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Precinto Respuesta
4590 No teniamos celdas para añadir más sistemas del cromosoma X.
4598 1.- HUMTHO1, HUMFES/FPS, HUMVWA·!/A y HUMF13A01: Pestoni C et al. Int J Legal Med. 1995; 107:283-
290.
2.- HUMD1S1656 y HUMD12S391: Lareu MV et al. Int J Legal Med. 1996; 109 (3):34-138.
3.- HUMACTBP2: polymeropoulos MH et al. Nucleic Acid Res 1992, 20 (6):1432.
4.- DYS393, DYS19, DYS390; DYS 389 I y DYS389 II: Aler M et al. Progress in Forensic Genetics, 1999;8:305308.
4604 Los casilleros no permiten utilizar la notación científica. Resulta engorroso a la hora de transcribir los
índices.
4605 En la muestra M4 se ha identificado un alelo para el marcador D19S433 que no estaba entre los de nuestro
Binset. Concretamente un alelo que le localiza entre el alelo 11 y el alelo 12. en la tabla de resultados lo
hemos codificado como ?.
Se ha analizado la muestra M6 para SRTs autosómicos y STR1. Los resultados obtenidos son los siguientes:
D8S1179 12/14 DYS456 15
D21S11 29/33.2 DYS389I 12
D7S820 10/11 DYS390 24
CSF1PO 10/11 DYS389II 29
D3S1358 15/15 DYS458 18
TH01 8/9 DYS19 14
D13S317 12/12 DYS385A_B 11/14
D16S539 11/13 DYS393 13
D2S1388 16/24 DY391 11
D19S433 13/13 DYS439 13
vWA 15/19 DYS635 23
TPOX 8/8 DYS392 13
D18S51 14/17 Y_GATA_H4 12
Amelogeni X/Y DYS437 15
D5S818 11/12 DYS438 12
FGA ?/? DYS448 19
4606 Hemos tenido fallos con la aplicación telemática: no grababa información y nos devolvía a la página de
inicio, para introducir de nuevo el número de precinto y de laboratorio.
4626 Nuestro laboratorio ha realizado análisis de SNPs autosómicos. Puesto que el formulario electrónico no
permite recoger estos resultados, se incluyen en la documentación impresa.
4630 Nota: GATA C4=DYS635
-Relativamente à nomenclatura dos alelos para o locus GATA H4, foi utilizada a correspondente ao locus
GATA H4.1 de acordo com as recomendações da ISFG (J.J. Mulero et al., J. Forensic Sci., 2006, 51: 694).
-Referência dos primers/ladders da Tabela 3B:
Alves et al., Progress in Forensic Genetics, 2004, 10: 133-135.
-Primers utilizados na amplificação do multiplex "mini-Y" para STRs do cromossoma Y (Tabela 3C):
DYS460-F: AGC AAG CAC AAG AAT ACC AGA G
DYS460-R: TCT ATC CTC TGC CTA TCA TTT ATT A
DYS461-F: AGG CAG AGG ATA GAT GAT ATG GAT
DYS461-R: TGA TGC TGT GTC ACT ATA TTT CTG
GATA A10-F: CCT GCC ATC TCT ATT TAT CTT GC
GATA A10-R: TGG AGA TAG TGG GTG GAT TGA
DYS635-F: TGG AAT GCT CTC TTG GCT TC
DYS635-R: ACC AGC CCA AAT ATC CAT CA
GATA H4-F: ATG CTG AGG AGA ATT TCC AA
GATA H4-R: TTC ATC CAT CTA ATC TAT CCA TTC T
- Primers utilizados na amplificação do multiplex para STRs do cromossoma X (Tabela 3D): X-STR Decaplex
do Estudo Colaborativo do Cromossoma X 2006, coordenado pelo grupo de cromossomas sexuais do GEPISFG (http://www.gepisfg.org/ISFG/Portugues/Grupos_de_trabalho/Cromossomas_sexuais/cromossoma_x.php).
4631 En una encuesta anterior, nos preguntaron si estariamos interesados en un intercambio corto entre
laboratorios para intercambiar experiencias y técnicas. Nosotros estuvimos de acuerdo, sin embargo hasta
la fecha no se concreta sobre este tema. Por nuestra parte nos gustaría mucho poder participar de este
programa para aprender a trabajar con ADN mitocondrial y con muestras forenses.
4634 Referências utilizadas na TABELA 3B onde consta metologia de marcadores autossômicos.
M.H. Polymeropoulos, D.S. Rath, H. Xiao, C.R. Merril, Trinucleotide repeat polymorphism at the human
intestinal fatty acid binding protein gene (FABP2), Nucleic Acids Res 18 (1990): 7198.
Ejercicio GEP-ISFG 2007
INTCFM
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M.D. Coble, J.M. Butler, Characterization of new miniSTR loci to aid analysis of degraded DNA, J Forensic
Sci 50 (2005): 43-53.
