Instruções:
Siga estas instruções para analisar os seus dados.
Esta pasta contém a documentação e dados originais do seu projeto.
Mantenha uma cópia para referências futuras, em caso de dúvida entre em contato.
[email protected]
1. Os arquivos *.ab1 ou *.scf são os cromatogramas gerados no ABI 3730 e podem
ser vistos no Chromas ou outro software similar. Uma cópia gratuita do
Chromas pode ser baixada no seguinte endereço:
http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html
2. O arquivo *.cm5 pode ser visto no software Clone Manager 5 ou versão mais nova.
Este arquivo tem o mapa completo do seu plasmídeo.
3. Um arquivo de texto tipo gene bank com a sequência do seu plasmídeo
pode ser utilizada para reconstruir o mapa do seu plasmídeo com um software
da sua preferência se o Clone Manager não for acessível. Nós recomendamos o
software gratuito pDRAW32:
http://www.acaclone.com/
4. Para o alinhamento das sequências pode se usar as seguintes ferramentas online:
http://www.genone.com.br/sms2/
http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html
http://pbil.univ-lyon1.fr/lfasta.php
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/lalign-guess.cgi
5. O arquivo *.SPF é o contig montado e criado pelo software Sequencher da
Gene Codes Corporation. Este arquivo é muito útil para genes maiores que 1kb.
Ele pode ser visualizado no Sequencher 4.1.4 ou mais atual. Uma versão demo
completamente funcional, sem as funções salvar e exportar, pode ser baixada
dos endereços abaixo:
• Para Windows: Version 4.7
http://www.genecodes.com/downloads/PC/Sequencher4.7Demo.zip
• Para Macintosh OSX: Version 4.7
http://www.genecodes.com/downloads/MAC/Sequencher4.7Demo.dmg
6. Para Visualizar os dados do alinhamento usando o Sequencher siga os passos:
1) Faça o download e instale o Sequencher
2) Abra o arquivo GS*.SPF com um clique duplo nele.
3) Dê um duplo clique no icone Contig[0001]
4) Agora você verá o diagrama do esquema de alinhamento
que foi realizado. A orientação de cada sequência é indicada pelas setas.
5) Clique no botão Bases, mova o cursor pelas sequências e selecione as
bases clicando nelas. Então clique no botão Show Chromatograms
6) Após a janela Chromatograms se abrir, marque uma posição na Consensus line
ao final da janela do Contig (mostrado anteriormente) e todos os cromatogramas
correspondentes a regioão serão mostrados.
As bases ambiguas estarão marcadas por um ponto abaixo das sequências consenso
e as bases correspondentes estarão sublinhadas.
7) Examine as regões de ambiguidade cuidadosamente. Pelo menos uma das
sequências do cromatograma deverá ser convincente.
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