ROTEIRO
1 - Introdução
• DNA
• Seqüenciamento
• Alinhamento
3 - Solução
2 - Problema
• Usuário
• Cenário atual
• Nossa Solução
• Nossa Proposta
INTRODUÇÃO
1 - Introdução
• DNA
• Seqüenciamento
• Alinhamento
DNA
PESQUISA GENÉTICA
PESQUISA GENÉTICA
PESQUISA GENÉTICA
US$ 300
bilhões
DNA
BASES
Guanina
Citosina
Timina
Adenina
SEQUENCIAMENTO DO DNA
ALINHAMENTO DE CADEIAS DE DNA
BLAST
• Resposta aproximada
• Rápido
Smith - Waterman
• Resposta Ótima
• Lento
PROBLEMA
2 - Problema
• Usuário
• Cenário atual
O USUÁRIO






Interface voltada para
biólogos
rápido
saída do alinhamento
personalizada
Disponível na web
Smith-Waterman
Custo-benefício
CENÁRIO ATUAL
7,5 GB
CONCORRENTES




Interface Complexa
Penalidades
Saída pouco legível
Blast



Informatas
Servidor
Blast



Informatas
Desktop
Limitado a um
usuário
SOLUÇÃO
3 - Solução
• Nossa Solução
• Nossa Proposta
NOSSA SOLUÇÃO
CURVA DE VALOR - COMPARATIVO
6
5
4
Hélice
Cube
3
Servidores Locais
Buscas On-line
2
1
0
Velocidade
Interface Usuário
Resultado
Disponibilidade Custo-Benefício Smith-Waterman
ARQUITETURA
FPGAs
WEB
BD
ATIVIDADES DO GRUPO DE HARDWARE
Tarefa
Prazo Previsto
Novo Prazo
Efetivamente
Realizado
Problemas
Responsável
31/08
-
Gerente de
Desenvolvimento
de Hardware
Escolher interface de 31/08
comunicação FPGAPC
-
Equipe de
Desenvolvimento
de Hardware
Escolher FPGA
-
Gerente de
Desenvolvimento
de Hardware
Levantamento de
Requisitos
Escolher algoritmo
31/08
ATIVIDADES DO GRUPO DE HARDWARE
Tarefa
Prazo Previsto
Novo Prazo
16/08
30/09
Efetivamente
Realizado
Problemas
Responsável
Tarefas de
Estudo
Algoritmo
Estudar Stratix II 16/08
-
Algoritmo
Bernardo Reis
possui detalhes Pedro Bello
específicos da
implementação
.
Plano corretivo:
Continuar
estudando.
Diogo Lages
Thiago Lessa
Tarefa
Prazo Previsto
Novo Prazo
Processador
Nios II
16/08
30/09
Protocolo de
comunicação
16/08
30/09
Efetivamente
Realizado
Problemas
Responsável
Realocação de
pessoal causou
atrasos.
Plano corretivo:
Tutorial com o
pessoal do
HPCin, mais
alocação de
tarefas para o
novo pessoal.
Protocolo
bastante
complicado.
Plano corretivo:
Continuar
estudando.
André Felipe
Leyla Manoella
Tarefas de
Estudo
Diogo Lages
Thiago Lessa
ATIVIDADES DO GRUPO DE HARDWARE
Tarefa
Tarefa de
Modelagem
Arquitetura
paralela do
SmithWaterman
Arquitetura do
sistema em
FPGA
Implementação
e Teste de
Protótipo
Prazo Previsto
Novo Prazo
Efetivamente
Realizado
Problemas
23/09
-
Pedro Bello
23/09
-
Gerente de
Desenvolvimen
to de Hardware
23/09
-
Pré-requisito:
Aquisição da
Placa
Responsável
Bernardo Reis
Pedro Bello
ATIVIDADES HARDWARE
ATIVIDADES FUTURAS DE HARDWARE
Tarefa
Prazo Previsto
Responsável
Implementar protótipo do
algoritmo segundo Byang
07/10
Bernardo Reis
Pedro Bello
Estudar módulo Ethernet para
NIOS II
07/10
Diogo Lages
Thiago Lessa
Implementar NIOS II
customizado
07/10
André Felipe
Leyla Manoella
