Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro Escola Nacional de Botânica Tropical Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Botânica PROJETO DE DISSERTAÇÃO DE MESTRADO CONSEQUÊNCIAS DA FRAGMENTAÇÃO SOBRE A DIVERSIDADE GENÉTICA E SISTEMA DE REPRODUÇÃO DE POPULAÇÕES DE Swartzia glazioviana (Taubert) Glaziou MESTRANDA: JANAÍNA SPOLADORE ORIENTADOR: VIDAL DE FREITAS MANSANO RIO DE JANEIRO – BRASIL JUN/2012 SUMÁRIO INTRODUÇÃO ........................................................................................................ 01 OBJETIVO GERAL ................................................................................................. 04 Objetivos específicos .............................................................................................. 04 METODOLOGIA ..................................................................................................... 05 Área de estudo ........................................................................................................ 05 Amostragem ............................................................................................................ 06 Desenvolvimento de microssatélites ....................................................................... 06 Análise de dados estatísticos .................................................................................. 07 CRONOGRAMA ...................................................................................................... 09 ORÇAMENTO ......................................................................................................... 10 REFERÊNCIAS ....................................................................................................... 12 ANEXO .................................................................................................................... 15 INTRODUÇÃO Swartzia glazioviana (Taubert) Glaziou (Leguminosae, subfamília Papilionoideae) é uma espécie arbórea de pequeno porte (com até três metros de altura) ameaçada de extinção, devido a gradual fragmentação antrópica do habitat endêmico da espécie, a região dos Lagos no estado do Rio de Janeiro. A espécie se distingue das demais do gênero por apresentar cálice internamente lanoso, gineceu glabro, fruto do tipo legume nucóide, sementes esverdeadas não ariladas, dorsiventralmente achatadas e folhas com estípulas persistentes (Mansano & Lima 2007). Ao contrário da grande maioria das espécies do gênero, S. glazioviana (Mansano comun. pessoal), apresenta sementes não ariladas e isto pode limitar dispersões a longa distância de seus diásporos, sendo este um dos fatores que explicam a distribuição restrita deste táxon. Desta forma, a fragmentação florestal pode ser severa numa espécie com um potencial dispersivo limitado como é aferido para S. glazioviana, pois segundo Colli et al. (2003) o grau de conectividade entre fragmentos é de extrema importância para que haja a recombinação genética entre indivíduos e impeça o isolamento reprodutivo das populações. Em espécies arbóreas a taxa de recrutamento de plântulas tende a ser afetada pela alteração na abundância de dispersores e polinizadores (Viana & Pinheiro 1998). Sabendo-se que a maioria das espécies arbóreas tropicais são alógamas dispersas por animais (Bawa et al. 1985) uma dispersão de pólen e sementes limitada pode diminuir a conectividade genética entre fragmentos florestais. Como a densidade de uma população e as taxas de dispersão são os fatores principais na estrutura genética de uma população (veja Wright 1965 e Néve et al. 1999), faz-se necessário conhecer a estrutura genética das espécies ameaçadas em habitats com alta diversidade e em constante fragmentação dos habitats naturais como é a Região dos Lagos. A Região dos Lagos no estado do Rio de Janeiro e sua vegetação de restinga, um dos ecossistemas da Mata Atlântica, abarcam certa diversidade e alguns endemismos. A vegetação é um reflexo da especificidade climática e da heterogeneidade física e possivelmente da história