Cl- Na Mais frequentemente utiliza-se um aumento da concentração do sal no tampão, pois alterações de pH podem desnaturar proteínas, levando-as a precipitar dentro da coluna. + + + + + + + ++ Adição de sal ao tampão resulta em competição entre os íons em solução e as moléculas adsorvidas na resina. Duas Modalidades de Cromatografia de Troca Iônica Gradientes de sal podem fracionar as proteínas adsorvidas na resina de acordo com a intensidade de suas cargas, que é dada pela diferença entre seus PIs e o pH do tampão de eluição. As proteínas não retidas (com a mesma carga da resina) não são separadas, sendo simplesmente “arrastadas” pelo tampão (ou seja, não são repelidas pela resina). Eluição NaCl Eluição NaCl + _ 0. 10 M 0. 10 M (+) (-) (-) CM (-) + + + 0. 20 M _ = (-) _ = 0. 15 M = 0. 15 M ++ DEAE (+) _ (+) = 0. 20 M (+) Não retidas Carboximetil~celulose (trocadora de cátions) + + + Não retidas Dietilaminoetil~celulose (trocadora de ânions) Tipos de Resina de troca iônica NOME Dowex 1 TIPO GRUPO IONIZÁVEL OBSERVAÇÕES Tipos de Resina de troca Iônica DEAE -celulose Fortemente básica resina de polistireno Fortemente básica resina de polistireno Básica CM-celulose Ácida Q-Sepharose Gel de dextrano básico SP-Sepharose Gel de dextrano ácido Dowex 50 * Dowex: Dow Chemical Co.; Ø - CH 2N+(CH3) 3 Troca aniônica Ø - SO 3-H Troca Catiônica Dietilaminoetil - CH 2CH 2N+(C2H 5)2 Carboximetil - CH2COOH −Ο−CH2CHOHCH2OCH2CHOHCH2N+(CH3)3 —CH2-SO3- Sepharose e Source: GE LifeSciences Fracionamento de proteínas ácidas e neutras Fracionamento de proteínas básicas e neutras Combinação de gel filtração e troca iônica de proteínas ácidas e neutras Combinação de gel filtração e troca iônica de proteínas básicas e neutras Bio - Gel: Bio Rad Laboratories Existem vários tipos de resinas de troca iônica disponíveis no mercado. Cromatografia de afinidade: Um dos métodos mais eficientes para a purificação de proteínas, possibilitando um alto rendimento com número reduzido de etapas. A separação de moléculas tem como base a interação específica do analito (molécula-alvo) com um ligante imobilizado na matriz. Forças envolvidas nessa interação podem ser não covalentes (eletrostáticas, hidrofóbica, pontes de H) ou covalentes (p.e., ponte dissulfeto). Ex: cromatografia de imunoafinidade Adsorção Mistura de proteínas Eluição Partículas de gel recobertas de anticorpos anti-A Lavagem pH 2,0 ou sal Anti-A interage apenas com a proteína A Coluna empacotada com ess gel Desprezar proteínas não retidas Complexo Ag-AC é desfeito Antígeno A puro - Eluição: condições que interferem na ligação da proteína ao ligante, como mudanças no pH e/ou força iônica, ou por competição com o ligante livre Tipo de ligantes em cromatografia de afinidade 1. Mono-específicos - ligação específica da molécula-alvo - análogos de substratos ou inibidores de enzimas - agonistas ou antagonistas de receptores - haptenos ou determinantes antigênicos de anticorpos - ligantes com “tag” ou “marcação” - glutationa-S-transferase - poli-Histidina 2. Grupo-específico: ligantes para separação de grupos: Ligante grupo-específico Especificidade Proteína A Região Fc de IgG Proteína G Região Fc de IgG Concanavalina A Grupos glicosil- ou manosil- Cibacron Blue Várias enzimas, albumina lisina Plasminogênio, RNA ribossomal arginina proteinases tipo tripsina benzamidina proteinases tipo tripsina calmodulina Proteínas reguladas por calmodulina heparina Fatores de coagulação, lipases, hormônios, receptores estoróides, etc Metais de transição Proteínas e peptídeos com resíduos de His expostos 8-AEA-cAMP 8-(2-aminoethyl)aminoadenosine-3',5'-cyclic monophosphate (ligante para proteínas com afinidade por cAMP ou cGMP) Sítios de ligação das proteínas A, G e L à imunoglobulina, que permitem a purificação de anticorpos por cromatografia de afinidade Preparo da resina de afinidade: Estratégias para acoplamento de ligantes à resina Reagente Alvo no ligante Passo 1. Ativação