Original Article
REDE MINEIRA DE SEQÜENCIAMENTO: O ESTUDO DO TRANSCRIPTOMA
DO PARASITA SCHISTOSOMA MANSONI
MINAS GERAIS SEQUENCING NETWORK: THE STUDY OF THE PARASITE
SCHISTOSOMA MANSONI TRANSCRIPTOME
Glória Regina FRANCO1; Francisco PROSDOCIMI2; Alessandra C. FARIA-CAMPOS1; José Miguel ORTEGA1
RESUMO: Schistosoma mansoni é o principal agente etiológico da esquistossomose, uma doença tropical
com grande significado em saúde pública nos países em desenvolvimento. Na tentativa de melhor entender a biologia
e metabolismo desse parasita, um novo enfoque tem sido utilizado, o qual se baseia em sequenciamento em larga escala
e bioinformática. Em 1992, teve início o primeiro projeto brasileiro de descoberta gênica em S. mansoni baseado na
geração e caracterização das Etiquetas de Sequências Transcritas (ESTs). Em 2001, dois grandes projetos transcriptoma
foram iniciados para este parasita, sendo um deles executado pela rede ONSA em São Paulo e o outro pela Rede
Genoma de Sequenciamento de Minas Gerais. Este último tem como objetivo o estudo do genoma expresso do S.
mansoni, visando o conhecimento da sua estrutura e mecanismos de controle de expressão gênica, o que se traduz em
informação de relevância biológica. Até o momento já foram geradas 58.205 ESTs a partir de bibliotecas das várias
fases do ciclo de vida do parasita. Estas ESTs foram submetidas à análise bioinformática, classificadas em categorias
funcionais e alguns clones de cDNA, contendo a região codificadora completa, foram escolhidos para sequenciamento
direcionado. A estratégia aplicada já permitiu selecionar 3.782 clones, os quais representam 487 proteínas completas
diferentes. A utilização prevista de mais proteínas modelo e o progresso do seqüenciamento pressupõem uma importante
contribuição à caracterização do proteoma do parasita.
UNITERMOS: Schistosoma mansoni, EST, transcriptoma, bioinformatica.
INTRODUÇÃO
Membros do gênero Schistosoma, Filo Platelminto,
classe Trematoda, consistem de vermes de corpo achatado,
sendo os agentes etiológicos da esquistossomose, uma
doença tropical com grande significado em saúde pública
nos países em desenvolvimento. Schistosoma mansoni é o
principal agente causador desta parasitose na America do
Sul (http://www.who.int/ctd/schisto/epidemio.htm). Apesar
dos esforços para controlar essa endemia, a
esquistossomose permanece como a maior causa de
morbidade em 76 países (ENGELS et al., 2002). Assim, a
partir de 1993 a Organização Mundial da Saúde determinou
que o estudo da genômica do parasita seria a única forma
de se obter informação que pudesse ser revertida em novas
ferramentas de controle da doença (EL-SAYED et al.,
2004). O estudo da genômica de parasitas reveste-se assim
de grande importância para o entendimento da biologia e
1
2
metabolismo destes organismos e também para a busca de
bons candidatos para o diagnóstico, a produção de vacinas
e principalmente alvos para novas drogas (DEGRAVE et
al., 2001).
O S. mansoni é um organismo diplóide, contendo
7 pares de autossomos e um par de cromossomos sexuais.
O sexo homogamético é o macho (ZZ) enquanto o
heterogamético é a fêmea (ZW) (SHORT &
GROSSMAN, 1981; SHORT, 1983). O tamanho do seu
genoma haplóide compreende 2,7x108 pb, constituído de
um conteúdo de A+T bastante elevado (66%) (HILLYER,
1974). O índice deste conteúdo varia dependendo se o
DNA é de região codificadora (60%), ficando em torno
de 70% na região não codificadora (MEADOWS &
SIMPSON, 1989; MILHON & TRACY, 1995). Com base
no tamanho do seu genoma e posição evolutiva, calculase que o S. mansoni contenha de 15.000 a 20.000 genes
expressos (ALI et al., 1991).
Departamento de Bioquímica e Imunologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais.
Programa de Doutorado em Bioinformática, Departamento de Biologia Geral, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas
Gerais.
