IF803 - Introdução à Biologia
Molecular Computacional
Profa. Katia Guimarães
2007/2
Conteúdo Programático
1. Visão geral da Biologia Molec. Computacional
2. Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de
DNA
3. Classificação de Seqüências Biológicas
4. Estruturas de Dados Biológicos e Busca em
Cadeias
5. Introdução à Biologia celular
6. Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas
7. Bancos de Dados Biológicos
Referências Bibliográficas
Handbook of Computational Molecular Biology.
Srinivas Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006.
An Introduction to Bioinformatics Algorithms.
Neil C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004.
Computational Molec. Biology - An Algorithmic Approach.
Pavel Pevzner - The MIT Press, 2000.
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes
and Proteins. A. Baxevanis & F. Ouellette - Wiley, 1998.
Introduction to Computational Molecular Biology.
J. C. Setubal & J. Meidanis - PSW Publ. Co., 1997.
Essential Cell Biology: An Intr. to the Molec. Biol. of the Cell.
Bruce Alberts et al. - Garland Pub., 1997.
Calendário Acadêmico
Início das aulas: 02/10/2007
Aulas: Terças, 10:00-12:00hs e Quintas, 08:00-10:00hs
Não teremos aula nos dias:
Quinta, 25/out -- Reunião geral do CIn
Quinta, 01/nov -- X-Meeting
Quinta, 15/nov -- Feriado Proclamação da República
Término das aulas: 24/01/2008
Projetos e Avaliação
O curso terá vários projetos que serão
introduzidos ao longo do semestre.
Eles vão requerer programação, de
preferência em: C, C++, Python ou Perl.
Alunos de Computação que não dominam
nenhuma destas linguagens e alunos de
outros cursos devem falar com a profa. Katia
sobre isso na primeira semana de aula.
Visão Geral da
Biologia Molecular Computacional
História
Ciências envolvidas
Estrutura e função do DNA, do RNA
e das proteínas
Tipos de Problemas Computacionais
Métodos da Biologia Computacional
Alinhamento de Seqüências e
Seqüenciamento de DNA
Replicação de DNA, Clonagem e
Construção de Bibliotecas
Alinhamento de duas seqüências
Alinhamento de múltiplas seqüências
Repeats, Contigs e Scaffolds
Alguns programas de montagem de DNA
(Phred/Phrap/Consed, CAP3)
Seqüenciamento de DNA
Uso de métodos
bioquímicos
para determinar
a ordem dos
nucleotídeos em
uma amostra.
Método
Chaintermination
Classificação de Seqüências Biológicas
Estrutura do DNA: Genes, intron, exons,
regiões reguladoras, sítios de ligação
Anotação de Seqüências
Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas
Tradução, transcrição e o código genético
Estruturas de Dados Biológicos e
Busca em Cadeias
Tries
Patricia
Suffix Trees
Suffix Arrays
Introdução à Biologia celular
Sinalização intra-celular
Regulação gênica
Expressão gênica
Análise de Dados de Micro-array
Redes de Genes
Complexos e processos metabólicos
Famílias de Proteínas e Predição de
Estruturas
Protein Data Bank (PDB)
Níveis de representação de proteínas
Domínios conservados e famílias de proteínas
Predição de estruturas de proteínas
Bancos de Dados Biológicos
Seqüências de DNA
Genomas
Seqüências de proteínas
Estruturas de proteínas
Interação proteína-proteína
Caminhos metabólicos
Microarrays
Diversos (SNPs, doenças)
Bancos de Dados Biológicos
NCBI / NLM / NIH
Gen Bank
Protein Data Bank
Europian Bioinformatics Institute