da resina Passo 2. Acoplar o ligante Para ligantes pequenos (Mr < 1.000) há o risco de impedimento estérico entre a matriz e a molécula-alvo, que causa dificuldade ou impede sua ligação à resina. A introdução de um braço espaçador diminue esse risco. Braço espaçador covalente entre a resina e o ligante Molécula-alvo (analito) ligante Ligação reversível não covalente Cromatografia de Partição Princípio: Explora diferenças de solubilidade dos compostos em solventes com grau de hidrofobicidade diferentes, um polar e outro apolar. Aplicável especialmente á moléculas pequenas, como compostos orgânicos, aminoácidos, peptídeos, açúcares, lipídeos, etc. Apresenta limitações para uso com proteínas acima de 20-30kda, que são desnaturadas em presença de solvente orgânico. Fase estacionária (suporte sólido) Consiste de 2 sistemas: tempo 0 t1 t2 tn Papel ou placa de sílica direção do fluxo do solvente Amostra na origem Compostos separados X Fase móvel (líquido ou gás) CROMATOGRAFIA EM PAPEL Suporte: PAPEL Fase Estacionária: Aquosa (H20 na celulose) Fase Móvel: Solvente orgânico (hidrofóbico) Cuba com solvente (fluxo por capilaridade) Rf = CROMATOGRAFIA DE FASE REVERSA Suporte: SÍLICA (camada delgada ou TLC) distância de migração da substância Fase Estacionária: sílica (mineral apolar) distância de migração do solvente Fase Móvel: Solvente aquoso ou água HPLC: high performance (pressure) liquid chromatography Inicialmente desenvolvida para cromatografia de fase reversa em coluna, hoje em dia abrange aplicações para todos os tipos de cromatografias. Característica diferencial da cromatografia convencional: • partículas de resina com diâmetro muito pequeno (poucos microns) • aumento da eficiência da separação em função do número maior de partículas de resina em um mesmo volume da coluna • fase móvel - necessita bomba de alta pressão para ter fluxo através da coluna Desenho básico de um HPLC Detector Controle e análise dos dados Duas bombas permitem eluição em gradiente Detector: índice de refração, absorbância UV ou Vis, fluorescência, etc. Coletor de frações bombas Injetor de amostra Coluna e forno Coluna pode ser aquecida para melhorar a eluição diferencial na fase reversa Fase reversa: resinas de sílica derivatizadas com hidrocarbonetos de 2 C a 18 C Moléculas retidas 100 % de acetonitrila Absorbância a 214 nm Moléculas não retidas Tempo ou volume de retenção Cromatograma de uma coluna de fase reversa, com eluição por um gradiente de acetonitrila Fase estacionária C18 C8 tC2 Aminopropyl Cyanopropyl Diol CN Fenil Função –Si (CH3)2 C18 H37 –Si (CH3)2 C8 H17 –Si C2 H5 –Si (CH2)3 NH2 –Si (CH3)2 (CH2)3CN –Si (CH2)3 OCH2CH(OH)CH2OH NH2 C4 C8 C18 Retenção na coluna: aumenta com o tamanho da cadeia Condição de equilíbrio: em meio ácido (0.1% de ácido trifluoroacético) para aumentar hidrofobicidade (protonar as carboxilas) Eluição com gradiente crescente de solvente orgânico miscível com água - acetonitrila, metanol, propanol aminoácido A proteína pura é tratada com HCl 6N fervente para quebrar (hidrólise) as ligações peptídicas. A mistura resultante é submetida a métodos cromatográficos (fase reversa, troca iônica) para separar os diferentes aminoácidos. fluorescência Para determinar a estrutura primária de uma proteína, é necessário primeiro conhecer a composição (número e tipos) de seus aminoácidos. Tempo de retenção (min) A posição do pico no cromatograma identifica o aminoácido. A área do pico quantifica o aminoácido. Existem vários métodos para se determinar a sequência de aminoácidos de uma proteína. Aqui veremos como funcionam os dois métodos atualmente mais utilizados: a) Método de Edman: reação do aminoácido N-terminal da proteína com fenil-isotiocianato . A proteína modificada é submetida a hidrólise ácida liberando o aminoácido N-terminal modificado, e este é identificado por cromatografia. Segue-se novo ciclo de reação com o próximo aminoácido na proteína, que se tornou o novo N-terminal. b) Espectrometria de massa: determinação das massas de fragmentos correspondendo a aminoácidos, retirados sequencialmente da proteína. Veremos mais sobre esse método na aula sobre eletroforese e proteômica. ciclo 1 Método de Edman sequenciamento de proteínas com PITC (fenil-isotiocianato) (1) acoplamento (2) hidrólise com ácido trifluoroacético Cada ciclo de reação compreende 3 etapas: ciclo 2 acoplamento 1. 