Tutorial XDS (LNLS):
Atualmente, o programa XDS só está instalado no cluster. Assim, para acessá-lo, proceda
da seguinte forma:
1. conectar no cluster:
>ssh cluster.lnls.br
>vnc4server
>digitar senha (pode ser a mesma usada para entrar no computador)
>confirmar senha
>será gerado um n. de desktop no cluster para essa senha (ex. gemini0:2)
>quit
2. entrar no gemini0:2
- abrir outro terminal
>vncviewer cluster.lnls.br:2 (esse :2 é o número de desktop gerado na etapa 1)
Utilize o terminal do vncviewer para rodar os programas no cluster.
3. Para gerar o arquivo de input, instale o programa generate xds copiando essa linha de
comando no terminal:
wget http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/generate_XDS.INP -O - |
\
sed -e s/\&nbsp\;/\ /g -e s/\&gt\;/\>/g -e s/\&lt\;/\</g -e s/amp\;//g -e s/\&quot\;/\"/g |
\
awk '/^#/,/rm -f tmp1 tmp2/' > generate_XDS.INP
chmod +x generate_XDS.INP
Em seguida, digite:
generate_XDS.INP "frms/mydata_1_???.img"
Para rodar o XDS digite no terminal do vncviewer:
xds XDS.inp