Disciplina:
Tópicos Especiais em Tecnologia em Saúde III:
Sistemas de Terminologia e
Classificação em Saúde
Stefan Schulz
Universidade de Freiburg (Alemanha)
[email protected]
Organização da disciplina

Calendário:
17.11.
18.11.
24.11.
25.11.
01.12.
02.12.
05.12
09.12.
10.12.
11.12.
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
18:30-21:30
Introdução, Aula expositiva
Aula expositiva
Aula expositiva / Laboratório
Apresentação 01 / 02 / 03
Apresentação 04 / 05 / 06
Apresentação 07 / 08 / 09
Aula expositiva (UMLS), Laboratório
Laboratório
Apresentação 10
Avaliação
Suporte na elaboração dos trabalhos a combinar
Organização da disciplina

Trabalhos:
01. ICNP, NANDA,
02. MeSH,
03. GeneOntology,
04. CID, ICD-9 CM,
05. Digital Anatomist
06. SIA-SUS, SIH-SUS,
07. LOINC,
08. AMB CBHPM,
09. SNOMED CT, Read Codes,
10. GALEN
11. UMLS
Denise, Roosewelt
Camila, Guilherme
Ricardo
Mônica, Graziele
Fernando, Elizângela
Elziane, Jeferson
Gisele Josimara
Eduardo, Viviane
Polo, Heitor
Nicolau
25.11.
25.11.
25.22.
01.12.
01.12.
01.12.
02.12.
02.12.
02.12.
08.12.
Conteúdo da disciplina (I)

Justificativa


Relevância da representação de conhecimento:
documentação medica, comunicação cientifica,
administração, recuperação de informação,
Bases teóricas da representação de
conhecimento:

Semiótica / Lingüística, Filosofia, Matemática /
Lógica, Ciência de computação,
Biblioteconomia, Psicologia
Conteúdo da disciplina (II)

Introdução de terminologia específica:



classe, código, conceito, disjunção, termo, objeto,
herança, hiponimo, hiperonimo, indivíduo, instância,
taxonomia, meronimo, precision, pre-coordenação,
recall, significado,...
Visão geral e tipologia de sistemas de terminologia
biomédica
Terminologias



Terminologias
Tesauros
Vocabulários



Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Conteúdo da disciplina (III)

Casuística: Analise de sistemas concretos:


CID, MeSH, ICNP, NANDA, SNOMED CT, Read
Codes, LOINC, AMB CBHPM, SIA-SUS, SIH-SUS,
ICD-9 CM, GeneOntology, Digital Anatomist,
GALEN
(baseado em trabalhos de alunos)
Unified Medical Language System (UMLS)
(aulas práticas usando o UMLS knowledge
source server e as fontes em formato de texto)
Dados / Informações / Conhecimento
em Saúde e Ciências Biomédicas
?
Códigos /
Vocabulário
Controlado
Linguagem
Natural
Linguagem
Natural
•
•
•
•
•
•
•
•
Detalhada
Individual
Espontânea
Natural
Ambígua
Imprecisa
Redundante
Imprevisível
Termos controlados/
Códigos








Exato
Compacto
Consistente
Processável
Rígido
Não intuitivo
Granularidade Fixa
Caro (manutenção)
Exemplo (1)

Estatísticas epidemiológicas:


número de óbitos por malária no estado do
Pará em 2000
número de óbitos por causas externas em
Curitiba em 2000
http://www.datasus.gov.br/
Exemplo (2)

Pesquisa bibliográfica:


Recuperar artigos na MEDLINE sobre alérgicas
a antibióticos
Recuperar também trabalhos sobre e.g.



Asma e roxitromicina
Exantema associado com clindamicina
Henoch-Schonlein purpura associado com
claritromicina
Exemplo (3)

Pesquisa em bancos de dados de
medicamentos:


Quais medicamentos podem causar exantema e
aumento de transaminases
Quais antibióticos indicados em gestantes com
abscesso periamigdaliano
Exemplo (4)

PEP: sistema de alerta contra efeitos
colaterais:
Paciente tem úlcera de duodeno – médico
prescreve Voltaren®
 Paciente tem gastrite antral – médico prescreve
AAS
(regra: antiinflamatórios não esteróides
+ lesões do trato digestivo superior = >
ALERTA

Exemplo (5)

Extração de Informação de protocolo de
estudo clínico:

Selecionar todos os pacientes que tem
alterações do transito intestinal
...
Exemplo (6)

Fixar preços de procedimentos terapêuticos:

Agrupar procedimentos similares em termos de
custo, tempo, recursos
...
Semiótica




Teoria dos signos / símbolos
Um símbolo representa um objeto / uma
classe de objetos reais
Lingüística = Semiótica dos signos da
linguagem natural (palavras, frases...)
Cuidado: Não confundir signos com os
objetos designados, e.g.


heart is_a organ
heart is_a noun
Triangulo de Odgen & Richards
pensamento, referencia, interpretante, conceito
símbolo, signo
„cadeira", "chair"
objeto ,
instancia
referente
indivíduo
Triangulo de Odgen & Richards



Símbolo, signo: representação de um
conceito por meio de uma linguagem
Objeto, referente, instância, indivíduo:
Segmento de um mundo real ou fictício
pensamento, referencia, interpretante, conceito
Unidade de pensamento: Abstração de um
conjunto de objetos baseada em
propriedades que esses objetos têm em
comum
Dois classes de símbolos
Dados / Informações / Conhecimento
em Saúde e Ciências Biomédicas
?
Códigos /
Vocabulário
Controlado
Linguagem
Natural
Triangulo de Odgen & Richards
conceito de infarto de miocárdio
“infarto do miocárdio” (Português)
“myocardial infarction” (Inglês)
“I21” (CID-10)
infarto de
miocárdio
do paciente
#123456
Exercício

Usando o triângulo semiótico, descreva






ambigüidade
sinonímia
engano
nomes próprios
conceitos + amplos, conceitos + estreitos
Relacione o triângulo semiótico com
conceitos da teoria de conjuntos (conjunto,
subconjuntos, elemento, cardinalidade)
Conceitos fundamentais de
Lingüística
Signos Linguísticos
fonemas
em, ão
morfemas
cardio, hepat,
hepatite
palavras
frases
Granularidade
hepatite tipo B
sentenças
O vírus da hepatite tipo B é
transmitido sobretudo por meio
do sangue.
textos
Os vírus da hepatite tipo B (HBV) e C
(HCV) são transmitidos sobretudo por
meio do sangue. Usuários de drogas
injetáveis e pacientes submetidos a
material cirúrgico contaminado e não-
Token / Type / Lexema
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

quantas palavras ?
Palavras são...

ocorrências (tokens)
1
2
3
4
5
6 7 8
9
2
5 3 6
7
10
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

formas (types)
1
2
3
4
8
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

lexemas (unidades lexicais)
1
2
3
4
2
5 2
6
3
7
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
Gramática

Regras de formação de unidades lingüísticas


Sintaxe:
Formação de frases / sentenças
Morfologia
Formação de palavras
Sintaxe, Semântica

sintaxe: relações internas que mantêm os
signos entre si
“o cachorro está latindo”
“o cachorro estão latindo”

semântica: relação dos signos com o seu
significado:
“o cachorro está latindo”
“o café está latindo”
Sintaxe, Semântica: outros signos

Exemplo 1: códigos CID-10:



sintaxe: letra + 2-3 algarismos, ponto depois do
2º algarism:
Válido: D01, S10.3, inválido: 10D, $R2
Semântica: D01 = Carcinoma in situ de outros órgãos
digestivos
Exemplo 2: linguagens de programação:


sintaxe: válido: sqrt(a), inválido sqrt(a,b)
semântica: inválido: a= -1; b = sqrt(a)
Lexicografia



Termo: signo lingüístico (não só palavra)
Léxico, dicionário: lista de termos com atributos
lingüísticos e significação
Critérios de inclusão / exclusão:





Domínio (e.g. medicina, computação)
forma básica (“neoplasia”, não “neoplasias”)
atomicidade (“Escherichia coli”, não “neoplasia maligna
do esôfago”)
Glossário: definições de termos usando
linguagem natural
Relacoes semanticas
Relações Léxico-Semânticas



Sinônimos : sentidos semelhantes:
falecer = morrer
Antônimos: significação oposta:
distal  proximal
Homônimos: escritas ou pronunciadas de modo
idêntico, significação diferente:



Homófonos: cassar  caçar
Homógráfos : almoço (S)  almoço(V)
Homônimos perfeitos = homófonos + homógrafos
(são, verão)
Relações Léxico-Semânticas
Relações Semânticas (próprias)