ATIVIDADES DO SERVIDOR
Tarefa
Prazo
Previsto
Tarefas de
Estudo
Ferramentas de 21/09
Bancos de
Dados
Modelagem do 21/09
Banco de Dados
das Cadeias de
DNA
Novo
Prazo
Efetivame Problemas
nte
Realizado
Responsável
André e Thiago
25/09
Reunião com
os Clientes
Adiada.
André e Thiago
ATIVIDADES DO SERVIDOR
Tarefa
Levantamento
de Requisitos
Escolha do
Servidor
Pesquisa com
os clientes
Prazo Previsto
Novo Prazo
Efetivamente Problemas
Realizado
Responsável
21/09
30/09
Devido a
realocação.
André e Thiago
21/09
25/09
Reunião com
os Clientes
Adiada.
André e Thiago
ATIVIDADES DO SERVIDOR
Tarefa
Prazo Previsto Novo Prazo Efetivament
e Realizado
Tarefa de
Modelagem
Implementação 11/10
do Servidor
Problemas
Responsável
André e
Thiago
ATIVIDADES SERVIDOR
ATIVIDADE USABILIDADE
Tarefa
Prazo
Previsto
Novo Prazo Efetivament Problemas
e Realizado
Responsável
31/08
30/09
Equipe de
Desenvolvimento
de Interface
Viabilidade de
31/08
ferramentas e
material de estudo
30/09
Equipe de
Desenvolvimento
de
Interface
Levantamento de
Requisitos
Escolher da
linguagem
ATIVIDADE USABILIDADE
Tarefa
Tarefas de
Estudo
Api das
linguagens
web e
linguagem
padrão: CSS,
HTML
Estudo da
linguagem do
servidor
Prazo
Previsto
Novo Prazo Efetivament Problemas
e Realizado
Responsável
20/08
30/09
Devido a
realocação
Paulo
Orlando
Jonathan
20/08
-
Dependência Paulo
da escolha do Orlando
servidor
Jonathan
ATIVIDADE USABILIDADE
Tarefa
Tarefa de
Modelagem
Criar
prototipagem
1.0
Criar
prototipagem
2.0
Prazo
Previsto
Novo Prazo Efetivament Problemas
e Realizado
Responsável
16/9
21/09
Paulo
Orlando
Jonathan
28/9
-
Paulo
Orlando
Jonathan
ATIVIDADE USABILIDADE
Tarefa
Prazo
Previsto
Levantamento
de Requisitos
Analisa os
21/09
requisitos com
o cliente
Novo Prazo Efetivament Problemas
e Realizado
Responsável
30/09
Paulo
Orlando
Jonathan
Problema de
reunião
ATIVIDADES USABILIDADE
ATIVIDADES FUTURAS USABILIDADE
Tarefa
Prazo Previsto
Responsável
Teste de ferramentas/Testes
das APIS
06/10
Equipe de
Desenvolvimento de
Interface
Reuniões com os clientes
06/10
Equipe de
Desenvolvimento de
Interface
Prototipagem 2.0
06/10
Equipe de
Desenvolvimento de
Interface
FERRAMENTAS USABILIDADE

Software de Imagens:
 Adobe
Fireworks
 Corel Drawn
 MovieGear4

Linguagens de Programação
 Ajax
 JavaScript
 HTML
 CSS

Adobe FlexBuilder
Professional/Aptana/DreamweaverCS4 – IDES
FERRAMENTAS USABILIDADE

IDES
Adobe FlexBuilder
 Professional
 Aptana
 DreamweaverCS4

USERS STORIES
Uma Interface organizada.
 Respostas Organizadas
 Entradas que aceitem mais de um contig
 Privacidade no Banco de Dados
 Usar formato FASTA
 Velocidade de análise das sequências de DNAS
 Sem penalidades temporais

USERS STORIES
Melhora no fluxo da informação
 Interface com Diversos Bancos de Dados
 Atualização automática do Banco de Dados
Mundial
 Colocar dados Estatísticos

GRUPOS E HORAS TRABALHADAS

10 horas semanais