UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDONIA – UNIR Núcleo de Saúde - NUSAU Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental CARACTERIZAÇÃO ESTRUTURAL DE PEPTÍDEOS ANTIMICROBIANOS DA SECREÇÃO CUTÂNEA DE Leptodactylus knudseni E Leptodactylus chaquensis (ANURA: LEPTODACTYLIDAE) POR ESPECTROMETRIA DE MASSA José de Lima Cardozo Filho Porto Velho 2011 José de Lima Cardozo Filho CARACTERIZAÇÃO ESTRUTURAL E PREDIÇÃO DE ATIVIDADE ANTIMICROBIANA DE PEPTÍDEOS DA SECREÇÃO CUTÂNEA DE Leptodactylus knudseni E Leptodactylus chaquensis (ANURA: LEPTODACTYLIDAE) Dissertação apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental da Universidade Federal de Rondônia como requisito obrigatório para a obtenção do título de Mestre em Biologia Experimental. Orientador: Prof. Dr. Leonardo de Azevedo Calderon Porto Velho 2011 II FICHA CATALOGRÁFICA BIBLIOTECA PROF. ROBERTO DUARTE PIRES C2687 Cardozo Filho, José de Lima Caracterização estrutural e predição de atividade antimicrobiana de peptídeos d secreção de leptodactylus knudseni e leptodactylus chaquensis (anura: leptodactylidae José de Lima Cardozo Filho. Porto Velho, Rondônia, 2011. 78f. :il. Dissertação (Mestrado em Biologia) Fundação Universidade Federal de Rondônia / UNIR. Orientador: Prof. Dr. Leonardo de Azevedo Calderon. 1. Anfíbios 2. Peptídeos 3. Antimicrobianos 4. Doenças negligenciadas I. Calde Leonardo de Azevedo II. Título. CDU: 597.6 Bibliotecária Responsável: Ozelina Saldanha CRB11/947 III Aos meus pais. Por mostrar aos seus o valor do conhecimento e da honestidade. Às minhas irmãs. IV AGRADECIMENTOS Ao Kayano, amigo e mestre, por quem guardo profundo respeito e admiração. Agradeço-lhe pela amizade leal e fiel nas horas inglórias, bem como nas glórias das horas. Ao meu orientador, Professor Leonardo de Azevedo Calderon, pela belíssima oportunidade oferecida para que eu ingressasse no mundo científico e o conhecesse como ainda não o conhecia. Também, pela orientação prestada nesses dois anos; pelos vários momentos em que se dispôs de seu precioso tempo para discutir sobre os experimentos. Ao Professor Rodrigo Guerino Stábeli pelas tantas oportunidades viabilizadas. E para além das obviedades, lhe sou muito grato pelo referencial e a influência sobre minha insipiente carreira científica. Ao Carlos Bloch Jr, por permitir que eu ingressasse nas dependências do Laboratório de Espectrometria de Massa da EMBRAPA para a realização de trabalhos que constam nesta dissertação. Agradeço-lhe também pelas conversas e pela influência filosófica em minha caminhada. À Ângela, por ter participado de forma direta na obtenção dos resultados que compõem esta dissertação. À Kaynara, Kayena, João, Tiago, Rafael e Rodrigo (Simões), pelo companheirismo nas muitas horas laboratório e pela diversão desses momentos. Ao CEBio (as pessoas) por ter sido minha família nestes dois anos. V Ao Mestre Luciano, por ter colaborado com muitos dos trabalhos que geraram resultados apresentados nesta dissertação. Mas, principalmente, por ser um exemplo palpável de grandeza de caráter e conduta de formador. Também pela amizade e a imensa paciência que lhe é própria. À Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP) e Fundação de Tecnologia do Estado do Acre (FUNTAC), pelo fomento à pesquisa desenvolvida neste trabalho. À Universidade Federal de Rondônia (UNIR), Instituto de Pesquisas em Patologias Tropicais (IPEPATRO) e à Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária – Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN/ EMBRAPA) pela infraestrutura oferecida para que fosse possível realizar as atividades aqui constadas. Ao Senhor! VI A rational mind does not work under compulsion; it does not subordinate its grasp of reality to anyone’s orders, directives, or controls; it does not sacrifice its knowledge, its view of the truth, to anyone’s opinions, threats, wishes, plans, or ”welfare”. Such a mind may be hampered by others, it may be silenced, proscribed, imprisoned, or destroyed; it cannot be forced; a gun is not an argument. (An example and symbol of this attitude is Galileo). It is from the work and the inviolate integrity of such minds – from the intransigent innovators - that all of mankind’s knowledge and achievements have come. It is to such minds that mankind owes its survival. Ayn Rand, “Capitalism: The Unknown Ideal” A minha preocupação não está em ser coerente com as minhas afirmações anteriores sobre determinado problema, mas em ser coerente com a verdade. Mahatma Gandhi As verdadeiras reformas, as que têm a possibilidade de perdurar, são o resultado de uma profunda transformação das idéias e não de uma revolução. Gustave Le Bon He made his way to the border, in the shadow under the trees; down by a stream in a hollow, turn your head feel the breeze. And the red Queen was waiting for the news, for the white King to move and the balance hung upon the head of one who tried to stay within the shadows and keep his undercover secret tight… The Red Queen Theme (Pink Floyd) VII SUMÁRIO LISTA DE FIGURAS -------------------------------------------------------------------------------------- X LISTA DE TABELAS ------------------------------------------------------------------------------------- XI LISTA DE ABREVIATURAS -------------------------------------------------------------------------- XII RESUMO -------------------------------------------------------------------------------------------------- XIII ABSTRACT ------------------------------------------------------------------------------------------------XV 1 INTRODUÇÃO ------------------------------------------------------------------------------------------ 15 1.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pe ptídeos antimicrobianos ---------------------------------------------------------------------- 18 1.1.1 -------------------------------------------------------------------------------------------- Al vos de ação ----------------------------------------------------------------------- 21 1.1.1.1--------------------------------------------------------------------------------- M odelos de ação membranolítica ---------------------------------------- 21 1.1.1.2--------------------------------------------------------------------------------- M ecanismos de ação não membranolíticos ---------------------------- 29 1.2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pe ptídeos antimicrobianos dos Leptodactilídeos -------------------------------------------- 30 1.3 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- D oenças tropicais negligenciadas e o potencial biotecnológico dos peptídeos antimicrobianos ------------------------------------------------------------------------------- 32 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ O BJETIVOS ---------------------------------------------------------------------------------------------- 34 2.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- O bjetivos gerais --------------------------------------------------------------------------------- 34 2.2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- O bjetivos específicos --------------------------------------------------------------------------- 34 VIII 3 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ M ETODOLOGIA ---------------------------------------------------------------------------------------- 35 3.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- O btenção da secreção de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis --------- 35 3.2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Is olamento dos peptídeos ---------------------------------------------------------------------- 36 3.3 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Es pectrometria de massa e sequenciamento “de novo” ------------------------------------ 36 3.4 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- A nálises das sequências peptídicas ----------------------------------------------------------- 37 3.5 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Sí ntese dos peptídeos --------------------------------------------------------------------------- 38 4 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ R ESULTADOS ------------------------------------------------------------------------------------------ 40 4.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Se paração dos peptídeos ------------------------------------------------------------------------ 40 4.2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Es pectrometria de massa e sequenciamento “de novo” ------------------------------------ 42 4.3 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- A nálises de homologia e similaridade -------------------------------------------------------- 46 4.4 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pr opriedades estruturais ------------------------------------------------------------------------ 47 4.5 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Sí ntese química ---------------------------------------------------------------------------------- 51 5 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ DI SCUSSÃO ---------------------------------------------------------------------------------------------- 53 5.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pe rfis cromatográficos da secreção de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis --------------------------------------------------------------------------------------------------- 53 5.2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- A nálise teórica das propriedades estruturais das sequências obtidas --------------------- 54 IX 5.3 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pe rspectivas --------------------------------------------------------------------------------------- 58 6 CONCLUSÃO ------------------------------------------------------------------------------------------- 59 REFERÊNCIAS -------------------------------------------------------------------------------------------- 61 ANEXO I ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 76 ANEXO II --------------------------------------------------------------------------------------------------- 78 ANEXO III -------------------------------------------------------------------------------------------------- 81 LISTA DE FIGURAS Figura 1 – Distribuição das espécies de anfíbios no mundo -------------------------------------------- 16 Figura 2 – Ilustração do Pré-pro-peptídeo e os sítios de clivagem ------------------------------------- 19 X Figura 3 – Modelo mecanístico da seletividade dos peptídeos antimicrobianos --------------------- 23 Figura 4 - α-Hélice ideal do peptídeo KLAL ------------------------------------------------------------- 25 Figura 5 - Modelo barril (Barrel stave) -------------------------------------------------------------------- 26 Figura 6 – Modelo “carpet-like” ---------------------------------------------------------------------------- 27 Figura 7 - Modelo Shai-Matsuzak-Huang (SMH) ------------------------------------------------------- 29 Figura 8 - Modelo Ação de detergente (Detergent-like) ------------------------------------------------ 29 Figura 9 – Leptodactylus knudseni ------------------------------------------------------------------------- 35 Figura 10 – Leptodactylus chaquensis --------------------------------------------------------------------- 36 Figura 11 – Cromatograma do fracionamento da secreção de Leptodactylus knudseni ------------- 41 Figura 12 – Cromatograma do fracionamento da secreção de Leptodactylus chaquensis ---------- 41 Figura 13 – Espectro de fragmentação da ocellatin-K1 ------------------------------------------------- 43 Figura 14 – Espetro de