2. (3) hidrólise ácida 3. vai para novo ciclo Reação da proteína com PITC, que se acopla ao grupo amino NH2- livre do aminoácido 1 (no exemplo, uma lisina, K); Hidrólise ácida da proteína conjugada com PITC libera a feniltiohidantoína (PTH) do aminoácido 1 e o restante da proteína, tornando o aminoácido 2 o novo resíduo N-terminal (no exemplo uma serina, S); Análise cromatrográfica do PTHaminoácido e novo ciclo de reação com o novo N-terminal da proteína. Sequenciadores automatizados fazem todas as etapas, com capacidade para realizar 30 ciclos por dia, a partir de 100-200 picomoles de proteína. análise cromatográfica (troca iônica ou fase reversa) Quando uma proteína possui mais de 20-30 resíduos de aminoácidos, não é possível sequenciá-la diretamente pelo método de Edman. Proteína Total 150 a.a 30 aa sequência obtida a partir da proteína intacta Para obter a sequência completa de uma proteína, é necessário sequenciar vários peptídeos da mesma proteína, obtidos por diferentes tipos de quebra da cadeia, até haver sobreposição de suas sequências. proteína inteira peptídeos método A peptídeos método B Diferentes métodos são utilizados para obter-se diferentes peptídeos da proteína: A) enzimas proteolíticas, como tripsina (quebra em resíduos de Lys ou Arg) e quimotripsina (quebra em resíduos de Phe); B) tratamento com brometo de cianogênio (quebra em Met); e outros. Sequenciamento de novo de proteínas por espectrometria de Para sequenciar proteínas é preciso obter o espectro MS/MS de seus peptídeos. hélio ou argônio Isso significa 2 etapas de MS acopladas. Depois de fazer o MS da molécula inteira, esta é fragmentada dentro do aparelho por colisão com gases. Os fragmentos são então separados e analisados por MS. os A ligação peptídica se quebra formando fragmentos típicos, como íons b e y mostrados na figura acima, que terão massas diferentes de acordo com o radical R de cada aminoácido. Espectro MS/MS do peptídeo tríptico GLSDGEWQQVLNVWGK. AA Codes Mono. AA Codes Mono. Gly G 57.021464 Asp D 115.02694 Ala A 71.037114 Gln Q 128.05858 Ser S 87.032029 Lys K 128.09496 Pro P 97.052764 Glu E 129.04259 Val V 99.068414 Met M 131.04048 Thr T 101.04768 His H 137.05891 Cys C 103.00919 Phe F 147.06841 Leu L 113.08406 Arg R 156.10111 Ile I 113.08406 CMC Asn N 114.04293 Tyr Y 163.06333 - - - Trp W 186.07931 161.01467 Analiza-se o espectro buscando diferenças de m/z equivalentes a um resíduo de aminoácido, que permitem conhecer a seqüência do peptídeos Síntese de peptídeos Quim. Nova, Vol. 27, No. 5, 781-789, 2004 H2N bloq 1. DNA recombinante 1. Química: uso de reagente químico para ativar o ácido carboxílico de um Nα-acilaminoácido, o qual sofre o ataque nucleofílico do grupo α- amino de outro aminoácido - indicado para sequências de até 20 aa. - estereo-isômeros, purificação dos produtos 3. Biocatálise: reversão da proteólise - diminuição da atividade da água no meio reacional reverte a ação de enzimas proteolíticas - termolisina, pepsina, subtilisina, tripsina, etc - vantagens:, não forma misturas racêmicas e sub-produtos, condições brandas COOH bloq Síntese de peptídeos Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonila) - protetor do grupo α- amino dos doadores de acila, estável ao ácido trifluoroacético (TFA) e lábil a bases orgânicas – todas as outras carboxilas são protegidas por reagentes lábeis ao TFA e estáveis a bases orgânicas Boc (t-butiloxicarbonila) - protetor do grupo α- amino dos doadores de acila lábil ao (TFA) – todas as outras carboxilas são