Molecular markers closely linked to
fusarium resistance genes in chickpea
show siginificant alignments to
pathogenes-related genes located on
arabidopsis chromosomes 1 and 5
Theoretical Applied Genetics
2003
Benko-Iseppon, A.M.; Winter,
P.; Huettel, B.; Staginnus, C.;
Kahl, G.
Marcadores moleculares ligados a
genes de resistência a fusarium em
grão-de-bico mostram alinhamentos
significativos a genes relacionado à
patogênese localizados em
cromossomos 1 e 5 de arabidopsis
Luiz Nali
Isaac Farias
Ferreira Neto
Resumo
Alinhamento
significativo
Populações resistentes
(cromossomo 1
e 5 de
Arabidopsis)
e suscetíveis (F7-F8)
SCAR
Seleção de primers
(DAF +BSA)
Busca de
Homologia
Excisão
Clonagem
Produto amplificado
Seqüenciamento
BLAST-X
Introdução
• Importância econômica
• Distribuição geográfica do Grão-de-bico
• Fatores limitantes de produção
• Situação atual do melhoramento e perspectivas
Objetivo
Mapeamento genético direcionado a
regiões de resistência a fusarium em
populações de grão-de-bico através de
análise de bulks segregantes
Material e Métodos
• ICC-4978 (parental resistente) X Cicer
reticulatum PI489777 (parental suscetível)
• 131 plantas de populações F7-F8 (RILs)
• Extração e quantificação de DNA
• Análise de bulks segregantes (BSA)
Amplificação de DNA
35 ºC
95 ºC
DAF
SCAR
Volume da
reação
15 µL
50 µL
Tampão
10x
1,5 µL
5 µL
MgCl2
2,5 mM
1,5 mM
dNTP-mix
10 mM
200 mM
Taq
polimerase
0,4 U
0,5 U
40 pmol
250 pmol
Temp. de
anelamento
35 ºC
62-65 ºC
DNA
15 ng
12 ng
Primers
Análise de ligações
Isolamento e clonagem
Qiaquick Kit
Vetor pGEM -T
E. Coli DH10-B, DH5-α ou
SURE
Eletroporação
Seleção de plasmídeos
Seqüenciamento dos fragmentos
Análise das seqüências (BLAST-X e
BLAST-N)
Resultados
2ª Etapa
1ª Etapa (12 indivíduos)
174 primers
432 primers
BSA + DAF
BR
Bs
174 primers polimórficos
Parentais
7RI
7SI
24 primers
19 primers selecionados
(Grupo de ligação 2 do Foc4 e foc-5)
Primers selecionados
BLAST-X de seqüências clonadas
Mapa de ligação (Mapmaker)
Primers SCAR derivados de marcadores DAF
a partir do PRIMER 3
Conclusões
• Os marcadores produzidos aumentaram a densidade de marcas nos
flancos do gene de resistência Foc-4;
• O fragmento oriundo do primer OP-P15-3 obteve similaridade à
proteína N-hidroxicinamol/benzotransferase (regulador de fitoalexina)
encontrado no cromossomo 5 na A. thaliana;
• Encontrou-se no fragmento do primer OP-P15-3 uma pequena
seqüência com função similar a uma proteína de resistência
(semelhante a um retrotransposon)
presente em A. thaliana e
Tabacum as quais são ricas em seqüências de leucina;
• O fragmento oriundo do primer OP-M20-3 possui similaridade ao gene
de reparo MutS2 existente no cromossomo 5 da A. thaliana;
• Alguns marcadores moleculares presentes no mesmo grupo de
ligação do gene de resistência ao Fusarium, apresentaram
alinhamentos significativos a genes relacionados a patogenicidade
localizados nos cromossomos 1 e 5 da A. thaliana;
• Por outro lado, não foi possível localizar nenhum marcador
suficientemente próximo aos loci de resistência (Foc-4 e Foc-5) para
permitir uma clonagem baseado no mapa.
Etapas futuras
Está sendo gerado uma biblioteca de BAC
para mapeamento físico com utilização de
SCARs, onde irá permitir a clonagem dos
genes de resistência.
Obrigado!!! Merci!!!
Thanks!!! Grazie!!!
謝謝!!! σας ευχαριστούμε!!!
dank u!!! ありがとう!!!
Danke!!! Gracias!!! Brigado
macho!!!