fragmentação do PT1Oc-K1 ---------------------------------------------------- 43 Figura 15 – Espectro de fragmentação do PT2Oc-K1 ---------------------------------------------------- 44 Figura 16 – Espectro de fragmentação do PT3Oc-K1 --------------------------------------------------- 44 Figura 17 – Espectro de fragmentação do ocellatin-C1 ------------------------------------------------- 45 Figura 18 – Espectro de fragmentação do ocellatin-C2 ------------------------------------------------- 45 Figura 19 – Alinhamento da ocellatin-K1 com as demais ocellatins ---------------------------------- 46 Figura 20 – Alinhamento entre as estruturas primárias da ocellatin-K1, ocellatin-F1 e ocellatin-L1 45 Figura 21 – Alinhamento entre as estruturas de ocellatin-K1 e seus derivados ---------------------- 47 Figura 22 – Projeção da estrutura secundária do ocellatin-K1 utilizando como referência uma hélice ideal ----------------------------------------------------------------------------------------------------- 48 XI Figura 23 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do PT2Oc-K1 utilizando como referência uma hélice ideal ----------------------------------------------------------------------------------------------- 49 Figura 24 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do PT3Oc-K1 utilizando como referência uma hélice ideal ----------------------------------------------------------------------------------------------- 50 Figura 25 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do Ocellatin-C1 utilizando como referência uma hélice ideal ----------------------------------------------------------------------------------------------- 51 Figura 26 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do Ocellatin-C2 utilizando como referência uma hélice ideal ----------------------------------------------------------------------------------------------- 51 Figura 27 – Espectro de material bruto de síntese do ocellatin-K1 ------------------------------------ 52 Figura 28 – Cromatograma de purificação do ocellatin-K1 -------------------------------------------- 52 LISTA DE TABELAS Tabela 1 - Exemplos de famílias de peptídeos antimicrobianos ---------------------------------------- 21 Tabela 2 - Hidrofobicidade por resíduos de aminoácidos ----------------------------------------------- 24 XII Tabela 3 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para ocellatin-K1 - 47 Tabela 4 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para o PT2Oc-K1 48 Tabela 5 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para o PT3Oc-K1 49 LISTA DE ABREVIATURAS Tm – Temperatura de transição FC – Fosfatidilcolina XIII EM – esfingomielina FE – fosfatidiletanolamina FG – fosfatidilglicerol CL – cardiolipina FS – fosfatidilserina PAM – peptídeo antimicrobiano DNA – Ácido desoxiribonucleico RNA – Ácido ribonucleico TFA – Ácido trifluoroacético ACN – Acetonitrila HPLC – Cromatografia líquida de alta eficiência MALDI-TOF – Ionização por dessorção de laser assistida por matriz Fmoc – Cloreto de fluorenilmetoxicarbonil PT1Oc-K1 – Peptídeo truncado 1 de ocellatin-K1 PT2Oc-K1 – Peptídeo truncado 2 de ocellatin-K1 PT3Oc-K1 – Peptídeo truncado 3 de ocellatin-K1 <µH>x – Momento hidrofóbico médio <H> – Hidrofobicidade média <µH> x r – Momento hidrofóbico médio relativo RESUMO XIV Durante a evolução, os anfíbios anuros desenvolveram mecanismos eficientes de proteção contra invasão microbiana. Sua pele, além de proporcionar uma barreira física contra a entrada de microrganismos, possui glândulas especializadas na produção e secreção de moléculas: peptídeos, esteróides, aminas biogênicas, entre outras, que proporcionam uma barreira química contra infecção. A partir da década de 1960, vários estudos acerca da composição das secreções cutâneas de anfíbios evidenciaram o papel dos peptídeos como princípios ativos responsáveis pela atividade biológica destes venenos. De simples resíduos da degradação protéica, os peptídeos tiveram seu status científico elevado, surgindo então a peptidômica, levando à caracterização de uma grande variedade de novos e diferentes peptídeos bioativos com grande potencial aplicação biotecnológica. Nesta dissertação, são apresentadas estruturas primárias de peptídeos homólogos da família ocellatina a partir da secreção cutânea de leptodactilídeos amazônicos: Leptodactylus chaquensis e Leptodactylus knudseni, coletados no município de Porto Velho, Rondônia. As estruturas primárias foram obtidas via seqüenciamento de novo a partir de espectros de fragmentação em câmara de colisão de um espectrômetro MALDI-TOF/TOF (Bruker Daltonics, DE). Foram parcialmente elucidadas as estruturas de dois novos peptídeos em L. knudseni; um peptídeo homólogo a família ocellatina de peptídeos antimicrobianos, batizado de ocellatin-K1, apresentando 25 resíduos, massa de 2548,65 Da e amidação C-terminal, e um peptídeo homólogo aos estimuladores de agressividade em Leptodactylus, com 25 resíduos e 1600,69 Da. Adicionalmente foram identificadas três estruturas truncadas derivadas da ocellatin-K1, com os respectivos números de resíduos e massa: 23 e 2307,49 Da; 14 e 1495,88 Da; 7 e 818,54 Da. Os dois últimos são fragmentos C-terminais e conservam a amidação. Em L. chaquensis foram identificados dois novos peptídeos, ocellatin-C1 com 16 resíduos e 1718,23 Da, e ocellatin-C2, com 14 resíduos e 1310,00 Da. As estruturas primárias foram analisadas in silico para avaliação das propriedades físico-químicas relacionadas à atividade antimicrobiana, a saber, hidrofobidicade, momento hidrofóbico, helicidade, e carga líquida. Os parâmetros observados para ocellatin-K1, i.e., carga +3, alto momento hidrofóbico e helicidade, se assemelham aos observados em outros antimicrobianos da família. A ocellatin-C1 possui carga líquida igual a zero, baixa hidrofobicidade média e ângulo polar praticamente equivalente ao ângulo hidrofóbico, apresentando-se como um fraco candidato a agente membranoativo. Já o ocellatin-C2 é potencialmente um antimicrobiano, apresentando alto índice de momento hidrofóbico e carga + 2, semelhante a outras ocellatinas. Palavras-chave: Anfíbios; Peptídeos antimicrobianos; Doenças negligenciadas. XV ABSTRACT During the evolution, the anuran amphibians developed efficient defence mechanisms against microbial attack. Their skin, besides serving as a physical barrier to block the microbial invasion, has specialized glands for the production and secretion of molecules, i.e. peptides, steroids, biogenic amine, and others, that promote the chemical barrier against infection. Next to the 60’s end, several research studies appointed to the importance of the peptides as venom’s active principle, having central importance in the biological activity. From simple residues of the protein degradation, the peptides had theirs scientific status elevated. Then, the peptidomic science has beginning, leading to the characterization of a wide variety of new and different peptides with great potential application on biotechnology. In this work, are presented primary structures of peptides homologous to antimicrobial peptides obtained from skin secretion of Amazonian leptodatylidaes: Leptodactylus chaquensis and Leptodactylus knudseni, collected at Porto Velho city, state of Rondônia. The primary structures were obtained by de novo sequence from fragmentation spectra using a collision gas in a MALDI-TOF/TOF mass spectrometer (Bruker Daltonics, UK).Two new peptides were elucidated from L. knudseni skin: a peptide homologous to the ocellatin antimicrobial peptide family, named as ocellatin-K1, having 25 amino acid residues, 2548,65 Da and C-terminal amidation; and one peptide homologous to the LASP family, with 25 residues and 1600,69 Da. Additionally, were identified three structures truncated from ocellatin-K1: ocellatin-K1 (19-25), (13-25) and (1-23) having 818,54; 1495,88; 2307,49 Da, respectively. The last two are C-terminal fragments keep the amidation. In L. chaquensis, were identified two new peptides: ocellatin-C1, with 16 residues and 1718,23 Da; and ocellatin-C2, with 14 residues and 1310 Da. The in silico analyses of the peptides were performed in order to evaluate their physicochemical properties related to antimicrobial activity i.e. helicity, hydrophobicity, hydrophobic moment, and charge. The parameters obtained for ocellatin-K1 were similar to other antimicrobial peptides from the ocellatin family. Ocellatin-C1 has net charge equal to zero, low hydrophobicity low and polar angle next to hydrophobic angle, being a weak membrane-active candidate. Ocellatin-C2 shown high hydrophobic moment, +2 charge, similar to that presented by others ocellatins. Keywords: Amphibian; Antimicobial peptides; Neglected diseases. 15 1 INTRODUÇÃO A Amazônia é a maior floreta tropical do mundo (Barreiro, 2009), somando uma extensão de 5.500.000 Km2. Destes, cerca de 60% pertence ao território brasileiro e é conhecido como Amazônia Legal, que juntamente com a Mata Atlântica, Pantanal, Cerrado, Caatinga, Campos e Florestas Meridionais contribuem para que o Brasil seja detentor de um dos maiores bancos genético do planeta. Aproximadamente 20% de todas as espécies animais conhecidas do planeta encontram-se em território brasileiro. Em relação aos anfíbios, 875 espécies (SBH, 2010), o que corresponde a aproximadamente 15% das espécies estimadas no planeta (Figura 1), estando agrupadas em três ordens: Anura (sapos, rãs e pererecas), Caudata ou Urodela (salamandras) e Gymnophiona (cecílias ou cobras-cegas) correspondendo respectivamente a 88%, 9% e 3% do total (AMPHIBIAWEB, 2009). Somente a Amazônia legal abriga mais de 500 espécies, sendo relativamente comum a descrição de novas espécies (Giareta et al., 2000; Caldwell & Lima, 2003; S. B. H., 2011; Cunha & Nascimento, 1993; Ávila-Pires, 1995; Haddad & Abe, 1999; Silvano & Segalla, 2005). Os anfíbios passaram por diversas adaptações comportamentais, fisiológicas e morfológicas habitando ambientes aquáticos e terrestres ao longo da evolução (Barra & Simaco, 1995; Nascimento et al., 2003). Os anfíbios são seres relativamente frágeis, sendo predados especialmente por animais de maior porte. Dentre os mecanismos de defesa elaborados pelos dos anfíbios está a secreção produzida em glândulas especializadas na pele desses animais. Dois tipos principais de glândulas especializadas são encontrados na pele dos anfíbios: glândulas mucosas e granulares. As glândulas mucosas são responsáveis pela produção da secreção que mantém a superfície cutânea devidamente hidratada, recurso necessário à respiração cutânea. As glândulas granulares (glândulas serosas ou venenosas) cosintetizam, armazenam e co-secretam diferentes compostos de natureza peptídica, aminas 16 biogênicas e alcalóides, entre outros compostos com amplo espectro de atividade (Erspamer, 1994; Rollins-Smith et al., 2005). Assim, as secreções cutâneas de anuros são ricas fontes de moléculas bioativas que constituem não só uma barreira contra agentes infecciosos, mas também desorganizam a homeostasia de predadores potenciais (Nizet et al., 2001; Zasloff, 2002). As glândulas granulares estão distribuídas ao longo de todo o corpo dos anfíbios, embora, normalmente, estejam encontradas em maior número em torno da cabeça e do pescoço. Em razão da natureza passiva desse mecanismo de defesa, a secreção do conteúdo das glândulas granulares é usualmente deflagrada pelo contato ou por injúria ao animal. Figura 1 – Distribuição das espécies de anfíbios no mundo. Fonte: AMPHIBIAWEB (2009). O sistema imune dos anfíbios é altamente desenvolvido (Carey et al., 1999; RollinsSmith, 2001; Rollins-Smith & Cohen, 2004). A pele dos anfíbios é protegida tanto pela resposta imune inata como pela adaptativa. A