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
93
Rede mineira de seqüenciamento...
Um projeto de descoberta gênica em S. mansoni
foi iniciado em 1992 por um esforço conjunto do Dr. Sérgio
Pena (Depto. de Bioquímica e Imunologia do Instituto de
Ciências Biológicas da Universidade Federal de Minas
Gerais - ICB – UFMG) e do Dr. Andrew Simpson (então
chefe do Laboratório de Biologia Molecular do Centro de
Pesquisas René Rachou da Fundação Oswaldo Cruz –
CPqRR, FIOCRUZ), ambos em Belo Horizonte. Na sua
primeira fase, o Projeto Genoma de Schistosoma mansoni
contou com o importante apoio logístico do Dr. Craig
Venter (então Diretor do The “Institute for Genomic
Research” – TIGR, em Rockville, MD, Estados Unidos).
A FAPEMIG financiou a aquisição de um sequenciador
automático fluorescente ALF, que foi o primeiro da
América Latina. Posteriormente, foi conseguido um apoio
mais substancial do PADCT com um projeto coordenado
pelo Dr. Sérgio Pena.
Para o seqüenciamento de toda a porção expressa
do genoma de S. mansoni, seria necessário adotar uma
técnica que fosse ao mesmo tempo eficiente e rápida. A
estratégia básica utilizada envolveu o seqüenciamento em
um único passo de clones de cDNA selecionados
aleatoriamente de diferentes bibliotecas, para a obtenção
das Etiquetas de Sequências Transcritas (ESTs). As ESTs
são produzidas através de uma metodologia extremamente
simples, de custo moderado, sendo portanto acessível a
pequenos laboratórios. Além de permitir trabalhar apenas
com seqüências expressas e identificar rapidamente uma
grande quantidade delas por meio de comparações feitas
com seqüências depositadas em bancos de dados, as ESTs
tem muitas outras aplicações; dentre elas podemos
destacar sua utilização na construção de mapas físicos,
na caracterização de grandes seqüências genômicas, na
identificação de genes em genomas e em tecnologias
aplicadas à indústria farmacêutica (ZWEIGER & SCOTT,
1997). Quando o Projeto Genoma de Schistosoma
mansoni teve início, menos de 100 genes do parasita
haviam sido completamente ou parcialmente sequenciados
e depositados em bancos de dados.
Para o Projeto Genoma de Schistosoma mansoni
foi construída inicialmente uma biblioteca de cDNA de
vermes adultos destinada à obtenção de ESTs. Após
seqüenciamento intensivo e análise por pesquisas de
homologia, as primeiras 607 ESTs foram produzidas. Estas
ESTs corresponderam a 169 genes distintos do parasita,
sendo que, 154 destes genes nunca antes haviam sido
seqüenciados em S. mansoni (FRANCO et al. 1995). Em
1994, a Organização Mundial de Saúde decidiu
institucionalizar essa iniciativa em S. mansoni como parte
de um extenso programa de estudos genômicos em
parasitas. No período de 1994 a 2000 o programa de
seqüenciamento foi parcialmente financiado pela WHO/
FRANCO, G.R. et al.
TDR e os laboratórios participantes da “Schistosoma
Genome Network”, juntamente com outros grupos geraram
cerca de 17000 ESTs. O sucesso do programa de
descoberta gênica em S. mansoni, utilizando a estratégia
das ESTs, é demonstrado pelo número de genes catalogados
e também pelo número de publicações geradas por estes
estudos (DIAS NETO et al. 1996; 1997; FRANCO et al.
1995a; 1995b; 1997; 2000; JOHNSTON 1997;
JOHNSTON et al., 1999; OLIVEIRA, 2001; OLIVEIRA
& JOHNSTON, 2001; PROSDOCIMI et al., 2002;
RABELO et al. 1997; SANTOS et al. 1999; ZOUAIN et
al. 1998).