Hiperônimos : conceito mais geral:
Coração  Órgão
Hipónimos: conceito mais específico:
Órgão  Coração
Holónimos:
inclusão:
Merónimos
mão  dedo
}
dedo  mão
Relações Semânticas (próprias)
Conceitos fundamentais de
Filosofia e Lógica
Semântica de Categorias


Aristóteles: genus proximum et differentia specifica
Significação não é atômico: Pode ser reduzido a
unidades semânticas
Homem
Mulher
Menina
Fêmea
feminina
+
+
+
adulta
+
+
0
humana
+
+
+
-
Semântica e Lógica Formal



Descrição de relações semânticas entre entidades
(objetos, classes) usando linguagem formal:
Lógica de Primeira Ordem = Cálculo de
Predicados
Predicados unários classificam objetos:
médico(Eduardo) = True
médico(Roosewelt) = False
M = { x | médico(x)} é o conjunto de todos
os médicos
Predicados binários representam relações:
examina(Eduardo, João)
Semântica e Lógica Formal

Introdução de variáveis e quantificadores
permite asserções sobre classes de objetos:
x: cirurgião(x)  médico(x)
x,y: opera(x,y)  trata(x,y)
Relação taxonômica



Principal relação de ordem em sistemas de
classificação e terminologias
Relaciona conceitos (classes) gerais com
conceitos (classes) mais específicos
Corresponde a



Implicação entre predicados:
x: A(x)  B(x)
Inclusão entre conjuntos EA  EB
Relação is-a entre conceitos A is-a B
Cuidados

Não confundir is-a com outras relações:




hexose biosynthesis is-a monosaccharide
biosynthesis
hexose biosynthesis is a hexose
metabolism
Não confundir is-a com instance-of:
medico(Eduardo)
Eduardo instance-of medico
Eduardo  Emedico
Teoria de conjuntos nem sempre aplicável:


Marciano is-a Extraterrestre
Preservativos previnem DST
Outras relações semânticas

Propriedades algébricas:





reflexiva: x: R(x,x)
transitiva: x,y,z: R(x,y), R(y,z)  R(x,z)
simétrica: x,y: R(x,y)  R(y,x)
assimétrica: x,y: R(x,y)  not(R(y,x))
Exemplos:
pai
casado
subconjunto
descendente
reflexiva
transitiva
simétrica
assimétrica
+
-
+
+
+
-
+
+
Exercícios

Caracterize as propriedades de típicas
relações biomédicas
UMLS SN
part-of
has-location
instance-of
is a
prevents
causes
precedes
treats
adjacent to
reflexiva
transitiva
simétrica
assimétrica
+ (?)
+
+
+
+
-
+
+
+
+
-
- (?)
-
+
-
+ (?)
+
-
+
+
+
+
-
Sistemas de Terminologia
Biomédica


sinónimo: TERMINOLOGIAS
termo geral para





sistemas de codificação / classificação
vocabulários (bio)médicos / clínicos
nomenclaturas
thesauri
ontologias
Características



Conceitos/classes: entidades de
pensamento (abstrações de objetos)
Termos: descrições dos conceitos em
linguagem natural
Códigos: strings de caracteres não
ambíguos para designar um conceito
Conceitos, Termos, Códigos
Conceitos/classes
Termos,
Códigos
Objetos
Exemplos de Códigos
246.809.753-00
6711272-3
80020-100
Códigos nao significativos
Códigos aleatórios
Códigos seqüenciais
D50.1
FR-CX 203
AIS 6671
C10.228.228.180.500
00132V-691214-004
C003221
Códigos significativos
Códigos significativos vs. códigos
não significativos

Vantagens de códigos significativos

Vantagens de códigos não significativos
Definição de Conceitos
Extensão / Intensão

Definição intensional: Gênero e
características específicas
Exemplo: Granulócitos sao leucócitos com
granulos

Definição extensional: conjunto de
todos os conceitos mais específicos de
um conceito mais amplo.
Exemplo: Granulócitos: Neutrófilos,
Eosinófilos, or Basófilos
Discussão
Extensão / Intensão

Vantagens de definições extensionais

Vantagens de definições intensionais
Pré-Coordenação vs.
Pós-Coordenação


Termos complexos constituem uma classe
Exemplo: “Neoplasia maligna da glândula
tireóide”
Termos complexos são construídos pela
combinação de várias classes
Exemplo: Patologia:
“Neoplasia”
Atributo:
“maligno”
Anatomia:
“Glândula
tireóide”
Estrutura Categorial
Surgical
procedure
consists of 1.*
has site
has object
Surgical
deed
has
site
by technique 0.*
has
site
has means
has object
has means
has object
has means
Human
anatomy
Human
pathology
Interventional
equipment
Semântica de Categorias


Aristóteles: genus proximum et differentia specifica
Significação não é atômico: Pode ser reduzido a
unidades semânticas
Homem
Mulher
Menina
Fêmea
feminina
+
+
+
adulta
+
+
0
humana
+
+
+
-
Discussão Pré-Coordenação / PósCoordenação

Vantagens de pré-coordenação de conceitos

Vantagens de pós-coordenação de conceitos
Hierarquias simples /
Hierarquias múltiplas
árvore
vértice
arco
grafo dirigido
Hierarquias Múltiplas /
Herança múltipla
Doença Infecciosa
Doença do SNC
Meningite
Quais atributos são herdados ?
Doença
inflamatória
Doença
viral
Doença do SN
Doença inflamatória
por Vírus
Doença do SNC
Meningite Viral
Hierarquia simples

Doenças inflamatórias
 Doenças inflamatórias causadas por vírus
 Doenças inflamatórias do sistema
nervoso causadas por vírus
 Doenças inflamatórias do sistema
nervoso central causadas por vírus
 Meningite viral
Discussão Hierarquias Simples /
Hierarquias Múltiplas

Vantagens de hierarquias simples

Vantagens de hierarquias múltiplas
Tipologia de Sistemas de
Terminologia Biomédica
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Terminologia / Tesauro
Vocabulário



Terminologia:
Lista de Termos
Tesauro:
terminologia classificada por ordem
alfabética ou por assunto, contendo
sinônimos (e outras relações semânticas)
Vocabulário:
Terminologia ou Tesauro acompanhado por
definições
(N de Keizer, MIM 2000)
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Terminologia
pâncreas
aparelho digestivo
fígado
Brasil
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Tesauro
(3)
(1)
(1) has-part (2)
(1) has-part (3)
(2)
ANATOMIA
(1) aparelho digestivo
{trato digestivo,
digestive tracet}
(2) fígado
{liver, hepar}
(3) pâncreas
GEOGRAFIA
(4) Brasil
(4)
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Vocabulário
(3)
(1)
Parte do organismo
onde ocorre a digestão
dos alimentos
(1) has-part (2)
(1) has-part (3)
(2)
ANATOMIA
onde ocorre a
(1) aparelhoÓrgão
digestivo
metabolização da maior
{trato digestivo,
parte dos nutrientes
digestive tracet}
Glândula que produz o
(2) fígado suco pancreático e
alguns hormônios
{liver, hepar}
(3) pâncreas
e mais populoso
GEOGRAFIA Maior
país da América Latina
(4) Brasil
(4)
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Sistemas de Classificação
eu sou o mais
organizado...
Qual é a melhor classificação ?
Sistema de Classificação Ideal



Arvore (hierárquica simple) de classes
subclasses
Definição extensional das classes não
terminais
Disjunção de Classes:
Nenhum indivíduo pertence a dois classes
(não contando relação de inclusão de classes)

Exaustão:
Cada indivíduo pertence a uma classe
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação



Individualidade na definição e delimitação
das classes
Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não
especificado”
Exemplo: CID 10
Capítulo I
Capítulo II
Capítulo III
Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99)
Neoplasias [tumores] (C00-D48)
Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89)
Capítulo IV
Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90)
Capítulo V
Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99)
Capítulo VI
Doenças do sistema nervoso (G00-G99)
Capítulo VII
Doenças do olho e anexos (H00-H59)
Capítulo VIII Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95)
Capítulo IX
Doenças do aparelho circulatório (I00-I99)
Capítulo X
Doenças do aparelho respiratório (J00-J99)
Capítulo XI
Doenças do aparelho digestivo (K00-K93)
Capítulo XII
Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99)
Capítulo XIII Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99)
Capítulo XIV
Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99)
Capítulo XV
Gravidez, parto e puerpério (O00-O99)
Capítulo XVI
Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96)
Capítulo XVII Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99)
Capítulo XVIII Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99)
Capítulo XIX
Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98)
Capítulo XX
Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98)
Capítulo XXI
Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde
(Z00-Z99)
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação



Individualidade na definição e delimitação
das classes
Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não
especificado”
F17.4
Transtornos mentais e comportamentais devidos
ao uso de fumo - síndrome de abstinência com delirium
E12.5
Diabetes mellitus relacionado com a desnutrição com complicações circulatórias periféricas
I10
Hipertensão essencial (primária)
V62.2
Ocupante de um veículo de transporte pesado
traumatizado em colisão com um veículo a motor
de duas ou três rodas - pessoa viajando no exterior do
veículo traumatizada em um acidente não-de-trânsito
Problemas Práticos em Sistemas
de Classificação



Individualidade na definição e delimitação
das classes
Granularidade depende do objetivo da
classificação (estatística, tarifas para o
reembolso de serviços, documentação
Classes residuais “outros”, “não
especificado”
Classes residuais
K13.7 Outras lesões e as não especificadas da mucosa oral
K75.8 Outras doenças hepáticas inflamatórias especificadas
X25.8 Contato com outros artrópodes venenosos
especificados - outros locais especificados
Semântica das Classes residuais
A20 Peste
A20.0 Peste bubônica
A20.1 Peste celulocutânea
A20.2 Peste pneumônica
A20.3 Peste meníngea
A20.7 Peste septicêmica
A20.8 Outras formas de peste
A20.9 Peste, forma não especificada
EA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 - EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Nomenclaturas




Sistema de termos compostos obedecendo
regras de composição pré-estabelecidas
Consiste em “eixos” (idealmente) ortogonais
Cada eixo constitui, em si, um sistema de
classificação
Examples: SNOMED ICNP
11 Eixos de SNOMED
Topografico (anatômico)
Morfológico
Diagnóstico Procedimentos
Funcional
Organismos vivos
Químico
Agentes físicos, ações e forças
Contexto social
Ocupações
Geral
Exemplos


T-01000
M-4300
M-01735
F-C3000
F-A2300
(pele)
(inflamação crônica)
(eritema papulovesicular)
(reação de hipersensibilidade alérgica)
(coceira).
T-28000 (pulmão)
M-40000 (inflamação)
L-25116 (Streptococcus pneumoniae) .
Problemas Práticos em Sistemas
de Nomenclatura


Manuseio dificil
“Sinonímia”
- DB-6211 Diabetic nephropathy
- - DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + D7-11 Nephropathy
- DB-61 Diabetes mellitus + G-C025 Causing + DF Disease + G-C006
Located In + T-71 Kidney


Redundancia


- DB-6211 Diabetic nephropathy + G-C006 Located In + T-71 Kidney, NOS
Inconsistência

DB-6211 Diabetic nephropathy +
G-C006 Located In + T-11 Bone
Nomenclaturas
Classificações
Coleção de Dados
Classificação de dados
Paciente
Caso
Individual
População
Caracterização
Typing
Identificação
Discriminação
Comunicativo
Distributivo
Metas implícitas de observação
Metas explícitas de observação
Abertos para termos novos
Fechados e predeterminados
Criativo
Reprodutivo
Identificação
Discriminação
Descritivo
Prescritivo
Intensional
Extensional
Pós-Coordenação
Pré-Coordenação
Linguagem
Containeres Pré - Definidos
Ingenerf & Giere, 1998
Treatment
Comparison
Recording
based on
Standardizing
(Concept System)
Research
Classifying
(Classification)
Statistics
(Study Protocoll)
?
Patient
?
Physician
Medical
Record
Standardized
Medical Record
Register
Scientist
Experiment
!
!
Individual
Information
n
Compatible
Information
:
1
Data Collection
depending on the physician´s experience
(implicit goals of observation)
Ingenerf / Giere, 1998
Comparative
Information
:
General
Information
m
Data Ordering
depending on differentiation criteria
(explicit goals of observation)
Tesauros
Terminologia
Vocabulários
Sistemas de
Terminologia
Classificações
Nomenclaturas
Ontologias
Exemplos de Sistemas de
Terminologia
Gene Ontology
Gene Ontology (I)



Vocabulário controlado para descrição de
componentes celulares, funções
moleculares e processos biológicos.
esforço colaborado e dirigido a necessidade
da descrição do produto de genes em
diferentes bases de dados.
Num contexto celular o GO descreve o
comportamento do produtos de gene
Gene Ontology (II)


Define conceitos comuns em toda biologia
Referência para classificar genes e produtos
de genes de várias bases
O que a Gene Ontology não é



Não é uma base de dados de seqüências de
genes, nem catalogo de produtos de genes.
Não é uma base de dados biológicas
unificada.
Não é um padrão ditado ou exigido a
nomenclatura através das bases de dados.
GO: Três Sub-Ontologias



Função Molecular (atividade): ação
característica de um produto de gene
(bioquímico)
Processo Biológicos: fenômeno marcado por
mudanças que conduzem a um resultado
particular, medidas por produtos de gene”
Componentes celular: é uma condição que
é parte de um objeto maior, podendo ser
uma estrutura anatômica.
Arquitetura da Gene Ontology

Dois princípios classificatórios



Is-a
Part-of
Hierarquias múltiplas
Gráficos Acíclicos Dirigidos (DAGs)

Conectada com um banco de dados de
genes e produtos de genes
Gene caracterizado por
conceitos das três sub-ontologias:
Processo Biológico
Gene
Componente Celular
Função Molecular
Bibliografia
http://yanomami.fmrp.usp.br/cbab/programa.php
http://www.geneontology.org/doc/GO.doc.html
http://www.godatabase.org/dev/
Medical Subject Headings
(MeSH)
MeSH: Tesauro MeSH


Vocabulário controlado para descrever
trabalhos científicos em MEDLINE
Conjunto de termos denominados
descritores (descriptors) em uma
estrutura hierárquica que permite
pesquisa em vários níveis de
especificidade
MeSH: Hierarquias MeSH

No nível mais geral da estrutura hierárquica
estão as entradas mais amplas


No nível mais específico são encontradas as
entradas mais específicas


“Anatomia”, “Desordens Mentais”
“Tornozelo”, “Desordens de Condução Nervosa”
Existem hierarquias múltiplas.

Existem caminhos diferentes para alcançar um
descritor
MeSH: Hierarquias Múltiplas:
Exemplo
Tree numbers diferentes
Cells [A11]
Blood Cells [A11.118]
Leukocytes [A11.118.637]
Leukocytes, Mononuclear [A11.118.637.555]
Lymphocytes [A11.118.637.555.567]
Hemic and Immune Systems [A15]
Blood [A15.145]
Blood Cells [A15.145.229]
Leukocytes [A15.145.229.637]
MeSH ID comum:
Leukocytes, Mononuclear [A15.145.229.637.555]
D008214
Lymphocytes [A15.145.229.637.555.567]
Hemic and Immune Systems [A15]
Immune System [A15.382]
Leukocytes [A15.382.490]
Leukocytes, Mononuclear [A15.382.490.555]
Lymphocytes [A15.382.490.555.567]
MeSH: Registro completo de um
descritor







ID, tree number(s)
Termo preferencial (MeSH heading)
Anotações
Definição em texto livre (scope note)
Sinônimos (entry terms)
Atributos (qualifiers)
Histórico do termo
MeSH: Atributos (qualifiers)



Especificam o descritor de forma ortogonal
Conjunto de atributos permitidos
dependente do descritor
Exemplos:



Terapia
Etiologia
Prognóstico
Semântica do MeSH




Não é uma classificação
Significação dos links hierárquicos não
especificada (broader term / narrower term)
Descritor D2 “narrower” D1:
nem sempre ED2  ED1 (extensões), mas:
Conjunto de documentos relevantes para
D2 é subconjunto dos documentos
relevantes para D1
Semântica do MeSH - exemplo
Heart [A07.541]
part-of
Heart Valve [A07.541.510]
is-a


Mitral Valve [A07.541.510.507]
O conjunto de todas as válvulas mitrais não faz
parte do conjunto de todos os corações, mas:
O conjunto de todos os documentos que tratam
de válvula mitral é um subconjunto de todos os
documentos que falam de coração
MEDLINE e MeSH



MEDLINE: Banco de dados bibliográficos em
ciências de saúde
Cada artigo cadastrado é manualmente
indexado usando termos MeSH
Existem várias implementações, a mais
usada: PUBMED
Pubmed busca no MEDLINE mapeando a
expressão de busca o usuário pra termos
MeSH
MeSH / Pubmed

Mesh Browser:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

PubMed:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
CIPE/ICNP
Classificação Internacional
para a Prática de Enfermagem
CIPE / INCP