última se caracteriza, principalmente, pela produção de anticorpos e respostas mediadas por linfócitos T. Esse tipo de resposta se desenvolve a partir do reconhecimento de algum antígeno específico pelas células apresentadoras de antígenos (macrófagos e células dendríticas) (Du Pasquier & Flajnik, 1990; Castell-Rodriguez et al., 2001). No caso dos vertebrados de sangue frio essas respostas são 17 elaboradas de forma bastante lenta. O sistema imune inato conta com mecanismos mediados por células (macrófagos, neutrófilos e células “natural killers”) (Manning and Horton, 1982; Horton et al., 1996, 1998, 2000, 2003), lise de patógenos mediada pelo sistema complemento (Green & Cohen, 1977; Grossberger et al., 1989; Lambris et al., 1995) e peptídeos antimicrobianos secretados (Simmaco et al., 1998; Zasloff, 2002; Rinaldi, 2002; Conlon et al., 2004). Há um número crescente de trabalhos dedicados à caracterização de sequências primárias, bem como caracterização funcional de peptídeos antimicrobianos isolados da pele de anfíbios (Calderon et al., 2010). Estes peptídeos apresentam tamanho que varia entre 10 a 46 resíduos de aminoácidos, exibindo potente atividade contra bactérias Gram positivas e Gram negativas, fungos, protozoários e vírus (Apponyi et al., 2004; Calderon et al., 2010; Conlon et al., 2004; Rinaldi, 2002; Simmaco et al., 1998; Zasloff, 2002.). Cada espécie possui peculiaridades na produção de seu arsenal de peptídeos, variando a atividade contra um amplo espectro de microorganismos (Amiche et al., 1999; Conlon et al., 2004). Alguns desses peptídeos são constitutivos enquanto outros têm sua síntese induzida em resposta a alguma infecção (Boman, Nilsonn & Rasmuson, 1972; Zasloff, 2002; Cunliffe & Mahida, 2004; Izadpanah & Gallo, 2005). Em virtude da emergência de microorganismos dotados de resistência múltipla a antimicrobianos, alem da infecção de pacientes imunodeficientes, em que os fármacos de uso corrente não têm apresentado sucesso, os peptídeos antimicrobianos têm surgido como alternativa para o desenvolvimento de novas ferramentas biotecnológicas (Calderon et al., 2010). Estes peptídeos variam consideravelmente em níveis estruturais, tamanho e espectro de atividade, mas a maioria dos peptídeos com aplicação potencial tem pronunciado caráter anfipático e caráter básico (Calderon et al., 2010). 18 1.1 Peptídeos antimicrobianos Antibióticos naturais são produzidos por organismos de diversos reinos e normalmente estocados em tecidos que estão constantemente em contato com patógenos. A produção desses compostos é constitutiva, ou, como no caso da cecropina em mariposas, deflagrada por infecções (Bechinger & Lohner, 2006). Estas moléculas são em sua maioria de natureza peptídica, e constituem um sistema de defesa inato que funciona como barreira química contra a invasão de microorganismos patogênicos e complementa o sistema imune adaptativo mediado por células altamente específicas, funcionando assim como um sistema secundário de defesa de rápida ação (Shai, 1999). Dentre todos os organismos produtores de peptídeos antimicrobianos, os anfíbios pertencentes à ordem anura constituem provavelmente a mais rica fonte de moléculas bioativas dentre os vertebrados. Estes peptídeos são encontrados em diversas famílias de anfíbios, sendo que espécies das famílias Ranidae e Hylidae se destacam em quantidade e diversidade de moléculas. Há um grau elevado de semelhança estrutural entre os peptídeos antimicrobianos de todas as espécies estudadas, indicando a possível existência de um ancestral comum (Vanhoye et al., 2003). Os peptídeos antimicrobianos são derivados do processamento de um precursor que contém uma seqüência sinal e uma pró-região acídica (Figura 2). As características dos precursores dos peptídeos de todas as espécies estudadas sugerem a conservação de um cassete secretor como uma provável convergência para agir de maneira ótima no ambiente no qual é produzido, contra uma ampla variedade de microorganismos locais e a um reduzido custo metabólico. Esse fato reforça a hipótese que um exón codificador de peptídeo sinal de vários precursores não relacionados surgiu nos primórdios da evolução dos anfíbios. Além disso, a conservação dessa seqüência sugere que a mesma deve possuir um papel adicional 19 ainda não descoberto (Charpentier et al., 1998; Hancock & Chapple, 1999). No caso dos anfíbios, a porção sinal do precursor direciona o peptídeo para o local apropriado na glândula. Quando o animal é estimulado, uma segunda protease remove a região ácida, liberando o peptídeo, o qual, após alguns minutos, é desativado por proteases, evitando a toxicidade para o animal. Modificações pós-traducionais podem ocorrer nos peptídeos sintetizados. Amidação C-terminal é um tipo de modificação pós-traducional bastante comum. No entanto, outras modificações acontecem com menor freqüência, como por exemplo, a isomerização de aminoácidos (Charpentier et al., 1998; Rinaldi, 2002; Pukala et al., 2006). Algumas dessas modificações possuem importância biológica já comprovada, como por exemplo, o papel determinante da amidação C-terminal sobre o mecanismo de ação de muitos peptídeos antimicrobianos (Nascimento et al., 2003). Figura 2 – Ilustração do Pré-pro-peptídeo e os sítios de clivagem. C – Cisteína; K – Lisina; R – Arginina. Fonte: Retirado e adaptado de Brand et al. (2007). A elevada variabilidade de peptídeos encontrados na secreção de anfíbios está provavelmente relacionada à diversidade dos patógenos com os quais estes animais entram em contato frequentemente. É importante lembrar que membros da família de peptídeos antimicrobianos são muitas vezes ativos contra microorganismos diferentes, implicando na sugestão de que o contato diferenciado com microorganismos exerceu um direcionamento seletivo que atuou na diferenciação desse grupo de moléculas durante a adaptação dos anfíbios aos diversos ambientes (Mor & Nicolas, 1994; Bechinger & Lohner, 2006). Os peptídeos antimicrobianos podem ser classificados de acordo com suas estruturas, 20 sendo distribuídos em três grupos principais, a saber: (1) peptídeos lineares que adotam conformação em α-hélice anfipática, mas estão ausentes resíduos de cisteínas (ex: magainins e dermaseptins); (2) peptídeos com ponte dissulfeto formando um loop C-terminal (ex: brevinins e esculetins) e; (3) peptídeos de 10-13 resíduos de aminoácidos (temporins), primeiramente isolados da Rana temporaria. Essa é uma classificação simplificada e generalista para ordenar os peptídeos antimicrobianos segundo informações estruturais. A cada ano são descobertos novos peptídeos com características estruturais únicas que acabam por constituir novas famílias (Tabela 1). Os peptídeos antimicrobianos produzidos na secreção de anuros possuem algumas características gerais, que são compartilhadas normalmente por um grande número de moléculas. Dentre estas características comuns aos peptídeos antimicrobianos estão: constituição por resíduos de L-aminoácidos; grande número de resíduos hidrofóbicos; presença de resíduos catiônicos que proporcionam carga positiva; conformação em α-hélice anfipática; 10–50 resíduos de aminoácidos; momento hidrofóbico alto e uma ampla face apolar em contraste com uma pequena face polar (Hancock & Chapple, 1999; Brogden, 2005; Conlon et al., 2005 e 2007). Entretanto, algumas estruturas seguem padrões diferenciados. Os bombinins, por exemplo, são pequenos peptídeos antibióticos que possuem diasteroisômeros, isto é, a posição do segundo aminoácido pode ser preenchida por uma D-Aloisoleucina. Essa conversão de quiralidade (L-Isoleucina para D-Aloisoleucina) acontece em virtude da existência de uma enzima identificada na secreção cutânea de Bombina sp. (Mignogna et al., 1993; Mollay et al. 2005). 21 Tabela 1: Exemplos de famílias de peptídeos antimicrobianos. Família Nome Plasticininas Sequência GLVNGLLSSVLGGGQGGGGLLGGIL Espécie Leptodactylus Referência Colon et al., 2009 laticeps Ocelatinas GVVDILKGAAKDLAGHLATKVMDKLL Leptodactylus Colon et al., 2009 laticeps Buforinas TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK Bufo Choet al., 2009 bufogargarizans Nigrocina-2 GLLGSLFGAGKKVACALSGLC Hylarana picturata Colon et al., 2008 Japocina-1 FFPLALLCKVFKKC Rana dybowskii Jin et al., 2009 Palustrina GLWDNIKNFGKTFALNAIEKLKCKITGGCPP Rana ornativentris Ohnuma et al., 2010 Dermatoxinas SLGGFLKGVGKALAGVGKVVADQFGNLLQAGQ Phasmahyla Rates et al., 2010 jandaia 1.1.1 Alvos de ação Muitos estudos têm sido realizados no intento de elucidar os mecanismos pelos quais os peptídeos antimicrobianos atuam em seus alvos. Atualmente há duas propostas de alvos para este grupo de peptídeos; a membrana, onde interagem desencadeando a desestabilização crítica de sua integridade física; e alvos intracelulares, onde exercem seus efeitos por eliciarem respostas específicas, tal que, levem o organismo alvo ao fenecimento. 1.1.1.1 Modelos de ação membranolítica Um grande número de moléculas interage com membranas biológicas provocando alterações estruturais detectáveis por metodologias específicas. Uma das principais grandezas passível de ser avaliada é o efeito decorrente da adsorção de moléculas na transição de fase entre os estados de gel e líquido cristalino de membranas (Sturtevant, 1982). Dado que as 22 interações entre as cadeias de ácidos graxos constituintes da membrana são do tipo “ordemdesordem” de longa distância, a interação com compostos exógenos e a inserção destes na membrana provoca alterações na ordem da estrutura organizacional das cadeias de hidrocarbonetos (Jain &Wu, 1977). Foi verificado, através das alterações no “Tm” (temperatura de transição), que a incorporação de moléculas em membranas pode aumentar ou diminuir a estabilidade de vesículas fosfolipídicas (Epand & Sturtevante, 1981). Além disso, a inserção de moléculas exógenas pode originar outros fenômenos, tais qual a indução da formação de subdomínios ou a abolição da transição de fase (Jain & Wu, 1977). A constituição da membrana dos microorganismos favorece a seletividade dos peptídeos antimicrobianos por organismos procarióticos. A diferença de composição na estrutura da membrana resulta na diferenciação das características físico-químicas da membrana dos procariotos em relação aos eucariotos. A membrana dos eucariotos é constituída principalmente pelos fosfolipídios: fosfatidilcolina (FC); esfingomielina (EM); fosfatidiletanolamina (FE); e esteróis, em que estes últimos são moléculas de carga neutra. Em contrapartida, a membrana dos microorganismos é composta por moléculas de carga negativa, tais como: fosfatidilglicerol (FG); cardiolipina (CL); e fosfatidilserina (FS), que atraem os peptídeos catiônicos. Além desse fator de seletividade, outras características como a distribuição e saturação de fosfolipídios e o potencial mais negativo das membranas interna e externa também contribuem com a interação com peptídeos antimicrobianos (PAMs) (Yeaman & Yount, 2003). Há um conjunto de propriedades relacionadas à estrutura dos peptídeos antimicrobianos que, integradas de modo bastante complexo, são determinantes para a atividade biológica desse grupo de peptídeos. São elas: cationicidade; α-helicidade; anfipaticidade; hidrofobicidade; e polaridade angular (Powers & Hancock, 2003). 