Sistema de Informação para Coleções de
Interesse Biotecnológico (SICol)
XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia
Novembro de 2005
Construção do conhecimento sobre
biodiversidade
 Coletiva, multi e inter-disciplinar
 Requer um ambiente de cooperação
global
 Depende de uma base comparativa de
dados e de conhecimento
Dados
Ontem:
Futuro
• pessoas responsáveis por seus
dados
• grupos / instituições
responsáveis pela gestão dos
dados de provedores múltiplos
• dados “lidos” e interpretados por
indivíduos
• leitura e interpretação com o
auxílio de software
• descobertas feitas através do
pensamento, através da análise de
um indivíduo ou de algumas
pessoas
• descobertas feitas com o uso de
computadores, verificadas pelas
pessoas
Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line
Evolução do conceito de coleções de
culturas
• “depósitos” de material de pesquisa
• depósito + serviços (preservação,
identificação, distribuição ...) + catálogo
• depósito + serviços + pesquisa + catálogo
• depósito + serviços + pesquisa + centro
de informação
Evolução:
Catálogo (CC)
Centro de Dados (CRB)
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Desafios
• Mudança de cultura (compartilhamento de
dados/ informações)
• Adoção de padrões mínimos (integração
de dados de fontes diversas)
• Desenvolvimento e uso de ferramentas
computacionais:
 Integração de dados e de interoperabilidade
de sistemas
 Análise, síntese e visualização
Modelo: CABRI – Common Access to Biological
Resources and Information
Metas
 Aumentar a conscientização dos usuários
científicos quanto à qualidade e variedade de
coleções de culturas Européias
 Facilitar o acesso ao material e à informação
Estratégia adotada
 Desenvolvimento de um sistema de acesso
único aos catálogos das coleções
 Garantia de um nível comum de qualidade do
material e informação associada
CABRI
Iniciativa da Comunidade Européia
Hoje é um consórcio de nove centros de recursos
biológicos
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



Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms
CABI Bioscience (UK)
Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda)
Institut Pasteur CIP (França)
CERDIC (França)
Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen
(Alemanha)
 European Collection of Cell Cultures (UK)
 National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line
Collection (Itália)
 National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK)
http://www.cabri.org/
CABRI – padronização dos dados
• dados mínimos, dados recomendados
e dados completos para cada grupo
taxonômico.
• permite a inclusão de dados históricos
• permite a inserção de dados mais
completos
CABRI Guidelines
• Padrões de qualidade para o
gerenciamento de coleções
• Guidelines para a produção de catálogo
• Manual de Procedimentos
Microrganismos
Sistema de Informação de Coleções
de Interesse Biotecnológico
Apoio MCT/CNPq/Finep
http://sicol.cria.org.br
Objetivos do SICol
 Servir de elemento integrador às diversas e
diferenciadas coleções
 Atender à demanda por informação das
coleções e dos usuários de insumos
biológicos na área da biotecnologia
 Atender à demanda por informação dos
formuladores de políticas públicas.
A primeira fase do projeto envolveu:
Diagnóstico para definir a arquitetura:
 documentação e registro de dados
 infra-estrutura e capacitação
 ferramentas disponíveis
Desenvolvimento de um web site
Diagnóstico (2001)
Documentação
 básica (registro apenas de campos mínimos)
 pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de
vocabulário controlado e formatos comuns)
 atendimento da demanda interna
Infra-estrutura e capacitação
 acesso à Internet é precário
 sem apoio de informática
 necessidade de um sistema de gestão do acervo
Ferramentas disponíveis
 Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma
certa competência em informática nas coleções
Diagnóstico: Arquitetura do Sistema
Opção por um sistema centralizado
(no momento)
Princípios:
 Provedor dos dados: total domínio, controle e
responsabilidade pelos dados
 Desenvolvimento do sistema: baseado em
protocolos abertos, “platform independent”,
utilizando sempre que possível software de
acesso público, não comercial .
2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line
(catálogo virtual)
Bactérias
Fungos
Usuário
Células
Interface
Web
Etc...
Coleções
Base de dados do
SICol
Características do Sistema
 Autonomia completa das coleções em relação aos
dados.
 Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou
livre
 Compatibilidade com o padrão CABRI
Autonomia das coleções
 O SICol disponibiliza uma área de acesso
restrito para que as coleções administrem os
seus dados pela internet.
 A qualquer momento as coleções podem
inserir novos dados ou apagar os que estão
sendo disponibilizados por ela.
 A qualidade das informações disponibilizadas
é de total responsabilidade de cada coleção.
Para participar do SICol
1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário:
http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf
2- O CRIA envia login e senha por e-mail para
acesso à área restrita:
http://sicol.cria.org.br/adm/
3- Na área restrita a coleção pode baixar a
planilha modelo já no formato que os dados
devem ser enviados ao SICol.
4- Através da área restrita a coleção também pode
atualizar os dados no sistema.
Resultado do esforço conjunto...
http://sicol.cria.org.br/cv
Bacillus cereus
Atualização
• CABRI: as coleções se comprometem a
atualizar os seus catálogos a cada 6
meses
• SICol: não existe qualquer compromisso
nesse sentido
Rede speciesLink
 Provedores: coleções biológicas com total
domínio sobre os dados
 Sistema Distribuído
 Modelo de dados: DarwinCore
 Protocolo de comunicação: DiGIR
Novos desenvolvimentos
• Trabalhar no conteúdo do SICol
• Desenvolvimento do sistema de
gerenciamento
Serviços Web
•Mapas
•Modelagem
•Datacleaning
•Georeferenciamento
automático
•Outros serviços
portal
servidor regional
coleções biológicas
data commons
space
dados de observação
data commons
space
dados taxonômicos
Sistema de preservação de dados para gerações futuras (long term data archive)
Cenário envolvendo o uso de padrões e protocolos
pesquisa
educação
nomenclatura
taxonomia
dados
descritivos
tomada de
decisão
dados
primários
modelagem
qualidade de dados
mapas
coleção
biológica
Obrigada
Dora Ann Lange Canhos
([email protected])
http://splink.cria.org.br
http://www.cria.org.br