paleoevolutiva da localidade (Bohrer et al. 2009). Formada tanto por cordões de areia, paralelos a linha da praia, intercalados por depressões e cobertos por vegetação de restinga, como por dunas e salinas (Dantas et al. 2000, Pereira 2003). A flora desta região abriga espécies de leguminosas que tem a capacidade de se desenvolverem em solos pobres em nutrientes, caso da restinga, por serem simbiontes às bactérias que auxiliam o ciclo do nitrogênio. Dentre estas espécies destacam-se as arbóreas Abarema cochliacarpos, Bauhinia pentandra, Chamaecrista ensiformis, Exostyles venusta, Grazielodendron rio-docensis, Hymenaea courbaril, Pterogyne nitens e Senegalia bahiensis, sendo endêmicas Swartzia galzioviana e Machaerium obovatum (Ribeiro & Lima 2009). Comunidades locais de pescadores fazem uso das plantas da restinga, coletando frutos (Fonseca-Kruel et al. 2009). No entanto atividades humanas exploratórias têm reduzido e fragmentado a cobertura vegetal. Em princípio o crescimento das cidades tomou as principais vias de acesso e as regiões planas, mas logo em seguida enveredou por morros e costões, interferindo no interior da mata de península e das áreas costeiras (Dantas et al. 2009). Devido ao intenso turismo de veraneio nas cidades de Cabo Frio, Araruama e Búzios a região tem tido seus ambientes constantemente modificados nas últimas décadas através do uso da areia local na construção civil, da ocupação de salinas para empreendimentos imobiliários, da especulação imobiliária, do turismo, da exploração da vegetação de restinga e da contaminação de lagunas e lençol freático (Dantas et al. 2000). A fragmentação florestal, processo de isolamento e redução de habitats em remanescentes e paisagens em mosaico (Pires et al. 2006), tanto é um processo natural em função de processos hidrogeológicos, de sedimentação e flutuações climáticas (Constantino et al. 2003), quanto o resultado de ações antrópicas. E aqui entram colonização europeia, migração e adensamento populacional, estrutura fundiária, agricultura e pecuária, extrativismo vegetal, pesca e introdução de espécies invasoras (Fiszon et al. 2003). Populações inicialmente contínuas após processos fragmentários podem ser subdivididas em populações locais mais ou menos isoladas, como consequência da distribuição espacial e do poder de dispersão da espécie (Schneider 2003). A fragmentação florestal provoca a diminuição do número de indivíduos de uma população, portanto, o fluxo gênico, o sistema de reprodução, a diversidade genética e o tamanho efetivo podem ser afetados negativamente. Em um primeiro momento pode haver perda de alelos, em especial os raros (frequência ≤0,005) pelo efeito gargalo genético e mais em longo prazo, um aumento de endogamia por maior probabilidade de autofecundação e cruzamentos entre indivíduos aparentados devido à deriva genética, uma vez que o número efetivo populacional acaba reduzido (Kageyama et al. 1998). A questão do tamanho efetivo populacional diz respeito ao número de indivíduos que de fato contribuem com genes para a próxima geração. A deriva genética ocorre mais rapidamente em populações isoladas e pequenas, como parece ser o caso de S. glazioviana. Havendo perda de alelos raros em uma população a diversidade genética será reduzida dentro desta e havendo maior probabilidade de fixação de alelos consequentemente aumentará a diferenciação genética entre populações (Schneider 2003). Em suma, a deriva genética está diretamente relacionada à redução do tamanho efetivo das populações, logo está também relacionada à endogamia e fluxo gênico e, por conseguinte ligada às modificações nas frequências genotípicas e frequências alélicas, respectivamente. A endogamia ocorre na descendência se a população não é panmítica, isto é, se há prevalência de cruzamentos entre indivíduos aparentados. Em populações naturais finitas, influenciadas pelo efeito da fragmentação devido à diminuição e isolamento de habitat, a endogamia vai reduzir a frequência de heterozigotos e aumentar a de