Elaborado desde 1991 pelo Conselho Internacional de
Enfermagem (CIE), contribuição brasileira desde 1997
Linguagem universal para descrever as práticas de enfermagem
numa diversidade de locais, institucionais e não-institucionais
Permitir comparação dos dados de enfermagem entre
populações, clínicas, locais, áreas geográficas ou tempos
diferentes.
Demonstrar e projetar tendências sobre a prestação de
tratamentos e cuidados e sobre a alocação de recursos aos
doentes
Disponibilizar dados para investigação científica
Fornecer dados para gestão de qualidade e promoção de
mudanças na políticas de saúde
CIPE: Principais Elementos



Fenômenos de enfermagem (diagnósticos
de enfermaria)
Ações de enfermagem (as intervenções)
Resultados de enfermagem
Âmbito da CIPE/ICNP
Fenômenos
de Enfermagem
H
Portador
A
Foco da
Prática
C
Freqüência
G
Probabilidade
F
Localização
anatômica
B
Juízo
E
Topologia
D
Duração
Ações
de Enfermagem
A
Tipo de
H
Beneficiário Ação
B
Alvo
C
Recursos
G
Via
F
Localização
E
Topologia
D
Tempo
CIPE: Classificação dos Fenômenos
de Enfermagem
Eixos:
A,B:
obrigatórios
C,D,E,F,G,H:
opcionais
H
Portador
A
Foco da
Prática
C
Freqüência
G
Probabilidade
F
Localização
anatômica
B
Juízo
E
Topologia
D
Duração
http://www.icn.ch/pdfinfo.htm
Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.
CIPE: Definições dos eixos dos
Fenômenos de Enfermagem (I)
A. Foco da: Área de atenção social, ex: dor, autoestima, pobreza.
B. Juízo: Opinião clínica que determina a prática
do profissional de enfermagem, ex. reforçado,
inadequado, melhorado.
C. Freqüência: número de ocorrências durante um
intervalo de tempo, ex:Intermitente, freqüente.
D. Duração: intervalo de tempo durante o qual um
fenômeno de enfermagem ocorre, ex: agudo,
crônico
CIPE: Definições dos eixos dos
Fenômenos de Enfermagem (II)
E. Topologia: região anatômica em relação a um ponto
mediano ou extensão desta, ex: direito, parcial
F. Localização Anatômica: posição anatômica ou a
localização no organismo de um fenômeno de
enfermagem, ex: olho, dedo
G. Probabilidade: possibilidade de ocorrência de um
fenômeno de enfermagem, ex: risco
H. Portador: entidade relativamente à qual se pode dizer
que possui o fenômeno de enfermagem, ex: família,
individuo, comunidade.
CIPE: Exemplo 1
Eixos selecionados
Termo selecionado
Foco da prática
Dor (A.1.1.1.13.3.1)
Julgamento
Aumentada (B.9)
Freqüência
Intermitente ( C.2)
Lugar do corpo
Pé (F.19)
Topologia
Direito (E.2.1)
Diagnóstico: Dor aumentada e intermitente no pé
direito.
CIPE: Exemplo 2
Eixos selecionados
Termo selecionado
Foco da prática
Edema (A.1.1.1.7.3.1)
Probabilidade
Alto risco para (G.1.2)
Lugar do corpo
Mão (F.14)
Portador
Mulher mastectomizada
(H.1)
Topologia
Direito (E.2.1)
Diagnóstico: Alto risco de edema ou Alto risco para edema em
mão direita de mulher mastectomizada
CIPE: Resultados de Enfermagem



Medição ou Condição de um diagnóstico de
enfermagem a intervalos de tempos após uma
intervenção de enfermagem.
Os resultado são produtos da intervenção, medido
ao longo do tempo, sob a forma de mudanças
efetuadas nos diagnósticos de enfermagem.
Medida para descrever os resultados relacionados
com os diagnósticos de enfermagem. Contribui
para modelos de resultados de saúde mais amplos
e genéricos.
Resultados
de Enfermagem
CIPE: Classificação das Ações
de Enfermagem
Eixos:
A:
obrigatório,
B,C,D,E,F,G,H:
opcionais
H
Beneficiário
A
Tipo de
Ação
B
Alvo
C
Recursos
G
Via
F
Localização
E
Topologia
D
Tempo
http://www.icn.ch/pdfinfo.htm
Somente um termo de cada eixo pode ser usado no diagnóstico.
CIPE: Ações e Intervenções


Ações de Enfermagem: Comportamento
das enfermeiras na prática
Intervenções de Enfermagem: Ação
realizada em resposta a um diagnóstico de
enfermagem, com a finalidade de produzir
um resultado de enfermagem. Uma
intervenção de enfermagem é composto por
conceitos contidos nos eixos da
Classificação das Ações.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de
Enfermagem (I)
A. Tipo de Ação: realizações levadas à prática por
uma ação, ex: ensinar, inserir, monitorizar.
B. Alvo: entidade que é afetada ou que confere
conteúdo à ação de enfermagem, ex: dor, latência,
serviços domiciliários.
C. Recursos: entidade usada no desempenho da ação
de enfermagem. Inclui os instrumento e serviços,
ex.ligadura, radioterapia.
D. Tempo: orientação temporal de uma ação: eventos,
episódios. Ex: na alta, intra-operatório, pré-natal.
CIPE: Definições dos eixos das Ações de
Enfermagem (II)
E. Topologia: Região anatômica em relação a um ponto
mediano ou extensão desta. Ex: direito, parcial
F. Localização: Posição anatômica no organismo e a
localização geográfica. Ex: cabeça, braço, local de
trabalho, domicílio.
G. Via: Trajeto através do qual se realiza uma ação de
enfermagem. Ex. Oral, subcutânea.
H. Portador: Entidade a favor do qual a ação é
realizada. Ex: individuo, grupo.
CIPE: Ações: Exemplo
NANDA
North American Nursing
Diagnosis Association
NANDA - Objetivos


Direcionar a padronização de linguagem dos
diagnósticos de enfermagem
Auxílio n prática clínica,
informática/desenvolvimento de sistemas e
desenvolvimento de linguagens.
NANDA - Vantagens






Linguagem comum descreve práticas de
enfermagem
Melhora comunicação entre enfermagem e
outros
Incentiva investigação articulando dados
disponibilizados por SI em enf e SIS
Fornecer dados da prática de enfermagem
Conhecido e difundido
Multiaxial
NANDA - Desvantagens



Poucos diagnósticos
Linguagem não é de fácil assimilação
Não contempla ações de enfermagem
NANDA - Diagnóstico de
Enfermagem



Descreve respostas humanas a condições
de saúde
Forma de expressar as necessidades de
cuidados de quem necessita dos mesmos
Exemplo: Alto risco para lesão de pele: se
necessita de intervenção de enfermagem, é
uma necessidade de cuidados.
NANDA - Taxonomia II




13 domínios: baseados em padrões
funcionais de saúde. Cada um com pelo
menos duas classes
106 classes: cada uma congrega um ou
mais conceitos diagnósticos
155 conceitos diagnósticos - diagnósticos
aceitos
07 eixos
NANDA - Eixos

Eixos:
1
Conceito
Diagnóstic
2
Tempo
3
Unidade de
Cuidado
7
Topologia
6
Descritor
5
Potencialidade
4
Idade
EIXOS: DIMENSÃO DA RESPOSTA
HUMANA







1) Conceito diagnóstico – Principal elemento, a origem do
diagnóstico
2) Tempo – Duração de um período, agudo, crônico,
intermitente e contínuo
3) Unidade de Cuidado – A que população: indivíduo,
família, grupo
4) Idade – Extensão de tempo: feto, neonato, lactente,
criança, etc.
5) Estado de Saúde – Posição no “continuum”de saúde:
bem estar, risco, real
6) Descritor –limita ou especifica um significado : alterado,
ineficaz, potencial, aumentado
7) Topologia – Partes ou estruturas do corpo: auditivo,
cerebral, oral, renal, cutâneo, visual
NANDA - Exemplo
Nível
Domínio 11
Conteúdo
Classe 2
Segurança e
proteção
Lesão Física
Conceito
Diagnóstico
Integridade de
Pele
Diagnósticos
Aprovados
Integridade de
pele prejudicada
Risco para
integridade de
pele prejudicada
CID (ICD)
Classificação Internacional de
Doenças
CID: Função
O CID (internacional) é designado para:
 classificar dados de morbi-mortalidade
com propósito estatístico;
 indexar arquivos hospitalares por
doenças;
 armazenamento de dados e o seu
resgate para pesquisa.
Versões da CID





