Biotecnología
Universidad Nacional de Moquegua
“Año del bicentenario del Perú 200 años de independencia “
Escuela Profesional de Ingeniería Ambiental
TEMA:
ENTREGA DEL INFORME DE USO DEL SOFTWARE MEGA DNA
Presentado por:
Joshelin Shantal Alarcon Mamami
Docente:
Hebert Hernan Soto Gonzales
Ciclo: VII
Fecha: 22/10/21
ILO – Perú
2021
ÍNDICE
INTRODUCCION............................................................................................................... 2
I.
OBJETIVOS .................................................................................................................... 3
II.
2.1.
OBJETIVO GENERAL ................................................................................................ 3
2.2.
OBJETIVO ESPECIFICOS .......................................................................................... 3
MATERIALES Y METODOS ....................................................................................... 4
III.
3.1.
MATERIALES ............................................................................................................. 4
3.2.
METODOS ................................................................................................................... 5
IV.
V.
VI.
RESULTADOS .............................................................................................................. 15
CONCLUSIONES ............................................................................................................. 16
BIBLIOGRAFIA ........................................................................................................... 16
NIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUGUA
Escuela Profesional de Ingeniería Ambiental
I.
El
análisis
de
genética
INTRODUCCION
evolutiva
molecular ( MEGA )
es
un software
de computadora para realizar análisis estadísticos de la evolución molecular y para
construir árboles filogenéticos . Incluye muchos métodos y herramientas sofisticados
para filogenómica y filomedicina . Tiene licencia como software gratuito propietario .El
proyecto para desarrollar este software fue iniciado por el liderazgo de Masatoshi Nei en
su laboratorio en la Universidad Estatal de Pensilvania en colaboración con su estudiante
de posgrado Sudhir Kumar y el becario postdoctoral Koichiro Tamura. Nei escribió una
monografía (págs. 130) que describe el alcance del software y presenta nuevos métodos
estadísticos que se incluyeron en MEGA. El conjunto completo de programas de
computadora fue escrito por Kumar y Tamura. Las computadoras personales carecían de
la capacidad de enviar la monografía y el software de forma electrónica, por lo que se
entregaron por correo postal. Desde el principio, se pretendía que MEGA fuera fácil de
usar e incluyera únicamente métodos estadísticos sólidos. MEGA se ha actualizado y
ampliado varias veces y actualmente todas estas versiones están disponibles en el sitio
web de MEGA. La última versión, MEGA7, se ha optimizado para su uso
en sistemas informáticos de 64 bits . MEGA está en dos versiones. Una interfaz gráfica
de usuario está disponible como programa nativo de Microsoft Windows. Una versión de
línea de comando, MEGA-Computing Core (MEGA-CC), está disponible para operación
nativa multiplataforma. El método es ampliamente utilizado y citado. Con millones de
descargas en los lanzamientos, MEGA se cita en más de 85.000 artículos. La quinta
versión ha sido citada más de 25.000 veces en 4 años. (MEGA)
En esta práctica realizada con el programa MEGA lo primero que se realizo fue entrar a
MEGA Web Browser: National Center for Biotechnology Information al abrir aparece
una ventana de buscador del NCBI en el cual en la esquina colocamos Nucleotide y
hacemos clic en buscar y escribimos 16S ahí nos aparecerá una fila de Nucleótidos lo que
se hizo en la práctica fue buscar 10 nucleótidos de 16S y buscar la cantidad de su
secuenciación para analizarlo en el programa MEGA el alineamiento de cada nucleótido
se escogió tres diferentes genes y en total realizamos 30 secuenciaciones en el programa
MEGA se realizó el análisis de las secuencias como también se construyó el árbol
filogenético de las secuencias estudiadas.
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II.
OBJETIVOS
2.1. OBJETIVO GENERAL
 Analizar y realizar análisis estadísticos de la evolución molecular y
construir el árbol filogenético con las secuencias del 16S ARNr
mediante el software MEGA.
2.2. OBJETIVO ESPECIFICOS
 Utilizar el sofware MEGA siguiendo paso a paso las indicaciones del
docente.
 Realizar bien el alineamiento de las secuencias del gen 16S ARNr.
 Realizar el árbol filogenético adecuadamente con lo trabajo de la
alineación.
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III.
MATERIALES Y METODOS
3.1. MATERIALES
IMAGEN
MEGA-X
Figura: 1 El software MEGA – X
Fuente: propio de Alarcon Mamani, Joshelin
LAPTOP
DESCRIPCION
El software de Análisis de Genética Evolutiva
Molecular (MEGA) implementa muchos métodos
analíticos y herramientas para filogenómica y
filomedicina. MEGA X no requiere software de
virtualización o emulación y proporciona una
experiencia de usuario uniforme en todas las
plataformas. MEGA X también se ha actualizado
para utilizar múltiples núcleos informáticos para
muchos análisis evolutivos moleculares. (Kumar,
Stecher, Li, Knyaz, & Tamura)
Un computador portátil o laptop es un equipo
personal que puede ser transportado fácilmente.