Como o processo de produção das ESTs trata de
um sequenciameno em único passo, isto é, somente uma
corrida eletroforética no sequenciador automático de
DNA, é comum observar um grande número de erros de
seqüenciamento, além de tamanho pequeno das seqüências
e ainda alta redundância nos dados, visto que os clones de
cDNA são aleatoriamente escolhidos de uma biblioteca
(LIANG et al., 2000; MILLER et al., 1999). Na tentativa
de superar estes problemas e ainda de fornecer uma visão
mais detalhada dos números e tipos de genes selecionados,
é comum a utilização de procedimentos de agrupamentos
de seqüências (OLIVEIRA & JOHNSTON, 2001). Em
nosso laboratório, recuperamos 17071sequências de cDNA
de S. mansoni do GenBank (BENSON et al., 2003) e
dbEST (BOGUSKI et al., 1993), que foram filtradas para
remoção de contaminantes (vetores, seqüências pequenas
e ricas em repetição) e agrupadas pelo programa Cap3.
Todas as seqüências não redundantes geradas (“uniques”)
foram submetidas ao processos de anotação gênica através
da inspeção visual dos alinhamentos locais contra bancos
de dados de nucleotídeos e proteínas, usando o programa
BLAST (ALTSCHUL et al., 1997). As seqüências foram
classificadas em categorias funcionais segundo o COG
(Cluster of Ortologous Groups) (TATUSOV et al., 1997),
tendo como objetivo a compreensão do metabolismo e
biologia do parasita e visando gerar uma carta
transcriptômica para o S. mansoni. O agrupamento das
17071 revelou que as ESTs obtidas correspondiam a 6328
seqüências transcritas diferentes de S. mansoni, e que
cerca de 70% não poderia ser identificada baseado em
pesquisa de homologias em bancos de dados de DNA,
proteínas ou domínios protéicos. A classificação funcional
das seqüências identificadas revelou que 32% dos genes
estão envolvidos em diversos processos celulares básicos,
como divisão celular, modificações pós traducionais,
enovelamento, endereçamento de proteínas, via secretória,
motilidade, transdução de sinal, entre outras; 21% em
processamento e armazenamento de informação; 15% em
metabolismo e os outros 32% foram pobremente
caracterizados. Todas essas informações estão
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
94
Rede mineira de seqüenciamento...
disponibilizadas no website http://www.icb.ufmg.br/~lgb/
schisto (PROSDOCIMI et al., submetido).
Em 2001 foram iniciados no Brasil dois programas
de seqüenciamento do transcriptoma do S. mansoni: um
deles financiado pela FAPESP, visando gerar 120.000
ORESTES (Open Reading Frame ESTs, isto é, ESTs
geradas a partir de RT-PCR dos mRNAs utilizando
iniciadores aleatórios) e ESTs clássicas de várias fases do
ciclo de vida do parasita e um outro financiado pela
FAPEMIG/CNPq visando gerar 100.000 ESTs e
seqüências de 500 cDNAs completos do S. mansoni. Os
avanços obtidos pelo programa Mineiro, ainda em
andamento, serão abordados no próximo tópico desta
comunicação. Pelo programa FAPESP foram obtidas
179.092 ORESTES e ESTs dos vários estágios do parasita,
o que corresponderia a 92% do seu genoma expresso
(VERJOVSKI-ALMEIDA et al., 2003).
Apesar do grande tamanho do genoma do S.
mansoni (270 Mb), uma iniciativa internacional para o
seqüenciamento genômico do parasita, apoiada pelo TDR/
WHO, está sendo conduzida pelo TIGR em associação
com o Wellcome Trust Sanger Institute (WTSI)
(Cambridge, Inglaterra) (EL-SAYED et al., 2004). A
estratégia consiste em sequenciar extremidades de BACs
(cromossomos artificiais de bactérias) contendo insertos
de DNA de S. mansoni obtidos a partir da seleção aleatória
de clones. A partir do seqüenciamento das extremidades
dos BACs foram gerados 21 Mb de seqüência genômica
descontínua, que foram úteis não somente para os projetos
de descoberta gênica, mas também para prover
marcadores para a produção de um mapa físico de mais
alta resolução. O TIGR também gerou seqüências de
regiões contínuas de BACs de diferentes cromossomos,
numa tentativa de seguir a estratégia de seqüenciamento
BAC a BAC, mas devido ao grande número de seqüências
repetitivas no genoma e também a quantidade de “gaps”
encontrados, esta estratégia foi abandonada. Em outubro
de 2002, o TIGR iniciou o seqüenciamento pela estratégia
de “shotgun” e hoje já possui 7,5 vezes a cobertura do
genoma, com a estimativa de menos de 0,5% ainda não
sequenciado. Esta instituição está prometendo publicar o
primeiro rascunho do genoma de S. mansoni até a metade
de 2004 (EL-SAYED et al., 2004). A liberação da
seqüência genômica será de grande utilidade, pois permitirá
checar a acurácia dos dados de descoberta gênica
produzidos em projetos de transcriptoma. Por outro lado,
os genes transcritos que foram descobertos podem auxiliar
em uma anotação mais precisa do genoma, pois podem
ser prontamente localizados na seqüência genômica
utilizando ferramentas de bioinformática (Faria Campos
et al., neste número).
