Considere as seguintes sequências, do D-loop do mtDNA, região hipervariável 1 (N=Homo sapiens
neanderthalensis, AN AF011222; H=Homo sapiens, AN X90314):
N=TTCTTTCATGGGGGAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAGCAACC
H=TTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTTACCCATCAACAACC
Construir a matriz de frequências de pares de bases das duas sequências (A, C, G, T).
Calcular as seguintes distâncias entre as sequências:
A distância-p (não corrigida)
A distância segundo o modelo de Jukes-Cantor
A distância segundo o modelo de Kimura com dois parâmetros