homozigotos. A análise de endogamia se dá pela estatística de F de Wright (Wright 1965). Já o fluxo gênico que se estabelece pelo movimento de genes de uma população para o conjunto gênico de outra (Futuyma 2009), por meio de agentes polinizadores e dispersores, leva em sua ausência à divergência entre populações por deriva genética cuja extensão pode ser inferida a partir de diferentes frequências alélicas entre populações. Assim quanto mais similares forem as frequências alélicas entre populações, maior a taxa de fluxo gênico e vice-versa. Em ambientes fragmentados a redução de fluxo gênico dificulta a injeção de novos alelos através da migração, sendo a dispersão de pólen e sementes determinante para o agregamento genético espacial (Gusson et al. 2005), isto é, para a distribuição de genótipos. Para análise de dispersão a curtas e longas distâncias em populações distribuídas continuamente, o modelo clássico proposto por Wright, isolamento pela distância e tamanho da vizinhança são parâmetros informativos, dois níveis complementares da estrutura espacial da população (Moraes et al. 1999; Nève et al. 2008;). O centro da vizinhança de cruzamentos, neste modelo, é o local de nascimento do indivíduo e quanto maior a distância desse centro menor a probabilidade de cruzar. O tamanho da vizinhança depende da distância percorrida pelos gametas na reprodução (pólen). Se a vizinhança é pequena, cada indivíduo tem poucos parceiros em potencial, o que corresponderia conceitualmente a uma população de tamanho efetivo pequeno, havendo variações nas frequências alélicas mais pronunciadas do que o que ocorreria se houvesse uma grande vizinhança de polinização (Futuymma 2009). A análise das frequências gênicas das populações é realizada pela detecção de polimorfismo em marcadores genéticos entre diferentes indivíduos não aparentados. As melhores ferramentas para análise das seções polimórficas são os marcadores genéticos moleculares do tipo microssatélites, sequências simples repetidas (SSR) de dois a seis nucleotídeos repetidos em tandem (enfileirados). São marcadores codominantes, é possível detectar não só os homozigotos como os heterozigotos, presentes em regiões codificadoras e não codificadoras. São sequencias abundantes em eucariotos sendo necessária uma pequena quantidade de DNA por ser baseado em PCR. O uso de microssatélites tem o intuito de estimar a diversidade genética entre e dentro de populações, dado esse bastante importante em estratégias de conservação das espécies. Como um quadro de aumento de endogamia e diminuição de fluxo gênico em ambientes fragmentados leva à perda de diversidade genética, à vulnerabilidade, à ameaça de extinção e a menor diversidade genética restringe o potencial de uma espécie à manutenção da vida. Assim, este estudo visa investigar os efeitos genéticos da fragmentação do habitat de S. glazioviana. Como esta espécie é endêmica, está ameaçada de extinção, apresenta populações com relativo baixo número de indivíduos e sementes com menor potencial dispersivo, pela possível redução no número de dispersores e ausência de arilo. Um estudo como este pode ser de extrema importância para o entendimento dos efeitos dos isolamentos populacionais e auxiliar tomadores de decisão sobre estratégias de conservação da mesma. OBJETIVO GERAL Investigar as consequências genéticas da fragmentação florestal sobre a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial e distância e padrões de dispersão de pólen em populações de S. glazioviana, utilizando-se marcadores microssatélites. Objetivos específicos Avaliar a variabilidade genética em dois fragmentos de restinga na Região dos Lagos; Analisar o sistema reprodutivo da espécie; Estudar a distribuição de genótipos nos fragmentos. METODOLOGIA Área de Estudo As populações do fragmento a ser avaliado estão localizadas na Região dos Lagos no Estado do Rio de Janeiro, compreendida entre as coordenadas 41º 55 ’ W e 42º 15 ’ W e 22º 42 ’ S e 23º 00’ S (Ibraimo et al. 2004). A altitude varia do nível do mar