FRANCO, G.R. et al.
Rede Mineira de Seqüenciamento do transcriptoma
do S. mansoni: Características e objetivos
No momento em que foi proposta a formação da
Rede Mineira de Seqüenciamento, utilizando o genoma
expresso do S. mansoni como modelo, em 2001, um
número ainda pouco significativo de ESTs estava presente
em bancos de dados, tendo em vista o tamanho do genoma
do parasita. Além disso, a grande maioria das ESTs eram
derivadas de vermes adultos, tendo sido pouco explorados
os outros estágios evolutivos do parasita. Outros estágios
de interesse seriam o ovo, principal causador da patologia
na esquistossomose e vermes de pulmão que são
provavelmente o alvo da resposta imunológica protetora
(DOENHOFF et al., 1986; COULSON et al. 1988). Para
um conhecimento mais aprofundado dos genes expressos
seria necessário, portanto, um aumento considerável no
número de seqüências disponíveis de todos os estágios
evolutivos do verme.
Nosso interesse principal no estudo em larga escala
do genoma expresso do S. mansoni não reside apenas no
conhecimento de toda sua estrutura e nos mecanismos de
controle de expressão, mas também nas informações
contidas nas seqüências de seus genes que vão trazer um
conhecimento infinitamente maior da biologia do
organismo. A expectativa é criar um catálogo parcial dos
componentes protéicos do organismo, fornecendo dados
relevantes às vias metabólicas, sistemas de transporte,
arquitetura molecular etc., aproveitando-se do vasto
contigente de informações disponíveis em outros modelos.
Além disso, o desenvolvimento deste projeto, em conjunção
com outros projetos transcriptoma, cria a base para o futuro
estudo do proteoma do S. mansoni (ASHTON et al. 2001).
É importante lembrar que além das seqüências, os próprios
genes (clones de cDNA) estarão futuramente disponíveis
facilitando o estudo nas áreas interesse não só de
pesquisadores brasileiros, mas também de pesquisadores
no mundo inteiro envolvidos no estudo da esquistossomose.
Assim, os objetivos da Rede Mineira de
Seqüenciamento são: 1- Gerar bibliotecas de cDNA de
vários estágios de desenvolvimento do parasita. 2- Produzir
cerca de 100.000 moldes para seqüenciamento parcial a
partir das bibliotecas convencionais. 3- Editar o produto
de seqüenciamento e remover sequências não úteis para
pesquisa de homologia em bancos de dados. 4- Identificar
os transcritos por homologia com genes depositados em
bases de dados não redundantes. 5- Criar agrupamentos
das seqüências derivadas da transcrição de um único gene.
6- A partir de cada agrupamento, modelar a região
codificadora e deduzir, quando possível, a proteína
codificada pelo mRNA modelado. 7- Conduzir o
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
95
Rede mineira de seqüenciamento...
FRANCO, G.R. et al.
seqüenciamento de 500 transcritos (cDNAs) completos
de genes selecionados pelo seu interesse biológico, para
possibilitar o depósito da proteína deduzida em bases de
dados apropriadas. 8- Publicar na Internet uma base de
dados curada (análoga ao UniGene) onde cada registro
represente um gene distinto.
São participantes desta rede laboratórios
distribuídos por várias instituições em Minas Gerais: nove
laboratórios de seqüenciamento e uma central de
bioinformática na UFMG, que compreende o Centro
Nacional de Processamento de Alto Desempenho em
Minas Gerais e Centro-Oeste (CENAPAD-MG/CO) e o
Laboratório de Biodados no Instituto de Ciências Biológicas
da UFMG (Tabela 1).