1893: Primeira versão da CID para a
codificação das causas de morte
1946: CID-6: também morbididade
CID-9 até 1995 - 2000
Hoje: CID-10 em quase todos os países,
mas ainda:
CID-9-CM (modificações clínicas) nos EEUU:
mais refinada, contém também uma
classificação de procedimentos
CID: Código significativo




1º nível: capítulos: A-Z, mas tem capítulos
com 2 letras (ex. cap. I) , e uma letra para
2 capitulos (ex. letra H)
2º nível: agrupamentos
3º nível: categorias (em algumas partes não
há subdivisões)
4º nível: subcategorias
CID-10

21 capítulos, totalizando 250 grupos
Capítulo I
Capítulo II
Capítulo III
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
Capítulo
IV
V
VI
VII
VIII
IX
X
XI
XII
XIII
XIV
XV
XVI
XVII
XVIII
Capítulo XIX
Capítulo XX
Capítulo XXI
Algumas doenças infecciosas e parasitárias (A00-B99)
Neoplasias [tumores] (C00-D48)
Doenças do sangue e dos órgãos hematopoéticos e alguns transtornos
imunitários (D50-D89)
Doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas (E00-E90)
Transtornos mentais e comportamentais (F00-F99)
Doenças do sistema nervoso (G00-G99)
Doenças do olho e anexos (H00-H59)
Doenças do ouvido e da apófise mastóide (H60-H95)
Doenças do aparelho circulatório (I00-I99)
Doenças do aparelho respiratório (J00-J99)
Doenças do aparelho digestivo (K00-K93)
Doenças da pele e do tecido subcutâneo (L00-L99)
Doenças do sistema osteomuscular e do tecido conjuntivo (M00-M99)
Doenças do aparelho geniturinário (N00-N99)
Gravidez, parto e puerpério (O00-O99)
Algumas afecções originadas no período perinatal (P00-P96)
Malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas (Q00-Q99)
Sintomas, sinais e achados anormais de exames clínicos e de laboratório, não
classificados em outra parte (R00-R99)
Lesões, envenenamento e algumas outras conseqüências de causas externas (S00-T98)
Causas externas de morbidade e de mortalidade (V01-Y98)
Fatores que influenciam o estado de saúde e o contato com os serviços de saúde (Z00-Z99)
1O.
2O.
3O.
4O.
3O.
CID
...
...
I00-I02
I00
I01.0
I01
I01.1
... ...
I00-I99
I02
I10-I15
I10
I11
... ...
... I01.9 ...
...
I11.0
... ...
I15
I11.9
M00
nível - Capítulos
nível - Agrupamentos
Nível - Categorias
Nível - Subcategorias
nível - não possui subdivisões
M00-I99
M00-M03
M01
M02
...
...
... ...
M05-M14
M03 M05
...... ... ...
...
... ... M03.0 M03.1
M06
... ...
M03.2
M03.6
...
...
M14
M14.0
... ...
M14.1
...M14.8
CID: Características ideais
A princípio:
 Semântica is_a;
 Hierarquias simples;
 Monoaxialidade,
Porquê ?
 Classes mutuamente exclusivas - ideal para
análise estatística: Todas as classes se
somam para 100 %
CID: Na prática...


Classificação por mais de um código:
Traumatismo (capítulo XIX) + causa externa (cap.XX)
Hierarquias múltiplas “disfarçadas” em classes marcadas
com * que apontam para uma classe em outra parte da
hierarquia marcada com “+”. Exemplo:



G02.0* Meningite em doenças virais classificadas em outra parte
Meningite devida a adenovírus (A87.1+)
Biaxialidade “disfarçada”, por exemplo nos capítulos de
distúrbios mentais:

3º dígito: etiologia, 4º dígito: sintomatologia, leva a classes pouco
plausíveis, ex.
F17.6 Transtornos mentais e comportamentais devidos ao uso de
fumo - síndrome amnésica
CID: Classes residuais
Exemplo:
A20 Peste
A20.0 Peste bubônica
A20.1 Peste celulocutânea
A20.2 Peste pneumônica
A20.3 Peste meníngea
A20.7 Peste septicêmica
A20.8 Outras formas de peste
A20.9 Peste, forma não especificada
EA20.9 = EA20
EA20.8 = EA20 - EA20.0 -EA20.1 - EA20.2 - EA20.3 - EA20.7
Links para CID
http://www.datasus.gov.br/
http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/sim/obtcid9br.htm
http://www.datamos.gov.br/cid10/webhelp/cid10.htm
http://www.dcc.ufmg.br/pos/html/spg97/anais/doc/luciano.doc
http://www.funasa.gov.br/pub/Iesus/pdfs/iesus_vol7_3/iesus_vol7_3_4347.pdf
http://icd9cm.chrisendres.com/
http://www.cms.hhs.gov/medlearn/icd9code.asp
Referência:
Tese de doutorado da Profª Cláudia Maria Moro Barra
FMA – Foundational Model of
Anatomy
Introdução
Anatomia




Anatomia é a base de todas as ciências
biomédicas
Manifestações da saúde e doenças referenciam
estruturas anatômicas que variam no tamanho
das moléculas às peças de corpo
Sistemas de classificação de doenças ou
procedimentos referenciam implícita (ex. CID) ou
explicitamente (ex. CIPE) – mas:
Não se usa um sistema de terminologia anatômica
na rotina clínica
Informação
Formas de representar
conhecimento anatômico:

Modelos gráficos:

Modelos simbólicos:
Brain has-part BrainStem
Heart has-part MitralValve
MitralValve is-a HeartValve
Digital Anatomist Foundational
Model of Anatomy:


Modelo simbólico mais elaborado e
completo da anatomia humana
Motivação original: Descrever estruturas
anatômicas de um atlas digital de Anatomia
FMA: Taxonomia

Taxonomia simples para todos os conceitos
anatômicos (sem hierarquias múltiplas)
Anatomical entity
Physical anatomical entity
Material physical anatomical entity
Organ part
Organ subdivision
Subdivision of brain
Subdivision of forebrain
Subdivision of telencephalon
Cerebral hemisphere
FMA: Partonomia

Partonomia (conceitos classificados por
“has-part”) . Hierarquias múltiplas.
Body
Nervous system
Neuraxis
Brain
Forebrain
Telencephalon
Cerebral hemisphere
Body
Head
Head proper
Brain
Forebrain
Telencephalon
Cerebral hemisphere
FMA: Outras relações


Subrelações de Part-of:
regional-part
systemic part
Relações de ramificação:
Brachial artery
Ulnar artery
Common interosseous artery
Anterior interosseous artery
FMA e uso em medicina



FMA representa anatomia canônica
(anatomia ideal)
Não contém conceitos de anatomia
patológica (ex. cisto renal, tumor de cólon...)
Interpretação estrita de part-of
(A implies part-of B  B implies has-part A)
dificulta uso para representar conhecimento
sobre casos concretos:
(Apêndice  part-of Intestino  Intestino  has-part Apêndice) ???
FMA links

Foundational Model Explorer:
http://fme.biostr.washington.edu:8080/FME/index.html

Para comparar: Modelo simbólico da
anatomia do rato:
http://www.informatics.jax.org/
SIA-SUS e SIH-SUS
SIH / SAI: Conceito




SIH-SUS:
Faturamento Hospitalar
SAI-SUS:
Faturamento Ambulatorial
Controlar o pagamento Ambulatorial e
Procedimento Hospitalar.
Ministério da Saúde – Organização PanAmericana de Saúde
SIH / SAI: Objetivo