A tipagem dos marcadores D14S1434, D22S1045 e D10S1248 foi realizada de acordo com a correção feita
por :
C.R. Hill, Michael D. Coble, and John M. Butler, Characterization of 26 New miniSTR Loci, National
Institute of Standards and Technology, Biochemical Science Division, Gaithersburg,
http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/pub_pres/Promega2006_Hill.pdf
4638 E00 Charge Switch Forensic DNA Purification Kits (Invitrogen)
PL00 Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103(2002)
4640 Los marcadores para el cromosoma X, establecidos en este control, no coinciden con los utilizados en
nuestro laboratorio y sólo nos ha permitido incluir 4 de los 18 utilizados por falta de casillas para
agregarlos en los resultados. Esto impide la validación de nuestro método y la comparación con otros
laboratorio que los hubiesen utilizado y que se hayan encontrado con el mismo problema.
4642 El cargado de datos originó dificultades por haberse borrado en dos oportunidades toda la información que
se había incorporado en diferentes secciones (como "Sistemas" y "Estudios teóricos").
4644 En GATA H4 se ha utilizado la nomenclatura del Kit YFiler. Siguiendo las recomendaciones de la ISFG,
deberíamos designar este marcador como GATA H4.1 y habría que aplicar un factor de corrección de 9
repeticiones a cada uno de los alelos detectados.
En
4645 la tabla 7B se ha incorporado un marcador del cromosoma X, señalado con asterisco, debido a que en la
tabla que le correspondria (7C) no había espacio suficiente
4646 Sería importante que no exista incongruencia entre la forma de expresar los resultados con los cálculos
que se deben realizar. Vale decir, si para tener un consenso es conveniente expresar los resultados con 4
decimales, no se deberían presentar valores de X o Y menores a 0,0001.
De lo contrario que la tabla permita incorporar valores con notación científica.
No obstante la observación, el ejercicio aumenta su complejidad y mejora significativamente año a año,
por lo que los organizadores se merecen una sinceras felicitaciones.
Referencias
bibliográficas para la tabla 3B
4647
D1S1656, Lareu, et all. IJLM 1998 (111): 244-7
D12S391, Lareu, et all. IJLM 1998 (111): 134-1
D18s535, Lareu, et all. IJLM 1998 (111): 337-9
El resto de marcadores corresponde a Krenke B, et al. JFS 2002; 47(4): 773-85.
Referencias bibliográficas para la tabla 3C
DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393: Kayser. IJLM 1997 (110): 141-9
DYS385: Schneider. FSI 1998 (97): 61-70
DYS437, DYS438, DYS439: Ayub. NAR (2000) 2, e8
DYS460, DYS461, GATA A10, GATA C4, GATA H4: White, et al. Genomics 1999 57: 433-7
Referencias bibliográficas para la tabla 3D
DXS8378,GATA A172DO5, DXS7423: Edelman FSI 2000 (129): 99-103
DXS9898, DXS7133, GATA31E08, DXS6809, DXS7132, DXS9902, DXS6789: http://www.gepisfg.org/ISFG/Castellano/Grupos_de_trabajo/Cromosomas_sexuales/crx.php
Metodología
de marcadores STRs de X: Los primers utilizados para amplificar los STRs de cromosoma X
4649
fueron los presentados en ejercicio de colaboración de STRs de cromosoma X propuesto por el grupo de
trabajo de cromosomas sexuales del GEP-ISFG en 2006. Las secuencias se encuentran el la página web del
GEP-ISFG (www.gep-isfg.org).
4651 Se han realizado sólo los marcadores y sistemas necesarios para resolver los ejercicios propuestos como si
se tratase de un caso rutinario, y por tanto no se han realizado todos los sistemas disponibles.
507559 H� diferen�as nas freq��ncias dos alelos mais raros entre a tabela que foi enviada junto com o
formul�rio e a tabela que se encontra no site de internet.
507565 ES IMPORTANTE MENCIONAR QUE LA DETECCIÓ N NO SE REALIZA EN NUESTRAS INSTALACIONES, ESTA SE
REALIZA EN EL LABORATORIO DE POLIMOFISMO GENETICO EN FUNDACION INSTITUTO DE ESTUDIOS
AVANZADOS IDEA, EL CUAL TAMBIEN ES VALIDADO POR EL GEP-ISFG.
507569 Alguns marcadores tiveram de ser excluídos deste exercício, aparentemente devido a degradação da
amostra (provavel falha nas condições de armazenamento).
507571 1)Nenhum método de purificação/concentração da amostra foi utilizado, assim como, também não se
utilizou nenhum método para a avaliação da qualidade e quantificação do DNA.
2) Para a amplificação dos X-STRs, foram utilizados os primers incluídos no “Estudo de Colaboração de
STRs do Cromossomo X, realizado pelo GEP-ISFG”, sendo utilizado como controle a amostra 9947A
(Promega).
3)Na Tabela 3D, no marcador DXS7133, a sigla NA significa não amplificado, ou seja, não conseguimos
amplificar este marcador.
4)Em relação aos eletroferogramas, por um problema em nossa impressora, não foi possível imprimir o
eletroferograma direto do Genotyper. Assim, foram tiradas fotos do eletroferograma gerado por tal
programa, as quais foram enviadas.
