Proteínas - I (Estrutura) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Proteínas São polímeros compostos por combinações entre os 20 aminoácidos-padrão Apresentam tamanho que vai desde 50 até 4000 aminoácidos, variando também nas proporções entre os aminoácidos Uma única célula pode apresentar mais de 10.000 diferentes proteínas. Essa diversidade é essencial para o funcionamento das células. Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Funções das Proteínas Enzimas: - Catalizam reações químicas (ação metabólica) Proteínas Estruturais (Proteínas Fibrosas): - Tecidos Conectivos em animais (Ex: Colágeno) - Estruturas de Artrópodos (Ex: Casulos, Teias, etc) - Cabelos, pelos, unhas, chifres, etc (Ex: Queratina) - Coagulação Sanguínea (Ex: Fibrinas) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Funções das Proteínas Proteínas Especializadas em Armazenamento: - Caseína do Leite, Ferritina, Calmodulina, Albumina, etc Proteínas de Transporte: - Proteínas da Membrana Plasmática (Ex: Importinas e Exportinas) - Carreadoras de Oxigênio (Ex: Hemoglobinas) - Carreadoras de Minerais como Ferro e Zinco Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Funções das Proteínas Proteínas Especializadas Transferência de Energia: - Citocromo (Cadeia Transp. de Elétrons – Mitocôndria) Função Regulatória: - Hormônios - Reguladoras de Genes (TFs – Fatores de Transcrição) - Regulação Osmótica Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Funções das Proteínas Proteínas Contráteis e Motoras: - Músculo (Ex: Actina e Miosina) - Cílios e Flagelos - Citoesqueleto (Microtúbulos, Microfilamentos, etc) Receptores: - Membrana Plasmática - Transdução de Sinais (Ex: Hormônio – AMPc) - Regulação Osmótica Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Funções das Proteínas Proteínas de Reconhecimento: - Glicoproteínas da Membrana Plasmática Proteínas de Defesa: - Anticorpos (IgE, IgM, IgA, etc) - Toxinas Protéicas (Ex: Fungos) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura das Proteínas A estrutura de uma proteína é essencial e está diretamente ligada a função desempenhada por ela Cada proteína tem uma forma ou conformação única, a qual depende do número, do tipo e da seqüência dos aminoácidos que a compõem A determinação da seqüência de aminoácidos de uma proteína é de extrema importância para estudos genéticos, de doenças genéticas, de mutações e da regulação gênica Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura das Proteínas Uma proteína é formada a partir da união de aminoácidos formando então um polipeptídeo Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Forma e Estrutura das Proteínas • A cadeia polipeptídica forma a Estrutura Primária de uma proteína Uma proteína funcional necessita passar por um processamento posterior à formação da cadeia polipeptídica • Uma proteína adquire Estruturas Secundárias e Terciárias através de Dobraduras e Enrolamentos. Somente após adquirir estas conformações, as proteínas tornam-se funcionais • Algumas proteínas adquirem ainda uma Estrutura Quaternária (compostas por mais de um polipeptídeo) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Forma e Estrutura das Proteínas O número, o tipo, a proporção e a seqüência de aminoácidos na cadeia polipeptídica vão determinar a forma e a estrutura das proteínas e, conseqüentemente, sua função Uma única substituição de aminoácidos na cadeia polipeptídica pode alterar drasticamente a forma final da proteína. Ex.: - Hemoglobina: o grupo R deve ser necessariamente polar para segurar o Grupo Heme, o qual tem a função de se ligar às moléculas de Oxigênio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Forma e Estrutura das Proteínas Virtualmente todas as proteínas apresentam seus aminoácidos não-polares orientados para o interior de sua estrutura Os aminoácidos polares e/ou carregados estão voltados para a face da proteína que entra em contato com o meio aquoso A função de muitas proteínas depende de regiões específicas as quais reagem e se ligam à outras moléculas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Forma e Estrutura das Proteínas Exemplos: - Anticorpos: fundamentais para o Sistema Imune, essas moléculas se ligam através de regiões específicas aos antígenos para desativá-los - Enzimas: se ligam aos substratos através de regiões específicas da molécula polipeptídica (Sítios Ativos) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária • A Estrutura Primária de uma proteína é resultado da seqüência de aminoácidos que formam o polipeptídeo Antes de uma proteína adquirir funcionalidade, ela precisa sofrer algumas modificações estruturais • A Estrutura Secundária de uma proteína é resultado da interação entre os aminoácidos da seqüência • Os átomos de Hidrogênio dos grupos amino são atraídos pelo Oxigênio das Ligações Peptídicas, formando Ligações de Hidrogênio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária As ligações de Hidrogênio entre os aminoácidos vão promover um enrolamento na molécula polipeptídica • Este enrolamento estabiliza-se e origina a Estrutura Secundária ou a α-hélice O “enrolamento” da molécula ocorre a cada 4 aminoácidos, entretanto aminoácidos muito grandes podem impedir a formação de ligações de Hidrogênio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária α-Hélice Ligações de Hidrogênio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária Algumas regiões de moléculas polipeptídicas permanecem extendidas Esta conformação também é devida à formação de Ligações de Hidrogênio, mas entre