RESUMOS DO XXIV SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFPA - 2013: ISSN 2176-1213.
MÉTODO DE ENSAIO VIRTUAL E DINÂMICA MOLECULAR QM/MM APLICADOS NA BUSCA DE
MOLÉCULAS DA AMAZÔNIA COM POTENCIAL ATIVIDADE NA ENZIMA DIIDROOROTATO
DESIDROGENASE DA LEISHMANIA MAJOR
Jaqueline Bianca Carvalho DUARTE (Bolsista PIBIC/FAPESPA) - [email protected]
Curso de Engenharia Química, Faculdade de Engenharia Química, Instituto de tecnologia.
Prof. Dr. Fábio Alberto de MOLFETTA (Orientador) - [email protected]
Curso de Química, Faculdade de Química, Instituto de Ciências Exatas e Naturais.
A Leishmaniose atinge cerca de 14 milhões de pessoas no mundo. Estudos sugerem que a enzima
diidroorotato desidrogenase da Leishmania major (LmDHODH) é essencial para a sobrevivência dos
protozoários parasitos da Leishmaniose, o que torna esta enzima um potencial alvo no planejamento
de fármacos. Neste trabalho cerca de 700 estruturas catalogadas no Banco de Biomoléculas da
Amazônia (BMA), criado pelo Laboratório de Modelagem Molecular, foram submetidas à Docagem
Molecular na enzima LmDHODH através do programa eHits. Através da análise das energias e das
conformações foram selecionados os vinte melhores ligantes, e estes foram submetidos a análise de
interações de hidrogênio e hidrofóbicas. Posteriormente, foram selecionadas duas estruturas (ligantes
324 e 493) para serem submetidas à Dinâmica Molecular (DM) através do método hibrido QM/MM por
meio da biblioteca computacional fDynamo. Foram realizados 0,20 e 0,15 ps de simulação de DM
para os ligantes 493 e 324, respectivamente. O ligante 493 estabilizou seu valor de RMSD (Root
Mean Square Deviation) a partir dos 500 ns, já o ligante 324 estabilizou em torno de 1000 ns de
simulação, o que nos permite concluir que as estruturas apresentaram-se estáveis durante a
simulação da DM. Por meio dos cálculos de interação por resíduo foi possível observar que as
estruturas apresentaram interações hidrofílicas com os resíduos ASN68, SER130, ASN195 ASN128,
LEU72 e CYS131relatados na literatura como resíduos importantes para a LmDHODH. Além das
interações com os resíduos ALA20, LEU312, LYS195, ARG51, CYS131, LYS137 e GLU277 não
citados na literatura. Dessa forma, esses resíduos podem ser explorados na busca de novos
compostos contra a leishmaniose. Pode-se concluir que a docagem molecular foi eficaz ao alocar as
estruturas do BMA no sítio da enzima com boas energias de afinidade, além do que as estruturas
submetidas à Dinâmica Molecular apresentaram-se estáveis e mantiveram interações com resíduos
importantes na LmDHODH.
Palavras-chave: Docagem, Dinâmica, LmDHODH
Titulo do projeto do orientador: CONSTRUÇÃO DE UM BANCO DE DADOS DE MOLÉCULAS
OBTIDAS DE PRODUTOS NATURAIS DA AMAZÔNIA: CONTRIBUIÇÃO NA BUSCA DE
MOLÉCULAS BIOATIVAS PARA DOENÇAS TROPICAIS
Classificação do trabalho na Tabela de Áreas do Conhecimento no CNPq.
Grande-área: Ciências Exatas e Naturais
Área: Química
Sub-área: Química Teórica Computacional