até cerca de 500 metros (Ribeiro & Lima, 2009). Os municípios de Araruama, Armação de Búzios, Arraial do Cabo, Cabo Frio, Iguaba, Saquarema e São Pedro da Aldeia integram a região que tem como limite a leste e sul o Oceano Atlântico, a oeste a Serra do Mato Grosso e a norte os limites superiores da Lagoa de Araruama e os cursos inferiores dos rios Una e São João (Ribeiro & Lima 2009). A localidade tem clima tropical seco (Fonseca-Kruel & Peixoto 2004) e tendência ao xerofitismo e à salinização (Ibraimo et al. 2004). O clima peculiar da região, Bsh (de acordo com Köppen), é árido quente com temperaturas variando entre 23-25ºC até 40ºC no verão e umidade relativa do ar de 83%, com precipitação anual de 823 mm e ventos constantes (Fonseca-Kruel et al. 2009; Ribeiro & Lima 2009). O ambiente apresenta elevada salinidade (35 %), devido à baixa pluviosidade e quantidade de água doce e à intensa evaporação (Ibraimo et al. 2004). Geotectonicamente a região é o prolongamento da linha de afundamento tectônico que formou tanto a Baía da Ilha Grande quanto a da Guanabara, além de ressalto abrupto das escarpas da Serra do Mar (Ibraimo et al. 2004). Uma diversidade de ambientes caracteriza a região, sendo que os solos apresentam considerável variabilidade vertical e horizontal de propriedades pedológicas (Ibraimo et al. 2004). As fisiografias predominantes são as planícies arenosas costeiras, os depósitos alúvioscolúvios, as lagunas, os morros baixos das penínsulas e as encostas (Ribeiro & Lima 2009). A associação de processos de erosão e intrusivos, tectônicos e deposicionais, originaram a diversidade litológica e de formas de relevo da região, isto, combinado com a diferenciação espacial nas condições de umedecimento e a alternância de condições climáticas, resultou na diversificação dos solos e das fisionomias da vegetação, evidenciada pela mistura de espécies típicas de restingas com espécies comuns às florestas ombrófila e estacional (Bohrer et al. 2009). Amostragem Para investigar a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial e distância e padrões de dispersão de pólen em populações de S. glazioviana serão amostrados dois fragmentos florestais, utilizando-se parcelas quadradas. A utilização de duas parcelas permitira maior robustez nas conclusões, visto servirem de repetição. Caso a densidade populacional dos fragmentos seja alta serão estabelecidas parcelas contendo 150 indivíduos reprodutivos. Se a densidade for baixa e as populações menores do que 150 indivíduos, todos serão amostrados para o estudo. Todos os indivíduos serão mapeados (utilizando GPS), terão sua altura e diâmetro a altura do peito medida e tecidos foliares amostrados (seis folhas de cada indivíduo). Para o estudo do sistema de reprodução e padrões de dispersão de pólen serão selecionados dez indivíduos, localizados preferencialmente no centro da parcela para a coleta de sementes, com o intuito de maximizar as paternidades determinadas e obterem-se melhores estimativas da dispersão de pólen. De cada uma destas matrizes, serão coletados 50 frutos, dos quais se pretende genotipar 40 sementes, totalizando 400 sementes por parcela. Em campo esse material será mantido em sacos plásticos com sílica até o retorno ao laboratório. Os frutos serão beneficiados para a obtenção das sementes. O material coletado, folhas, será acondicionado com sílica em refrigerador (4ºC) e as sementes serão armazenadas em câmara fria (5ºC). As folhas poderão ser liofilizadas para não perder a viabilidade até a extração do DNA. Será extraído DNA das folhas e as sementes serão germinadas em laboratório e posteriormente serão encaminhadas à casa de vegetação. Após atingirem o estágio de plântula três a seis folhas de cada indivíduo germinado serão coletadas para extração de DNA e verificação de parentais paternos. A análise das amostras permitirá avaliar a variabilidade genética e a estruturação genética das populações. Desenvolvimento de microssatélites O DNA genômico será extraído das folhas pelo método de Doyle