Muchos de ellos están diseñados para
soportar software y archivos igual de robustos a
los que procesa un computador de
escritorio. (LAPTOP)
Figura: 2 Laptop
Fuente:
http://www.aumentaty.com/community/es/pin/ficha/l
apto-acer/
MEGA Web Browser: National Center for
Biotechnology Information
Dentro del software MEGA se encuentra la
opción de MEGA Web Browser: National Center
for Biotechnology Information el cual es un
buscador para encontrar las secuencias que se va
alinear con el programa MEGA.
Figura: 3 MEGA Web Browser: NCBI
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin
shantal
EL ÁRBOL FILOGENÉTICO
CONSTRUIDO POR MEGA X
Figura: 4 Árbol Filogenético
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin
Shantal
El árbol filogenético construido por MEGA X,
con las secuencias de ARNr 16S en esta práctica
se realizó el árbol filogenético con las
secuenciaciones utilizadas de 16 ARNr.
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EXPLORADOR DE ARCHIVOS
El explorador de Windows es un componente
principal del sistema operativo que permite
administrar el equipo, crear archivos y carpetas,
lanzar aplicaciones, etc. (Explorador de Archivos
)
Fuente:
https://es.wikipedia.org/wiki/Explorador_de_arc
hivos
3.2. METODOS
PRIMER PASO: Se descargo el software MEGA. El programa se debió
descargar y tenerlo en nuestras computadoras para
realizar esta práctica.
Figura: 5 Se observa cómo se descarga el software MEGA X
Fuente: https://www.megasoftware.net/show_eua
Figura: 6 El software MEGA X ya instalado y listo para realizar la practica
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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SEGUNDO PASO: Entramos al programa del MEGA X y hacemos clic
en el primer redondito donde dice la palabra (ALIGN)
y buscamos donde dice Show Web Browser y
realizamos un clic.
Figura: 7 Se observa el programa mega y le hacemos clic justo donde dice Show Web Browser
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
TERCER PASO: Seguidamente se habría una ventana The National Center
for
Biotechnology
(NCBI)
el
cual
almacena
y
constantemente actualiza la información referente a
secuencias genómicas en GenBank, al lado del buscador ay
para seleccionar todas las bases de datos (All Databeses) y
buscamos la palabra Nucleotide y luego hacemos clic en
Search (buscar) con la finalidad de buscar 16S rRNA y nos
saldrá lista de secuencias de diferentes bacterias.
Figura: 8 Se muestra la ventana que nos sale cuando hacemos clic en Show Web Browser
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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Figura: 9 Se observa la lista que nos sale de bacterias.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
CUARTO PASO: Elegimos 10 bacterias diferentes en este caso elegiré
Bacillius cereus strain 16S rRNA realizare un clic y nos
aparecerá una lista de secuencias del gen del cual
hacemos clic en uno de ellos donde la secuenciación
sea mínima como podemos mostrar en la imagen.
Figura: 10 Se observa la lista de secuencias al buscar la bacteria Bacillius cereus strain 16S rRNA
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
QUINTO PASO: Una vez seleccionado la secuenciación nos aparecerá la
siguiente ventana y podemos analizar observar todos los
datos que nos muestra luego de ello seleccionamos
donde dice + Add to Alignment.
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Figura: 11 Aquí observamos la ventana que nos aparece la cual debemos ver analizar y ver la secuenciación
de abajo.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
Figura: 12 Aquí observamos la ventana que nos sale al presionar + Add to Alignment.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
SEXTO PASO: Seguidamente despues de hacer echo clic en ok cuando
precionas el + Add to Alignment nos saldrá esta ventana
la cual observamos ay una secuencia bien larga hacemos
este mismo paso con dos secuencias diferentes, pero de
la misma bacteria de Bacillius cereus strain 16S rRNA
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luego hacemos con ese mismo paso buscando la
siguiente bacteria y con tres secuencias distintas.
Figura: 13 Aquí observamos la ventana que nos sale cuando hemos presionado ok podemos observar la
secuenciación larga.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
SEPTIMO PASO: Hacemos ese procedimiento con las 10 bacterias y
obtendremos una ventana como se muestra en la
figura 14. Ahí podemos observar las secuenciaciones
de cada una lista para ser guardadas en una carpeta
antes de empezar el alineamiento.
Figura: 14 Aquí podemos observar las secuenciaciones de las distintas bacterias y listas para ser alineadas.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
OCTAVO PASO: Aquí hacemos clic donde dice data y buscamos la
opción donde dice Export Alignment nos aparecerá
tres opciones esas tres opciones podemos guardar en
las tres nuestra lista de secuenciaciones, presionas
MEGA Format y lo que aparcera será una carpeta
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donde la puedes guardar el mismo procedimiento
haces con la que dice FASTA Format y NEXUS/
PAUP Format.