23 Figura 3 – Modelo mecanístico da seletividade dos peptídeos antimicrobianos. Fonte: Zasloff, 2002. A cationicidade é uma propriedade fundamental na seletividade dos peptídeos antimicrobianos direcionando-os a uma interação com fosfolipídios carregados negativamente, como mostrado na Figura 3. A cationicidade é caracterizada por um elevado número de aminoácidos positivamente carregados distribuídos ao longo da face hidrofílica da hélice, que varia normalmente entre as cargas +2 a +9 nos peptídeos antimicrobianos. Contudo, há evidências de que o incremento excessivo da cationicidade pode reduzir a atividade antimicrobiana e aumentar atividade hemolítica (Dathe & Wieprecht, 1999). O momento hidrofóbico é representado pelo somatório dos vetores de hidrofobicidade de cada resíduo de aminoácidos perpendicular ao eixo de uma α-hélice ideal, em que o ângulo entre as cadeias laterais dos resíduos de aminoácidos está próximo de 100°, como mostrado na Figura 4. A helicidade descreve a propensão do peptídeo à estruturação em hélice anfipática e é determinada pela magnitude do momento hidrofóbico, resultando em cadeias polares alinhadas em uma face da hélice e resíduos hidrofóbicos dispostos na face oposta mantendo uma relação direta com o aumento do índice de momento hidrofóbico. Já o ângulo polar é uma medida da proporção relativa entre facetas polares e não-polares de um 24 peptídeo em α-hélice. Quanto maior o índice de ângulo polar menor é a superfície hidrofóbica do peptídeo. Estudos mostram que este tipo de estruturação dos peptídeos antimicrobianos ocorre quando há interação destes com a membrana devido a alterações no momento hidrofóbico e no ângulo polar (Conlon et al., 2007). Este tipo de estruturação favorece a interação entre os peptídeos e a estrutura anfifílica das membranas biológicas (Dathe & Wieprecht, 1999). O grau de helicidade e o momento hidrofóbico estão correlacionados também à toxicidade para células compostas por fosfolipídios neutros, sendo que o aumento dessas grandezas corresponde ao aumento da toxicidade (Yeaman & Yount, 2003). O momento hidrofóbico é uma propriedade pouco importante na permeabilização de membranas carregada, porém, no caso de membranas neutras é determinante (Dathe & Wieprecht, 1999). No estudo de Wieprecht et al. (1997) o aumento do momento hidrofóbico de análogos de magainin promoveu maior interação do peptídeo com a membrana em conseqüência da maximização das interações hidrofóbicas entre as cadeias acil dos lipídios e a porção hidrofóbica da hélice (Dathe et al., 1997; Blondelle et al., 1999; Dathe & Wieprecht, 1999). Conforme estudos realizados quanto menor o ângulo polar (e então uma grande superfície hidrofóbica) maior é a capacidade do peptídeo permeabilizar membrana e maior é a estabilidade dos poros formados na membrana (Yeaman & Yount, 2003). A hidrofobicidade corresponde à média dos índices de hidrofobicidade por resíduo, conforme a Tabela 2. A hidrofobicidade é uma grandeza que avalia a capacidade de um dado composto mover-se da fase aquosa para a fase hidrofóbica (Zhao, 2003). Logo, trata-se de uma grandeza de grande importância para a interação entre peptídeos e membranas biológicas (Yeaman & Yount, 2003). 25 Figura 4 - α-Hélice ideal do peptídeo KLAL. Ângulo de δ-100° entre os resíduos 1 e 2 Fonte: COSTA, 2006 Tabela 2. Hidrofobicidade por resíduos de aminoácidos. Em azul estão os resíduos carregados positivamente, em vermelho os resíduos carregados negativamente, em verde os resíduos polares e em preto os hidrofóbicos Fonte: Eisenberg et al., 1984. Aminoácidos Arg Lys Asp Glu Asn Gln His Ser Thr Pro Tyr Cys Gly Ala Met Trp Leu Val Phe Ile Hidrofobicidade -2,53 -1,50 -0,90 -0,85 -0,78 -0,74 -0,40 -0,18 -0,05 0,12 0,26 0,29 0,48 0,62 0,64 0,81 1,06 1,08 1,19 1,38 26 A seguir serão apresentados modelos específicos, atualmente propostos para explicar a atividade membranolítica dos peptídeos antimicrobianos: a) Modelo de “Barrel-Stave”; Este modelo propõe a formação de poros transmembrânicos a partir das moléculas de peptídeo. De acordo com este modelo (Figura 5), num primeiro momento há uma interação eletrostática entre o peptídeo e a membrana. Ao interagir com a membrana, as moléculas dos peptídeos se estruturam em α-hélice e se inserem através da membrana. Esses monômeros estruturados se organizam para a formação de poros. À medida que monômeros do peptídeo se agrupam há um aumento do tamanho do poro. A etapa crítica na formação do poro é a inserção do monômero do peptídeo na membrana, pois sua estruturação transmembrânica é normalmente desfavorável energeticamente (Shai, 2002). Figura 5 - Modelo barril (Barrel stave). Neste modelo, os peptídeos se inserem na bicamada de modo que as regiões hidrofóbicas do peptídeo se alinhem com as regiões do núcleo lipídico, onde as regiões hidrofílicas do peptídeo formem a face interior do barril. Regiões hidrofílicas do peptídeos são mostrados em vermelho, e as regiões hidrofóbicas em azul. Fonte: BROGDEN, 2005. 27 b) Modelo “Carpet-Like” Na explicação mecanística “Carpet-Like” (Figura 6), determinados peptídeos membranoativos são adsorvidos perpendicularmente sobre a membrana quando em altas concentrações formando uma estrutura assemelhada a um carpete. Assim como nos demais modelos, o primeiro contato entre peptídeos e membrana é mediado por interação eletrostática. Após essa interação inicial, os peptídeos se organizam de forma que a face hidrofílica da hélice-α fiquem em contato com a cabeça hidrofílica dos fosfolipídios enquanto a face hidrofóbica se orienta em direção à região hidrofóbica da membrana. Por fim, a formação da estrutura carpete, há o rompimento da curvatura da membrana, levando-a à desintegração. Isso não exclui a formação de poros transientes antes da desintegração da membrana (Shai, 2002). Figura 6 – Modelo “carpet-like”. Neste modelo, os peptídeos se ligam aos fosfolipídios da membrana e ocorre o alinhamento dos peptídeos de forma que os resíduos hidrofóbicos fiquem em contato com as cabeças dos fosfolipídios e reorientação dos peptídeos para o centro hidrofóbico da membrana. O resultado final é a desintegração da membrana em virtude da modificação da curvatura da mesma. Fonte: BROGDEN, 2005. 28 c) Modelo Shai-Matsuzak-Huang (SMH) Neste modelo (Figura 7), propõe-se que a membrana sofre alterações decorrentes da interação com peptídeos membranoativos. Assim, ao interagir com a membrana, os peptídeos deslocariam os fosfolipídios, possibilitando assim a entrada do peptídeo para o interior da célula. Da adsorção de peptídeos na face externa da membrana decorre a expansão desta e a aproximação dos fosfolipídios da face interna, fenômeno denominado de achatamento de membrana. Após a adsorção de um dado número crítico de moléculas numa posição perpendicular à membrana, ocorre a estruturação dos peptídeos em poros, sendo que essa mudança de conformação é direcionada energeticamente (Zasloff, 2002; Chen, 2002; Chen, 2003; Huang, 2006). Figura 7 - Modelo Shai-Matsuzak-Huang (SMH). Este modelo envolve a formação de um carpete de peptídeos na camada externa da membrana, integração do peptídeo à membrana e afinamento da camada externa e subsequentemente a formação de poros transientes. O próximo passo corresponde ao transporte de lipídios e peptídeos para a camada interna, implicando na difusão dos peptídeos para alvos intracelulares e finalmente no colapso da estrutura da membrana. Fonte: ZASLOFF, 2002. 29 d) Modelo de ação detergente Proposto por Bechinger & Lohner (Figura 8), considera que a atividade dos peptídeos antimicrobianos se deve a ação detergente dessas moléculas anfipáticas. É importante ressaltar que este modelo não exclui nenhum dos citados acima, contudo os engloba de forma pragmática (Bechinger & Lohner, 2006). Figura 8 - Modelo Ação de detergente (Detergent-like). Esse modelo propõe que os peptídeos intercalam entre os grupos fosfolipídicos da bicamada causando tensão, curvatura e micelização. Regiões hidrofílicas são mostradas em vermelho e hidrofóbicas em azul. Fonte: BROGDEN, 2002. 1.1.1.2 Modelos de ação não-membranolíticos Independentemente do mecanismo de ação, todos os peptídeos antimicrobianos interagem com a membrana nos primeiros instantes de contato. A partir desta etapa, ocorre ou o mecanismo desestabilização da estrutura da membrana, ou os peptídeos penetram na célula 30 onde podem deflagrar qualquer via de morte celular. Os alvos intracelulares podem ser os mais diversos possíveis, tais quais ligação ao DNA, inibição da síntese da parede celular, inibição da síntese de DNA, RNA e proteínas, inibição enzimática, ativação de autolisina, etc. 1.2 Peptídeos antimicrobianos dos Leptodactilídeos A família Leptodactlidae, composta por 95 espécies (FROST, 2008), é ainda pouco explorada quanto à investigação de peptídeos da secreção cutânea. Somente cinco classes de peptídeos foram descritas: ocellatins (Leptodactylus ocellatus - Nascimento et al., 2004); fallaxin (Leptodactylus fallax - Rollins-Smith et al., 2004); laticeptin (Leptodactylus laticeps – Conlon et al., 2006); pentadactylin (Leptodactylus pentadactylus – King et al., 2005); syphaxins (Leptodactylus syphax - Dourado et al., 2007) e ocellatin-V (Leptodactylus validus – King et al., 2008). Ocellatinas As ocelatinas constituem um grupo de moléculas catiônicas de tamanho aproximado, cerca de 20 a 25 aminoácidos, apresentando alto índice de similaridade entre si. Além disso, uma busca nos banco de dados de proteínas aponta para similaridade entre estas moléculas e outros peptídeos antimicrobianos, como as brevenins, dermaseptins e uperins. (Nascimento et al., 2004). Ocellatin-F1 (Fallaxin) O fallaxin, peptídeo de 25 aminoácidos, foi isolado em Leptodactylus fallax. O 31 fallaxin exibe atividade inibitória sobre o crescimento de bactérias Gram-negativas. Também apresentou atividade antibacteriana em Gram-positivas, no entanto, tal atividade somente foi demonstrada a partir de concentrações acima de 200 mM. Fallaxin demonstrou-se um agente dotado de baixa atividade hemolítica (Rollins-Smith et al., 2005). Ocellatin-L1 (Laticeptin) Encontrado na secreção de Leptodactylus laticeps, o peptídeo ocellatin-L1 (laticeptin) teve sua estrutura primária elucidada por Conlon et al (2006). (Gly-Val-Val-AspIle-Leu-Lys-Gly-Ala-Ala-Lys-Asp-Leu-Ala-Gly-His-Leu-Ala-Thr-Lys-Val-Met-Asn-LysLeu.NH(2). Laticeptin possui atividade antimicrobiana contra Gram-negativas e baixa atividade hemolítica. Contra bactérias Gram-positivas não apresentou atividade. Suas propriedades funcionais são decorrentes do baixo índice de anfipacidade na sua conformação hélice-α. Ocellatin-P1 (Pentadactilin) Pentadactylin é um peptídeo amidado de 25 aminoácidos isolado em Leptodactylus pentadactylus. O pentadactylin possui atividade antimicrobiana contra colônias de referência de bactérias Gram-negativas e Gram-positivas, mas a potência antimicrobiana é relativamente baixa, bem como sua atividade hemolítica (King et al.,2005). Ocellatin-S1 (Siphaxin) Cao et al. (2005) isolou e caracterizou peptídeos antimicrobianos da secreção de 32 Leptodactylus syphax. Foram estudados 3 peptídeos, sendo que 2 deles eram fragmentos da syphaxin, peptídeo amidado com 25 resíduos de aminoácidos. Ocellatin-V1 As ocellatins da secreção cutânea de Leptodactylus validus estão associadas com uma baixa atividade antimicrobiana ou com nenhuma atividade contra cepas bacterianas de E. coli e S. aureus. A análise da estrutura primária da ocellatin-V1 pelo método de Rost e Sander demonstra que o peptídeo também possui uma forte propensão a adotar estrutura conformacional em alfa hélice. 1.3 Doenças tropicais negligenciadas e o potencial biotecnológico dos peptídeos antimicrobianos As doenças tropicais negligenciadas arruínam a vida de cerca de 1 bilhão de pessoas no mundo e ameaçam a saúde de outros milhões mais. Estes antigos companheiros da pobreza acometem sociedades já enfraquecidas, frustrando o alcance das metas de desenvolvimento do milênio, bem como de resultados de desenvolvimento. A importância dessas patologias tem provocado uma moção de vários setores da sociedade através de investimentos na prevenção e controle deste grupo diverso de doenças (WHO, 2010). A malária é uma patologia causada por parasitas do gênero Plasmodium, que são transmitidos através da picada da fêmea do mosquito Anopheles. Estima-se que o número de casos de malária aumentou de 233 milhões em 2000 para 244 milhões em 2005, mas em 2009 esse número caiu para 225 milhões em 2009. O número de mortes em decorrência da malária decresceu de 985.000 em 2000 para 781.000 em 2009 (WHO, 2010). 