FAAz
Fragment Assembly Analyzer
Erico Teixeira e Francisco do Nascimento
Maio, 2003
Seqüenciamento
• Leitura do DNA de um organismo
• Atividade realizada nos laboratórios biológicos
• Restrições das máquinas:
– Não suportam leitura longa (em média 600 bases)
– Fragmentos aleatórios
A difícil arte de montar
CTTGCAAGAC
TTCTCA
TCACCTTGC
CCAGACA
ACAGCTGTTC
ACAGACCC TCTTGCG
TGCGCAACC
TTCTCA
TCACCTTGC
CTTGCAAGAC
ACAGACCC
CCAGACA
ACAGCTGTTC
TCTTGCG
TGCGCAACC
TTCTCACCTTGCAAGACAGACCCAGACAGCTGTTCTTGCGCAACC
Repetições – uma armadilha
TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC
TTCTCACCTT
CCTTGCAATT
CTTGCAATTG
ATTGCAATTGC
ATTGCAACGC
CAACGCAACC
TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC
TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC
Montadores
• Vocabulário necessário
– Fragmento = pequenas seqüências bases para serem
alinhadas
– Qualidade = cada base tem associado um inteiro
correspondendo a confiabilidade
– Contig = conjunto de fragmentos que têm trechos
similares, de modo que possam ser alinhados
– Consenso = a superseqüência gerada pelos elementos do
contig
• Montadores de estudo
– PHRAP – Phragment Assembly Program
– CAP3 – Contig Assembly Program
Procedimento comum
de um montador
– Alinhar dois fragmentos quaisquer
– Se a similaridade entre eles for boa, eles fazem
parte de um mesmo contig e será gerado um
consenso deste contig
– Se não, formarão dois contigs diferentes
– Alinhar um novo fragmento com os consensos de
cada contig e com o que tiver maior similaridade,
ele será agrupado
– E assim por diante
Um montador
MONTADOR
FAAz – Fragment Assembly Analyzer
• Objetivos
– Auxiliar na detecção de possíveis erros de
montagens
– Fornecer indicativos de erro através de uma
interface amigável
– Comparar diferentes montadores de fragmentos
Procedimentos do FAAz
• Comparar os consensos gerados por cada
montador (PHRAP e CAP3)
PHRAP
Contig X
CAP3
Contig Y
Procedimentos do FAAz
• Após a identificação das regiões fazer uma
análise quantitativa delas
– Fragmentos que as compõem
– Número de fragmentos por posição
– Tamanho
– Localização no consenso
– Média de cobertura e as sub-regiões que estão
acima desta média
Saídas
• Regiões similares encontradas nos contigs gerados
por cada montador
Overlaps
Saídas
• Representação gráfica das sobreposições das regiões
Seleção
Zoom
FAAz
Fragment Assembly Analyzer
Erico Teixeira e Francisco do Nascimento
Maio, 2003