Introdução aos Scratchpads:
Aproveitando melhor seus dados
Brazil
November, 2012
Laurence Livermore
Natural History Museum, London
[email protected]
O que é Scratchpads?
• Sítios prontos para dados de
biodiversidade, com apoio institucional
• Plataforma virtual para pesquisa e
publicação
• Acesso livre, fonte livre
• Modular e flexível
O que Scratchpads não é!
• Um banco de dados unitário de biodiversidade
• Restringido por tema, geografia ou táxon
• Uma ferramenta excluisiva aos taxonomistas
De onde vêm os recursos financeiros?
2007
2011
2014
ViBRANT
Virtual Biodiversity Research
&
Exemplos de utilização:
Taxa
(Classificações, pérfis de táxons, espécimes, literatura, imagens, mapas, conjuntos
de dados do fenótipo, genótipo, de morfometria, chaves, filogenias)
Conservação
Projetos
Regiões
Sociedades
Quem usa Scratchpads?
•Pesquisadores profissionais
•Naturalistas amadores
•Cientistas cidadão
Sites
•No. total de sítios: 400+
Users
•Indivídos, grupos e sociedades
•No. total de usuários: 7,000+
•Usários ativos: 5,500+ (273 w / 759 m)
•Contéudo : 430,000+ (nodos)
ViBRANT
SP 2
eMonocot Scratchpads
• 15 sítios e crescendo
• 40+ usuários internacionais
• Scratchpads / eMonocot Portal
online!
Listagem dos sítios:
http://about.e-monocot.org/list-emonocot-scratchpads
Por que Scratchpads?
A Ciência é global
• Precisa de padronização global
• Workflows globais
• Cooperação de institutos e
organizações de grande porte
Por que Scratchpads?
Ciência é realizada “locally”
• Por cientistas do local
• Em colaboração com infraestruturas locais
• Com apoio financeiro do local
Por que Scratchpads?
Isso resulta em :
• Uma paisagem complexa, fragmentada e de navegação
difícil
• Fontes dispersas de dados
• Dificuldades em coletar informações para pesquisa
Porque precisa mudar?
Problemas com dados publicados pela maneira
tradicional:
• Maioria de descrições sob controle de reprodução (~1923)
• Acesso Livre limitado
• Ausência de mecanismo para atualização e correção
• Ausência (quase) de integração de dados (exceto citações)
• Ausência de mecanismos para engajar a comunidade
Porque precisa mudar?
Resultado:
• Grandes quantidades de “conhecimento” taxonômico não
publicado
• Conhecimento não publicado não pode ser mobilisado para
fins úteis
• Impact científico baixo (mas longa meia-vida)
O Conceito Scratchpad
Um Scratchpad é sítio que abriga dados para voce e sua comunidade
Seus dados
Dados externos e
serviços
O que pode fazer Scratchpads?
• Páginas de taxon (geradas a partir de conteúdo etiquetado)
• Mapas de distribuição (a partir de espécimes e regiões
TDWG - Brummitt, 2001)
• Registros de espécimes
• Matrizes de caracteres
Example Taxon Page
Example regional distribution
O que pode fazer Scratchpads?
• Gerência de bibliografia
• Imagens, video e som (importação em massa)
• Importação de planilhas Excel
Example Literature
O que pode fazer Scratchpads?
• Editação de dados em tabela
• Conteúdo específico ao
pedido de usuário
• Gerenciamento dos usuários
• Formulários (planilhas)
específico ao pedido de
usuário
• Medidas analíticas do uso do
sítio.
Medidas analíticas
O que pode fazer Scratchpads?
• Exportação de Darwin Core
Archive (links a eMonocot Portal e
EOL)
• Importação de dados de EOL
(taxonomia, informação sobre
espécies)
• Integração de mapas da
GBIF
Importação e exportação de dados de Scratchpads
Quais novas funções vêm logo?
• Chaves baseadas em matrizes (usando projeto de
caracteres)
• Ferramenta para publicação- submeter manuscritos pelo seu site
para Phytokeys ou Biodiversity Data Journal (NOVO)
• Checklists, apoio para linguagens múltiplas, outros!
Amostras do protótipo: ferramenta de publicação
Manuscript preview
ID Key
preview
Multi-figure plates
Plate layout
ID Key
builder
Apoio
• In-site Support
- One click help within your site
• Wiki
- Training manuals, videos & glossary
• Training Courses (12 in 2012)
- UK (6), Sweden, (2) Greece (1),
Bulgaria (1), South Africa (1), Brazil (1)
• Ambassadors Programme
- Enthusiastic experienced users
- Local support
• Embedded Issues Queue
- Bug reports
- Feature requests
• Sandbox Site
- http://sandbox.scratchpad.eu
http://scratchpad.eu/help
Agradecimentos
• Scratchpad technical development
- Simon Rycroft, Ben Scott, Ed Baker, Alice Heaton & Katherine Boulton
• Scratchpad outreach
- Irina Brake & Dimitris Koureas
• E-Monocot
- Paul Wilkin & the Kew team, Charles Godfray & the Oxford team
• ViBRANT
- Vince Smith, Dave Roberts & Lucy Reeve
• Our 7,000+ users