Plano de Ensino
1. Dados de Identificação
Curso: Mestrado em Ciências Biológicas
Disciplina: Sistemática Filogenética
Código: SG5002
Turma única
Carga horária: 60h
Docente: Sérgio Dias da Silva
Semestre/Ano: primeiro semestre de 2011
2. Ementa
Aplicar as noções básicas acerca do método de reconstrução da história
evolutiva dos organismos, denominado Sistemática Filogenética (Cladística),
estabelecer hipóteses acerca do relacionamento filogenético entre grupos a
partir do paradigma da Sistemática Filogenética. Conhecer os conceitos de
polarização, caráter, tipos de parcimônia, optimizações, efeitos de pesagem a
priori, ordenamento, consensos, algoritmos de busca. Conhecer os diferentes
tipos de softwares para busca de árvores. Saber como dados moleculares
permitem também a investigação de relações filogenéticas em diversos níveis
de relacionamento.
3. Objetivos
Conhecer e aplicar os conceitos e metodologias relativos à ciência cladística;
conhecer os principais métodos de análise filogenética; interpretar resultados
de análises computacionais utilizando diferentes algoritmos de parcimônia;
formular hipóteses de relacionamento filogenético; utilizar princípios de
nomenclatura biológica (ICZN, ICBN, PHYLO CODE) em estudos taxonômicos
baseados em metodologia cladística.
4. Conteúdo Programático
- Introdução: biodiversidade, sistemática e filogenia
- Máxima parcimônia
- Análise de caracteres
- Grupos externos e polaridade
- Otimização de caracteres
- Estatísticas e métodos de consenso
- Métodos baseados em matrizes de distância
- Máxima verossimilhança
- Métodos bayesianos
- Pesagem implícita
5. Metodologia de trabalho
-Aulas Expositivas
-Aulas Práticas (montagem manual e computacional de cladogramas)
-Seminários (Estudos de caso)
6. Critérios de avaliação
Uma prova escrita (PE); um seminário individual (estudo de caso) (SE); um
trabalho prático (TP).
Média = PE+SE+TP
3
7. Cronograma de atividades
DATA
ASSUNTO/ATIVIDADE
05/04/2011 Diversidade biológica; Sistemas gerais de referência; Escola
Tradicional; Escola Fenética; Escola Evolutiva; Escola Cladista I
07/04/2011 Anagênese, cladogênese e padrão filogenético
12/04/2011 Análise de caracteres
14/04/2011 Introdução à parcimônia, grupos externos e polaridade, inferência
filogenética I
19/04/2011 Introdução à parcimônia, grupos externos e polaridade, inferência
filogenética II (Prática)
26/04/2011 Métodos de distância, Modelos de evolução molecular I
28/04/2011 Métodos de distância, Modelos de evolução molecular II (Prática)
03/05/2011 Máxima verossimilhança, Métodos bayesianos I
05/05/2011 Máxima verossimilhança, Métodos bayesianos II (Prática)
10/05/2011 Pesagem implícita (Teoria e Prática)
12/05/2011 Avaliação
17/05/2011 Exercícios: elaboração de matrizes de dados e montagem
computacional de cladogramas
19/05/2011 Seminários I: estudo de caso – trabalho individual
24/05/2011 Seminários II: estudo de caso – trabalho individual
26/05/2011 Entrega e discussão de trabalho em sistemática filogenética
(Preferencialmente relacionado ao trabalho de dissertação do
mestrando)
8. Atividades de recuperação
- Uma avaliação oral de recuperação será aplicada depois da última semana de
aula para os alunos que tiverem nota insuficiente para lograr aprovação na
disciplina.
9. BIBLIOGRAFIA BÁSICA
AMORIM, D.S. Elementos básicos de Sistemática Filogenética. 2. ed. Ribeirão
Preto: Holos, Editora e Sociedade Brasileira de Entomologia, 1997.
FERREIRA-Jr, N. & PAIVA de, P.C. Introdução à Zoologia, v.1. Rio de Janeiro:
Fundação CECIERJ, 2003.
HENNIG, W. Elementos de una Sistemática Filogenética. Buenos Aires:
EUDEBA, 1968.
ICZN (International Commission on Zoological Nomenclature) International
Code of Zoological Nomenclature. 4. ed. London: International Trust for
Zoological Nomenclature, 1999.
KITCHING, I. J., P.L. FOREY, C. J. HUMPHRIES & D. M. WILLIAMS. 1998.
Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis. 2nd ed. The
Systematics Association Publication 11. Oxford University Press, Oxford.
LEMEY, P., M. SALEMI & A.-M. VANDAMME. 2009. Phylogenetic Handbook.
2nd ed. Cambridge University Press, Cambridge. website
PAPAVERO, N. Fundamentos práticos de taxonomia zoológica (coleções,
bibliografia, nomenclatura). 2. ed. São Paulo: Editora da Universidade
Estadual Paulista (UNESP), 1994.
SCHNEIDER, H. Métodos de Análise Filogenética: um guia prático. 3. ed.
Ribeirão Preto: Holos, Editora e Sociedade Brasileira de Genética, 2007.
SWOFFORD, D.L. PAUP: Phylogenetic analysis using parsimony: (and other
methods), version 4.0. Sunderland: Sinauer Associates, 1998.