33 A leishmaniose é causada por parasitas pertencentes ao gênero Leishmania. Os flebotomíneos são os vetores, sendo que as fêmeas infectadas transmitem os parasitas durante o repasto sanguíneo. Esta patologia ameaça a saúde de cerca de 350 milhões de pessoas, sendo que, cerca de 12 milhões de pessoas são frequentemente infectadas, constando da ocorrência de 1 a 2 milhões de novos casos por ano. A patologia pode assumir várias formas clínicas, porém a leishmaniose visceral é a forma mais severa em virtude de acometer órgãos vitais nas vítimas afetadas (WHO, 2010). Em vista desse quadro, os peptídeos antimicrobianos surgem como uma fonte alternativa na busca por candidatos a fármacos no combate a doenças causadas por microorganismos em virtude, principalmente, da diversidade verificada para esta classe de compostos. Na seara do combate às doenças negligenciadas, muitos AMPs prospectados na secreção cutânea de anuros possuem atividade contra diferente espécies de Leishmania, como é o caso do polipeptídio YY de Phyllomedusa bicolor e da Dermaseptin Hypo 01 de Phyllomedusa hypochondrialis. Ainda, a Dermasepetina S4 e seus derivados possuem comprovada ação contra Plasmodium falciparum (revisado por Calderon et al., 2009). Estes fatos corroboram com a ideia de prospecção molecular na secreção de leptodactilídeos em busca de moléculas que possam servir de modelo farmacológico no tratamento dessas doenças. Nesse contexto, a investigação sobre a presença de moléculas peptídicas antimicrobianas na secreção de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis apresentada neste trabalho representa uma etapa significativa no processo de descoberta de novos peptídeos bioativos que futuramente poderão ser usufruídos como ferramenta biotecnológica para o tratamento de patologias endêmicas negligenciadas ou, ainda, no tratamento de infecções causadas por cepas de microorganismos resistentes à terapêutica convencional. 34 2 OBJETIVOS 2.1 Objetivos gerais: Purificar e caracterizar a estrutura primária de peptídeos antimicrobianos presentes na secreção cutânea de Leptodactylídeos da Amazônia. 2.2 Objetivos específicos: Extrair a secreção cutânea de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis; Purificar peptídeos antimicrobianos por cromatografia de fase reversa em sistema HPLC; Realizar o sequenciamento “de novo” dos peptídeos; Analisar as sequências dos peptídeos caracterizados utilizando ferramentas de bioinformática; Sintetizar peptídeos quimicamente visando a caracterização de atividade biológica. 35 3 METODOLOGIA 3.1 Obtenção da secreção de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis Foram capturados 2 espécimes de Leptodactylus knudseni (Figura 9) e 3 espécimes de Leptodactylus chaquensis (Figura 10) no município de Porto Velho – RO, sob autorização para atividade com finalidade científica nº: 17983-2, emitida em 18 de setembro de 2009 pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis – IBAMA. Os animais foram identificados de acordo com as chaves taxonômicas e descrições disponíveis para cada grupo na Amazônia: Duellman, 1989, 1990; Rodrigues & Duellman, 1994; DE LA Riva et al., 2000. A secreção dos espécimes foi obtida mediante estimulação manual da pele dos animais seguida de lavagem com água Milli-Q. A secreção obtida foi filtrada em membrana com poros de 0,45 mm e imediatamente congelada em –86 °C. Após o congelamento, a amostra foi liofilizada e acondicionada em –20 ºC. 36 Figura 9 – Leptodactylus knudseni. Foto por: Leonardo de Azevedo Calderon. Figura 10 – Leptodactylus chaquensis. Foto por: Leonardo de Azevedo Calderon. 3.2 Isolamento dos peptídeos Uma alíquota de 2 mg do extrato da secreção de Leptodactylus knudseni foi ressuspendida em 500 µL de solução de ácido trifluoroacético (TFA Sigma Aldrich-USA) 0,1% + acetonitrila (ACN Sigma Aldrich- USA) 5% e centrifugada a 46,56 x g durante 30 minutos a 25 °C. Com o objetivo de separar os componentes da amostra foi procedida cromatografia de fase reversa em HPLC (cromatografia líquida de alta eficiência), cromatógrafo Akta System (Amersham Bioscience- USA), usando uma coluna Phenomenex Júpiter Proteo C12 90 Ǻ, 250 x 4.6 mm, 4 µm. A corrida foi configurada para executar um gradiente segmentado de 2 passos. O primeiro passo do gradiente foi de 5% a 70% de ACN em 35 minutos. O segundo passo foi de 70% a 95% em 10 minutos. As frações eluídas foram coletadas manualmente, congeladas e liofilizadas em Speed Vac. 3.3 Espectrometria de massa e sequenciamento “de novo” A análise da pureza, massa molecular e identidade dos componentes presentes nas amostras foram conduzidas mediante a utilização de espectrômetro de massa do tipo MALDI- 37 TOF/TOF modelo Ultraflex III (Bruker Daltonics, Alemanha) equipado com laser SmartBeamTM, controlado pelo software FlexControl 3.0. Para análise por MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization), as frações obtidas em cromatografia foram ressuspendidas em 30 µl de TFA 0,1% e em seguida homogeneizadas em solução saturada de Ácido α-ciano-4-hidroxicinâmico, numa proporção de 1 parte de amostra para 3 partes de matriz e distribuídas em placa do tipo Anchorchip 600 μm (384 poços) e secas à temperatura ambiente. Os espectros de MS e MS/MS foram obtidos no modo refletor com calibração externa com padrões de peptídeos. Espectros obtidos nas análises de MS/MS sob modo de operação LIFTTM foram manualmente interpretados utilizando os softwares FlexAnalysis (versão 3.0, Bruker Daltonics, Alemanha) e PepSeq (versão 3.3, MassLynx, USA). 3.4 Análises das sequências peptídicas A análise teórica das seqüências foram realizadas utilizando-se ferramentas disponíveis no Expasy Proteomics Server (http://expasy.org/tools/). A ferramenta BLAST foi utilizada na busca por similaridades da sequência determinada experimentalmente com os bancos de dados de estruturas primárias. A predição da estrutura secundária teórica dos peptídeos foi realizada através do uso do algoritmo HeliQuest (http://heliquest.ipmc.cnrs.fr/cgibin/ComputParams.py). O cálculo dos valores teóricos de hidrofobicidade e momento hidrofóbico foi executado pelo algoritmo (http://www.bbcm.univ.trieste.it/~tossi/HydroCalc/HydroMCalc.html). No HydroMCalc alinhamento das estruturas primárias dos peptídeos será utilizado o software Geneious. As estruturas primárias dos peptídeos apresentados nesta dissertação foram obtidas por sequenciamento de novo utilizando espectrometria de massa usando a técnica MALDI. Esta técnica apresenta vantagens de importância factível na caracterização estrutural de 38 compostos protéicos. No entanto, a tecnologia disponível em alguns equipamentos, inclusive o equipamento utilizado para a realização deste trabalho, ainda não é suficiente para permitir o discernimento entre massas de compostos distintos que se diferenciam por pequenos índices de massa. Este evento ocorre entre alguns aminoácidos isobáricos, a saber, entre Isoleucina (I) e Leucina (L), e entre Lisina (K) e Glutamina (Q). Então, quando da determinação da sequência por espectrometria de massa verifica-se a presença desses aminoácidos, há indefinição sobre o aminoácido que ocupa determinada posição. Nestes casos recorre-se a técnicas complementares para dirimir os possíveis equívocos na sequência. Neste trabalho, devido a problemas com a disponibilização de tais técnicas em tempo hábil, são apresentadas as sequências equívocas obtidas por espectrometria de massa. Portanto, as análises dos dados referentes às sequências considerarão a homologia entre outros peptídeos relacionados para destacar os motivos conservados dessas estruturas e determinar arbitrariamente quais aminoácidos equívocos podem ser supridos por homologia. No caso dos peptídeos cujos aminoácidos equívocos não puderem ser determinados por homologia, as análises das propriedades físico-químicas serão executadas para todas as possíveis sequências para um peptídeo. 3.5 Síntese dos peptídeos A síntese da ocellatin-K1 e de seus derivados foi realizada em colaboração com o grupo do professor Mário Sérgio Palma (UNESP-Rio Claro), utilizando a estratégia Fmoc de síntese linear em suporte sólido. Neste método, o primeiro α-aminoácido do peptídeo a ser introduzido, protegido em seu grupamento α-amino terminal e na sua cadeia lateral, quando necessário, foi acoplado quimicamente à resina. Em seguida foi procedida a reação de desproteção do grupo amino do aminoácido adicionado, e a síntese peptídica continua por 39 quantos ciclos forem necessários para completar a síntese. Concluída a síntese, foi realizada a clivagem por acidólise e o material foi purificado em coluna de fase reversa Phenomenex Júpiter C18, como descrito anteriormente (Barany & Merrifield, 1980). 40 4 RESULTADOS 4.1 Separação dos peptídeos A cromatografia do material de Leptodactylus knudseni em fase reversa resultou em 49 frações eluídas. Quando das análises em espectrometria no modo MS/MS, as frações 22, 32, 42, 43 e 49 (Figura 11) apresentaram peptídeos que mostraram padrão satisfatório de fragmentação do tipo b/y durante a etapa de sequenciamento “de novo”. Estas frações apresentaram tempos de retenção (em minutos) 18,8 (fração 22), 22,8 (fração 32), 26,5 (fração 42) e 26,8 (fração 43), sendo eluídas com 38%, 45%, 53%, 54% e 59% de ACN, respectivamente. A cromatografia referente ao material de L. chaquensis (Figura 12) gerou 21 frações. Somente nas frações 14 (Oc-C1) e 15 (Oc-2) (Figura 12) foram verificados peptídeos passíveis de sequenciamento. A fração 14 eluiu em 46% de ACN, enquanto a fração 15 eluiu em 48%. 41 Figura 11 – Cromatograma do fracionamento da secreção de Leptodactylus knudseni. Figura 12 – Cromatograma do fracionamento da secreção de Leptodactylus chaquensis. 42 4.2 Espectrometria de massa e sequenciamento de novo A análise por espectrometria de massa foi executada para todas as frações obtidas durante as cromatografias. Os peptídeos das frações que apresentaram sinal intenso no espectro obtido no modo MS foram submetidos à fragmentação em câmara de fragmentação LIFT. São apresentados aqui apenas os espectros de fragmentação dos peptídeos com padrão satisfatório de cisão das ligações peptídicas (gerando íons das séries b/y) e passíveis interpretação. Na fração 43 da cromatografia da secreção de L. knudseni foi identificada a ocellatin-K1, apresentando massa de 2547,65 Da e sequência GVVDILKGAAKDL/IAGHLASKVMNKI/L-NH2 (Figura 13). A perda de 17 Da no Cterminal indica a presença de amidação. Nas frações 22, 32 e 42 desta mesma cromatografia foram identificados fragmentos da ocellatin-K1 com sequências e massas monoisotópicas respectivas dadas a seguir: peptídeo truncado 1 de ocellatin-K1 (PT1Oc-K1) SKVMNKI/LNH2 (817,66 Da) (Figura 14); peptídeo truncado 2 de ocellatin-K1 (PT2Oc-K1) DL/IAGHLASKVMNKI/L-NH2 (1494,89 Da) (Figura 15) e peptídeo truncado 3 de ocellatin-K1 (PT3Oc-K1) GVVDILKGAAKDL/IAGHLASKVMN (2306,49 Da) (Figura 16). Na fração 49 foi identificado um peptídeo análogo de LASP (peptídeo estimulador de agressividade em Leptodactylus) de massa 1600,69 Da e sequência GI/LWDDI/LK/QAAAK/QK/QVVSSL/IASAAMEK/QL-NH2 (não mostrado). As frações 14 e 15 da cromatografia referente à secreção de L. chaquensis apresentaram os peptídeos ocellatin-C1 (1718,23 Da) (Figura 17) e ocellatin-C2 (1310,00 Da) (Figura 18), cujas sequências são GILDFFKGPVKNALAE e GLLGKGGLLAKVLA, respectivamente. 