Cálculo de Geometria Molecular
Thársis T. P. Souza∗
Instituto de Computação (IC - UNICAMP)
13083140, Campinas - SP
E-mail: [email protected]
Carlile Lavor
Departamento de Matemática Aplicada (IMECC - UNICAMP)
CP 6065, 13081-970, Campinas - SP
E-mail: [email protected]
RESUMO
Desde a descoberta da estrutura tridimenSIAM Journal on Optimization, 5
sional da molécula de DNA, o estudo de
835-857.
predição de estruturas tridimensionais moleculares vem mostrando-se de fundamental im- [3] A. Neumaier, Molecular modeling
teins and mathematical prediction
portância [3]. Com esta motivação, este tratein structure, SIAM Review, 39
balho objetiva o estudo do cálculo de geometria
407–460.
molecular relacionado ao ”Molecular Distance
Geometry Problem”(MDGP) [2].
O MDGP está associado a uma técnica
utilizada para o cálculo de estruturas de
proteı́nas chamada Ressonância Magnética Nuclear (RMN), que fornece as distâncias entre átomos próximos da molécula de proteı́na
[1]. O problema é, então, determinar as coordenadas cartesianas de todos os átomos da
molécula usando apenas as distâncias obtidas
por RMN.
Implementamos um algoritmo para resolver
o MDGP e já temos alguns resultados computacionais preliminares.
Referências
[1] Brünger, A.T., and Nilges, M., Computational challenges for macromolecular structure determination by X-ray crystallography and solution NMR-spectroscopy, Quarterly Reviews of Biophysics, 26 (1993), 49125.
[2] Hendrickson, B.A. , The molecule problem:
exploiting structure in global optimization,
∗
Bolsista de Iniciação Cientı́fica da FAPESP
(1995),
of proof pro(1997),