Faturamento Ambulatorial e Hospitalar dos
Estabelecimentos de Saúde, vinculados ao
Sistema Único de Saúde - SUS
Utilizado exclusivamente no Brasil
SIH / SAI: Subdivisão dos
Procedimentos
32 Grupos, distribuídos em 3 Blocos:
 Bloco 01 – Procedimentos de Atenção
Básica (Grupos 01 a 05)
 Bloco 02 – Procedimentos Especializados
(Grupos 07 a 22)
 Bloco 03 – Procedimentos Assistenciais de
Alta Complexidade (Grupos 26 a 40)
SIH / SAI: Tipologia – Is_a
Bloco 01
Grupo 01
Sub-Grupo 1
Procedimento 1
G 02
Ações
Médicas
Básicas
Procedimentos
Clínicos
Consulta
Médica
Domiciliar
Grupo n
Sub-Grupo n
Procedimento n
SIH / SAI: Código Significativo
GG.SSO.DD-DV
GG = Identifica o grupo de procedimentos (2 dígitos)
SS = Identifica o subgrupo de procedimentos (2 dígitos)
O = Representa o nível de organização dado a um
determinado conjunto de ações de saúde (1 dígito)
DD = Identifica o detalhamento do procedimento (2
dígitos)
DV = Identifica o Dígito Verificador do código do
procedimento (1 dígito)
Estrutura da Tabela SIA-SUS











código, nome do procedimento
descrição de procedimentos
valor do procedimento
nível de hierarquia
atividade profissional
serviço/classificação
tipo de atendimento
grupo de atendimento
faixa etária
CID – 10
motivo da cobrança
SIH / SAI: Exemplo
Grupo 01 –
Ações Executadas por Profissionais de Enfermagem e
Outros Profissionais de Saúde de Nível Médio
Sub-grupo 02 - ATENDIMENTO INDIVIDUAL
0102207-5
CURATIVO POR PACIENTE
instituição
Valor total vigente:
0,00
Nível Hierárquico:
01 02 03 04 05 06 07 08
Classe
profissional
Atividade:
01 60 64 76 90 91 92 93
Não exige Serviço Classificação
Tipo de Prestador:
01 02 03 04 05 06 07 08 09
11 12 13 14 15 16 17 18 19
Tipo de Atendimento: 00
Grupo de Atendimento: 00
Faixa Etária:
00
Estruturação dos Códigos SIH
Tratamento Cirúrgico
na Coluna Vertebral V
Ortopedia
Alta
Complexidade
Complexidade
Redução Incruenta
de Fratura de Úmero
Média
Complexidade
Exemplo
Grupo 32 – Cardiologia Cirúrgica
32.038.04-6 Ligadura das Veias Cardio-Tuberositárias
Bloco: Média/Baixa Complexidade
Tipo de Procedimento: Principal não aceita secundário
Faixa Etária: Geral
Sexo: Ambos
Média de Permanência: 03 dias
Faturamento Ambulatorial




Fixo por procedimento
Baseado em tetos (físico e financeiro)
definidos na Programação individual por
Prestador de Serviço
Subdivido em grupos de atividade – Alta
Complexidade, Média Complexidade e
Atenção Básica
Permite remanejamento entre Prestadores
desde que do mesmo Grupo de Atividades
Faturamento Hospitalar


valor base de tabela (SH, SP, SADT)
acrescido dos valores dos procedimentos
complementares (RN, UTI, SANGUE, OPM,
ACOMP) realizados durante a internação
hospitalar
além dos valores da tabela, alguns
hospitais recebem incentivos por serem
instituições de ensino e pesquisa ( % da
soma dos valores de serviços hospitalares e
profissionais cobrados)
Faturamento SIH





AIH 1 –
AIH 2 AIH 3 –
total de
AIH 4 –
geradora da cobrança
modelo manual extinto em 1994
folha de continuação da AIH 1, quando o
procedimentos ultrapassa 13
codificação específica para cobrança de
registro civil – Hospital Amigo da Criança
AIH 5 – longa permanência, utilizada
principalmente em internações psiquiátricas
SIH / SAI: Manutenção e
Atualização




contribuição dos Estados e Municípios
avaliação de grupo na SAS – MS
publicado no DOU – Portarias
publicação no site
http://www.datasus.gov.br/novidades/novid
ades.htm
LOINC
LOGICAL OBSERVATION
IDENTIFIER NAMES AND
CODES
Definição


Base de dados com nomes e códigos padronizados
para a identificação de resultados de laboratório,
observações clínicas
e observações de estudos
diagnósticos
Lançado em 1996, versão atual com mais de 29.300
registros;

Projeto colaborativo, mantido pelo Regenstrief Institute

Distribuição gratuita

Website: http://www.regenstrief.org/loinc
LOINC - Objetivos

Facilitar a organização, troca e análise de resultados

Unificar a identificação de resultados

Organização para a troca de mensagens por:



HL7(Health Level 7)
ASTM (American Society of Testing and Materials)
Somente identificar resultado do teste
LOINC - Características

A base de dados se encontra dividida em duas
categorias principais :



Laboratório:
química,
hematologia,
serologia,
microbiologia, toxicologia;
Clínica: sinais vitais, hemodinâmia, ECG, ecografia
obstétrica, estudos de função pulmonar;
Adotado pela maioria dos laboratórios
Americanos.
Norte
LOINC - Componentes
Cada registro do LOINC corresponde a um único
resultado de teste laboratorial que indica os seguintes
dados:







Nome do componente pesquisado
Propriedade/Medida
Tempo
Tipo de Amostra
Escala
Método
<Analito/componente>:<tipo de propriedade da observação ou
medição>:<aspecto tempo>:<amostra>:<escala>:<método>
LOINC - Exemplo
Componente
AMOSTRA
CREATININA
LÍQ.AMIN
MÉTODO
ENZIMÁTICO
ESCALA
QUANTITATIVA
LOINC
2159-2
TEMPO
MEDIDA
MASSA
PT
LOINC Componente - Analito
•Nome principal
<[analito].[subclasse].[sub-subclasse]> ^
•Challenge – sobrecarga ou tolerância
(incluindo: tempo, substância utilizada,
quantidade e via de administração)
<[tempo] post [quantidade] [sustância] [via
de administração])> ^
•Ajuste
<ajustes ou correções>
CALCIUM.IONIZED
HEPATITIS B VIRUS AB.IGG
CORTICOTROPIN^1H
POST DOSE INSULIN IV
CREATININE RENAL
CLEARANCE^^CORRECTED
FOR SURFACE AREA
O componente é separado por “^” até em três subpartes
LOINC Propriedade - Medida


Medida das
substância.
Principais:





quantidades
Massa (mg – g);
Substância (moles – mEq);
Número
Atividade catalítica (atividade enzimática)
Subcategorias:





relacionadas
Concentração (mg/dl);
Conteúdo (mg/g);
Razão;
Categorias/classes(mg/dia);
Fração (porcentagem).
com
uma
LOINC Tempo - Amostra

Aspecto do tempo: amostra isolada ou coletada durante um
intervalo de tempo.
ALPHA 1 ANTITRYPSIN CLEARANCE:VRAT:24H:SER/PLAS+STL:QN
HEMATOCRIT:VFR:PT:CSF:QN


Tipo de amostra: soro, urina(SER, UR)
Pode consistir em duas partes separadas por “^”
Amostra^supersistema
(ABO GROUP:TYPE:PT:BLD^NEWBORN:NOM)

Diferentes testes combinando analito e amostra (mesmo
analito amostras diferentes)
LOINC - Escala

Especifica a escala utilizada para a medição.

Tipos:





Quantitativa: valor numérico contínuo
Ordinal: categorias fixas :positivo/negativo
Nominal: sem ordenamento natural :cor da urina
Narrativo: texto descritivo: informe microscópico
Exemplos:
MAGNESIUM:SCNC:PT:SER/PLAS:QN:
ESCHERICHIA COLI O157:H7 IDENTIFIED:PT:STL:NOM:ORGANISM
SPECIFIC CULTURE
LOINC – Método


Método específico utilizado para realizar o ensaio
Exemplos:
ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WESTERGREEN
ERYTHROCYTE SEDIMENTATION RATE:VEL:PT:BLD:QN:WINTROBE
LOINC – não contempla
 Instrumentação utilizada para medição;
 Quem verifica o resultado;
 Tamanho da amostra coletada;
 Onde foi realizada a coleta (no laboratório);
 Detalhes do local da coleta (sítio anatômico).
Classificação Brasileira
Hierarquizada de Procedimentos
Médicos
CBHPM






Finalidade
Histórico
Como foi elaborada
O que define
Capítulos
Classificação
CBHPM: Finalidade



Lista ética e científica : transparência,
segurança e respeito
Garantir remuneração digna
Elaborada por:




AMB
Sociedades de especialidades
CFM
Metodologia proposta pela FIPE
CBHPM: Histórico

Resolução CFM nº 1673/03 : “A CBHPM é
adotada como padrão mínimo e ético de
remuneração dos procedimentos médicos
para o sistema de saúde suplementar”

Em utilização desde ago/2003
CBHPM: Como foi elaborada

Valores definidos considerando:







Complexidade técnica
Tempo de execução
Atenção requerida
Grau de treinamento necessário do profissional.
FIPE : acessoria na pontuação
14 portes e 3 subportes (A, B, C)
Unidade de Custo Operacional (UCO):
depreciação, manutenção
CBHPM: O que define




Inclui pós operatório
Vídeo : 1,5x o valor
Urgência e Emergência : +30% (noite e FS)
Múltiplos procedimentos:




