Universidade da Beira Interior
Ciências Biomédicas
PathogenPortal
Bioinformática
Grupo 7
Manuela Pereira nº 24289
Bárbara Mendes nº25433
Mafalda Neto nº26132
Docente: Paulo Fazendeiro
O que é o Pathogen Portal?
 Repositório de links para o Resource Centers Bioinformática (BRCs),
patrocinado pelo Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas
(NIAID) e mantido peloVirginia Bioinformatics Institute.
 Os BRCs fornecem recursos baseados na web para a comunidade
científica, realizando pesquisas básicas aplicadas sobre organismos
considerados agentes potenciais de ‘bioterrorismo’ ou causadores de
doenças emergentes ou re-emergentes.
 Pathogen Portal contém noticias, conjunto de dados, publicações e
apresentações assim como links para outros recursos.
O que é o Pathogen Portal?
 Estes centros apoiam as técnicas existentes e recém-
desenvolvidas para análise bioinformática visando a obtenção
de um entendimento mais profundo da biologia fundamental de
um conjunto específico de organismos patogénicos, e os esforços
para combater as ameaças representadas por estes patógenios. A
missão do PathogenPortal é apresentar os esforços colectivos
das BRCs e tornar os esforços de cada BRC mais acessível.
Funcionalidades disponibilizadas
EuPathDB: patogénicos eucariontes à escala genómica.
IRD: visualização de dados de vigilância.
PATRIC: anotar o genoma bacteriano.
ViPR: visualização de peptídeos do genoma.
VectorBase: resumo da maioria dos dados para um gene de
interesse.
Funcionalidades disponibilizadas
Nome
Pathogen Portal
Abreviatura
Organizações que
contribuem
Virginia Bioinformatics
Institute
Número de
organismos
abrangidos
Dados de 13 espécies
Organismos abrangidos
Vaccinia
Variola
Monkeypox
Coronavirus
Brucella abortus
Bacillus anthracis
Salmonella typhimurium
Yersinia pestis
Vibrio cholerae
Cryptosporidium parvum
Toxoplasma gondii
Homo sapiens
Mus musculus
Nome
Eukaryotic Pathogen
Database Resources
Abreviatura
EuPathDB
Influenza Research Database IRD
PathoSystems Resource
Integration Center
PATRIC
Organizações que
contribuem
University of Pennsylvania
University of Georgia
Northrop Grumman
Information Technology
University of Texas
Southwestern Medical
Center
Vecna Technologies
Virginia Bioinformatics
Institute
University of Chicago
National Centre for Text
Mining
Número de organismos
abrangidos
45 em 13 géneros
Alguns organismos
abrangidos
Crithidia
Cryptosporidium
EncephalitozoonEntamoeba
Enterocytozoon Giardia
Leishmania
Neospora
Plasmodium
Theileria
Toxoplasma
Trichomonas
Trypanosoma
1
Influenza Virus
22 géneros
Bacillus
Bartonella
Borrelia
Brucella
Burkholderia
Campylobacter
Chlamydophila
Etc
Nome
Other Bacteria
Virus Pathogen Database
and Analysis Resource
VectorBase
Abreviatura
Organizações que
contribuem
ViPR
Northrop Grumman
Information Technology
University of Texas
Southwestern Medical
Center
Vecna Technologies
VB
University of Notre Dame
European Bioinformatics
Institute
Imperial College London
Institute of Molecular
Biology and Biotechnology
Harvard University
University of New Mexico
Número de organismos
abrangidos
Alguns organismos
abrangidos
13 famílias
Arenaviridae
Bunyaviridae
Filoviridae
Flaviviridae
Poxviridae
Caliciviridae
Togaviridae
Hepatitis A virus
Etc
5
Anopheles gambiae
Aedes aegypti
Ixodes scapularis
Culex quinquefasciatus
Pediculus humanus
Imagem do Site
Explicação prática
Exemplos
http://pathogenportal.org/portal/portal/PathPort/Home
FIM!