PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOTECNOLOGIA - UFSCar
BIT-903 - TÓPICOS AVANÇADOS EM BIOMOLÉCULAS
Profa. Dra. Ignez Caracelli (DF)
Prof. Dr. Julio Zukerman Schpector (DQ)
09 de junho de 2015
PROJETO INDIVIDUAL – PROTEÍNAS
1
Datas de apresentação (a ordem de apresentação será sorteada): 29 de junho de 2015.
Todas as apresentações devem ser enviadas (em powerpoint, fundo branco, slides numerados) até dia 27
de junho de 2015 às 13 h para [email protected]
Para cada aluno foi selecionada uma estrutura cristalográfica para estudo e na tabela abaixo está indicado
o código pdb da proteína. (lista anexa)
Site para obter as informações sobre a molécula:
PDB: http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
Este é o conteúdo mínimo da apresentação.
1. Qual a função da sua molécula? Descreva um pouco sobre isso.
2. Escreva uma equação que permita descrever sua atividade (consulte o PDBSum, Molecule of the
Month-PDB: http://www.pdb.org/pdb/101/motm_archive.do ).
Verifique também o livro de Bioquímica no capítulo de catálise enzimática.
3. A partir dos bancos de dados informe:
(a) unidade biológica (unidade funcional) (consulte o PDBSum).
(b) fonte (source) .
(c) trata-se de mutante ou não? se for mutante descreva a mutação.
4. Informe o Código da enzima (Enzyme Class). Identifique os 4 níveis desse código.
5. Sobre a estrutura cristalográfica, informe:
(a) o método experimental de obtenção da estrutura.
(b) a resolução da estrutura em Å (ångström). 1 Å = 10-10 m. Uma outra proteína X teve sua estrutura
determinada com resolução 1.8 Å. Isso significa que a sua molécula tem resolução igual, melhor ou
pior que a proteína X? Se você tiver dúvidas, para responder à pergunta, leia sobre resolução em
http://www.pdb.org/pdb/101/static101.do?p=education_discussion/Looking-at-Structures/resolution.html e em
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Profa. Dra. Ignez Caracelli (DF)
Prof. Dr. Julio Zukerman Schpector (DQ)
Caracelli, I. ; Zukerman-Schpector, J. . Introdução à Biofísica Estrutural - ISBN: 978-85-7600-065-5 2a.reimpressao. 2a. ed. EdUFSCar, 2010. v. 1. 71p.
(c)
dimensões da cela unitária:
(Å)
a = ________ b = _______ c = _________
2
ângulos (°) 𝛂 =
𝛃=
𝛄=
(d) a qualidade da estrutura a partir de dados do Plot de Ramachandran. Verifique se no Plot de
Ramachandran são encontrados aminoácidos com problemas e se houver identifique-os.
Se você tiver dúvidas, sobre o Plot de Ramachandram, leia sobre o assunto em
Caracelli, I. ; Zukerman-Schpector, J. . Introdução à Biofísica Estrutural - ISBN: 978-85-7600-065-5 2a.reimpressao. 2a. ed. EdUFSCar, 2010. v. 1. 71p .
Na página inicial da sua molécula apresentada no PDBSum está o Ramachandram Plot de sua
proteína. Basta clicar em PROCHECK e o plot aparece aumentado na tela.
(e) a data de deposição da estrutura no pdb e a data de liberação da estrutura.
6. Informações sobre a molécula obtida no banco de dados:
(a) número de resíduos de aminoácidos.
(b) número de átomos (átomos são aqueles que pertencem aos aminoácidos, parte proteica da
proteína).
(c) número de heteroátomos (heteroátomos são aqueles que pertencem não aos aminoácidos, parte
não-proteica da proteína).
(d) número de cadeias.
7. Sobre a Estrutura secundária e enovelamento da molécula, informe:
(a) os principais elementos de estrutura secundária;
(b) o número de domínios da proteína;
(c) a classificação estrutural CATH.
Se tiver dúvidas sobre a questão consulte Classes de enovelamento (fold) de proteínas em
Caracelli, I. ; Zukerman-Schpector, J. . Introdução à Biofísica Estrutural - ISBN: 978-857600-065-5 - 2a.reimpressao. 2a. ed. EdUFSCar, 2010. v. 1. 71p.
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8. Sobre os Ligantes (tudo o que não for proteico, ou seja, tudo o que não for constituído de
aminoácidos) informe:
(a) nome do ligante e o identificador no sistema PDB;
(b) a fórmula química;
3
(c) o desenho bidimensional;
(d) a figura tridimensional;
(e) a função de cada ligante nesta proteína (substrato, inibidor, ativador, íon metálico, parte dos
reagente utilizados na cristalização da proteína, cofator, coenzima ou outro).
9. Informe alguma característica sobre o sítio ativo. Se há um ligante no sítio ativo (ou um inibidor da
enzima, mesmo que não seja no sítio ativo) informe se o ligante forma um complexo com a enzima
com ligações covalentes ou não. Se não qual o tipo de interação?
Aluno
pdb
Ana Claudia Ruela
2Y37
André Marcon
1AVN
Bruno Thomazini
3KWN
Genoveva Flores
1H6M
Giovanna G. Morbioli
2W26
Jessica Campos
1GXF
Kleydson Stênio
1XAN
Rafa Cavicchioli
3EAH
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PREPARAÇÃO EM POWER POINT
1) De preferência fundo branco liso e formato pptx.
2) O slides devem ser numerados.
3) As informações bibliográficas devem ser inseridas no próprio slide referente a figuras, citações,
etc que são extraídas de livros e/ou de artigos, internet.
4) A ordem de apresentação será sorteada.
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