protegidas por reagentes estáveis a este ácido e lábeis a ácidos inorgânicos fortes ou hidrogenólise. Síntese de peptídeos Robert B. Merrifield – Prêmio Nobel em Química em 1984 Síntese de peptídeos ELETROFORESE ELETROFORESE CONDIÇÕES QUE DETERMINAM A SEPARAÇÃO + 1. pH / tampão + 2. Suporte - papel : corrente alta (calor) uso para peptídeos e aminoácidos DT + + SUPORTE X pH MEIO - poliacrilamida: proteínas ac. nucleicos não desnaturante ou nativa desnaturante e redutor peso molecular composição de subunidades focalização isoelétrica: PI bidimensional - agarose: ácidos nucléicos Imunoeletroforese Proteínas nativas _ Reação de eletrólise da água • Uso de tampão concentrado + • Uso de indicador de pH como marcador de corrida: azul de bromofenol Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE) + persulfate polyacrylamide cuba vertical para mini-gel (10 X 8 cm) • 7 a 15% [acrilamida] – maioria das proteínas • [ ] mais baixas – gel muito mole – suporte com agarose • Gradiente de acrilamida – aumenta poder de resolução Ponto Isoelétrico Proteína Pepsina < 1.0 Ovalbumina (galinha) 4.6 Albumina Sérica (humana) 4.9 Tropomiosina 5.1 Insulina (bovina) 5.4 Fibrinogênio (humano) 5.8 g -Globulina 155.000 6.6 Colágeno 330.000 6.6 Mioglobina (cavalo) Hemoglobina (humana) Ribonuclease A (bovina) 18.000 64.000 7.0 7.1 7.8 Citocromoc (cavalo) 10.6 Histona (bovina) 10.8 Lisozima (galinha) 11.0 Salmina(salmon) 12.1 Separação na eletroforese nativa é influenciada pela carga, massa e forma da molécula SDS (dodecil sulfato de sódio A B C C A B + 2-mercaptoetanol Efeitos do SDS • desnaturação uniformiza a forma das proteínas; B C A • mascara a carga natural das proteínas no pH da corrida, fazendo com que todas moléculas migrem para o anôdo; • facilita o efeito de redutores SDS-PAGE Salmonella tiphymurium Determinação da massa molecular de proteínas Curva de calibração de SDS-PAGE a 15% Massa molecular (kD) Mobilidade relativa = distância percorrida pela banda X distância percorrida pelo marcador da corrida (-) 97.4 87.0 45.0 29.0 Mobilidade relativa (Rf) (+) 21.0 12.5 6.5 Eletroforese – focalização isoelétrica • migração através de um gradiente de pH • proteínas “focalizam” nos seus P.I. Anfólitos: Misturas de compostos poliaminados/policarboxilados (patenteados) Gel não tamponado polimerizado com anfólitos _ 1ª corrida: anfólitos criam gradiente 2ª corrida: amostras são aplicadas 3.0 Após a corrida: pedaços do gel são analisados quanto ao seu pH. 4.0 Aplicações: pH -Determinação do PI 5.0 -Isoformas da mesma proteína: - glicosilação - fosforilação - mutações pontuais 6.0 + Marcadores de P.I. conhecidos pH Eletroforese Bidimensional - Origem 3 3.5 4 PI 4.5 5 5.5 + 10 9 8 7 6 5 4 3 2 PM x 103 1a.dimensão: focalização isoelétrica - 2a.dimensão: SDS PAGE (perpendicular a 1a.) Proteínas com a mesma massa PROTEOMA: • análise simultânea de até 5.000 proteínas • permite comparação de todas as proteínas expressas por uma célula em dois momentos diferentes: • análise do efeito de hormônios, • análise do efeito de drogas; • estados fisiológicos (desenvolvimento); • condições patológicas diversas (vírus, bactérias,etc.) Proteínas com mesmo pI Eletroforese 2D de proteínas totais (proteoma) de Escherichia coli Gel nativo: sem fervura das amostras pode ter SDS no gel de separação •Conformação nativa, oligomerização •Zimogramas: estudos de enzimas, afinidade • Gel copolimerizado (gelatina, amido, etc) • Gel overlay (gel de agarose) • Proteínas nativas ou renaturadas no gel por remoção lenta do SDS por troca com detergente não iônico Antígeno B do Echinococcus granulosus Rhipicephalus microplus Cys-endopeptidase Multímeros de subunidades de 8 kDa Estrela et al, 2010 Comp. Biochem. Physiol 15% SDS-PAGE Monteiro et al., 2011 PLoS Neglected Tropical Diseases 12% SDS-PAGE- copolimerizado com 0.1 % hemoglobina - após corrida, retirada do SDS troca por Triton X-100 (3h) - incubação a pH 4,0, 18h/37oC. Urease de Canavalia ensiformis (hexâmero de 90 kDa) Superoxide dismutases from Metarhizium. anisopliae Ni2+ Cu2+ Zn2+ Hg2+ 3% PAGE Efeito de Cu2+ - precipitação Follmer & Carlini, 2005 Arch. Biochem. Biophys. 