Tabela 1 - Instituições e coordenadores envolvidos na Rede Genoma Minas
Instituição
FAPEMIG
CPqRR - FIOCRUZ
UFMG
UFMG - CENAPAD
CPqRR - FIOCRUZ
UFMG
UFMG
UFMG
EMBRAPA milho e sorgo
UFLA
UFOP
UFU
UFV
Coordenador
Naftale Katz - Coordenador geral
Rodrigo Corrêa-Oliveira - Coordenador científico
José Miguel Ortega - Coordenador da bioinformática
Osvaldo Carvalho / Fabiano Peixoto
Guilherme Corrêa-Oliveira
Gloria Franco
Fabricio Santos
Sergio Costa
Newton Carneiro
Luciano Paiva
Ieso Castro
Luiz Goulart
Sergio Brommonschenkel
Estado Atual do Projeto Transcriptoma de S. mansoni
da Rede Genoma de Minas Gerais
O número de leituras de boa qualidade geradas
até o momento é de 58.205 ESTs, correspondentes a cerca
de 11.000 agrupamentos gênicos (“clusters”). Para a
geração de ESTs foram utilizados clones de duas
bibliotecas de vermes adultos mistos (AW1 e AW2), duas
bibliotecas de ovo (EG1 e EG2), uma biblioteca de cercária
(CE1), e uma biblioteca de vermes correspondentes à fase
pulmonar (LU1). O número de leituras obtidas a partir de
cada biblioteca é variável, sendo que novas seqüências
destas e de novas bibliotecas estão sendo obtidas (Tabela
2).
Tabela 2 -Número de seqüências individuais produzidas a partir de bibliotecas de diferentes estágios do ciclo de vida
do S. mansoni. (a) Número de reações de sequenciamento utilizadas. (b) Número de ESTs com mais de
100 nucleotídeos obtidas.
Biblioteca
AW1
AW2
CE1
EG1
EG2
LU1
GLOBAL
Reações a
23712
19536
672
12048
6624
192
62784
Válidasb
21823
18141
558
11301
6202
180
58205
Rendimento
92.03 %
92.86 %
83.04 %
93.8 %
93.63 %
93.75 %
92.66%
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
96
Rede mineira de seqüenciamento...
Das 58.205 ESTs geradas, 18.379 puderam ser
identificadas baseado em homologia com proteínas
depositadas na base de dados secundária de proteínas
eucariotas (KOGs). O restante das seqüências
corresponderam a genes homólogos aos de S. mansoni, a
outras espécies de Schistosoma, ou a outros trematódeos,
ou ainda não apresentaram qualquer homologia com
seqüências conhecidas e depositadas em bancos de dados
FRANCO, G.R. et al.
públicos. As cerca de 18.000 ESTs identificadas,
corresponderam a genes com as mais diversas funções
no organismo, sendo a maioria deles (genes representados
por mais de 2500 ESTs) pertencentes às categorias de
tradução, estrutura e biogênese de ribossomos;
citoesqueleto; modificações pós-traducionais, “turnover”
de proteínas, chaperones e transporte e metabolismo de
carboidratos (Figura 1).
Figura 1 -Distribuição das 18.379 ESTs identificadas por homologia com proteínas KOG, separados nas seguintes
categorias funcionais: (J) Tradução, estrutura e biogênese de ribossomos; (A) Modificação e processamento
de RNA; (K) Transcrição; (L) Replicação, recombinação e reparo de DNA; (B) Estrutura e dinâmica da
cromatina; (D) Divisão celular e particionamento cromossômico; (Y) Estrutura nuclear; (V) mecanismos
de defesa; (T) Mecanismos de transdução de sinais; (M) Biogênese do envelope celular e membrana
externa; (N) Mobilidade celular e secreção; (Z) Citoesqueleto; (W) Estruturas extra-celulares; (U) Tráfego
intracelular, secreção e transporte vesicular; (O) Modificações pós-traducionais, “turnover” de proteínas,
chaperones; (C) Produção e conversão de energia; (G) Transporte e metabolismo de carboidratos; (E)
Transporte e metabolismo de aminoácidos; (F) Transporte e metabolismo de nucleotídeos; (H) Metabolismo
de coenzimas; (I) Metabolismo de lipídeos; (P) Transporte e metabolismo de íons inorgânicos; (Q) Biossíntese,
transporte e catabolismo de metabólitos secundários; (R) Predição de função geral; (S) Função desconhecida.
