Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro
Escola Nacional de Botânica Tropical
Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Botânica
PROJETO DE DISSERTAÇÃO DE MESTRADO
CONSEQUÊNCIAS DA FRAGMENTAÇÃO SOBRE A DIVERSIDADE
GENÉTICA E SISTEMA DE REPRODUÇÃO DE POPULAÇÕES
DE Swartzia glazioviana (Taubert) Glaziou
MESTRANDA: JANAÍNA SPOLADORE
ORIENTADOR: VIDAL DE FREITAS MANSANO
RIO DE JANEIRO – BRASIL
JUN/2012
SUMÁRIO
INTRODUÇÃO ........................................................................................................
01
OBJETIVO GERAL .................................................................................................
04
Objetivos específicos ..............................................................................................
04
METODOLOGIA .....................................................................................................
05
Área de estudo ........................................................................................................
05
Amostragem ............................................................................................................
06
Desenvolvimento de microssatélites .......................................................................
06
Análise de dados estatísticos ..................................................................................
07
CRONOGRAMA ......................................................................................................
09
ORÇAMENTO .........................................................................................................
10
REFERÊNCIAS .......................................................................................................
12
ANEXO ....................................................................................................................
15
INTRODUÇÃO
Swartzia
glazioviana
(Taubert)
Glaziou
(Leguminosae,
subfamília
Papilionoideae) é uma espécie arbórea de pequeno porte (com até três metros de altura)
ameaçada de extinção, devido a gradual fragmentação antrópica do habitat endêmico da
espécie, a região dos Lagos no estado do Rio de Janeiro. A espécie se distingue das
demais do gênero por apresentar cálice internamente lanoso, gineceu glabro, fruto do
tipo legume nucóide, sementes esverdeadas não ariladas, dorsiventralmente achatadas e
folhas com estípulas persistentes (Mansano & Lima 2007). Ao contrário da grande
maioria das espécies do gênero, S. glazioviana (Mansano comun. pessoal), apresenta
sementes não ariladas e isto pode limitar dispersões a longa distância de seus diásporos,
sendo este um dos fatores que explicam a distribuição restrita deste táxon.
Desta forma, a fragmentação florestal pode ser severa numa espécie com um
potencial dispersivo limitado como é aferido para S. glazioviana, pois segundo Colli et
al. (2003) o grau de conectividade entre fragmentos é de extrema importância para que
haja a recombinação genética entre indivíduos e impeça o isolamento reprodutivo das
populações. Em espécies arbóreas a taxa de recrutamento de plântulas tende a ser
afetada pela alteração na abundância de dispersores e polinizadores (Viana & Pinheiro
1998). Sabendo-se que a maioria das espécies arbóreas tropicais são alógamas dispersas
por animais (Bawa et al. 1985) uma dispersão de pólen e sementes limitada pode
diminuir a conectividade genética entre fragmentos florestais. Como a densidade de
uma população e as taxas de dispersão são os fatores principais na estrutura genética de
uma população (veja Wright 1965 e Néve et al. 1999), faz-se necessário conhecer a
estrutura genética das espécies ameaçadas em habitats com alta diversidade e em
constante fragmentação dos habitats naturais como é a Região dos Lagos.
A Região dos Lagos no estado do Rio de Janeiro e sua vegetação de restinga, um
dos ecossistemas da Mata Atlântica, abarcam certa diversidade e alguns endemismos. A
vegetação é um reflexo da especificidade climática e da heterogeneidade física e
possivelmente da história paleoevolutiva da localidade (Bohrer et al. 2009). Formada
tanto por cordões de areia, paralelos a linha da praia, intercalados por depressões e
cobertos por vegetação de restinga, como por dunas e salinas (Dantas et al. 2000,
Pereira 2003).