cadeias adjacentes, formando uma estrutura denominada de Folha-β Proteínas Fibrosas têm a maior parte de sua estrutura baseada na configuração em Folhas-β • Folhas-β podem se formar tanto entre regiões de um polipeptídeo quanto entre 2 ou + polipeptídeos Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária Folha-β Ligações de Hidrogênio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária α-Hélice Folha-β Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária A estrutura secundária das proteínas pode ainda apresentar alguns padrões de repetição, envolvendo tanto a estrutura de α-hélice quanto de Folhas-β Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Secundária A estrutura secundária das proteínas pode ainda apresentar alguns padrões de repetição, envolvendo tanto a estrutura de α-hélice quanto de Folhas-β Esses padrões estão geralmente relacionados com a ligação à outras moléculas para a regulação da atividade destas moléculas. Ex. Regulação da Transcrição do DNA DNA Proteína Reguladora Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Terciária A Estrutura Secundária é decorrente da interação entre os grupos amino e carboxílico de diferentes aminoácidos dentro das cadeias polipeptídicas A Estrutura Terciária é decorrente da interação entre as cadeias laterais (grupos R) dos aminoácidos das cadeias polipeptídicas Esta interação da origem a modificações estruturais adicionais, como novos enrolamentos e dobraduras A conformação final de muitas proteínas é uma forma Globular, resultante destas modificações adicionais Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Terciária – Regiões Hidrofóbicas Regiões Hidrofóbicas são tipicamente formadas a partir da interação entre aminoácidos com cadeias laterais apolares Esta conformação “força” estes aminoácidos a se posicionarem em regiões situadas no interior das proteínas Este posicionamento é extremamente preciso pois é necessário para evitar o contato destas cadeias laterais com o meio aquoso • Estes aminoácidos são estabilizados nesta conformação por Forças de Dispersão ou Interações de Wan Der Walls Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Terciária – Regiões Hidrofóbicas Qualquer alteração nestes aminoácidos não-polares vai afetar o posicionamento preciso e pode causar a ruptura da conformação final da proteína Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Terciária – Ligações Disulfídricas São ligações covalentes fortes São originadas entre Resíduos de Cisteína localizadas próximas na cadeia polipeptídica Também são importantes para manter a estrutura terciária das proteínas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Terciária – Ligações Iônicas Podem ocorrer entre cadeias laterais carregadas no interior da molécula de proteína, formando “Pontes Salinas” Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Interações Terciárias Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Domínios nas Proteínas (Regiões Específicas) As instruções para formar as estruturas das proteínas estão codificadas na molécula de DNA • Dentro de um gene, a região que contém as instruções para a síntese de uma determinada proteína é denominada de Éxon Será que precisamos de “Revisãozinha ”? Amiga”? SIM NÃO Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares “Revisãozinha Amiga” : Éxons e Íntrons Cromatina e Expressão da Informação Gênica Em termos moleculares um gene pode ser definido como uma seqüência de nucleotídeos (do DNA) que é expressa em um produto funcional; O “Produto Funcional” da informação contida no gene tanto pode ser um RNA como uma cadeia polipeptídica (proteína); Entretanto o genoma eucarionte apresenta uma grande quantidade de seqüências de DNA que não são convertidas em Produtos Funcionais – Seqüências Não-Codificadoras; Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares “Revisãozinha Amiga” : Éxons e Íntrons Seqüências não-codificadoras podem estar localizadas entre um gene e outro, separando-os ou dentro dos próprios genes; - Os genes então apresentam regiões codificadoras (originam produto funcional) denominadas de Éxons, e regiões nãocodificadoras (sem produtos funcionais) denominadas Íntrons; Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares “Revisãozinha Amiga” : Éxons e Íntrons Seqüência do Gene ATTCGCGGATCTTGAATGGCGCGCGTATAACCGCCTGAATCGCCGATTAGCCGGGAAT Seqüência do Gene com íntrons e éxons ATTCGCGGATCTTGAATGGCGCGCGTATAACCGCCTGAATCGCCGATTAGCCGGGAAT Gene Possui 4 íntrons (I a IV) e 3 éxons (1 a 3) I 1 II III 2 IV 3 Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares “Revisãozinha Amiga” : Éxons e Íntrons - Todo gene é Transcrito em uma longa molécula de RNA, a qual após sua síntese, é reduzida em tamanho, tornando-se funcional somente após esse processamento; • O processamento das moléculas de RNA ocorre no núcleo pelo processo denominado de Splicing; • O Splicing consiste na remoção e digestão das regiões nãocodificadoras (íntrons) e posterior união das regiões codificadoras (éxons); Apenas os éxons são mantidos no RNA maduro; Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares “Revisãozinha Amiga” : Éxons e Íntrons - O Splicing é um processo muito complexo e preciso. Os processos de retirada e de junção de seqüências precisam ser extremamente exatos; Nos organismos eucariontes a grande maioria dos genes apresentam íntrons, com apenas poucas exceções. Ex.: genes que codificam as histonas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Representação Gráfica do processo de Splicing sofrido pelo mRNA do Gene da β - Globina Remoção dos Íntrons RNA “Maduro” Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Representação Gráfica evidenciando a participação das snRNPs durante o processo de Splicing (simplificado) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Representação Gráfica evidenciando a participação das snRNPs durante o processo de Splicing (detalhado) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Representação Gráfica resumindo o processo de Splicing a partir de uma molécula de DNA Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Representação gráfica evidenciando o processo de Splicing Alternativo a partir de um mesmo Gene Produtos ≠s a partir de um único gene Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Domínios nas Proteínas (Regiões Específicas) As instruções para formar as estruturas das proteínas estão codificadas na molécula de DNA • Dentro de um gene, a região que contém as instruções para a síntese de uma determinada proteína é denominada de Éxon • Cada seção da proteína codificada em um Éxon se estrutura independentemente em uma região da proteína denominada de Domínio Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Domínios nas Proteínas (Regiões Específicas) Uma mesma proteína pode então ser constituída ou apresentar diversos Domínios Cada Domínio pode executar diferentes funções específicas, aumentando assim a funcionalidade da proteína como um todo. Ex: - Uma enzima pode se ligar a seu co-fator através de um determinado Domínio enquanto uma outra região desta enzima (um segundo Domínio) atua como local de ligação enzima-substrato Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Domínios nas Proteínas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Quaternária Duas ou mais cadeias polipeptídicas diferentes podem se agregar resultando na formação de uma molécula complexa • A estrutura formada pela interação de duas ou mais cadeias polipeptídicas é denominada de Estrutura Quaternária • Proteínas com estruturas quaternárias freqüentemente se apresentam complexadas também com outros tipos de moléculas, geralmente um mineral. Ex Hemoglobina Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Quaternária Estrutura da Hemoglobina Grupo Heme (Contém Ferro) Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Quaternária O Colágeno, proteína encontrada em Tecidos Conjuntivos, apresenta um tripla hélice Esta estrutura é formada pela interação de 3 cadeias polipeptídicas que se “enrolam” entre si Esta estrutura proporciona uma grande resistência, característica das proteínas da família dos colágenos e das fibras formadas por estas proteínas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estrutura Quaternária Estrutura do Colágeno Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Exemplos de Proteínas Quaternárias Hemoglobina Colágeno Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Níveis Estruturais das Proteínas Estrutura Primária Estrutura Terciária Estrutura Secundária Estrutura Quaternária Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Alteração na Forma das Proteínas A estrutura física ou conformação de uma proteína é inicialmente determinado por ligações entre os aminoácidos da seqüência dos polipeptídeos Qualquer mudança nesta seqüência pode alterar a forma e, em conseqüência, a função de uma proteína Um exemplo deste tipo de alteração é a perda de funcionalidade da molécula de Hemoglobina em decorrência de uma mutação em sua seqüência de aminoácidos Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Alteração na Forma das Proteínas Esta mutação altera apenas 1 aminoácido, mas esta mudança altera totalmente a forma das hemácias que contém esta hemoglobina Ocorre a troca da Glutamina por Valina na posição seis das cadeias β que compõem esta proteína Devido a esta troca, as hemácias apresentam forma de foice, o que dificulta a passagem destas células pelos vasos podendo ocorrer o interrompimento do fluxo sanguíneo Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Alteração na Forma das Proteínas Hemácias Normais Hemácias em Forma de Foice Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas • A maioria das ligações que mantém as estruturas terciárias das proteínas são fracas Ligações de Hidrogênio • Estas Ligações de Hidrogênio são formada a partir da polaridade dos aminoácidos e de seus Grupos R Estas ligações dependem de condições físicas e químicas do ambiente onde se encontra a proteína Se este ambiente sofrer qualquer modificação em suas condições, estas ligações podem ser desfeitas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas Quando as ligações de Hidrogênio são desfeitas, a estrutura da proteína é alterada e esta perde sua função • Este processo é denominado de Desnaturação ou Denaturação Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas Condições que podem causar Denaturação Protéica: - Temperatura: ≤ a 0 oC ou ≥ 100 oC ** - Metais Pesados como Mercúrio e Prata - Valores extremos de pH - Altas concentrações de substâncias polares. Ex: Uréia, Sais, Álcool, etc Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas Principalmente as Enzimas podem sofrer Denaturação, mas todos as outras proteínas celulares também podem ser afetadas Na maioria dos casos a denaturação e a perda de função é permanente • Entretanto, em alguns casos, pode ocorrer a Renaturação se o agente denaturante for removido Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Estabilidade das Proteínas Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares Bioquímica – Prof. Dr. Marcelo Soares