SIGNALINK DATABASE
Ana Raquel Nunes
Ricardo Fradique
Elisabete Alves
24392
24566
25983
MENTORES DA SIGNALINK DATABASE
Projecto desenvolvido por professores e estudantes das
seguintes instituições:
• Eötvös University
• Semmelweis University
• Hungarian Academy of Sciences
FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA
SIGNALINK
 Inicialmente…
- Vias de transdução de sinal independentes.
Actualmente…
- Grandes interações entre vias de sinalização;
- Necessidade de novas experiências, técnicas de
modelação, e formas de armazenamento.
FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA
SIGNALINK
• Fonte (seed) – proteínas e interações a partir de um pequeno
grupo de artigos de revisão;
• Pesquisa semi-automática da literatura para aprofundar as
proteínas e interações;
• Com critérios de arquivação manuais foram selecionadas
proteínas e interações dos resultados e adicionados às
“sementes”.
OBJECTIVO DA SIGNALINK DATABASE
Permitir análises
sistemáticas utilizando
uma rede das principais
vias de sinalização
intracelulares
Map of the JAK/STAT pathway in H. sapiens
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CARACTERÍSTICAS DA SIGNALINK DATABASE
CRITÉRIOS USADOS PARA DEFINIR E INCLUIR A
INFORMAÇÃO
•
1) Pesquisa de informação:
• Artigos de revisão;
• Bases de dados especificas : WormBase , FlyBase e UniProt;
• Resultados de pesquisa do IHOP , ChiliBot , e PubMed.
•
2) Seleção
• De interações que tiveram evidência direta e indireta a nível experimental.
•
3) Detalhes técnicos:
• Cada interação inserida teve de ser dirigida;
•
Os artigos analisados que descrevem as interações estavam eram os mais atuais.
• Para todos os trabalhos de revisão e cerca de 70% dos artigos foi examinado não só
o seu resumo como também o texto principal.
• Duas interações de sinalização entre as mesmas duas proteínas em direções opostas
são listadas separadamente na base de dados.
FINALIDADE DA SIGNALINK DATABASE
DEMONSTRAÇÃO
www.signalink.org