A flora desta região abriga espécies de leguminosas que tem a capacidade de se
desenvolverem em solos pobres em nutrientes, caso da restinga, por serem simbiontes
às bactérias que auxiliam o ciclo do nitrogênio. Dentre estas espécies destacam-se as
arbóreas Abarema cochliacarpos, Bauhinia pentandra, Chamaecrista ensiformis,
Exostyles venusta, Grazielodendron rio-docensis, Hymenaea courbaril, Pterogyne
nitens e Senegalia bahiensis, sendo endêmicas Swartzia galzioviana e Machaerium
obovatum (Ribeiro & Lima 2009).
Comunidades locais de pescadores fazem uso das plantas da restinga, coletando
frutos (Fonseca-Kruel et al. 2009). No entanto atividades humanas exploratórias têm
reduzido e fragmentado a cobertura vegetal. Em princípio o crescimento das cidades
tomou as principais vias de acesso e as regiões planas, mas logo em seguida enveredou
por morros e costões, interferindo no interior da mata de península e das áreas costeiras
(Dantas et al. 2009). Devido ao intenso turismo de veraneio nas cidades de Cabo Frio,
Araruama e Búzios a região tem tido seus ambientes constantemente modificados nas
últimas décadas através do uso da areia local na construção civil, da ocupação de salinas
para empreendimentos imobiliários, da especulação imobiliária, do turismo, da
exploração da vegetação de restinga e da contaminação de lagunas e lençol freático
(Dantas et al. 2000).
A fragmentação florestal, processo de isolamento e redução de habitats em
remanescentes e paisagens em mosaico (Pires et al. 2006), tanto é um processo natural
em função de processos hidrogeológicos, de sedimentação e flutuações climáticas
(Constantino et al. 2003), quanto o resultado de ações antrópicas. E aqui entram
colonização europeia, migração e adensamento populacional, estrutura fundiária,
agricultura e pecuária, extrativismo vegetal, pesca e introdução de espécies invasoras
(Fiszon et al. 2003).
Populações inicialmente contínuas após processos fragmentários podem ser
subdivididas em populações locais mais ou menos isoladas, como consequência da
distribuição espacial e do poder de dispersão da espécie (Schneider 2003). A
fragmentação florestal provoca a diminuição do número de indivíduos de uma
população, portanto, o fluxo gênico, o sistema de reprodução, a diversidade genética e o
tamanho efetivo podem ser afetados negativamente. Em um primeiro momento pode
haver perda de alelos, em especial os raros (frequência ≤0,005) pelo efeito gargalo
genético e mais em longo prazo, um aumento de endogamia por maior probabilidade de
autofecundação e cruzamentos entre indivíduos aparentados devido à deriva genética,
uma vez que o número efetivo populacional acaba reduzido (Kageyama et al. 1998). A
questão do tamanho efetivo populacional diz respeito ao número de indivíduos que de
fato contribuem com genes para a próxima geração.
A deriva genética ocorre mais rapidamente em populações isoladas e pequenas,
como parece ser o caso de S. glazioviana. Havendo perda de alelos raros em uma
população a diversidade genética será reduzida dentro desta e havendo maior
probabilidade de fixação de alelos consequentemente aumentará a diferenciação
genética entre populações (Schneider 2003). Em suma, a deriva genética está
diretamente relacionada à redução do tamanho efetivo das populações, logo está
também relacionada à endogamia e fluxo gênico e, por conseguinte ligada às
modificações nas frequências genotípicas e frequências alélicas, respectivamente.
A endogamia ocorre na descendência se a população não é panmítica, isto é, se
há prevalência de cruzamentos entre indivíduos aparentados. Em populações naturais
finitas, influenciadas pelo efeito da fragmentação devido à diminuição e isolamento de
habitat, a endogamia vai reduzir a frequência de heterozigotos e aumentar a de
homozigotos. A análise de endogamia se dá pela estatística de F de Wright (Wright
1965).