Mesma via :100% do principal + 50% de cada
adicional, DESDE QUE não haja código conjunto.
Diferentes vias: 100% P + 70% dos demais
Valores para auxiliares e anestesistas (30%)
Condições de internação (hospedagem) : superior
: 2x para operadoras, x+A particular
CBHPM: Capítulos
1.
2.
Procedimentos Gerais
Procedimentos Clínicos
•
•
3.
Ambulatoriais
hospitalares
Procedimentos Cirúrgicos e Invasivos
divididos por sistemas humanos
4.
Procedimentos Diagnósticos e
Terapêuticos
divididos por especialidades
CBHPM: O Código : S&S

Monitorização Neurofisiológica intraoperatória
2.02.02.004-5
Capítulo = proced. clínicos
hospitalares*
Subdivisão=monitorizações*
Nº seqüencial*
Checksum
* ordem alfabética
CBHPM: O Código : S&S

Extensor próprio do dedo gordo (extensor hallucis longus)
3.07.03.003-2
Proced. cirurg. e invasivos
Sistema músculo esquelético e articulações*
Transplantes Musculares
(com microanastomoses vasculares) *
Nº seqüencial*
Checksum
* ordem alfabética
CBHPM: Classificação

Código significativo


Definições extensionais


um conceito amplo define vários específicos
Termos complexos


Possui uma estrutura de montagem
várias classes dentro de um conceito
Hierarquia simples. Semântica do tipo is_a
R$ 16,00
+
R$ 11,50 x 0,200 = R$ 2,30
=
R$ 18,30 ± 20%
SIA/SIH-SUS x CBHPM

SIA/SIH-SUS






SUS
Define habilitações
Define critérios de
permanência, faixa
etária e sexo
Definida por estados,
municípios, secretarias
de saúde
Valores impostos
Sistema de Saúde

CBHPM




Particulares, convênios
Ética e valoriza o
trabalho médico
Definida pelas
Sociedades e pela AMB
Tabela de referência
para médicos
CBHPM: Conclusão




Cumpre sua finalidade
Estrutura organizada
Consulta online : trabalhosa
Como referencial para cobranças é prática,
mas não traz detalhes sobre os
procedimentos
Bibliografia


www.amb.org.br
A tabela
SNOMED
Systematized Nomenclature of
Medicine
SNOMED: Histórico





1965-1976: Systematized Nomenclature of
Pathology (SNOP)  Systematized
Nomenclature of Medicine (SNOMED)
1993: SNOMED Internacional
1998: SNOMED RT (Reference Terminology)
Descrições lógicas de conceitos
2000: SNOMED CT (Fusão com Read Codes)
2004 – 2009: SNOMED CT livremente
disponível nos EEUU
SNOMED: Características (I)
SNOMED é um sistema terminológico multiaxial tipo nomenclatura:

Vantagem: Permite a codificação muito
detalhada de qualquer tipo de entidade

Desvantagens:
Processo de codificação trabalhoso
 Existem várias alternativas para codificar a
mesma entidade
 Risco de codificação redundante e
inconsistente

SNOMED: Características (II)
SNOMED é composta de 11 eixos:





Topografico (anatômico) - T : anatomia funcional para
medicina humana e veterinária
Morfológico - M: alterações encontradas nas células,
tecidos e organismos
Diagnóstico - D: classificação de condições reconhecidas
clinicamente encontradas na medicina humana e
veterinária
Procedimentos - P: procedimentos administrativos,
diagnósticos e terapêuticos
Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia
dos processos da doença
SNOMED: Características (III)







Funcional - F: sinais e sintomas; fisiologia e fisiopatologia
dos processos da doença
Organismos vivos - L: organismos com vida de etiologia
significante na doença humana e animal
Químico - C: drogas, produtos biológicos e manufaturados
farmacêuticos
Agentes físicos, ações e forças - A: compêndio de ações
físicas, perigos físicos, e forças da natureza
Contexto social - S: condições sociais e suas relações de
importância para a medicina
Ocupações - J: termos que descrevem a ocupação
Geral - G: ligações, descrições e qualificações que se
associam ou que modificam os termos contidos em cada
eixo
SNOMED: Exemplo 1

D-13510 (Pneumonia pneumocócica) é
equivalente a combinação de :



T-28000 (código topográfico para pulmão);
M-40000 (código morfológico para inflamação)
L-25116 (código para Streptococcus
pneumoniae do eixo de organismos vivos)
SNOMED: Exemplo 2

Dermatite atópica (D0-10130) equivale:





T-01000 (código topográfico para pele)
M-4300 (código morfológico para inflamação
crônica)
M-01735 (código morfológico para eritema
papulovesicular)
F-C3000 (código funcional para reação de
hipersensibilidade alérgica)
F-A2300 (código funcional para o sintoma
coceira).
Uso da SNOMED


Amplamente usada: Eixo M para a
morfologia de neoplasias, como eixo
adicional da CID (ICD-O), veja “Morfologia
das Neoplasias” na CID-DATASUS
Visão: SNOMED como terminologia de
referência com mapeamentos para
terminologias com objetivo estatístico e de
faturamento (CID, SAI/SIH)
Projeto UMLS





Iniciado em 1986 pela National Library of
Medicine (EEUU)
Vocabulário médico unificado e interligado
através de conceitos
Banco de referências cruzadas
Atualização permanente
Uso gratuito para pesquisa científica e
educação (depois de assinar um termo de
acordo de licença)
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
3500 M
UMLS Semantic Network 0,6 M
UMLS Specialist Lexicon 266 M
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
3500 M
UMLS Semantic Network 0,6 M
UMLS Specialist Lexicon 266 M
UMLS Metathesaurus (UMLS META)





~ 980 000 conceitos
~ 2 400 000 strings
~ 100 vocabulários fonte:
CID, MeSH, FMA, NANDA, SNOMED, GO,
LOINC, ...
Preserva a semântica e estrutura interna
das fontes
Estabelece sinonímia e novas relações entre
conceitos de fontes diferentes
UMLS Interfaces

Interface WEB: UMLS Knowledge Source Server
http://umlsks.nlm.nih.gov/


user: pucpr
senha: pucpr2003

“Search”: busca interativa
“Advances Search”: Busca de linha de comando

Interface JAVA: Knowledge Source Server API

Semantic Navigator

UMLS Arquivos

Arquivos locais em:




No VNC client: hercules.ppgia.pucpr.br:1
cd 2003AC
user:
senha: (com Roose)
Manipulação dos arquivos em LINUX usando comandos
shell, PERL, PYTHON, JAVA,...
Recomendação: customizar arquivos usando
grep e cut
UMLS Documentação


Documentação das fontes
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/UML
SDOC.HTML
Documentação do Knowledge Source
Server:
UMLS META
Relações
LexicoSemânticas
Relações
Semânticas
MRCON
MRREL
outros
151 M
380 M
UMLS META
Relações
LexicoSemânticas
Relações
Semânticas
MRCON
MRREL
outros
151 M
380 M
UMLS MRCON
C0023886|ITA|P|L1234371|PF|S1476317|Ascesso epatico amebico|3|
C0023886|POR|P|L0319334|PF|S0427639|ABSCESSO HEPATICO AMEBIANO|3|
C0023886|POR|S|L0425515|PF|S0549797|AMEBIASE HEPATICA|3|
C0023886|POR|S|L0429003|PF|S0553285|ENTAMEBIASE HEPATICA|3|
C0023886|POR|S|L2361076|PF|S2796947|Abcesso amebiano do figado|3|
C0023886|RUS|P|L0901413|PF|S1105230|PECHENI ABSTSESS AMEBNYI|3|
C0023886|RUS|S|L1508281|PF|S1804190|AMEBIAZ PECHENI|3|
C0023886|SPA|P|L0613063|PF|S0779557|ABSCESO HEPATICO AMEBIANO|3|
C0023886|SPA|S|L0442067|PF|S0566349|ENTAMEBIASIS HEPATICA|3|
C0023886|SPA|S|L0613260|PF|S0779749|AMEBIASIS HEPATICA|3|
C0023886|SPA|S|L2342901|PF|S2778756|Absceso hepatico amebiano|3|
C0023889|DUT|P|L2053941|PF|S2392163|Circulatie, lever-|3|
C0023889|DUT|S|L2065427|PF|S2403649|Levercirculatie|3|
C0023889|ENG|P|L0023889|PF|S0058030|Liver Circulation|0|
C0023889|ENG|P|L0023889|VC|S0421389|liver circulation|0|
C0023889|ENG|P|L0023889|VW|S0025533|Circulation, Liver|0|
C0023889|FIN|P|L1559216|PF|S1855125|maksan verenkierto|3|
C0023889|FRE|P|L0170066|PF|S0234547|CIRCULATION HEPATIQUE|3|
C0023889|GER|P|L1270517|PF|S1512463|Leberkreislauf|3|
C0023889|GER|S|L1270498|PF|S1512444|Leberblutkreislauf|3|
UMLS MRCON: Campos








