Licenciatura em Ciências
Biomédicas
Laboratórios Biomoleculares I
Módulo II
2011/2012
Sumário
• Motivação e Apresentação do Módulo
– Objectivos
– Metodologia de Avaliação
– Calendarização
•
•
•
•
Módulo II - Tipagem Molecular
O que é?
Aplicações da Tipagem Molecular.
Os primers a utilizar: identificação e estudo.
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Objectivos gerais da UC
“...que os alunos consolidem as competências
adquiridas nas unidades curriculares de
Biologia Molecular, Genética Molecular e
Humana, Bioquímica Estrutural e Tópicos em
Biomedicina.”
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Objectivos específicos - Módulo II
• É esperado que os alunos consigam desenhar
e compreender o procedimento experimental
utilizado para fazer tipagem de organismos e
interpretar resultados experimentais de
tipagem.
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Avaliação
Avaliação por Frequências
A nota mínima 9,5
valores. Inclui 2 grupos
relativos aos conteúdos
leccionados por cada um
dos
docentes.
Uma
frequência cujo peso na
classificação final é de
30%
Nota mínima de 10,0 valores. Será calculada como a média ponderada das classificações de
cada módulo. O Módulo I tem um peso de 2/3 na classificação final e o Módulo II 1/3. Vale 70%
da classificação final por frequência.
Módulo I – Nuno Rosa
Os alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a
realizar na última aula deste bloco com o peso de 40% na classificação deste bloco.
O restante da classificação do bloco é calculado como a média aritmética de uma resposta por
escrito a uma questão posta nos últimos 10 minutos das aulas práticas (7 questões no total)
com o peso de 30% na classificação deste bloco e de um trabalho escrito em que resumem o
trabalho realizado ao longo do semestre, com o peso de 30% na classificação deste bloco.
Módulo II - Maria José Correia:
Os alunos serão avaliados pela sua prestação nas aulas laboratoriais por um questionário a
realizar no fim das aulas com um peso de 1/4 na classificação final do módulo.
Os alunos devem também apresentar e discutir na última aula o trabalho desenvolvido durante
o módulo. Estas apresentações são individuais e têm um peso de ¼ na classificação final do
módulo.
O restante ½ da classificação do módulo é obtido com a realização de uma ficha de avaliação
com sobre a totalidade do módulo depois da última aula laboratorial.
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Avaliação
Avaliação por Exame Final do Semestre
A nota mínima 9,5 Transposta do 1º momento de avaliação. Vale 70% da classificação.
valores. Um teste
escrito que inclui 2
grupos
relativos
aos
conteúdos
leccionados
por
cada
um
dos
docentes e cujo
peso
na
classificação final é
de 30%
Avaliação por Exame de Recurso
Prova de exame versando todos os conteúdos leccionados. Este exame inclui uma
componente laboratorial co o peso de 50% na classificação final.
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Programa
• Disponível no molar
• Contém calendarização das aulas
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Módulo II – Tipagem Molecular
Aulas Teórica 1-2
Tipagem Molecular
• O que é?
É o estudo da sequência de DNA para ser possível comparar vários indivíduos.
• Para que serve?
É usado na:
• Identificação;
• Classificação;
• Diagnóstico;
•Taxonomia.
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Tipagem Molecular
Que técnicas utiliza?
• PCR
•Ciclos de replicação?
•Primers?
• Electroforese
• Condições
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Várias formas de tipagem
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Escolha do método de tipagem
• de acordo com a finalidade pretendida
– Identificação vs. Diferenciação
– reprodutibilidade
– poder discriminatório
– custos
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Alguns métodos de genotipagem
•
•
•
•
RFLPs
Rep-PCR
PFGE e DGGE
Sequências de DNA
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RFLP’s
• Restriction Fragment Length Polymorphism
– Usa enzimas de restrição
– Análise dos fragmentos produzidos
• Pode ser combinada com sondas específicas
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rep-PCR
• PCR para zonas conservadas repetitivas da maioria das G- e algumas
G+
– Repetitive Extragenic Palindromic (REP) (35 40 pbs)
– Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) (124-127pbs)
– Box (154 pbs)
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PFGE e DGGE
• Pressupõe PCR
anterior para
geração dos
fragmentos
• São técnicas
apenas de
separação dos
fragmentos de
DNA
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Sequências de DNA
• Obter
fragmentos
de DNA do
microrganis
mo
• Fazer o seu
sequencia
mento
• As
sequências
podem ser
obtidas por
clonagem
ou por
amplificaçã
o de PCR
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Técnica de PCR
• Forma muito comum de obter os fragmentos
para análise.
• O que determina a especificidade da reacção
de PCR?
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Desenho de primers?
• Qual o objectivo?
• Quais os cuidados a ter?
– Temperaturas de “melting” e “anneeling”.
– Complementaridade dos primers
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Temperatura de Melting
TM= 2*(A+T) + 4*(G+C)
GCCAACAGAATCCTTCTTGA
GGTCTCTGTGCATTGACCTT
TM= 58ºC
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Objectivo pretendido neste módulo
• Identificação de bactérias do biofilme oral
• Artigos na pasta do molar.
• Que sequências se vão ampliar em cada bactéria?
• Qual a sensibilidade e especificidade do teste?
• Que concentrações de cada uma das espécies de
Streptococcus conseguem ser identificadas?
Objectivo para a próxima aula
• Saber que soluções temos de preparar
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