A partir da informação contida nas ESTs, clones
foram selecionados para seqüenciamento completo.
Utilizando as seqüências já produzidas pelos vários
laboratórios e a estratégia de seleção de clones completos
desenvolvida pela central de bioinformática da Rede
Genoma MG (ver Faria Campos et al., neste número)
foram escolhidos clones que possivelmente possuem a
seqüência codificadora completa para uma nova rodada
de seqüenciamento, direcionada à produção de seqüências
representado proteínas completas, as quais podem então
constar como novos dados a serem incluídos nas bases de
dados de proteínas de S. mansoni. Do total de 58205
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
97
Rede mineira de seqüenciamento...
seqüências geradas pela Rede Genoma MG, 3782
representam clones candidatos ao sequenciamento
completo, sendo que isto eqüivale a 487 proteínas
diferentes. A seleção foi feita usando a base de dados
secundária KOGs, o que permite uma identificação
acrescida de informações com conteúdo biológico.
FRANCO, G.R. et al.
AGRADECIMENTOS
Os autores agradecem a todos os outros
participantes da Rede Genoma Minas que geraram as
seqüências de DNA e produziram as análises
bioinformáticas.
ABSTRACT: Schistosma mansoni is the main etiologic agent of schistosomiasis, a tropical disease that is a
major public heath problem in developing countries. In order to improve the knowledge on the parasite biology and
metabolism, a new approach has been used in schistosomiasis research, which utilizes as its main tools high throughput
sequencing and bioinformatics. The first Brazilian initiative on S. mansoni gene discovery begun in 1992, based on the
production and characterization of Expressed Sequence Tags (ESTs). In 2001, two transcriptome projects were initiated
in Brazil, one from the ONSA network of the São Paulo state and other from the Minas Gerais Genome network. The
later has as main goal the characterization of the expressed genome of the parasite, in order to obtain biologically
relevant information. Up to now, 58,205 ESTs have been generated from libraries of different stages of the parasite life
cycle. The ESTs have been submitted to bioinformatic analysis and cDNA clones harboring the complete coding region
have been selected for dedicated sequencing. The strategy used has allowed so far the selection of 3,782 clones
corresponding to 487 different complete proteins. The sequencing progress and the use of other model proteins for
clone selection will represent an import contribution for the characterization of the parasite proteome.
Uniterms: Schistosoma mansoni, EST, transcriptome, bioinformatics
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
ALI, P.O.; SIMPSON, A.J.; ALLEN, R.; WATERS, A.P.; HUMPHRIES, C.J.; JOHNSTON, D.A.; ROLLINSON,
D. Sequence of a small subunit rRNA gene of Schistosoma mansoni and its use in phylogenetic analysis. Mol
Biochem Parasitol v. 46, p. 201-8. 1991.
ALTSCHUL, S.F.; MADDEN, T.L.; SCHAFFER, A.A.; ZHANG, J.; ZHANG, Z.; MILLER, W.; LIPMAN, D.J.
Gapped BLAST, PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res v. 25, p.
3389-3402, 1997.
ASHTON, P.D.; CURWEN, R.S.; WILSON, R.A. Linking proteome and genome: how to identify parasite proteins.
Trends in Parasitol v. 17, p. 198-202, 2001.
BENSON, D.A., KARSCH-MIZRACHI, I., LIPMAN, D.J., OSTELL, J., WHEELER, D.L. GenBank. Nucleic
Acids Res v. 31, p. 23-27, 2003.
BOGUSKI, M.S.; LOWE, T.M.; TOLSTOSHEY, C.M. dbEST—database for “expressed sequence tags”. Nat Genet
v. 4, p. 332-333, 1993.
COULSON, P.S.; WILSON, R.A. Examination of the mechanisms of pulmonary phase resistance to Schistosoma
mansoni in vacccinated mice. Am J Trop Med Hygiene v. 38 p. 529-539, 1988.
DEGRAVE, W.M.; MELVILLE, S.; IVENS, A.; ASLETT, M. Parasite genome iniciatives. Int J Parasitol, v. 31, p.
532-536, 2001.