Já o fluxo gênico que se estabelece pelo movimento de genes de uma população
para o conjunto gênico de outra (Futuyma 2009), por meio de agentes polinizadores e
dispersores, leva em sua ausência à divergência entre populações por deriva genética
cuja extensão pode ser inferida a partir de diferentes frequências alélicas entre
populações. Assim quanto mais similares forem as frequências alélicas entre
populações, maior a taxa de fluxo gênico e vice-versa. Em ambientes fragmentados a
redução de fluxo gênico dificulta a injeção de novos alelos através da migração, sendo a
dispersão de pólen e sementes determinante para o agregamento genético espacial
(Gusson et al. 2005), isto é, para a distribuição de genótipos. Para análise de dispersão a
curtas e longas distâncias em populações distribuídas continuamente, o modelo clássico
proposto por Wright, isolamento pela distância e tamanho da vizinhança são parâmetros
informativos, dois níveis complementares da estrutura espacial da população (Moraes et
al. 1999; Nève et al. 2008;).
O centro da vizinhança de cruzamentos, neste modelo, é o local de nascimento
do indivíduo e quanto maior a distância desse centro menor a probabilidade de cruzar. O
tamanho da vizinhança depende da distância percorrida pelos gametas na reprodução
(pólen). Se a vizinhança é pequena, cada indivíduo tem poucos parceiros em potencial,
o que corresponderia conceitualmente a uma população de tamanho efetivo pequeno,
havendo variações nas frequências alélicas mais pronunciadas do que o que ocorreria se
houvesse uma grande vizinhança de polinização (Futuymma 2009).
A análise das frequências gênicas das populações é realizada pela detecção de
polimorfismo em marcadores genéticos entre diferentes indivíduos não aparentados. As
melhores ferramentas para análise das seções polimórficas são os marcadores genéticos
moleculares do tipo microssatélites, sequências simples repetidas (SSR) de dois a seis
nucleotídeos repetidos em tandem (enfileirados). São marcadores codominantes, é
possível detectar não só os homozigotos como os heterozigotos, presentes em regiões
codificadoras e não codificadoras. São sequencias abundantes em eucariotos sendo
necessária uma pequena quantidade de DNA por ser baseado em PCR. O uso de
microssatélites tem o intuito de estimar a diversidade genética entre e dentro de
populações, dado esse bastante importante em estratégias de conservação das espécies.
Como um quadro de aumento de endogamia e diminuição de fluxo gênico em
ambientes fragmentados leva à perda de diversidade genética, à vulnerabilidade, à
ameaça de extinção e a menor diversidade genética restringe o potencial de uma espécie
à manutenção da vida. Assim, este estudo visa investigar os efeitos genéticos da
fragmentação do habitat de S. glazioviana. Como esta espécie é endêmica, está
ameaçada de extinção, apresenta populações com relativo baixo número de indivíduos e
sementes com menor potencial dispersivo, pela possível redução no número de
dispersores e ausência de arilo. Um estudo como este pode ser de extrema importância
para o entendimento dos efeitos dos isolamentos populacionais e auxiliar tomadores de
decisão sobre estratégias de conservação da mesma.
OBJETIVO GERAL
Investigar as consequências genéticas da fragmentação florestal sobre a diversidade
genética, endogamia, estrutura genética espacial e distância e padrões de dispersão de
pólen em populações de S. glazioviana, utilizando-se marcadores microssatélites.
Objetivos específicos
 Avaliar a variabilidade genética em dois fragmentos de restinga na Região dos
Lagos;
 Analisar o sistema reprodutivo da espécie;
 Estudar a distribuição de genótipos nos fragmentos.
