Modelo para codificação de narrativas
clínicas para uma ontologia de
domínio utilizando SNOMED CT
Priscilla Koppe
Edson José Pacheco
Percy Nohama
Stefan Schulz
Pontifícia Universidade
Católica do Paraná
Universidade de
Freiburg, Alemanha
INTRODUÇÃO

Crescente expansão de informações não estruturada em
prontuários eletrônicos

Necessidade de implementação de sistemas que lidam
com terminologias clínicas

Importância da codificação na comunicação eletrônica

Criação de regras para codificação
OBJETIVO


O objetivo da pesquisa é propor uma
metodologia para o mapeamento de texto livre,
especificamente de narrativas clínicas, para
SNOMED CT, através de regras de codificação.
Finalidade é a criação de um padrão-ouro para
permitir a avaliação de um sistema PLN
SNOMED CT


SNOMED CT é um vocabulário médico
padronizado que define o significado dos termos
médicos, visando melhorar a interoperabilidade
entre sistemas.
Inclui: sinais
sintomas
doenças
procedimentos
medicamentos
SNOMED CT




Os elementos básicos que compõem SNOMED CT
são:
Conceito: unidade básica de SNOMED CT. Cada
conceito é identificado por um código numérico
único, tem um nome único (Fully Specified Name) e um
conjunto de termos sinônimos (descriptions).
Hierarquias: são 19 as principais (ex: Disorder,
Procedure, Substance, Clinical findings, etc.);
Relações: associações entre conceitos, usadas para
formalmente definir e descrever um conceito
SNOMED CT
METODOLOGIA

120 sumários de alta oriundos da área de
cardiologia do Hospital de Clínicas de Porto
Alegre (HCPA) foram selecionados para a
efetuação da codificação do conteúdo

Utilização do Virginia Tech Browser

Desenvolvimento de uma estrutura tabular para
relacionar elementos do texto com conceitos
SNOMED
METODOLOGIA
Chunk
Context
Structure
HAS e
HIS
DM tipo 2
HIS
Polarity
Code
Observation
LIS
38341003
Hipertensão Arterial
Sistêmica
LIS
44054006
Diabetes Mellitus
41976001
cateterismo
Paciente
com história de
Submetido a
cat
que evidenciou
lesão suboclusiva
2929001
na coronária DA.
59438005
Realizado
angioplastia.
41339005
Recomendação na alta:
em caso de intercorrência,
UNC
vir à
UNC
emergência.
UNC
185265000
Descendente Anterior
METODOLOGIA

O processo de codificação foi realizado por dois
profissionais da área da saúde.

A composição de um guideline foi necessária para
dar suporte à criação de um padrão ouro de
codificação objetivando a avaliação de um
processo computadorizado de mapeamento
usando tecnologias de processamento de
linguagem natural.
GUIDELINE




As principais regras implantadas foram:
Somente use a hierarquia “Morphologies” se não houver
código correspondente nas hierarquias preferidas:
“Clinical Findings” ou “Procedure”;
Para codificar resultados de laboratório, utilize a
categoria “Observable concepts”;
Para codificar um medicamento, utilize o código
SNOMED CT referente a Substance ao invés de Product.
Ex: digoxin (substance) preferencialmente a digoxin
(product)
GUIDELINE



Para conceitos anatômicos, a SNOMED CT apresenta
sempre dois conceitos: “Entire X” e “ X structure ”.
Nesses casos, codifique o último, termo mais geral. Ex.:
“Right coronary artery structure” ao invés de “Entire right
coronary artery”;
Utilize conceitos SNOMED CT da categoria “Qualifier
value” apenas quando esta referir-se a características
importantes de outros conceitos. Ex.: “laterality,
episodicity, severity”;
Se um termo estiver presente na hierarquia SNOMED
CT “Anatomical concepts” e o mesmo conceito estiver nas
hierarquias “Clinical Findings” ou “ Procedure”, codifique
o termo obtido na “ Clinical Findings”;
RESULTADOS

Efetividade do Guideline através da avaliação da
concordância do trabalho de codificação realizado pelos
profissionais

12 sumários de alta foram aleatoriamente selecionados e
submetidos ao processo de codificação pelos dois
especialistas envolvidos nesta atividade

89% de concordância (Cohen’s Kappa)
DISCUSSÕES

Avaliação das discordâncias existentes:
Termo: “TABAGISTA”
DISCUSSÕES
Termo: “ELETROCARDIOGRAMA”
DISCUSSÕES
Termo: “SATURAÇÃO DE OXIGÊNIO”
DISCUSSÕES
Termo: “PARADA RESPIRATÓRIA”
DISCUSSÕES
Termo: “HEMATÚRIA”
DISCUSSÕES

Avaliação das concordâncias existentes:

Medicamentos
(Hierarquia
Substance):
Sinvastatina, Metoprolol, Captopril, Furosemida, etc.

Doenças (Hierarquia Disorder): Hipertensão
sistêmica, Diabetes mellitus, Cardiopatia isquêmica, etc.

Procedimentos (Hierarquia Procedure):
transluminal percutânea, Cateterismo, Rx
Ecocardiograma, etc.

Estruturas anatômicas (Hierarquia Body Structure):
Ventrículo direito, Septo cardíaco, Artéria coronária direita, etc.
Aspirina,
arterial
Angioplastia
de tórax,
CONCLUSÃO

O Guideline desenvolvido abordou tópicos
importantes para a obtenção de um resultado
satisfatório de codificação manual.

Com base no resultado alcançado com o
mapeamento manual, uma rotina automatizada
de mapeamento está sendo desenvolvida, com
base em ferramentas de processamento de
linguagem natural (PLN).