8.5% non-denaturing gels - atividade das SODs revelada Inibição da redução do NBT em presença de TEMED e riboflavina Tolfo Bittencourt et al., 2004 Res. Microbiol Métodos imunoquímicos aplicados a proteínas estrutura e propriedades de imunoglobulinas anticorpos policlonais e monoclonais: produção e purificação imunodiagnóstico: aglutinação X lise imunoprecipitação: difusão em gel, imunoeletroforese ELISA, Western blot imunohistoquímica e imunofluorescência Anticorpos são imunoglobulinas. Função Estrutura Cadeia H (pesada) – 50.000 d Cadeia L (leve) – 25.000 d antígeno Imunoglobulina Cadeia H Cadeia L g1 k ou l g2 k ou l IgG2 g2 k ou l IgG3 g4 k ou l IgG4 a1 k ou l a2 k ou l m k ou l IgM d k ou l IgD e k ou l IgE classe Sub-classe IgG IgG1 IgA IgA1 IgA2 Porção N-terminal das cadeias L e H ~ 120 aminoácidos variáveis restante da cadeia é constante anticorpo Complexo antígeno-anticorpo Mecanismos através dos quais os anticorpos executam as funções de defesa: - Neutralização (Ag solúveis) - Opsonização (Ag particulados) - Imunecomplexo (todos Ags) Produção de Anticorpos: imunização ativa Propagação clonal de linfócitos B ou plasmócitos Um linfócito B sempre produzirá imunoglobulinas para o mesmo antígeno, mas poderá variar a classe de anticorpos produzidos Anticorpos policlonais versus Anticorpos monoclonais Há vários determinante antigênico ou epitopo em uma proteína - tamanho: 5 a 6 aminoácidos - podem ser sequenciais ou conformacionais Produção de Anticorpos Monoclonais Reconhecimento de apenas um determinante antigênico tipo único de imunoglobulina Vantagens e desvantagens Imunoprecipitação Complexos Ag-Ac insolúveis - Precipitado é máximo na Zona de equivalência - Excesso de Ag ou de Ac Fazem complexos solúveis Imunoprecipitação em gel de agarose Imunodifusão dupla Permite comparar antígenos e detectar determinantes antigênicos em comum Identidade total Identidade parcial Ausência de identidade Proteínas bacterianas com afinidade por Imunoglobulinas - Servem como ligantes em matrix de afinidade - Servem como 2º.ligantes em testes imunoenzimáticos Recombinant Protein L Native Protein A Recombinant Protein A Recombinant Protein G Protein A/G Source Peptostreptococci Staphylococcus aureus Bacillus Streptococci Bacillus Molecular Weight 35,800 42,000 44,600 22,000 50,449 Number of Binding Sites for IgG 4 4 5 2 4 Albumin Binding Site no no no no no Optimal Binding pH 7.5 8.2 8.2 5 5-8.2 Binds to VLκ Fc Fc Fc Fc bead Imunobeads: adsorção complexo Ag:Ac Ensaios Imunoenzimáticos ou ELISA cor E S Ac 2º. ELISA sandwich + 2º.Ac + 1º.Ac + Ag +S cor placa Ag Abs (intensidade da cor) Ac 1º. Concentração do Ag ou Ac Padronização do ELISA ELISA Competitivo é adequado para identificação e quantificação tanto do antígeno como do anticorpo. (1) (2) Para a determinação de Ag, o Ag presente na amostra compete com Ag marcado com uma enzima, para se ligar ao Ac imobilizado. A cor desenvolvida na revelação é indiretamente proporcional à concentração de Ag na amostra. O Radioimunoensaio (RIA) baseia-se no mesmo princípio, utilizando Ag marcado com um radioisótopo para competir com o Ag frio presente na amostra. Variante para pesquisa do Ac - Quanto maior a concentração do antígeno a ser medido, maior será o deslocamento do antígeno marcado, permitindo a quantificação. Western blot Anticorpo secundário marcado com: - enzima - radioativo - fluorescente Imunofluorescência: -anticorpos marcados com diferentes fluoróforos vermelho (rodamina), verde (fluoresceína) GluR1 clusters in hippocampal cultured neurons MAP2-(neurons) and GFAP-(astrocytes) positive cells in hippocampal cell culture Presynaptic terminals showned by immunostainig of specifically presynaptic protein Synapsin in cultured hippocampal neuron