Com quem são mais parecidos os organismos Archaea: com Bacteria ou Eucarya? O domínio Archaea e o domínio Bacteria incluem ambos organismos com organização celular procariótica. Nesse sentido, poderemos dizer que são “parecidos”.Contudo, há características celulares em que Archaea se assemelham mais aos Eucarya que aos membros de Bacteria: em Archaea e Eucarya a replicação do DNA faz-se através de complexos de polimerases homólogos, diferentes da DNA polimerase III dos representantes de Bacteria; Archaea e Eucarya usam uma proteína de união a TATA (TATAbinding protein) para inicio da transcrição, enquanto em Bacteria o início da transcrição depende de uma proteína designada factor sigma (σ).