43 Figura 13 – Espectro de massa da fragmentação da ocellatin-K1, 2547,65 Da. Sequência: GVVDILKGAAKDL/IAGHLASKVMNKI/L-NH2 Figura 14 – Espetro de massa da fragmentação do PT1Oc-K1, 817,66 Da. Sequência: SKVMNKI/L-NH2 44 Figura 15 – Espectro de massa da fragmentação do PT2Oc-K1, 1494,89 Da. Sequência: DL/IAGHLASKVMNKI/L-NH2 Figura 16 – Espectro de massa da fragmentação do PT3Oc-K1, 2306,49. Sequência: GVVDILKGAAKDL/IAGHLASKVMN 45 Figura 17 – Espectro de massa da fragmentação do ocellatin-C1. Sequência: GILDFFKGPVKNALAE Figura 18 – Espectro de massa da fragmentação do ocellatin-C2. Sequência: GLLGKGGLLAKVLA 46 4.3 Análises de Homologia e Similaridade Para a elucidação da estrutura primária da ocellatin-K1, ocellatin-C1 e ocellatin-C2 recorreu-se a avaliação da homologia ente as ocellatins, e as posições equívocas das sequências foram preenchidas de acordo com o grau de similaridade entre as estruturas de ocellatins disponíveis na literatura. A primeira etapa da análise consistiu do alinhamento da ocellatin-K1, ocellatin-C1 e ocellatin-C2 com as estruturas das demais ocellatins e edição dos aminoácidos equívocos de acordo com o grau de homologia (Figura 19). Figura 19 – Alinhamento da ocellatin-K1 com as demais ocellatins. Retirado e modificado de Leite Jr. et al. (2010). Ao fim das primeiras análises, verificou-se a estreita relação estrutural existente entre as sequências de ocellatin-K1, ocellatin-F1 e ocellatin-L1 de Leptodactylus knudseni, L. fallax e L. laticeps (Figura 20), respectivamente. Figura 20 – Alinhamento entre as estruturas primárias da ocellatin-K1, ocellatin-F1 e ocellatin-L1 47 Na figura 21 está representado o alinhamento entre ocellatin-K1 e os fragmentos que dele se originaram (peptídeos truncados) e foram identificados e caracterizados. Figura 21 – Alinhamento entre as estruturas de ocellatin-K1 e de seus derivados 4.4 Propriedades estruturais A Tabela 3 mostra os valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para ocellatin-K1. Tabela 3 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para ocellatin-K1. Na linha em destaque por sombreamento encontra-se a sequência determinada por homologia. ID Sequência <µH> x <H> <µH> x r Ocelltin-K1 Leu-13/Leu25 GVVDILKGAAKDLAGHLASKVMNKL (NH2) 1.74 -0.74 0.27 Ocelltin-K1 Iso-13/Leu25 GVVDILKGAAKDIAGHLASKVMNKL (NH2) 1.71 -0.78 0.27 Ocelltin-K1 Leu-13/Iso25 GVVDILKGAAKDLAGHLASKVMNKI (NH2) 1.73 -0.78 0.27 Ocelltin-K1 Iso-13/Iso25 GVVDILKGAAKDIAGHLASKVMNKI (NH2) 1.7 -0.82 0.27 Para o ocellatin-K1 foi verificado que o número de aminoácidos hidrofóbicos perfaz 52% da sequência, independente da sequência. A carga líquida estimada para o peptídeo foi +3. A predição da estrutura secundária indica forte tendência para a formação de uma alfa hélice com ângulo polar bastante pronunciado (Figura 22). 48 Figura 22 – Projeção da estrutura secundária do ocellatin-K1 utilizando como referência uma hélice ideal. O peptídeo truncado de ocellatin-K1 de 817,66 Da (PT1Oc-K1) foi avaliado em mais de um algoritmo para computação de suas grandezas físico-químicas e verificação de estruturação secundária. Nessas investidas constatou-se que este peptídeo não é capaz de se estruturar em alfa hélice por possuir apenas 7 aminoácidos, portanto, demasiadamente curto para assumir conformação em hélice-α. Já sobre fragmento de 1494,89 Da (PT2Oc-K1) foi observado que 50% dos resíduos de aminoácidos da sequência são hidrofóbicos. A carga líquida estimada para o peptídeo foi +2. Os valores de momento hidrofóbico <µH>, hidrofobicidade <H> e momento hidrofóbico médio relativo para as sequências possíveis para ocellatin-K1 são mostrados no Tabela 4. A predição da estrutura secundária aponta para a formação de uma hélice-α (Figura 23). Tabela 4 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para o PT2Oc-K1. Na linha em destaque por sombreamento encontra-se a sequência determinada por homologia e utilizada na análise de projeção de estrutura secundária. ID Sequência <µH> x <H> <µH> x r PT2Oc-K1 Leu-2/Leu14 DLAGHLASKVMNKL (NH2) 2.88 -0.72 0.46 PT2Oc-K1 Iso-2/Leu14 DIAGHLASKVMNKL (NH2) 2.89 -0.79 0.46 PT2Oc-K1 Leu-2/Iso14 DLAGHLASKVMNKI (NH2) 2.81 -0.79 0.44 PT2Oc-K1 Iso-2/Iso14 DIAGHLASKVMNKI (NH2) 2.83 -0.86 0.45 49 Figura 23 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do PT2Oc-K1 utilizando como referência uma hélice ideal. O PT3Oc-K1, maior fragmento de ocellatin-K1 (2306,49 Da) não apresentou amidação no C-terminal e a sua carga líquida estimada foi +1. A sequência é constituída por 52% de resíduos de aminoácidos hidrofóbicos e os valores computados de algumas grandezas físico-químicas das sequências possíveis para PT3Oc-K1 são apresentados no Tabela 5. Além disso, foi prevista a estruturação da molécula em hélice-α (Figura 24). Tabela 5 – Valores do momento hidrofóbico médio (<µH> x), hidrofobicidade média (<H>) e do momento hidrofóbico médio relativo (<µH> x r) para as sequências possíveis para o PT3Oc-K1. Na linha em destaque por sombreamento encontra-se a sequência determinada por homologia e utilizada na análise de projeção de estrutura secundária. ID Sequência <µH> x <H> <µH> x r PT3Oc-K1 Leu-13 GVVDILKGAAKDLAGHLASKVMN 2.29 -0.8 0.36 PT3Oc-K1 Iso-13 GVVDILKGAAKDIAGHLASKVMNK 1.74 -1.22 0.27 50 Figura 24 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do PT3Oc-K1 utilizando como referência uma hélice ideal. Para o ocellatin-C1 foi verificado alto índice de hidrofobicidade média de (<H>) 0,09 e a carga líquida do peptídeo foi estimada em 0. A predição da estrutura secundária indica forte tendência para a formação de uma hélice-α com ângulo polar bastante pronunciado (Figura 25), em acordo com o valor do momento hidrofóbico médio (<µH> x) 2.99. Já o ocellatin-C2 apresentou hidrofobicidade média de (<H>) 1.49 e carga líquida +2. Um índice de 2.16 foi verificado para o momento hidrofóbico médio, bem com a predição da estruturação em hélice-α (Figura 26). 51 Figura 25 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do Ocellatin-C1 utilizando como referência uma hélice ideal. Figura 26 – Projeção da estrutura secundária (hélice-α) do Ocellatin-C2 utilizando como referência uma hélice ideal. 4.5 Síntese química Depois de sintetizada, a ocellatin-K1 foi analisada para verificação do rendimento da síntese e pureza (Figura 27). Em seguida o material foi submetido à cromatografia para 52 purificação do ocellatin-K1 (Figura 28), sendo verificada a pureza desta por espectrometria de massa (dado não mostrado). Figura 27 – Espectro do material bruto de síntese do ocellatin-K1. As massas 850,159 Da e 637,86 Da correspondem à tripla e quádrupla cargas do ocellatin-K1 (2547,65 Da). Figura 28 – Cromatograma de purificação do ocellatin-K1 sintético. 53 5 DISCUSSÃO 5.1 Perfis cromatográficos da secreção de Leptodactylus knudseni e Leptodactylus chaquensis O gênero Leptodactylus tem sido reconhecido como rica fonte de moléculas com atividade antimicrobiana. O cromatograma de L. knudseni se mostrou um exemplo clássico dessa diversidade molecular apresentada pelos leptodactilídeos. Quando comparado a dados presentes em literatura, o perfil cromatográfico mostra alta similaridade na eluição dos compostos (Nascimento et al., 2004; Rollins-Smith et al., 2004; Conlon et al., 2006; King et al., 2005; Dourado et al., 2007; King et al., 2008). Nas análises posteriores verificou-se que na maioria das frações eluídas podem ser encontrados peptídeos que, infelizmente, não puderam ser seqüenciados neste trabalho, mostrando as potencialidades da química combinatorial natural proveniente da pele desses anuros. Sob a ótica de bioprospecção de ativos potencialmente utilizáveis no combate a doenças tropicais, isto abre precedentes para outras investidas sobre a secreção de L. knudseni com o propósito de caracterizar a vastidão peptídica ali existente através de outras técnicas que viabilizem os trabalhos de elucidação da estrutura primária desses peptídeos. No caso da secreção de L. chaquensis, através do cromatograma observa-se uma relativa “pobreza” molecular, sendo especulada a possibilidade de degradação do material, visto que perfil cromatográfico apresentado se distingue completamente daquele verificado para a secreção de outros leptodactilídeos, inclusive de L. knudseni, que é encontrado na mesma área geográfica que os espécimes de L. chaquensis utilizados neste estudo. 54 5.2 Análise teórica das propriedades estruturais das sequências obtidas A busca em banco de dados demonstrou que o peptídeo caracterizado neste trabalho (ocellatin-K1, 25047,65 Da) possui grande similaridade estrutural com as ocellatins, classe de peptídeos antimicrobianos caracterizados a partir da secreção de espécies do gênero Leptodactylus. Através do grau de homologia determinou-se a estrutura da ocellatin-K1: GVVDILKGAAKDLAGHLASKVMNKL(NH2). O ocellatin-K1 apresentou variação do índice de hidrofobicidade média (<H>) calculada entre -0,74 e -0,82 (Quadro 3), índice desejável do ponto de vista funcional dos peptídeos antimicrobianos demonstrando propensão à atividade membranoativa da molécula quando comparada com os índices de ocellatin-1(<H> -0,29), ocellatin-V1(<H> -0,71), ocellatin-F1 (<H> -0,78) e ocellatin-S1 (<H> -0,6). Entre 4 possíveis estruturas para o ocellatin-K1 aquela determinada por homologia apresenta o menor índice, enquanto aquela em que a isoleucina é substituinte nas posições 13 e 25 possui o menor índice de hidrofobicidade média (-0,82), refletindo a alta hidrofobicidade da isoleucina em relação à leucina. Estudos acerca da influência da hidrofobicidade sobre a membranoatividade comprovam que o aumento da hidrofobicidade correlaciona-se com o aumento da permeabilização de bicamadas “zwiteriônicas”, implicando, desta feita, em elevação da atividade hemolítica (Zhao, 2003; Yeaman et al., 2003). Isto demonstra que a hidrofobicidade pode ser um parâmetro avaliador da atividade de determinado peptídeo sobre membranas neutras nos casos de predição de atividade antimicrobiana (Kwon et al.,1998). Além disso, o estudo de Wieprecht et al. (1997) mostra ainda uma pequena redução da propriedade antimicrobiana com o aumento da hidrofobicidade. O momento hidrofóbico médio (<µH>x) computado para ocellatin-K1 variou entre <µH>x 1,70 e <µH>x 1,74, de acordo com a possível sequência (Quadro 3). Como a magnitude de µH mede a anfipaticidade dos peptídeos há uma estreita relação entre o 55 momento hidrofóbico e a helicidade, fatores determinantes para a membranoatividade, de tal forma que o aumento destas grandezas representa um respectivo aumento da atividade/toxicidade do peptídeo (Yeaman & Yount, 2003). A estrutura primária do ocellatinK1 apresentou <µH>x 1,74. Isto indica um equilíbrio na razão atividade/toxicidade, posto que, da família de peptídeos ocellatins, o ocellatin-1 apresenta o maior índice (<µH>x 2,23) e o ocellatin-S1 o menor (<µH>x 1,56), enquanto a ocellatin-F1 <µH>x 1,71. Pragmaticamente, estes dados podem ser melhor observados ao analisar visualmente a figura 21, verificando-se a disposição dos aminoácidos na projeção da estrutura secundária do ocellatin-K1 e o grau de anfipaticidade estrutural dela decorrente. A variação de hidrofobicidade e momento hidrofóbico calculados para o ocellatin-K1 decorre da alteração da sequência nos pontos definidos (nas posições 13 e 25. Isso mostra o grau de influência das modificações sobre a estrutura primária sobre importantes grandezas determinantes para a atividade antimicrobiana. Outros importantes indícios estruturais da propriedade antimicrobiana da ocellatin-K1, é a carga líquida estimada de +2, e a amidação C-terminal e independente da modificação dos aminoácidos Leucina-13 e Isoleucina-25 por Isoleucina e Leucina, nas 4 combinações possíveis. A cationicidade é um elemento determinante no