• National Center for Biotechnology
Information - é uma das principais
fontes de informação sobre genes
e proteínas da atualidade.
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov
O que é o BLAST
Ferramenta de Pesquisa de
Alinhamento Local Básica
BLAST – Basic Local Alignment Search Tool
Compara uma seqüência de DNA ou aminoácido com
um banco de dados de seqüências de DNA ou
aminoácidos.
Ferramenta para pesquisa de
similaridade de seqüências de
DNA e proteínas
• Query: seqüência submetida pelo usuário.
• Subject: seqüência do banco de dados similar
à query
• E-value: controla o quanto a seqüência do
banco de dados deve ser similar à query para
ser listada.
• Score: medida da perfeição do alinhamento
encontrado.
• BLASTN - seqüência de nucleotídeos contra
um banco também de nucleotídeos.
• BLASTP - seqüência de aminoácidos contra
um banco também de aminoácidos.
• BLASTX - seqüência de nucleotídeos
traduzida nos seis quadros de leitura contra
um banco de aminoácidos.
• TBLASTN - seqüência de aminoácidos
contra um banco de nucleotídeos traduzido
nos seis quadros de leitura.
• TBLASTX - seqüência de nucleotídeos
traduzida nos seis quadros de leitura contra
um banco de nucleotídeos também traduzido
nos seis quadros de leitura.
Valor E
• Significado - determina a probabilidade do
alinhamento ser devido ao acaso
• Observar - quanto menor seu valor, melhor
(quer dizer que há menor chance do
alinhamento ter ocorrido ao acaso, ou seja, as
seqüências são homólogas)
• Depende do comprimento da seqüência query
e do comprimento do banco de dados
Como usar o BLAST
banco de dados
Seqüência (FASTA)
regiões de baixa complexidade
filtro
máximo valor de E
Resultado do BLAST cabeçalho
Seqüência
submetida
Total de
seqüências no
banco de dados
resultado
gráfico
Resultado do BLAST – lista
de seqüências similares
Identificação
no banco
score
valor E
descrição
Resultado do BLAST alinhamento
query
subject
estatísticas
The EMBL Nucleotide Sequence Database
www.ebi.ac.uk/embl/
DDBJ Homepage
www.ddbj.nig.ac.jp/
Protein Data Bank
www.rcsb.org/pdb/
the Gene Ontology
www.geneontology.org/