Bancos de dados biológicos para
Análise de Sequências de DNA
Dr. Luciano Pinto
Um breve histórico...
Bancos de dados biológicos
• Bancos de dados incluem:
- Arquivos contendo as informações
- Organização lógica e estruturada dessas informações
- Ferramentas para se ter acesso às informações
Por que criar bancos de dados
biológicos?
• Disponibilizar dados biológicos para os
cientistas;
• O máximo possível de um tipo particular de
informação deve estar disponível em um único
lugar;
• Dados publicados podem ser difíceis de
encontrar ou acessar;
• Coletá-los da literatura consume muito tempo
• Disponibilizar dados em formato que possa ser
lido por um computador
Bancos de dados biológicos
Bioinformática e banco de dados
Bancos de dados e a extração do
conhecimento
Gene
algumas informações associadas
Realidade e problemas comuns
Realidade e problemas comuns
Realidade e problemas comuns
Realidade e problemas comuns
Repositórios de dados biológicos
Bancos de dados públicos
Exemplos de bancos de dados públicos
para biologia molecular
Classificação dos Bancos de Dados
Bancos de dados compostos
1 - Bancos de dados primários
(seqüências de nucleotídeos)
http://insdc.org/
National Center for Biotechnology
Information -NCBI
GenBank
International Nucleotide Sequence
Database Colaboration
Sistema Entrez
Sistema de busca
robusto que realiza
a procura simultânea
em múltiplos bancos
Entrez
Mapa do relacionamento entre os
diferentes bancos de dados.
Mapa
Entrez Busca
DDBJ - DNA Data Bank of Japan
EBI - EMBL Nucleotide Sequence
Database – C.E.
EMBL-EBI
BD de seqüências de nucleotídeos do EMBL
EMBL-EBI
- Catálogo mais completo de informações
sobre proteínas.
-Repositório central de seqüências e
funções de proteínas criado pela junção
das informações contidas no
UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL
e PIR.
EMBL-EBI
EMBL-EBI
Como acessar e recuperar
informações dos bancos de dados?
• Todo banco de dados é composto por entradas (pacotes discretos e
coerentes de informação)
- Um software de recuperação de informação identifica entradas
relevantes para o seu interesse
- Para que a pesquisa seja bem-sucedida, seja o mais específico
possível
- Se você procura uma albumina de galinha....
• Busque por Chicken AND albumin
- Se você for procurar primeiro por Chicken vão aparecer entradas que
não contêm informação sobre as albuminas (perda de tempo)
- Se você procurar por albumin vão aparecer entradas contendo a
informação sobre albuminas que não são necessariamente de
galinha (perda de informação)
Busca da informação