Docente: Paulo Fazendeiro
OrthoMam: Uma base de
dados de marcadores genómicos
ortólogos para mamíferos
Criada em 2007.
Projecto fruto da parceria de várias instituições …
Instituto das Ciências Evolutivas - Montpellier
Universidade das Ciências e Técnicas de
Montpellier (UMII) – Universidade de Montpellier 2
Centro Nacional da Pesquisa científica - Montpellier
Centre de recherche LGI2P de l'Ecole des Mines
d'Alès
Montpellier SupAgro
… e investigadores:
Emmanuel J. P. Douzery
Vincent Ranwez
Sylvie Ranwez
Frédéric Delsuc
Khalid Belkhir
Marie-ka TILAK
Emmanuel J. P. Douzery e Vincent Ranwez:
• Iniciaram o estudo;
• Conceberam e implementaram o “bioinformatic pipeline”.
Vincent Ranwez, Sylvie Ranwez e Khalid Belkhir:
• Construíram a base de dados;
• Desenharam a Web interface .
Marie-ka TILAK:
• Efectuou amplificações e sequenciamento por PCR.
Emmanuel J. P. Douzery, Frédéric Delsuc e Marie-ka TILAK:
• Realizaram as análises filogenéticas.
Vincent Ranwez, Frédéric Delsuc e Emmanuel J. P. Douzery :
• Escreveram o manuscrito.
- Criar uma base de dados útil na descodificação da árvore
filogenética dos mamíferos placentários a diferentes níveis
taxonómicos, de modo a obter uma melhor compreensão da
dinâmica evolutiva dos seus genomas, isto é, sobre as forças
que moldaram as sequências codificadas em termos de
restrições selectivas.
- O banco de dados OrthoMaM fornece, assim, uma interface
intuitiva para consultar milhares de exões ortólogos de
potencial uso na sistemática de mamíferos placentários.
- Permite, também, uma fácil recuperação de grandes
conjuntos de exões ortólogos, conservados entre o genoma
de mamíferos, disponíveis para realizar análises
filogenómicas. Os descritores evolutivos consideram que os
marcadores candidatos são de particular interesse para a
escolha do marcador filogenético e para a análise comparativa
de evolução molecular na escala do genoma.
- O “bioinformatic pipeline” permite vislumbrar que o banco de
dados será atualizado dinamicamente numa base regular
para acompanhar a evolução do Ensembl e, assim, assegurar
a sua exatidão.
Versão 1 - 2007
• Baseava-se na versão 41 da base EnsEMBL;
• Possuía informação de 12 espécies.
Versão 2 - 2008
• Baseava-se na versão 42 da base EnsEMBL;
• A base de dados alargou-se para 23 espécies;
• Foram fornecidos alinhamentos dos aminoácidos;
• No entanto, surgiram alguns problemas ao nível da conexão de web,
o que provocou a perda de alguns dados.
Versão 3 - 2008
• Versão 49 do EnsEMBL;
• 25 espécies;
• Encontrou-se a solução e resolveu-se o erro anterior que afectava
as versões anteriores, tendo os investigadores concluído em que
alguns alinhamentos seria melhor propor sequências não órtologas.
Versão 4 - 2008
• Inclui informação sobre CDS (região codificante do gene) /exões.
Versão 5 -2009
• Versão 54 da base EnsEMBL;
• A base de dados alargou-se para 33 espécies;
• Os marcadores podem ser consultados através do identificador do gene
humano correspondente na base de dados EnsEMBL;
• A legibilidade das árvores filogenéticas é aumentada pela coloração
taxonómica;
• Anotações de genes ficam disponíveis para cada marcador .
Versão 6a - 2010
• Versão 56 da base EnsEMBL;
• A base de dados possui 36 espécies.
Versão 6 - 2010
• Foram feitas algumas melhorias e simplificações ao nível da acessibilidade
à informação existente na base de dados.
Versão 7 – Fevereiro de 2012
(Actual)
•
•
•
•
Baseia-se na versão 65 da base EnsEMBL;
Possui informação sobre 39 espécies;
Melhoramento dos alinhamentos de sequência.
E, vários outros melhoramentos foram feitos.
A versão corrente
inclui 6 611 exões e
13 111 alinhamentos
CDS para as 39
espécies.
• http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/
• http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/