Ejercicio GEP-ISFG 2007
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5)Nos eletroferogramas dos X-STRs, foram enviadas as fotos tiradas do GeneScan, não havendo, portanto, a
determinação alélica. Esta determinação foi colocada por nós no eletroferograma, juntamente com o
nome do STR correspondente. Nas amostras M1, M2 e M3, no perfil dos STRs marcado com VIC há
interferência (pull-up) dos STRs DXS7132 e DXS6789, marcados com NED. No entanto, a leitura alélica não
foi prejudicada, pois tais artefatos estão bem definidos.
507572 En el ejercicio teorico tabla 9, el IP para el sistema D8S1179 es de 277,777 pero en la tabla se coloco
27,777 porque el sistema no nos permitia continuar.
507575 OBSERVACIONES AL ESTUDIO DE PATERNIDAD TEÓ RICO:
Sabemos que los valores numéricos de X e Y para un determinado locus dependen de la fórmula
utilizada, y por lo tanto no pueden ser consensuados, y menos todavia los valores de X total e Y total,
para los cuales 4 casas decimales son insuficientes. Por eso nos pareceria mas interesante, como
sucedió en años anteriores, que los laboratórios expresen, además del resultado numérico, la fórmula
matemática utilizada. Otro problema es el siguiente: por ejemplo, a/a2 es por supuesto igual a 1/a,
pero cuando se utiliza el redondeo (de acuerdo con las instrucciones) llegamos a resultados de IP
diferentes, ya sea se utilize una fórmula u otra. Pero ambas fórmulas son correctas y sus resultados
numéricos también, si consideramos la necesidad del redondeo exigido. Esto también sucede con otras
fórmulas, de manera que tendremos resultados de IP parciales diferentes, y por supuesto IP TOTALES
diferentes, que NO PODRÁN SER CONSENSUADOS.
El
estudio
resulto muy interesante y oportuno para corroborar nuestro trabajo, ahora que nuestro
507579
laboratorio ha comenzado a realizar el analisis de STRs mediante un secuenciador automatico, lo que nos
permite analizar un mayor numero de marcadores y en menor tiempo, despues de realizar durante mucho
tiempo estos estudios utilizando geles de poliacrilamida y tincion con plata.
507580 Nos pareció muy buena idea los desafíos teóricos, sugerimos que a todas las conclusiones que se lleguen
sean publicadas en esta pagína.
507605 AGRADECEMOS EL ESFUERZO DEL GEP-ISFG EN LA REALIZACION DEL EJERCICIO DE PATERNIDAD Y DEL
EJERCICIO FORENSE, Y LOS CASOS DE ESTUDIO DE PATERNIDAD TEORICA.
ES INTERESANTE TRABAJAR EN EL EJERCICIO FORENSE CON MUESTRAS DIFERENTES A LAS TRADICIONALES,
COMO LA COLILLA DE CIGARRILLO.
507614 El primer ejercicio del desafió teórico fue realizado mediante el empleo del software Familias, versión
1,81.
507618 No se encuentran espacios para incluir la información de los valores correspondientes a los cálculos
realizados para el ejercicio práctico, ni para cálculos adicionales o complementarios en el desafío teórico.
507619 Para os cálculos realizados no desafio teórico, foi utilizada a abordagem estatística descrita no manual:
Walker, R. H. 1998. Parentage Testing Accreditation Requirements Manual. Third Edition. American
Association of Blood Banks.
507675 Referências:
Butler, JM et al., The development of reduced size STR amplicons as tools for analysis of
degraded DNA.
J Forensic Sci. 2003 Sep;48(5):1054-64.
Simoni, M; EMQN Guidelines for Y-chromosome microdeletions. Hum Reprod. 2001; 16(3):
402-409.
AABB; Guidance for Standards for Parentage Testing Laboratories. 2004. 6th ed.
Nos
ha
parecido
muy interesante el desafío teórico de mezclas porque creemos que es muy útil para los
507731
labs seguir pogresando en la interpretación de mezclas.
507732 Para el reto teórico recomendariamos incluir la opción NO CONCLUYENTE.
507739 Con respecto a la muestra M5 (cigarro) no se pudo realizar el estudio por Cromosoma Y y ADN mitocondrial
esto debido a que se contaba con poca muestra ya que lo que realiza muestro laboratorio de rutina para
este tipo de muestras es una purificación/concentración con DNA IQ (Promega) obteniendose un volumen
final de aproximadamente 20 ul.
507740 *Continuação de 5.4
Pela análise do mtDNA verifica-se que o haplótipo de M1 é igual ao de M3, pelo que M1 pode ser mãe de M3
ou pelo menos podem partilhar a mesma linhagem materna. O haplótipo de M2 é diferente do de M1, pelo
que M1 não pode ser mãe de M2, nem partilham a mesma linhagem materna.
O mesmo acontece com os X-STRs.
Devido ao espaço ser restrito, enviamos os resultados referentes aos restantes X-STRs na Tabela 3.1.2.
Ejercicio GEP-ISFG 2007
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