Genotipagem por CRISPR
Mycobacterium tuberculosis
Salmonella enterica serovar typhimurium
Os lócus CRISPR (Clustured Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats) são marcadores genéticos que permitem
a identificação e a genotipagem de numerosas bactérias patogênicas. A equipe coordenada por J.Van Embden nos
(Países-Baixos) desenvolveu a metodologia baseada « direct repeat locus » para o Mycobacterium tuberculosis (MTB),
(1). Essa técnica foi inicialmente chamada de « spoligotyping ou tipagem molecular por Spoligo » (2). Os locus CRISPR
estão presentes em cerca 100% das Archaea e 60% das bactérias. Constituídos de partes fixas (repetições) e de partes
variáveis (espaçadores), eles desempenham papéis fisiológicos ainda pouco caracterizados, principalmente na defesa
anti-fágicas ou anti-plasmídicas. A caracterização molecular permite uma classificação taxonômica
precisa, infra-
específica e bio-geográfica de isolados clínicos para estudos de epidemiologia molecular ou de estudos populacionais. O
formato numérico obtido (43 ou 68 Plex para MTB, 72 Plex para Salmonella enterica serovar typhimurium é adaptado para
comparações intra e inter-laboratórios (3).
Vantagens
o
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Confiável, Reprodutível, Rentável
Barato, Robusto, Prático
Rápido, Método Automatizado
Gestão informatizada dos resultados
Resultados numéricos, bases de dados
Formação sob nossa responsabilidade
Plataforma aberta (criação de novos métodos)
Adaptável à detecção de SNP
Aplicações, Referências
TB-SPOL» (Spoligotyping Mycobacterium tuberculosis
complex (ref. BMX-TB-G43 Plex, ref. BMX-TB-G68 Plex)
o « STM-CRISPOL » Salmonella enterica ser. Typhimurium
Extração de DNA
(a partir de amostras ou da cultura)
Amplificação pela PCR dos locus CRISPR
Locus
CRISPR
génomas
o «
Hibridização sobre microesferas: detecção
(ref. BMX-SE-G72 Plex)
o « TB-SPRINT» (Spoligo-rif-inh-typing for MDR-TB) (ref.
BMX-TB-G59 Plex)
1.
2.
3.
Kamerbeek J, et al. (1997) Simultaneous detection and strain
differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and
epidemiology. J Clin Microbiol 35: 907-914.
Gomgnimbou M, et al. (2013) Tuberculosis-Spoligo-RifampinIsoniazid Typing”; an All-in-One assay technique for
surveillance and control of multi-drug resistant tuberculosis on
Luminex® devices.. J. Clin. Microbiol, 51,11, 3527-3534
Fabre L, et al. (2012) CRISPR typing and subtyping for
improved laboratory surveillance of Salmonella infectionsPloS
One. 2012; 7,5,e36995
Institut de Génétique et Microbiologie
Campus d’Orsay
F-91405 Orsay-Cedex
Tel : +33 (0) 1 69 15 46 48
Fax : +33 (0) 1 69 15 72 96
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Magpix
Resultado
numérico
ou
Luminex 200
Tabulação
informatizada dos
dados