METODOLOGIA
Área de Estudo
As populações do fragmento a ser avaliado estão localizadas na Região dos
Lagos no Estado do Rio de Janeiro, compreendida entre as coordenadas 41º 55 ’ W e
42º 15 ’ W e 22º 42 ’ S e 23º 00’ S (Ibraimo et al. 2004). A altitude varia do nível do
mar até cerca de 500 metros (Ribeiro & Lima, 2009). Os municípios de Araruama,
Armação de Búzios, Arraial do Cabo, Cabo Frio, Iguaba, Saquarema e São Pedro da
Aldeia integram a região que tem como limite a leste e sul o Oceano Atlântico, a oeste a
Serra do Mato Grosso e a norte os limites superiores da Lagoa de Araruama e os cursos
inferiores dos rios Una e São João (Ribeiro & Lima 2009). A localidade tem clima
tropical seco (Fonseca-Kruel & Peixoto 2004) e tendência ao xerofitismo e à salinização
(Ibraimo et al. 2004). O clima peculiar da região, Bsh (de acordo com Köppen), é árido
quente com temperaturas variando entre 23-25ºC até 40ºC no verão e umidade relativa
do ar de 83%, com precipitação anual de 823 mm e ventos constantes (Fonseca-Kruel et
al. 2009; Ribeiro & Lima 2009). O ambiente apresenta elevada salinidade (35 %),
devido à baixa pluviosidade e quantidade de água doce e à intensa evaporação (Ibraimo
et al. 2004). Geotectonicamente a região é o prolongamento da linha de afundamento
tectônico que formou tanto a Baía da Ilha Grande quanto a da Guanabara, além de
ressalto abrupto das escarpas da Serra do Mar (Ibraimo et al. 2004). Uma diversidade de
ambientes caracteriza a região, sendo que os solos apresentam considerável
variabilidade vertical e horizontal de propriedades pedológicas (Ibraimo et al. 2004). As
fisiografias predominantes são as planícies arenosas costeiras, os depósitos alúvioscolúvios, as lagunas, os morros baixos das penínsulas e as encostas (Ribeiro & Lima
2009). A associação de processos de erosão e intrusivos, tectônicos e deposicionais,
originaram a diversidade litológica e de formas de relevo da região, isto, combinado
com a diferenciação espacial nas condições de umedecimento e a alternância de
condições climáticas, resultou na diversificação dos solos e das fisionomias da
vegetação, evidenciada pela mistura de espécies típicas de restingas com espécies
comuns às florestas ombrófila e estacional (Bohrer et al. 2009).
Amostragem
Para investigar a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial e
distância e padrões de dispersão de pólen em populações de S. glazioviana serão
amostrados dois fragmentos florestais, utilizando-se parcelas quadradas. A utilização de
duas parcelas permitira maior robustez nas conclusões, visto servirem de repetição.
Caso a densidade populacional dos fragmentos seja alta serão estabelecidas parcelas
contendo 150 indivíduos reprodutivos. Se a densidade for baixa e as populações
menores do que 150 indivíduos, todos serão amostrados para o estudo. Todos os
indivíduos serão mapeados (utilizando GPS), terão sua altura e diâmetro a altura do
peito medida e tecidos foliares amostrados (seis folhas de cada indivíduo). Para o estudo
do sistema de reprodução e padrões de dispersão de pólen serão selecionados dez
indivíduos, localizados preferencialmente no centro da parcela para a coleta de
sementes, com o intuito de maximizar as paternidades determinadas e obterem-se
melhores estimativas da dispersão de pólen. De cada uma destas matrizes, serão
coletados 50 frutos, dos quais se pretende genotipar 40 sementes, totalizando 400
sementes por parcela. Em campo esse material será mantido em sacos plásticos com
sílica até o retorno ao laboratório. Os frutos serão beneficiados para a obtenção das
sementes. O material coletado, folhas, será acondicionado com sílica em refrigerador (4ºC) e as sementes serão armazenadas em câmara fria (5ºC). As folhas poderão ser
liofilizadas para não perder a viabilidade até a extração do DNA. Será extraído DNA
das folhas e as sementes serão germinadas em laboratório e posteriormente serão
encaminhadas à casa de vegetação. Após atingirem o estágio de plântula três a seis
folhas de cada indivíduo germinado serão coletadas para extração de DNA e verificação
de parentais paternos. A análise das amostras permitirá avaliar a variabilidade genética e
a estruturação genética das populações.
