Gene Ontology
(GO)
Felipe Dias
Maria Fernanda
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Objetivos


Trabalho colaborativo para atender à necessidade
de descrições consistentes de produtos de gene.
Reunir três bancos de dados distintos (1998)
– FlyBase (Drosophila)
– Saccharomyces Genome Database (SGD)
– Mouse Genome Database (MGD)
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Atualmente

Inclui diversos tipos de repositório de genomas:
–
–
–

Animais
Plantas
Micróbios
Reúne diversos outros bancos de dados, entre
eles:
– GeneDB (do Wellcome Trust Sanger Institute)
– The Institute for Genomic Research (TIGR)
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Projeto GO

Desenvolveu três ontologias baseadas em:
–
–
–

Processos biológicos
Componentes celulares
Funções moleculares
Ontologias independentes de espécies.
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Projeto GO

Aspectos do projeto:
–
–
–
Desenvolvimento e manutenção das ontologias.
Anotação dos produtos de genes.
Desenvolvimento de ferramentas para facilitar a
manutenção, criação e uso das ontologias.
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As Ontologias

Componentes celulares
–

Processos biológicos
–

O componente de uma célula com a restrição de ser
parte de uma estrutura maior.
Série de eventos realizados por uma ou mais
configurações de processos biológicos.
Funções moleculares
–
Descreve atividades à nível molecular.
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Áreas não cobertas


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
Produtos de genes.
Processos, funções e componentes exclusivos de
mutações ou doenças.
Interações proteína – proteína.
Propriedades anatômicas ou histológicas acima
do nível de componente celular.
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Outras ontologias da OBO


OBO: Open Biomedical Ontologies
Biological imaging methods
–

Ontologia de preparação de amostras, visualização e
métodos gráficos utilizados em pesquisa biomédica.
Drosophila gross anatomy
–
Ontologia da anatomia da Drosophila Melanogaster.
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Bibliografia

Gene ontology:
– http://www.geneontology.org
 Ontologias da OBO:
–

http://obo.sourceforge.net/cgi-bin/table.cgi
Outras informações:
–
http://www.dcc.ufrj.br/~dias/websemantica/
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