DIAS-NETO, E.; HARROP, R.; CORREA-OLIVEIRA, R.; PENA, S.D.; WILSON, R.A.; SIMPSON, A.J. The
schistosome genome project: RNA arbitrarily primed PCR allows the accelerated generation of expressed sequence
tags. Mem Inst Oswaldo Cruz v. 91, p. 655-7. 1996.
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
98
Rede mineira de seqüenciamento...
FRANCO, G.R. et al.
DOENHOFF, M.J.; HASSOUNAH, O.; MURARE, H.; BAIN, J.; LUCAS, S. The schistosome egg granuloma:
immunopathology in the caus of host protection or parasite survival? Trans R Soc Trop Med Hyg v. 80, p. 503-514,
1986.
EL-SAYED, N.M.; BARTHOLOMEU, D.; IVENS, A.; JOHNSTON, D.A.; LOVERDE, P.T. Advances in schistosome
genomics. Trends Parasitol. v. 20, p.154-157, 2004.
ENGELS, D.; CHITSULO, L.; MONTRESOR, A.; SAVIOLI, L. The global epidemiological situation of schistosomiasis
and new approaches to control and research. Acta Trop, v. 82, p.139-146, 2002.
FRANCO, G.R.; ADAMS, M.D.; SOARES, M.B.; SIMPSON, A.J.G.; VENTER, J.C.; PENA, S.D.J. Identification
of new Schistosoma mansoni genes by the EST strategy using a directional cDNA library. Gene v. 152, p. 141-147,
1995a.
FRANCO, G.R.; RABELO, E.M.; AZEVEDO, V.; PENA, H.B.; ORTEGA, J.M.; SANTOS, T.M.; MEIRA, W.S.;
RODRIGUES, N.A.; DIAS, C.M.; HARROP, R.; WILSON, A.; SABER, M.; ABDEL-HAMID, H.; FARIA, M.S.;
MARGUTTI, M.E.; PARRA, J.C.; PENA, S.D. Evaluation of cDNA libraries from different developmental stages of
Schistosoma mansoni for production of expressed sequence tags (ESTs). DNA Res v. 30, p. 231-240. 1997.
FRANCO, G.R.; SIMPSON, A.J.; PENA, S.D. Sequencing and identification of expressed Schistosoma mansoni
genes by random selection of cDNA clones from a directional library. Mem Inst Oswaldo Cruz v. 90, p. 215-216.
1995b.
FRANCO, G.R.; VALADÃO, A.F.; AZEVEDO, V.; RABELO, E.M.L. The Schistosoma gene discovery program:
state of the art. Int J Parasitol v. 30, p. 453-463. 2000.
HILLYER, G.V. Buoyant density and thermal denaturation profiles of schistosome DNA. J Parasitol, v. 60, p. 725727, 1974.
JOHNSTON, D.A. The WHO/UNDP/World Bank Schistosoma Genome Initiative: current status. Parasitol Today
v. 13, p. 45-46. 1997.
JOHNSTON, D.A.; BLAXTER, M.L.; DEGRAVE, W.M.; FOSTER, J.; IVENS, A.C.; MELVILLE, S.E. Genomics
and the biology of parasites. Bioessays v. 21, p. 131-147, 1999.
LIANG, F.; INGEBORG, H.; PERTEA, G.; SVETLANA KARAMYCHEVA SALZBERG, S.L.; QUACKENBUSH,
J. An optimized protocol for analysis of EST sequences. Nucleic Acids Res v. 28, p. 3657-3665, 2000.
MILLER, R.T.; CHRISTOFFELS, A.G.; GOPALAKRISHNAN, C.; BURKE, J.; PTITSYN, A.A.; BROVEAK,
T.R.; HIDE, W.A. A Compreensive approach to clustering of expressed gene sequence: The sequence tag alignment,
consensus knowledge base. Genome Res v. 9, p. 1143-1155, 1999.
MEADOWS, H.M.; SIMPSON, A.J. Codon usage in Schistosoma. Mol Biochem Parasitol, v. 36, p. 291-293. 1989.
MILHON, J.L.; TRACY, J.W. Updated codon usage in Schistosoma. Exp Parasitol, v. 80, p. 353-356. 1995.