Desenvolvimento de microssatélites
O DNA genômico será extraído das folhas pelo método de Doyle e Doyle
(1990). A biblioteca de enriquecimento genômico foi construída com protocolo do
Laboratório de Análise Genética e Molecular (CBMEG) da Universidade Estadual de
Campinas (UNICAMP). O DNA foi digerido com RSa I e enriquecido com repetições
de (CT)8 e (GT)8. Os fragmentos enriquecidos foram amplificados via PCR, ligados no
vetor de clonagem pGEM-T e transformados por células competentes de Escherichia
coli (XL1-blue). Os clones positivos foram selecionados usando-se o gene da Bgalactosidase e deixados para crescer overnight. Após PCR os clones devem ser
sequenciados em ambas as direções. As sequencias devem ser editadas no SeqManTMII.
Primer Select e PRIMER3 PLUS devem ser usados para desenhar o par de primers que
flanqueiam as regiões repetitivas. Espera-se desenvolver no mínimo oito microssatélites
que serão utilizados para avaliação de todos os indivíduos amostrados e as progênies,
analisando variabilidade, endogamia, fluxo gênico.
Análise de dados estatísticos
O estudo da herança dos locos será realizado com base no modelo desenvolvido
por Gillet e Hattemer (1989), que compara o genótipo de árvores maternas heterozigotas
com a segregação de suas progênies de polinização aberta. Os fenótipos observados em
cada progênie, de cada árvore materna heterozigótica serão comparados com o esperado
pela hipótese de segregação regular 1:1. A hipótese de segregação regular será aceita ou
descartada com base em um teste G de máxima verossimilhança, calculado para cada
progênie individualmente e agrupando as progênies de árvores maternas de mesmo
genótipo para o loco sob consideração ( G1:1 _ agrupado), quando forem detectados desvios
nas progênies individuais. O teste de desequilíbrio de ligação entre locos será estimado
utilizando o programa FSTAT (Goudet, 1995).
Nas amostras de árvores adultas e nas sementes serão estimados parâmetros
genéticos como número de alelos por loco (A), heterozigosidade observada (Ho),
heterozigosidade esperada (He) e índice de fixação, utilizando-se o programa FSTAT.
Essas análises permitirão avaliar se a diversidade genética das populações esta sendo
reduzida na população descendente (sementes), devido ao processo de fragmentação
local.
A estrutura genética espacial da geração adulta será investigada, estimando-se o
coeficiente de coancestria (  xy ) entre pares de árvores dentro de classes de distância
previamente determinadas. O cálculo será baseado no estimador de coancestria proposto
por Nason e descrito em Loiselle et al. (1995). A significância estatística do coeficiente
 xy será obtida comparando os limites do intervalo de confiança a 95% de probabilidade
da estimativa média  xy para cada classe de distância, calculado por permutação de
indivíduos entre classes genotípicas. O coeficiente de coancestria e o erro padrão serão
estimados usando o programa SPAGeDi versão 1.3 (Hardy & Vekemans, 2002).
O sistema de reprodução será estudado utilizando-se os modelos: misto de
reprodução e de cruzamentos correlacionados, implementados no programa MLTR
(Ritland, 2002). Os parâmetros estimados serão: a) taxa de cruzamento multilocos ( t m );
b) taxa de cruzamento unilocos ( t s ); c) taxa de cruzamento entre aparentados ( t m  t s );
d) a correlação multilocos de paternidade ( rp (m ) ). O erro padrão dos parâmetros será
estimado por 1000 reamostragens bootstrap. Pare conhecer o parentesco existente
dentro das progênies será estimado pelo coeficiente médio de coancestria (  ) entre
plantas dentro de progênies, calculado de parâmetros do sistema de reprodução,
conforme derivações de Ritland (1989) e Sebbenn (2003). A representatividade genética
dentro das progênies será medida pelo tamanho efetivo de variância ( N e (v ) ) de cada
progênie com base na variância amostral das frequências alélicas (Cockerham, 1969).
O fluxo gênico contemporâneo via pólen e análise em fina escala do sistema de
reprodução serão estimados utilizando análise de paternidade e o programa CERVUS
3.0 (Marshall et al. 1998; Kalinowski et al. 2007). A partir dos genótipos de toda a
população adulta reprodutiva e das sementes, associado ao conhecimento da posição
espacial de cada membro da população, será estimado a distância de dispersão de pólen.