CUI: identificador de conceito
(Código principal do UMLS )
LAT: Linguagem
TS: Term status
LUI: identificador de lexema
STT: String type
SUI: identificador de string
STR: String
LRL: Nível de restrição mínima
UMLS MRCON: Sinonímia (I)
CUI
LAT TS LUI
STT SUI
STR
LRL
C0004238|ENG|P|L0004238|PF |S0016668|Atrial Fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0220832|Fibrillation, atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S0288232|FIBRILLATION ATRIAL|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1623628|Fibrillation atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VCW|S1912105|Fibrillation;atrial|3|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0353486|ATRIAL FIBRILLATION|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0356997|Atrial fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VC |S0415228|atrial fibrillation|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VP |S0016669|Atrial Fibrillations|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VWP|S0041388|Fibrillations, Atrial|0|
C0004238|ENG|P|L0004238|VW |S0372707|Fibrillation, Atrial|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|PF |S0016899|Auricular Fibrillation|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0353545|AURICULAR FIBRILLATION|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VC |S0357130|Auricular fibrillation|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VP |S0016900|Auricular Fibrillations|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VWP|S0041389|Fibrillations, Auricular|0|
C0004238|ENG|S|L0004327|VW |S0372708|Fibrillation, Auricular|0|
C0004238|ENG|S|L0495689|PF |S0580463|AF - Atrial fibrillation|3|
Lexemas vs. Strings

ocorrências (tokens)
1
2
3
4
5
6 7 8
9
10
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

formas (tipos de string)
1
2
3
4
2
5 3 6
7
8
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”

lexemas (unidades lexicais)
1
2
3
4
2
5 2
6
3
7
“When flies fly behind flies, a fly is flying ahead”
UMLS MRCON: CUI, LUI, SUI (II)
Concept (CUI)
Terms (LUIs)
Strings (SUIs)
C0004238
Atrial Fibrillation
(preferred)
Atrial Fibrillations
Auricular Fibrillation
Auricular
Fibrillations
L0004238
Atrial Fibrillation
(preferred)
Atrial Fibrillations
S0016668
Atrial Fibrillation
(preferred)
L0004327
(synonym)
Auricular Fibrillation
Auricular
Fibrillations
S0016899
Auricular Fibrillation
(preferred)
S0016669
Atrial Fibrillations
S0016900
(plural variant)
Auricular
Fibrillations
UMLS MRCON: Homógrafos
14:34 schulz@supreme:/data/data/umls2003AA/2003AA/META )
grep -i "|COLD <" MRCON | more
C0009264|ENG|S|L0009264|PF|S0007170|Cold
C0009443|ENG|S|L0009264|PF|S0007171|Cold
C0010412|ENG|S|L0009264|PF|S1556597|Cold
C0024117|ENG|S|L0009264|PF|S0829315|COLD
C0234192|ENG|S|L0009264|PF|S1556598|Cold
C0719425|ENG|S|L0009264|PF|S1789118|Cold
<1>|0|
<2>|0|
<4>|0|
<3>|0|
<5>|0|
<6>|0|
UMLS META
Relações
LexicoSemânticas
Relações
Semânticas
MRCON
MRREL
outros
151 M
380 M
Relações entre Conceitos
1º CUI
Relações como:
broader
narrower
parent
child
is-a
has-location
part-of...
2º CUI
A fonte é a autoridade para as relações, não o UMLS !
UMLS MRREL
CUI1
REL CUI2
RELA
SAB SL MG
C0001209|CHD|C0816432|isa
|UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0816433|isa
|UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0822997|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0823051|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|CHD|C0823068|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|PAR|C0036277|has_part
|UWDA|UWDA||
C0001209|PAR|C0036277|
|MSH |MSH ||
C0001209|PAR|C0223623|
|SNMI|SNMI||
C0001209|PAR|C0223623|
|SNM |SNM ||
C0001209|PAR|C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RB |C0036277|has_part
|UWDA|UWDA||
C0001209|RB |C0507245|inverse_isa |UWDA|UWDA||
C0001209|RL |C0153514|mapped_from |SNMI|SNMI||
C0001209|RN |C0816432|isa
|UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0816433|isa
|UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0822997|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0823051|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|RN |C0823068|part_of
|UWDA|UWDA||
C0001209|RO |C0159669|has_location|SNMI|SNMI||
UMLS MRREL: Campos






CUI1: identificador do 1º conceito,
construido por “C” mis 7 algarismos
REL: Relação de CUI2 com CUI1
CUI2: identificador do 2ºconceito
RELA: Relação mais específica (relation
attribute)
SAB: Fonte da relação
SL: Fonte da relação
UMLS MRREL: Valores de REL








RB: has a broader relationship  RN: has a narrower relationship
RO: has relationship other than synonymous,
narrower, or broader
RL: the relationship is similar or "alike".
RQ: source asserted relatedness and possibly
synonymous.
SY: source asserted synonymy.
PAR: has parent relationship  CHD: has child relationship
(in a Metathesaurus source vocabulary)
SIB: has sibling relationship in a Metathesaurus
source vocabulary.
AQ: is an allowed qualifier for the first concept in a Metathesaurus
source vocabulary.  QB: can be qualified by.
UMLS META
Relações
LexicoSemânticas
Relações
Semânticas
MRCON
MRREL
outros
151 M
380 M
Outros Arquivos de UMLS META







MRFILES
MRATX Associated Expressions
MRCOC Co-occurring Concepts
MRCOLS Attribute Relation
MRCXT Concept Contexts
MRDE Definitions
MRSAB Source Metadata
Componentes do UMLS
UMLS Metathesaurus
3500 M
UMLS Semantic Network 0,6 M
UMLS Specialist Lexicon 266 M
UMLS SN (semantic network)

Sistema hierárquico de






135 categorias semânticas
54 Relações semânticas
Definições em texto livre
Categorias e relações identificadas por “type
identifier”:
T + 3 algarismos
Relações identificadas por
Todos os CUIs são categorizados conforme a SN
Semântica da UMLS SN (I)





Taxonomia de categorias
Taxonomia de relações
Relações / Categorias:
rel (C1, C2) significa:
Relação é possível entre conceitos
pertencentes às categorias C1 e C2
Relações possíveis podem ser bloqueadas
para categorias subordinadas
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/META3_Figure_3.html
Arquivos

Em /NET




SRDEF
informações básicas sobre categorias e relações
SRSTR estrutura da rede semântica
SRSTRE1 ,SRSTRE2
Todas as relações, inclusive as relações
herdadas
Em /META:

MRSTY: Tipos semânticos por conceito
Exercícios LINUX (I)





Crie uma tabela mrcon_port que só contenha os
registros das strings portuguesas
[grep]
Crie uma tabela mrcon_pref que só contenha o
CUI e sua preferred string em Inglês [grep cut]
Faça uma estatística dos registros em Português,
Espanhol, Inglês, Francês [grep, wc]
Crie uma tabela mrcon_port_word que só
contenha termos portugueses de uma palavra só
Crie uma tabela mrrel_amostra contendo uma
amostra aleatória de 1% da tabela MRREL
Exercícios LINUX (II)





Use mrrel_amostra e substitua os CUI pelas
strings preferenciais (tabela mrcon_pref)
Liste todos os homógrafos que ocorrem no UMLS
português
Explore a tabela MRCXT. Pesquise o signnificado
Extraia o sistema SNOMED International e guardeo numa tabela separada.
Explore a tabele STSTR. Selecione as relações
anormais (que nao tem “|D|”)
Explore a tabela MRSTY. Calcule a média de tipos
semânticos por conceito
Exercícios WEB (I)

Acesse a interface “search” e pesquise os
seguintes termos variando as relações que
você quer exibir.








atherosclerosis
cancer
pineal gland
Brazil
ornidazole
Pemphigus vegetans
Ascaris lumbricoides
Research nurse







coxarthrosis
fracture of navicular
femoral fracture
appendectomy
bronchial neoplasm
eclampsia
renal metastasis
Exercícios Web (II)

Procure detectar a origem das relações






has_location
is_a
part_of
mapped_to
associated_with
Explore os tipos semânticos de

Adenoma
Exercícios WEB (III)


Explore o “UMLS semantic navigator” e dê
uma breve apresentação
Explore o “UMLS Advanced Search”



Focused Search
Command Line Query
ASCII Relational Records