OLIVEIRA, G. The Schistosoma gene discovery project, an update. Trends in Parasitol, v. 17, p. 108-109. 2001.
OLIVEIRA, G.; JOHNSTON, D.A. Mining the schistosome DNA sequence database. Trends in Parasitol, v. 17, p.
501-503, 2001.
PROSDOCIMI, F.; FARIA-CAMPOS, A.F.; PEIXOTO, F.C.; PENA, S.D.J.; ORTEGA, M.; FRANCO, G.R. Clustering
of Schistosoma mansoni mRNA sequences and analysis of the most transcribed genes: Implications in Metabolism,
Biology of Different Developmental Stages. Mem Inst Oswaldo Cruz, v. 97, p. 61-69. 2002.
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
99
Rede mineira de seqüenciamento...
FRANCO, G.R. et al.
PROSDOCIMI, F.; SANTOS, F. R.; FRANCO, G. R. Analyses of public Schistosoma mansoni cDNA sequences:
new insights on the parasite biology. Submitted (Genetics and Molecular Research).
RABELO, E.M.; FRANCO, G.R.; AZEVEDO, V.A.C.; PENA, H.B.; SANTOS, T.M.; MEIRA, W.S.F.; RODRIGUES,
N.A.; ORTEGA, M.; PENA, S.D.J. Update of the gene discovery program in Schistosoma mansoni with the expressed
sequence tag approach. Mem Inst Oswaldo Cruz v. 92, p. 625-629, 1997.
SANTOS, T.M.; JOHNSTON, D.A.; AZEVEDO, V.; RIDGERS, I.L.; MARTINEZ, M.F.; MAROTTA, G.B.;
SANTOS, R.L.; FONSECA, S.J.; ORTEGA, J.M.; RABELO, E.M.; SABER, M.; AHMED, H.M.; ROMEIH, M.H.;
FRANCO, G.R.; ROLLINSON, D.; PENA, S.D. Analyses of the gene expression profile of Schistosoma mansoni
cercariae using the expressed sequence tag approach. Mol Biochem Parasitol v. 103, p. 79-97. 1999.
SHORT, R.B.; GROSSMAN, A.I. Conventional giemsa and C-banded karyotypes of Schistosoma mansoni and S.
rodhaini. J Parasitol, v. 67, p. 661-671, 1981.
SHORT, R.B. Presidential address: Sex and the single schistosome. J Parasitol, v. 69, p. 3-22, 1983.
VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; DEMARCO, R.; MARTINS, E.A.; GUIMARAES, P.E.; OJOPI, E.P.; PAQUOLA,
A.C.; PIAZZA, J.P.; NISHIYAMA JR., M.Y.; KITAJIMA, J.P.; ADAMSON, R.E.; ASHTON, P.D.; BONALDO,
M.F.; COULSON, P.S.; DILLON, G.P.; FARIAS, L.P.; GREGORIO, S.P.; HO, P.L.; LEITE, R.A.; MALAQUIAS,
L.C.; MARQUES, R.C.; MIYASATO, P.A.; NASCIMENTO, A.L.; OHLWEILER, F.P.; REIS, E.M.; RIBEIRO,
M.A.; AS, R.G.; STUKART, G.C.; SOARES, M.B.; GARGIONI, C., KAWANO, T., RODRIGUES, V., MADEIRA,
A.M.; WILSON, R.A., MENCK, C.F.; SETUBAL, J.C.; LEITE, L.C.; DIAS-NETO, E. Transcriptome analysis of
the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nat Genet v. 35, p. 148-157, 2003.
TATUSOV, R.L.; KOONIN, E.V.; LIPMAN, D.J. A genomic perspective on protein families. Science v. 278, p. 631637, 1997.
ZOUAIN, C.S.; AZEVEDO, V.A.; FRANCO, G.R.; PENA, S.D.; GOES, A.M. Identification of genes encoding
Schistosoma mansoni antigens using an antigenic sequence tag strategy. J Parasitol v. 84, p. 1307-1310, 1998.
ZWEIGER, G.; SCOTT, R.W. From expressed sequence tags to ‘epigenomics’: an understanding of disease processes.
Cur Opin Biotechnol v. 8, p. 684-687, 1997.
Biosci. J., Uberlândia, v. 20, Especial, p. 93-100. 2004
100