e Doyle (1990). A biblioteca de enriquecimento genômico foi construída com protocolo do Laboratório de Análise Genética e Molecular (CBMEG) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). O DNA foi digerido com RSa I e enriquecido com repetições de (CT)8 e (GT)8. Os fragmentos enriquecidos foram amplificados via PCR, ligados no vetor de clonagem pGEM-T e transformados por células competentes de Escherichia coli (XL1-blue). Os clones positivos foram selecionados usando-se o gene da Bgalactosidase e deixados para crescer overnight. Após PCR os clones devem ser sequenciados em ambas as direções. As sequencias devem ser editadas no SeqManTMII. Primer Select e PRIMER3 PLUS devem ser usados para desenhar o par de primers que flanqueiam as regiões repetitivas. Espera-se desenvolver no mínimo oito microssatélites que serão utilizados para avaliação de todos os indivíduos amostrados e as progênies, analisando variabilidade, endogamia, fluxo gênico. Análise de dados estatísticos O estudo da herança dos locos será realizado com base no modelo desenvolvido por Gillet e Hattemer (1989), que compara o genótipo de árvores maternas heterozigotas com a segregação de suas progênies de polinização aberta. Os fenótipos observados em cada progênie, de cada árvore materna heterozigótica serão comparados com o esperado pela hipótese de segregação regular 1:1. A hipótese de segregação regular será aceita ou descartada com base em um teste G de máxima verossimilhança, calculado para cada progênie individualmente e agrupando as progênies de árvores maternas de mesmo genótipo para o loco sob consideração ( G1:1 _ agrupado), quando forem detectados desvios nas progênies individuais. O teste de desequilíbrio de ligação entre locos será estimado utilizando o programa FSTAT (Goudet, 1995). Nas amostras de árvores adultas e nas sementes serão estimados parâmetros genéticos como número de alelos por loco (A), heterozigosidade observada (Ho), heterozigosidade esperada (He) e índice de fixação, utilizando-se o programa FSTAT. Essas análises permitirão avaliar se a diversidade genética das populações esta sendo reduzida na população descendente (sementes), devido ao processo de fragmentação local. A estrutura genética espacial da geração adulta será investigada, estimando-se o coeficiente de coancestria ( xy ) entre pares de árvores dentro de classes de distância previamente determinadas. O cálculo será baseado no estimador de coancestria proposto por Nason e descrito em Loiselle et al. (1995). A significância estatística do coeficiente xy será obtida comparando os limites do intervalo de confiança a 95% de probabilidade da estimativa média xy para cada classe de distância, calculado por permutação de indivíduos entre classes genotípicas. O coeficiente de coancestria e o erro padrão serão estimados usando o programa SPAGeDi versão 1.3 (Hardy & Vekemans, 2002). O sistema de reprodução será estudado utilizando-se os modelos: misto de reprodução e de cruzamentos correlacionados, implementados no programa MLTR (Ritland, 2002). Os parâmetros estimados serão: a) taxa de cruzamento multilocos ( t m ); b) taxa de cruzamento unilocos ( t s ); c) taxa de cruzamento entre aparentados ( t m t s ); d) a correlação multilocos de paternidade ( rp (m ) ). O erro padrão dos parâmetros será estimado por 1000 reamostragens bootstrap. Pare conhecer o parentesco existente dentro das progênies será estimado pelo coeficiente médio de coancestria ( ) entre plantas dentro de progênies, calculado de parâmetros do sistema de reprodução, conforme derivações de Ritland (1989) e Sebbenn (2003). A representatividade genética dentro das progênies será medida pelo tamanho efetivo de variância ( N e (v ) ) de cada progênie com base na variância amostral das frequências alélicas (Cockerham, 1969). O fluxo gênico contemporâneo via pólen e análise em fina escala do sistema de reprodução serão estimados utilizando análise de paternidade e o programa CERVUS 3.0 (Marshall et al. 1998; Kalinowski et al. 2007). A partir dos