direcionamento da interação com os fosfolipídios carregados negativamente, ou mesmo, na repulsão daqueles carregados positivamente, sendo, portanto, um fator seletivo para a atuação dos peptídeos. Como nos peptídeos antimicrobianos essa grandeza varia ente +2 e +9 (Dathe & Wieprecht, 1999), no caso específico do ocellatin-K1 é possível prever sua a forte tendência seletiva para membranas carregadas negativamente. A análise teórica a respeito da atividade antimicrobiana do menor peptídeo truncado do ocellatin-K1 (PT1Oc-K1, 817,66 Da) indica uma tendência negativa por ser demasiadamente curto, a saber, 7 resíduos de aminoácidos. Os peptídeos antimicrobianos caracterizados em secreções de anfíbios possuem em média 10-50 resíduos (Hanckock & 56 Chapple, 1999; Brogden, 2005). A ausência de atividade antimicrobiana, caso confirmada por modelos experimentais práticos, deve-se possivelmente à incapacidade do PT1Oc-K1 estruturar-se em hélice, propriedade essencial para a interação com membranas biológicas (Dathe & Wieprecht, 1999). O alinhamento entre PT1Oc-K1 e ocellatin-K1 (Fig. 12) mostra que a fragmentação ocorreu na posição 18-19 do peptídeo original (ocellatin-K1), sendo que o fragmento encontrado e caracterizado (PT1Oc-K1) encontra-se na região C-terminal, e a porção complementar na extremidade contrária. A avaliação teórica de algumas propriedades físico-químicas de PT2Oc-K1 (peptídeo truncado 2 da ocellatin-K1, 1494,89 Da) aponta para uma provável atividade antimicrobiana. O PT2Oc-K1 corresponde ao fragmento da região C-terminal compreendendo os aminoácidos da posição 12 à 25, apresentando uma amidação em sua extremidade C-terminal. A carga líquída calculada para o peptídeo foi +2, um elemento determinante na produção do efeito membranolítico (Strandberg et al., 2007). O PT2Oc-K1 apresentou hidrofobicidade média (<H>) calculada variando entre -0,72 e -0,86 (Quadro 4), demonstrando um elevada tendência membranoativa, visto que a hidrofobicidade pode ser um parâmetro avaliador da atividade de determinado peptídeo sobre membranas neutras nos casos de predição de atividade antimicrobiana (Kwon et al.,1998). A hidrofobicidade média apresentada pelas possíveis sequências foi bastante semelhante ao índice verificado nas respectivas sequências do peptídeo inteiro dos quais se originaram. O momento hidrofóbico médio (<µH>x) computado para PT2Oc-K1 variou entre <µH>x 2,81 e <µH>x 2,89, de acordo com a possível sequência. Isto indica que a modificação estrutural gerada pela quebra do ocellatin-K1 no sítio 12/13 provocou um aumento teórico da atividade e toxicidade em relação ao peptídeo inteiro, que apresenta momento hidrofóbico médio (<µH>x) avaliado entre <µH>x 1,70 e <µH>x 1,74. O PT3Oc-K1 (peptídeo truncado 2 da ocellatin-K1) (2306,49 Da) corresponde ao fragmento N-terminal gerado por cisão entre os resíduos 23 e 24 da ocellatin-K1. O PT3Oc- 57 K1 possui carga líquida calculada +1, contudo não apresenta amidação C-terminal. A maioria dos estudos com peptídeos antimicrobianos naturais mostram que a presença da amidação Cterminal, apesar de aumentar atividade membranolítica, não necessariamente representa uma condição exigida para o efeito antimicrobiano. O PT3Oc-K1 apresentou hidrofobicidade média (<H>) calculada variando entre <H> -0,8 e <H> -1,22 (Quadro 5), valores considerados bons indicadores para a atividade sobre membranas biológicas. Índices de hidrofobicidade altos estão relacionados com um respectivo aumento da permeabilização de bicamadas zwiteriônicas, implicando, desta feita, em elevação da atividade hemolítica (Zhao, 2003; Yeaman et al., 2003). O contrário, a redução da hidrofobicidade, leva à redução da propriedade antimicrobiana com o aumento da hidrofobicidade (Wieprecht et al.,1997). O momento hidrofóbico médio (<µH>x) computado para PT3Oc-K1 variou entre <µH>x 1,74 e <µH>x 2,29, de acordo com a possível sequência, valores que demonstram um alto coeficiente teórico de atividade e toxicidade. Para o ocellatin-C1, apesar de apresentar em sua estrutura elevado número de resíduos hidrofóbicos apresentou baixa hidrofobicidade (índice calculado: (<H>) 0,09). Isto ocorreu em virtude da presença de um alto número de resíduos de aminoácidos carregados, fazendo com que a hidrofobicidade média caísse. Como foi dito anteriormente, a hidrofobicidade é um agente determinante na atividade antimicrobiana de peptídeos membranolíticos, de forma que quanto maior é a hidrofobicidade tanto maior será a atividade ou a toxicidade do peptídeo. No caso específico do ocellatin-C1, além de apresentar baixa hidrofobicidade, a carga líquida computada para o peptídeo foi 0. Todos estes dados tornam o ocellatin-C1 um fraco candidato a peptídeo antimicrobiano, embora não possa ser descartada a possibilidade desse peptídeo agir de modo membranolítico, visto que sua estruturação em hélice-α foi predita e corroborada por um elevado índice de momento hidrofóbico médio (<µH> x) 2,99. Já o ocellatin-C2 apresentou valores animadores. Sua hidrofobicidade média 58 foi consideravelmente alta (<H>) 1,49), assim como sua carga líquida +2 é interessante do ponto de vista da seletividade desejada para peptídeos antimicrobianos. Um índice hidrofóbico médio de 2,16 contribui definitivamente com a candidatura do ocellatin-C2 a peptídeo antimicrobiano, a que soma-se a predição de estruturação em hélice-α. 5.3 Perspectivas A ocellatin-K1 foi sintetizada e purificada. A partir de agora deverão ser realizados os testes biológicos para averiguação de suas atividades antibacteriana, leishmanicida e plamosdicida. Em vista das análises in silico, são esperados resultados positivos nas análises das propriedades funcionais que se seguirão ao presente momento. Espera-se que, pelo menos acerca das propriedades antibacterianas, o ocellatin-K1 apresente atividade considerável, seguindo o exemplo das demais ocelatinas. Em relação às atividades antileishmania e antiplasmódio, será necessário realizar uma averiguação prática, pois nenhuma da ocelatinas descritas na literatura consultada foi testada contra estes parasitas. 59 6 CONCLUSÃO A busca de moléculas funcionalmente ativas contra bactérias resistentes aos antimicrobianos disponíveis e outros microorganismos responsáveis por patologias de grande importância para a saúde pública têm sido um dos focos dos holofotes da pesquisa básica para o desenvolvimento de novos fármacos. O empreendimento de esforços à procura de novas drogas para o tratamento dos males remonta aos tempos imemoriais da humanidade. No ínterim do final do século IXX e início do século XXI, essa empreitada ganhou um novo viés com a era em que os conceitos de preservação e sustentabilidade têm sido constantemente incutidos no seio ético-moral da sociedade. Neste contexto, este trabalho presta sua contribuição através do registro do isolamento e caracterização inéditos do peptídeo ocellatin-K1 do gênero Leptodactylus (Leptodactylus knudseni), marco importante para o setor de pesquisas com peptídeos antimicrobianos na Amazônia, região norte do Brasil. A sequência deste peptídeo foi depositada em banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot sob o número P86711. Os peptídeos truncados de ocellatin-K1 foram, também, identificados e caracterizados. Além disso, os peptídeos ocellatin-C1 e ocellatin-C2 de Leptodactylus chaquensis tiveram suas estruturas primárias elucidadas. Como pode ser verificado no desenvolver do estudo apresentado, esses peptídeos são moléculas potencialmente empregáveis nos estudos de estratégias no combate a microorganismos causadores de doenças diversas, em específico, aqueles causadores de patologias tropicais negligenciadas. A partir de agora, são necessários ensaios biológicos para a confirmação de suas propriedades funcionais previstas. Em relação à atividade antiparasitária dos peptídeos identificados no estudo, caberá uma investigação prática acerca da existência ou não da atividade contra alguns parasitas, como por exemplo, Leishmania e Plasmodium. Após 60 verificação dos aspectos funcionais do ocellatin-K1 e de seus derivados, em especial a atividade antiparasitária, serão implementados estudos dos mecanismos de ação envolvidos com as possíveis atividades detectadas. 61 REFERÊNCIAS ALFORD, R. A. & RICHARDS, S. J. 1999. Global amphibian declines: A problem in applied ecology. Annual Review of Ecology and Systematics. Annual Reviews, 30: 133-165. AMPHIBIAWEB. 2009. Worldwide amphibian declines: how big is the problem, what are the causes and what can be done? Disponível em: http://amphibiaweb.org/declines/declines.html. Acesso: 23 de fevereiro de 2011. AMICHE, M.; AURELIA, A. S.; THIERRY, N. 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Nesta dissertação, são apresentadas estruturas primárias de peptídeos homólogos da família ocellatina a partir da secreção cutânea de leptodactilídeos amazônicos: Leptodactylus chaquensis e Leptodactylus knudseni, coletados no município de Porto Velho, Rondônia. As estruturas primárias foram obtidas via seqüenciamento de novo a partir de espectros de fragmentação em câmara de colisão de um espectrômetro MALDI-TOF/TOF (Bruker Daltonics, DE). Foram parcialmente elucidadas as estruturas de dois novos peptídeos em L. knudseni; um peptídeo homólogo a família ocellatina de peptídeos antimicrobianos, batizado de ocellatin-K1, apresentando 25 resíduos, massa de 2548,65 Da e amidação C-terminal, e um peptídeo homólogo aos estimuladores de agressividade em Leptodactylus, com 25 resíduos e 1600,69 Da. Adicionalmente foram identificadas três estruturas truncadas derivadas da ocellatin-K1, com os respectivos números de resíduos e massa: 23 e 2307,49 Da; 14 e 1495,88 Da; 7 e 818,54 Da. Os dois últimos são fragmentos C-terminais e conservam a amidação. Em L. chaquensis foram identificados dois novos peptídeos, ocellatin-C1 com 16 resíduos e 1718,23 Da, e ocellatin-C2, com 14 resíduos e 1310,00 Da. As estruturas primárias foram analisadas in silico para avaliação das propriedades físico-químicas relacionadas à atividade antimicrobiana, a saber, hidrofobidicade, momento hidrofóbico, helicidade, e carga líquida. Os parâmetros observados para ocellatin-K1, i.e., carga +3, alto momento hidrofóbico e helicidade, se assemelham aos observados em outros antimicrobianos da família. A ocellatinC1 possui carga líquida igual a zero, baixa hidrofobicidade média e ângulo polar praticamente equivalente ao ângulo hidrofóbico, apresentando-se como um fraco candidato a agente membranoativo. Já o ocellatin-C2 é potencialmente um antimicrobiano, apresentando alto índice de momento hidrofóbico e carga + 2, semelhante a outras ocellatinas. 