PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOTECNOLOGIA - UFSCar
BIT-903 - TÓPICOS AVANÇADOS EM BIOMOLÉCULAS
Profa. Dra. Ignez Caracelli (DF)
Prof. Dr. Julio Zukerman Schpector (DQ)
08 de junho de 2015
enviar até sexta 12 h, email [email protected]
EXERCÍCIO 7 – INTERAÇÕES LIGANTE BIOMOLÉCULA
1, Compare os dados obtidos para o Exercício 1 da Lista de Exercícios 6 mostrado a seguir com o arquivo
modelo bit-d-2015-1.msv ou (.dsv)
Figura 1. Átomos para desenhar ligações e interações.
2.
O que define um tipo de ligação?
3.
O que são forças intermoleculares?
4.
Qual a separação entre dois átomos de hidrogênio que são mantidos juntos por ligação covalente? e a
distância mínima se considerarmos as interações de van der Waals?
5.
Para um átomo, qual o número máximo de ligações covalentes? Qual o fator limitante para o numero de
ligações quando se trata de interações não- covalentes?
6.
Quais os “atores” das interações simples? (atores = entidades carregadas das quais as moléculas são
constituídas)
7.
O que é um dipolo permanente?
8.
Quais são as forcas simples? Qual a ordem de energia? Como é a variação do potencial U com a
temperatura T e com a distância r entre as entidades?
9.
O que são interações de van der Waals?
10. Dê exemplo de ocorrência de ligações de hidrogênio intracadeia e intercadeias em moléculas biológicas.
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11.
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Na Figura 3 é apresentado um esquema representativo de ligação de hidrogênio. Detalhe cada
item que aparece nesta figura. Quais as distâncias e ângulos típicos de uma ligação de hidrogênio?
Quais os átomos típicos envolvidos?
12.
É correto dizer que na Figura 3 está representada uma ponte de hidrogênio? Explique.
Figura 3. Esquema de uma ligação de hidrogênio.
Referências:
Ermondi, G.; Caron, G.: Recognition forces in ligand-protein complexes: Blending information from different sources.
Biochemical Pharmacology 72, 1633-1645, 2006.
Roseane Z. da Silva, R. Z, S Jr., E.F. A., Andrade, M. F. Ponte de Hidrogênio ou Ligação de Hidrogênio: eis a questão.
http://sec.sbq.org.br/cd29ra/resumos/T1907-1.pdf
EXERCÍCIO 8 – DNA
1. Fazer download das moléculas DNA-igA e DNA-igB
2. Abrir no programa gráfico.
3. Identificar as sequências de DNA:
DNA-igA
DNA-igB
Comparar e comentar sobre as sequências.
4. Construir a Figura 1: superfície do DNA-igB, ligante em stick.
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Dica: esconder (hide) o ligante e fazer a superfície somente do DNA, depois mostrar (show) o
ligante, marcar o ligante, e mostrar em stick.
5. Construir a Figura 2: centroides do ligante
Centroide 1: C5-C6-C7-C8-C11-C12
Centroide 2: C1-C2-C3-C4-C13-C14
Centroide das duas bases adenina da fita K.
Centroide da timina T20 da base L.
Medir distâncias entre centroides e identificar o tipo de interações quando forem possíveis.
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