2011-2012
Bioinformática
KEGG
Emanuel Teixeira
Nº24924
Bioengenharia
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and
Genomes.
• Enciclopédia de genes e genomas de Kyoto
• Fundação devida ao programa
genoma humano japonês em 1995
• Colecção online de bases de dados de genómica
para a análise das funções dos genes: genomas,
vias enzimáticas, produtos químicos biológicos e
redes de interacções moleculares nas células e
variantes específicas a determinados organismos…
2
http://www.kegg.jp/
http://www.genome.jp/kegg/
• Contem genomas completamente sequenciados
e outros parcialmente, porem estes contêm
anotações actualizadas a respeito das funções dos
genes
• Contem representações gráficas (processos
celulares i. e. metabolismo, transporte
membranar, transdução de sinal e ciclo celular)
3
• E ainda, aplicações principalmente em JAVA que
permitem “navegar” em mapas de genomas e
ferramentas de comparação de sequências
genéticas
KEGG
• Bases de Dados principais
•
•
•
•
•
4
KEGG
KEGG
KEGG
KEGG
KEGG
Pathway (vias e complexos)
BRITE
Module
Mapper
Atlas
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html
5
• Relaciona a informação conhecida sobre redes de
interacção molecular, genes e proteínas geradas
por projectos de genoma, compostos bioquímicos e
as suas reacções, dividindo-as pelas bases de dados
respectivas.
6
• KEGG Pathway
•
•
•
•
•
•
Metabolismo;
Processamento de informação genética;
Processamento de informação ambiental;
Processos celulares;
Doenças Humanas;
Desenvolvimento de medicamentos…
• (Trabalhos em curso: adicionar bases de dados ortológicas i.e.
arvores genealógicas)
7
http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
8
9
• Outras bases de dados relacionam
•
•
•
•
•
•
10
Compostos (moleculares, celulares…);
Medicamentos;
Reacções (celulares, dos medicamentos…);
Enzimas;
…
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html
11
12
drosophila melanogaster
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22