genótipos de toda a população adulta reprodutiva e das sementes, associado ao conhecimento da posição espacial de cada membro da população, será estimado a distância de dispersão de pólen. Como todas as árvores e jovens da parcela terão sua localização geográfica conhecida, será possível determinar o padrão de dispersão de pólen e sementes dentro da parcela. CRONOGRAMA TRIMESTRES ATIVIDADES Disciplinas Coleta de material botânico Revisão Bibliográfica Análises moleculares Análises estatísticas Apresentação de resultados prévios em eventos científicos Redação de artigos científicos Redação da Dissertação Defesa da Dissertação 2012 2013 2014 1º 2º 3º 4º 1º 2º 3º 4º 1º X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X ORÇAMENTO n Item (material de consumo) 01 Finnpipette F1 KIT-2 (2-1000µl) 02 10 PB DNA LADDER (50 UG) 03 LAMBDA DNA (500 UG) 04 RNAse A (10 ml) 05 dNTPS (2,5 MM - 1 ml) 06 N’N’ Methylenebisacrylamide (100g) 07 TEMED (30 ml) 08 Acrilamyde (500g) 09 Urea Ammonia Free (500g) 10 11 Platinum TAQ DNA Polimerase - BRASIL (500 unidades) Oligo (DT) 12-18 primer (25 UG) 12 Álcool Etílico absoluto P.A. - A.C.S. (1000 ml) 13 Ácido Bórico P.A. - A.C.S (1000g) PRODUTOS Especificação/Justificativa Empresa Código Material Permanente Nacional (MPN) Auxílio para caracterização Uniscience 4700860 genética de S. glazioviana Material de consumo a ser adquirido no Brasil (MCN) Auxílio para caracterização Invitrogen 10821015 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 25250010 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 12091021 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen R72501 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 15516024 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 15524010 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 15512023 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 15505035 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 10966030 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Invitrogen 18418012 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Synth 01A1084.01.BJ genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Synth 01A1025.01.AH genética de S. glazioviana Qtde Valor unitário (R$) Valor total (R$) 01 3.783,45 3.783,45 01 537,94 537,94 01 542,12 542,12 01 559,16 559,16 02 368,27 736,54 01 421,07 421,07 01 178,50 178,50 02 675,06 1.350,12 01 215,30 215,30 02 376,64 753,28 08 429,85 3.438,80 02 14,56 29,12 01 27,93 27,93 14 EDTA Sal dissódico 2H2O P.A. (250g) 15 Ácido Acético Glacial P.A. - A.C.S. (1000 ml) 16 Álcool Amílico (Iso) P.A. (1000ml) 17 pGEM®-T Easy Vector System I 18 Sequenciamento de DNA (unid) 19 Motorista 20 Custeio/ Passagens 21 Viagem a campo 22 Auxiliar de campo Total R$ 25.298,12 Auxílio para caracterização Synth 01E2005.01.AF genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Synth 01A1019.01.BJ genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Merck 8764 genética de S. glazioviana Auxílio para caracterização Promega A1360 genética de S. glazioviana Serviços de Terceiros no Brasil (STB) Auxílio para caracterização Biogenomic genética de S. glazioviana Para transporte da equipe para viagens de coleta Passagem Aérea Rio de Janeiro TAM - Campinas - transporte para realização dos procedimentos no CBMEG (Unicamp) Rio de Janeiro - Búzios e Arraial do Cabo para coletas de S. glazioviana Auxílio na coleta 01 18,43 18,43 01 19,24 19,24 01 993,60 993,60 01 450,00 450,00 100 27,00 2.700,00 12 170,00 2.040,00 02 251,76 503,52 12 300,00 3.600,00 12 200,00 2.400,00 REFERÊNCIAS BAWA, KS; PERRY, DR; BEACH, JH. 1985. 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ANEXO _______________________________ ______________________________ Orientador: Vidal de Freitas Mansano Mestranda: Janaína Spoladore Data da apresentação: __________________________ Comentários dos Professores da disciplina Seminários I: _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________ _____________________________________________________________________________