Figura: 16 Aquí observamos las tres opciones las cuales se guardará esta lista de secuenciación que hemos
realizado en el programa MEGA
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
Figura: 15 Aquí podemos observar el explorador de archivos donde nosotros ya tenemos una carpeta
donde podemos guardar esta lista de secuenciación como nuestra primera práctica.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
NOVENO PASO: Después de haber guardado hacemos un clic en donde
aparece la imagen de un bracito rojo y nos sale dos
opciones, presionamos la primera opción que dice
(Align
DNA) nos saldrá una ventana donde
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presionaremos ok y en la siguiente igual presionamos
ok y ahí va empezar la función de hacer el alineamiento
de las secuencias.
Figura: 17 Aquí observamos el bracito rojo al cual presionamos y nos salen esas opciones que podemos observar
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
DECIMO PASO: Una vez de haber precionado dos veces ok nos aparece
esa ventana donde demora un poco por que esra
alineando las secuenciaciones y debemos esperar el
tiempo que termine.
Figura: 18 Aquí podemos observar la venta cuando esta cargando por que se está alienando las secuenciaciones.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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ONCEAVO PASO: Cuando termine de cargar nos aparecerá las
secuencias alineadas, pero con espacios en blanco
los cuales debemos eliminar cuidadosamente esos
espacios grandes que vemos en blanco.
Figura: 19 Aquí podemos observar que las secuencias han sido alineadas, pero observamos también espacios en
blanco.
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
PASO 12: Una vez de haber eliminado los espacios en blanco
horizontalmente y verticalmente y haberlas alineado,
hacemos clic en data y lo guardamos en formato de práctica.
Figura: 20 secuencias completamente alineadas
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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PASO 13: Se debe grabar cada alineamiento que se va realizar, y
confirmamos la grabación la cual se va a guardar.
Figura: 21 aquí guardamos las secuencias que estuvimo elaborando
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
PASO 14: Guardamos en los 3 tipos de formato, MEGA Format, FASTA
Format, NEXUS PAUP Format, luego de haber grabado la
última versión.
Figura: 22 Aquí guardamos en los 3 tipos de formato
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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PASO 15: Posteriormente nos dirigimos al MEGA, nos dirigimos a la
opción de PHILOGENY utilizaremos en formato UPGMA,
abrimos nuestro archivo, en la cual nos aparecerá una ventana
el cual es el método estadístico UPGMA el cual no es
necesario cambiar los datos
Figura: 23 Utilización del formato UPGMA
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
Figura: 24 Ventana del método estadístico UPGMA
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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PASO 16. Podemos visualizar nuestro árbol filogenético, la cual se podría
reinventar el nombre si es que es muy extenso el cual solo debe
tener el nombre de la bacteria y la cepa.
Figura: 25 Árbol filogenético
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
IV.
RESULTADOS
Como resultado obtenido en esta practica realizada fue realizar nuestro árbol
filogenético con nuestras 30 secuenciaciones alineadas.
Figura: 26 Árbol filogenético
Fuente: Elaboración propia de Alarcon Mamani, Joshelin Shantal
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V.

CONCLUSIONES
Se logro la alineacion de las 30 muestras, se pudo observar en el arbol genealogico
de microorganismos que todas las cepas de las pseudomonas son cepas agrupadas
que se agrupan en un grupo asimismo las demas especies se van agrupando.

El MEGA DNA ha sido muy útil para hacer alineamiento de secuencias del ADN
bacteriano y nos recorta las horas de trabajo.

Para analizar grandes cantidades de datos es importante usar las aplicaciones de
bioinformática. Por otro lado, con el uso de estos programas de software, se
concluyó que no son tan amigables con el usuario que no tiene conocimiento de
comandos de línea.
VI.
BIBLIOGRAFIA
gcfglobal. (s.f.). Recuperado el 20 de OCTUBRE de 2021, de gcfglobal:
https://edu.gcfglobal.org/es/informatica-basica/computadores-portatiles-olaptops/1/
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, Z., & Tamura, K. (s.f.). mendeley. Recuperado el
20
de
OCTUBRE
de
2021,
de
mendeley:
https://www.mendeley.com/catalogue/a103b6c1-b6d4-3ae7-afb2054c7a0d9274/
WIKIPEDIA. (s.f.). Recuperado el 20 de OCTUBRE de 2021, de WIKIPEDIA:
https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis
WIKIPEDIA. (s.f.). Recuperado el 20 de OCTUBRE de 2021, de WIKIPEDIA:
https://es.wikipedia.org/wiki/Explorador_de_archivos