77 ABSTRACT During the evolution, the anuran amphibians developed efficient defence mechanisms against microbial attack. Their skin, besides serving as a physical barrier to block the microbial invasion, has specialized glands for the production and secretion of molecules, i.e. peptides, steroids, biogenic amine, and others, that promote the chemical barrier against infection. Next to the 60’s end, several research studies appointed to the importance of the peptides as venom’s active principle, having central importance in the biological activity. From simple residues of the protein degradation, the peptides had theirs scientific status elevated. Then, the peptidomic science has beginning, leading to the characterization of a wide variety of new and different peptides with great potential application on nanobiotechnology. In this work, are presented primary structures of peptides homologous to antimicrobial peptides obtained from skin secretion of Amazonian leptodatylidaes: Leptodactylus chaquensis and Leptodactylus knudseni, collected at Porto Velho city, state of Rondônia. The primary structures were obtained by de novo sequence from fragmentation spectra using a collision gas in a MALDITOF/TOF mass spectrometer (Bruker Daltonics, UK).Two new peptides were elucidated from L. knudseni skin: a peptide homologous to the ocellatin antimicrobial peptide family, named as ocellatin-K1, having 25 amino acid residues, 2548,65 Da and C-terminal amidation; and one peptide homologous to the LASP family, with 25 residues and 1600,69 Da. Additionally, were identified three structures truncated from ocellatin-K1: ocellatin-K1 (19-25), (13-25) and (1-23) having 818,54; 1495,88; 2307,49 Da, respectively. The last two are C-terminal fragments keep the amidation. In L. chaquensis, were identified two new peptides: ocellatinC1, with 16 residues and 1718,23 Da; and ocellatin-C2, with 14 residues and 1310 Da. The in silico analyses of the peptides were performed in order to evaluate their physicochemical properties related to antimicrobial activity i.e. helicity, hydrophobicity, hydrophobic moment, and charge. The parameters obtained for ocellatin-K1 were similar to other antimicrobial peptides from the ocellatin family. Ocellatin-C1 has net charge equal to zero, low hydrophobicity low and polar angle next to hydrophobic angle, being a weak membraneactive candidate. Ocellatin-C2 shown high hydrophobic moment, +2 charge, similar to that presented by others ocellatins. Check List 5(3): 425–427, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Amphibia, Anura, Leptodactylidae, Leptodactylus chaquensis: Distribution extension and geographic distribution map Leonardo de Azevedo Calderon 1, 2 Kaynara Delaix-Zaqueo 1 Kayena Delaix Zaqueo 1 Rodrigo Perea Serrano 3 Mariluce Rezende Messias 4 José de Lima Cardozo-Filho 1 Rafaela Diniz-Sousa 1 Rafael de Jesus Holanda 1 Tiago Bispo Rego 1 Rodrigo Guerino Stabeli 1, 2 1 Universidade Federal de Rondônia, Núcleo de Saúde, Centro de Estudos de Biomoléculas Aplicadas a Medicina Prof. Dr. José R. Giglio.BR 364, Km 9,5. CEP 76800-000. Porto Velho, RO, Brazil. E-mail: [email protected] 2 Instituto de Pesquisas em Patologias Tropicais de Rondônia., Rua da Beira 7671, BR364, Km 3,5. CEP 76812-245. Porto Velho, RO, Brazil. 3 4 Universidade Federal do Acre, Centro Multidisciplinar, Laboratório de Geoprocessamento. Gleba Formoso 245, Colônia São Francisco. CEP 69980-000. Cruzeiro do Sul, AC, Brazil. Universidade Federal de Rondônia, Núcleo de Tecnologia, Laboratório de Mastozoologia. BR364, Km 9,5. CEP 76800-000. Porto Velho, RO, Brazil. The frog Leptodactylus chaquensis Cei, 1950 (Figure 1) belongs to the L. ocellatus group (Frost 2007). The geographic distribution of this species extends over several biomes, including Amazonia, Chaco, Cerrado, Pampa and Pantanal in Argentina, Bolivia, Brazil, Paraguay and Uruguay (Duellman 1999, De la Riva and Maldonado 1999, Heyer et al. 2004). In Brazil, this species was reported to occur in Acre (Heyer et al. 2004), Mato Grosso (NIEFA 1998, Filho 2009), Mato Grosso do Sul (Ávila and Ferreira 2004, Prado et al. 2000 and 2005, Strüssmann et al. 2000), Minas Gerais (Silveira 2006), Rio Grande do Sul (Santos and Cechin 2008, Santos et al. 2008) and São Paulo states (Santos et al. 2007, Vasconcelos and Rossa-Feres 2005) (Figure 2). In this note we report the first record of L. chaquensis for the state of Rondônia, in southwestern Brazil, in a transitional region between the Cerrado and the Amazonian forest biomes. Three males and one female of L. chaquensis were collected at Porto Velho, Rondônia, in anthropized area near Governador Jorge Teixeira de Oliveira International Airport (08°43'51" S, 63°53'31" W), Porto Velho on 04 October 2008 by LAC. Another female was collected in the same area on 6 January 2009 by KDZ. A male was found on 22 November 2008 at Cujubim (Manoa farm, 08°56'05'' S, 62°34' 17'', KDZ), and a female was collected at the Universidad Federal de Rondônia on 10 February 2009 (08°49'59" S, 63°56'21" W, LAC). Specimens were identified according to Santos and Cechin (2008). These new records extends the geographic distribution of L. chaquensis about 350 Km eastwards from closest records in Beni, Bolivia (De la Riva and Maldonado 1999) (Figure 2). Voucher specimens were deposited in the anuran collection of the Centro de Estudos de Biomoléculas Aplicadas a Medicina, Universidade Federal de Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil (CEBio 090220-010409, CEBio 090227-010449, CEBio 090330-010486, CEBio 090416-010495, CEBio 090615-0104124, CEBio 090615-0104125, CEBio 090615-0104126). 425 Check List 5(3): 425–427, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Figure 1. Leptodactylus chaquensis showing the brownish dorsal coloration and posterior surface of the thighs with an uniform dark green coloration. Figure 2. Distribution map for Leptodactylus chaquensis with the new records for the state of Rondônia, Brazil (red circles): 1: municipality of Porto Velho at the margins of the international airport access highway; 2: municipality of Cujubim area, Manoa farm; 3: Federal University of Rondônia, Campus area. The blue squares correspond to records areas for L. chaquensis obtained from the literature cited. The green area represents the distribution area for L. chaquensis in the IUCN Red List of Threatened Species site (Heyer et al. 2004). 426 Check List 5(3): 425–427, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Acknowledgements The authors are grateful to Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) for de license expedition (17983-1), Fundação de Tecnologia do Acre (FUNTAC) and Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) for financial support. ———————————————— Literature cited Ávila, R. W. and V. L. Ferreira. 2004. Riqueza e densidade de vocalizações de anuros (Amphibia) em uma área urbana de Corumbá, Mato Grosso do Sul, Brasil. Revista Brasileira de Zoologia 21(4): 887– 892. De la Riva, I. and M. Maldonado. 1999. First Record of Leptodactylus ocellatus (Linnaeus, 1758) (Amphibia, Anura, Leptodactylidae) in Bolivia and Comments on Related Species. Graellsia 55: 193-197. Duellman, W. E. 1999. 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Núcleo Interdisciplinar de Estudos Faunísticos – NIEFA, Universidade Federal do Mato Grosso, MT. Captured on February 2009. Prado, C. P. de A., M. Uetanabaro and F. S. Lopes. 2000. Reproductive strategies of Leptodactylus chaquensis and Leptodactylus podicipinus in the Pantanal, Brazil. Journal of Herpetology 34(1): 135139. Prado, C. P. A., M. Uetanabaro and C. F. B. Haddad. 2005. Breeding activity patterns, reproductive modes, and habitat use by anurans (Amphibia) in a seasonal environment in the Pantanal, Brazil. AmphibiaReptilia 26(2): 211-221. Santos, T. G. and S. Z. Cechin. 2008. Amphibia, Anura, Leptodactylidae, Leptodactylus chaquensis: Distribution extension in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Check List 4(2): 142–144. Santos, T. G., K. Kopp, M. R. Spies, R. Trevisan and S. Z. Cechin. 2008. Distribuição temporal e espacial de anuros em área de Pampa, Santa Maria, RS. Iheringia Série Zoologia 98(2): 244-253. Santos, T. G., D. C. Rossa-Feres and L. Casatti. 2007. 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Received March 2009 Accepted July 2009 Published online August 2009 427 Check List 5(2): 317–319, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Amphibia, Anura, Hylidae, Phyllomedusinae, Phyllomedusa azurea: Distribution extension and geographic distribution map Leonardo de Azevedo Calderon 1, 3 Mariluce R. Messias 2 Rodrigo P. Serrano 4 Kayena D. Zaqueo 1 Eduardo S. de Souza 2 Samuel dos S. Nienow 2 José de L. Cardozo-Filho 1 Rafaela Diniz-Sousa 1 Kaynara Delaix-Zaqueo 1 Rodrigo G. Stabeli 1, 3 1 Universidade Federal de Rondônia, Centro de Estudos de Biomoléculas Aplicadas a Medicina Prof. Dr. José Roberto Giglio, Núcleo de Saúde. BR 364, Km 9,5. CEP 78900-000. Porto Velho, RO, Brazil. E-mail: [email protected] 2 Universidade Federal de Rondônia, Núcleo de Tecnologia, Laboratório de Mastozoologia. BR 364, Km 9,5. CEP 78900-000. Porto Velho, RO, Brazil. 3 Instituto de Pesquisas em Patologias Tropicais (IPEPATRO). Rua da Beira 7671, BR 364, Km 3,5. CEP 78912-000. Porto Velho, RO, Brazil. 4 Universidade Federal do Acre, Campus Floresta, Centro Multidisciplinar, Laboratório de Geoprocessamento. Gleba Formoso, Lote 245, Colônia São Francisco. CEP 69980-000. Cruzeiro do Sul, AC, Brazil. Phyllomedusa azurea Cope, 1862 (Figure 1) was recently revalidated by Caramaschi (2006) who included it in the P. hypochondrialis species group, along with P. ayeaye, P. centralis, P. hypochondrialis, P. megacephala, P. nordestina, P. oreades, P. palliata and P. rohdei. The known distribution range of Phyllomedusa azurea include mainly Chacoan regions of Bolivia, Paraguay, Northern Argentina, and the Pantanal and Cerrado regions of Central Brazil (Caramaschi 2006, Frost 2007, Prado et al. 2008). In this work we report the first record of P. azurea for the state of Rondônia, in southwestern Brazil, in a transitional region between the Cerrado and the Amazonian forest biomes. Two specimens of this species were collected at Porto Velho, Rondônia, in anthropized areas near Governador Jorge Teixeira de Oliveira International Airport (08°43'60'' S, 63°53'60'' W, LAC, 5 October 2008) and in the Santo Antônio Furnas hydroelectric power plant area (08°48'35'' S, 63°57'13'' W, MRM, 11 November 2008, Figure 2). Specimens were identified according to the diagnosis presented by Caramaschi (2006), and are deposited in the anuran collection of the Centro de Estudos de Biomoléculas Aplicadas a Medicina, Universidade Federal de Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil (CEBIO 090123-010314, CEBIO 090129010329). These localities are the northernmost known records of P. azurea, and are about 980 km from the nearest locality previously reported for this species, Porto Esperidião, Mato Grosso, Brazil. The records of P. azurea in the northern Rondônia are the first for the Amazonian biome, in a transitional area with the Cerrado. 317 Check List 5(2): 317–319, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Figure 1. Phyllomedusa azurea from Porto Velho, state of Rondônia, Brazil. Figure 2. Distribution map of Phyllomedusa azurea with new records for Porto Velho, state of Rondônia, Brazil (red circles). The blue squares correspond to records areas obtained from Caramaschi 2006 and Prado et al. 2008. 318 Check List 5(2): 317–319, 2009. ISSN: 1809-127X NOTES ON GEOGRAPHIC DISTRIBUTION Acknowledgements The authors are grateful to Ulisses Caramaschi for his help in the identification of the specimens and to Luciano Paulino da Silva for manuscript revision. We also thank the Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) for de license expedition (# 17983-1). This work was supported by Fundação de Tecnologia do Acre (FUNTAC), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP) and Madeira Energia S.A. (MESA). ———————————————— Literature cited Caramaschi, U. 2006. Redefinição do grupo de Phyllomedusa hypochondrialis, com redescrição de P. megacephala (Miranda-Ribeiro, 1926), revalidação de P. azurea Cope, 1862 e descrição de uma nova espécie (Amphibia, Anura, Hylidae). Arquivos do Museu Nacional 64: 159-179. Frost, D. R. 2007. Amphibian Species of the World. Version 5.2. Accessible at http://research.amnh.org/ herpetology/amphibia/index.php. American Museum of Natural History, New York, USA. Captured on October 2008. Prado, V. H. M., R. E. Borges, F. R. Silva, T. T. Tognolo, and D. de C. Rossa-Feres. 2008. Amphibia, Anura, Hylidae, Phyllomedusa azurea: Distribution extension. Check List 4(1): 55-56. Received March 2009 Accepted April 2009 Published June 2009 319