Como todas as árvores e jovens da parcela terão sua localização geográfica conhecida,
será possível determinar o padrão de dispersão de pólen e sementes dentro da parcela.
CRONOGRAMA
TRIMESTRES
ATIVIDADES
Disciplinas
Coleta de material botânico
Revisão Bibliográfica
Análises moleculares
Análises estatísticas
Apresentação de resultados prévios em eventos
científicos
Redação de artigos científicos
Redação da Dissertação
Defesa da Dissertação
2012
2013
2014
1º
2º
3º
4º
1º
2º
3º
4º
1º
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
ORÇAMENTO
n
Item (material de consumo)
01
Finnpipette F1 KIT-2 (2-1000µl)
02
10 PB DNA LADDER (50 UG)
03
LAMBDA DNA (500 UG)
04
RNAse A (10 ml)
05
dNTPS (2,5 MM - 1 ml)
06
N’N’ Methylenebisacrylamide (100g)
07
TEMED (30 ml)
08
Acrilamyde (500g)
09
Urea Ammonia Free (500g)
10
11
Platinum TAQ DNA Polimerase - BRASIL (500
unidades)
Oligo (DT) 12-18 primer (25 UG)
12
Álcool Etílico absoluto P.A. - A.C.S. (1000 ml)
13
Ácido Bórico P.A. - A.C.S (1000g)
PRODUTOS
Especificação/Justificativa
Empresa
Código
Material Permanente Nacional (MPN)
Auxílio para caracterização Uniscience
4700860
genética de S. glazioviana
Material de consumo a ser adquirido no Brasil (MCN)
Auxílio para caracterização Invitrogen
10821015
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
25250010
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
12091021
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
R72501
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
15516024
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
15524010
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
15512023
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
15505035
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
10966030
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Invitrogen
18418012
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Synth
01A1084.01.BJ
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Synth
01A1025.01.AH
genética de S. glazioviana
Qtde
Valor unitário (R$)
Valor total (R$)
01
3.783,45
3.783,45
01
537,94
537,94
01
542,12
542,12
01
559,16
559,16
02
368,27
736,54
01
421,07
421,07
01
178,50
178,50
02
675,06
1.350,12
01
215,30
215,30
02
376,64
753,28
08
429,85
3.438,80
02
14,56
29,12
01
27,93
27,93
14
EDTA Sal dissódico 2H2O P.A. (250g)
15
Ácido Acético Glacial P.A. - A.C.S. (1000 ml)
16
Álcool Amílico (Iso) P.A. (1000ml)
17
pGEM®-T Easy Vector System I
18
Sequenciamento de DNA (unid)
19
Motorista
20
Custeio/ Passagens
21
Viagem a campo
22
Auxiliar de campo
Total R$ 25.298,12
Auxílio para caracterização Synth
01E2005.01.AF
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Synth
01A1019.01.BJ
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Merck
8764
genética de S. glazioviana
Auxílio para caracterização Promega
A1360
genética de S. glazioviana
Serviços de Terceiros no Brasil (STB)
Auxílio para caracterização Biogenomic
genética de S. glazioviana
Para transporte da equipe para
viagens de coleta
Passagem Aérea Rio de Janeiro TAM
- Campinas - transporte para
realização dos procedimentos
no CBMEG (Unicamp)
Rio de Janeiro - Búzios e Arraial
do Cabo para coletas de S.
glazioviana
Auxílio na coleta
01
18,43
18,43
01
19,24
19,24
01
993,60
993,60
01
450,00
450,00
100
27,00
2.700,00
12
170,00
2.040,00
02
251,76
503,52
12
300,00
3.600,00
12
200,00
2.400,00
REFERÊNCIAS
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ANEXO
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Orientador: Vidal de Freitas Mansano
Mestranda: Janaína Spoladore
Data da apresentação: __________________________
Comentários dos Professores da disciplina Seminários I:
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